genome.fa.s2704.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2704
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  116081

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1608--1724	58	2.0	58	100	0	234	38	15	23	22	1.92
5300--5336	2	18.5	2	100	0	74	48	0	0	51	1.00
7094--7174	30	2.7	30	78	5	92	46	3	7	41	1.49
9580--9613	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
12506--12725	97	2.3	97	87	3	320	30	29	10	30	1.90
12506--12750	97	2.5	97	80	4	307	28	28	11	31	1.92
18754--18844	30	3.0	28	81	13	101	27	24	14	34	1.94
18749--18880	32	4.2	30	80	12	122	24	27	13	34	1.93
18894--19603	33	21.7	33	68	15	245	20	30	13	35	1.91
18786--19625	66	12.8	64	73	10	404	21	30	13	34	1.92
18781--19602	99	8.3	98	78	9	579	21	30	13	35	1.91
19213--19272	27	2.2	27	87	0	84	21	31	11	35	1.90
19573--19625	27	2.0	27	92	0	88	22	30	15	32	1.94
19757--19950	32	6.0	32	84	5	223	29	31	18	20	1.96
19757--19950	64	3.0	64	87	5	268	29	31	18	20	1.96
19763--19950	96	2.0	96	88	4	281	29	31	19	20	1.97
19970--20456	52	9.6	49	79	7	390	24	27	16	31	1.97
19970--20456	98	4.8	99	78	7	408	24	27	16	31	1.97
20412--20502	43	2.1	43	89	0	137	26	26	17	29	1.98
20455--20581	61	2.1	61	86	0	173	25	23	11	39	1.88
21222--21246	9	2.8	9	100	0	50	72	0	0	28	0.86
21940--21985	19	2.4	19	81	0	56	32	34	21	10	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22873--23110	97	2.5	97	86	1	343	29	27	12	29	1.93
27172--27250	23	3.5	22	72	19	65	36	1	24	37	1.64
27187--27238	20	2.9	18	81	16	56	38	1	25	34	1.67
28701--28757	13	3.9	13	72	24	51	35	12	15	36	1.85
28679--28776	19	5.7	19	71	27	94	33	11	16	38	1.84
28681--28778	32	3.0	32	93	1	169	34	11	16	37	1.84
28819--28843	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
28798--28864	34	2.0	33	85	8	91	31	17	11	38	1.87
28852--28976	52	2.4	52	93	0	214	34	19	17	28	1.95
33105--33392	149	1.9	150	79	7	318	34	18	20	26	1.95
34297--34377	19	4.6	19	79	17	102	33	9	18	38	1.84
34298--34360	32	2.0	32	96	0	117	34	11	19	34	1.87
34317--34341	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
34465--34593	52	2.5	52	97	0	249	34	18	18	27	1.95
42180--42371	58	3.3	59	74	7	171	44	16	10	28	1.81
42219--42444	58	3.9	58	73	9	165	46	15	10	26	1.79
42452--42619	59	2.9	59	75	4	162	48	12	15	23	1.79
43276--43305	13	2.4	12	94	5	51	0	10	0	90	0.47
43259--43305	11	4.3	11	80	0	58	0	10	4	85	0.74
44075--44113	21	2.0	20	90	10	62	38	10	15	35	1.81
44744--44805	19	3.2	19	71	13	54	41	14	14	29	1.85
44772--44842	32	2.2	32	94	0	124	36	9	16	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44751--44836	19	4.7	19	71	19	67	37	11	16	34	1.85
44868--44895	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
47371--47686	79	4.0	79	77	6	291	27	25	13	33	1.94
60102--60151	7	7.6	7	76	19	54	84	14	2	0	0.72
60098--60155	12	4.8	12	86	2	80	82	15	1	0	0.74
61246--61892	55	11.3	55	81	8	715	26	26	21	25	1.99
61246--61892	226	2.8	226	84	6	817	26	26	21	25	1.99
61246--61892	116	5.7	115	81	9	679	26	26	21	25	1.99
61268--61892	171	3.6	171	82	6	712	26	26	20	26	1.99
64943--65295	79	4.5	79	81	4	399	26	25	14	33	1.95
64853--65100	130	1.9	128	81	4	302	26	26	14	32	1.95
64992--65295	159	1.9	159	86	2	432	26	25	15	32	1.95
64943--65303	159	2.3	159	81	5	374	27	24	14	33	1.94
68786--68826	15	2.7	15	88	3	55	63	4	0	31	1.15
73749--73854	45	2.4	45	95	0	185	28	6	33	32	1.83
78225--78261	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
84638--84663	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
84616--84683	33	2.1	32	88	2	100	33	13	19	33	1.90
84720--84776	21	2.8	21	81	2	71	31	19	15	33	1.93
86757--86801	20	2.1	21	84	8	56	4	31	46	17	1.68
87244--87279	13	2.8	13	95	0	63	36	19	13	30	1.91
87482--87507	8	3.2	8	100	0	52	61	23	0	15	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93332--93357	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
93310--93377	33	2.1	32	88	2	100	33	13	19	33	1.90
93414--93470	21	2.8	21	81	2	71	31	19	15	33	1.93
95834--96198	104	3.6	102	75	9	370	46	3	4	46	1.40
95767--96182	200	2.1	204	85	4	556	45	4	5	45	1.45
96351--96411	16	3.7	17	72	14	56	19	8	24	47	1.76
96376--96429	16	3.4	15	82	10	63	24	12	18	44	1.85
96355--96445	32	2.8	33	80	8	89	21	12	21	43	1.85
96403--96449	16	2.9	16	90	6	69	23	14	19	42	1.88
96448--96561	53	2.1	54	83	4	142	26	7	21	43	1.80
97830--97886	16	3.6	16	68	0	51	22	12	17	47	1.81
97834--97901	32	2.1	33	91	2	111	26	10	14	48	1.76
97835--97917	32	2.6	32	84	3	87	27	12	14	45	1.80
97994--98047	25	2.2	25	84	15	69	48	0	3	48	1.19
102632--102670	21	1.9	21	84	5	53	74	2	7	15	1.15
102901--102927	6	4.5	6	100	0	54	18	33	0	48	1.49
104555--104588	18	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
106475--106958	164	3.0	161	81	8	548	32	8	9	49	1.66
106538--107000	164	2.8	162	86	5	585	33	8	8	49	1.63
110010--110080	20	3.5	20	88	3	81	30	12	15	40	1.85
109907--110045	51	2.7	51	83	3	165	28	17	13	41	1.87
110022--110084	20	3.2	20	88	0	90	33	14	11	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114772--114949	48	3.8	48	83	3	225	35	16	26	20	1.94
115061--116074	111	8.5	112	76	11	726	21	18	29	30	1.97
115081--116074	28	33.5	29	80	9	704	21	18	29	30	1.97
115421--115934	32	16.6	31	83	5	148	20	18	28	31	1.97
115420--116056	96	6.9	94	79	9	585	20	19	29	30	1.97

Tables:   1

The End!