genome.fa.s2714.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold2714
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  41377

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 59 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8481--8642	50	3.2	50	76	2	137	34	12	25	27	1.92
8625--8701	27	2.8	26	88	9	102	20	22	35	22	1.96
8684--8804	50	2.4	49	81	12	129	31	10	24	33	1.90
11194--11219	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
11173--11239	33	2.0	33	88	0	98	41	16	14	26	1.87
11259--11326	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
11281--11305	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
11262--11324	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
11499--11627	52	2.5	51	78	6	143	36	12	23	27	1.91
11611--11683	26	2.8	25	87	10	94	21	19	35	23	1.96
11668--11797	51	2.5	51	80	12	147	33	9	25	32	1.87
14163--14188	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
14142--14208	33	2.0	33	88	0	98	41	16	14	26	1.87
14228--14295	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
14250--14274	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
14231--14293	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
14467--14595	51	2.5	50	78	5	141	34	13	23	27	1.93
14578--14653	27	2.8	26	88	9	100	21	22	34	22	1.97
14637--14759	51	2.3	53	84	6	153	32	10	23	33	1.89
17132--17157	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
17111--17177	33	2.0	33	88	0	98	41	16	14	26	1.87
17197--17264	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17219--17243	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
17200--17262	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
17436--17565	51	2.5	52	82	1	163	34	14	23	26	1.94
17548--17623	27	2.8	26	88	9	100	21	22	34	22	1.97
17607--17729	51	2.3	53	84	6	153	32	10	23	33	1.89
20101--20126	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
20080--20146	33	2.0	33	88	0	98	41	16	14	26	1.87
20166--20233	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
20188--20212	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
20169--20231	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
20405--20534	51	2.5	52	82	1	163	34	14	23	26	1.94
20517--20592	27	2.8	26	88	9	100	21	22	34	22	1.97
20576--20698	51	2.3	53	84	6	153	32	10	23	33	1.89
23071--23096	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
23050--23116	33	2.0	33	88	0	98	41	16	14	26	1.87
23136--23202	18	3.9	18	79	20	90	37	14	11	35	1.84
23158--23182	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
23139--23200	31	2.0	32	96	3	117	35	16	12	35	1.87
23374--23503	51	2.5	52	78	1	145	35	13	23	27	1.93
23487--23561	27	2.8	26	88	10	98	21	21	34	22	1.97
23545--23667	51	2.3	53	84	6	153	32	10	23	33	1.89
26042--26067	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26106--26173	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
26128--26152	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26109--26171	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
26457--26550	27	3.6	27	86	12	117	21	21	34	23	1.97
26538--26670	51	2.5	51	83	8	169	32	9	24	33	1.88
29035--29060	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
29014--29080	33	2.0	33	88	0	98	41	16	14	26	1.87
29100--29167	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
29122--29146	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
29103--29165	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
29840--29923	26	3.2	26	65	17	64	22	20	29	27	1.98
29687--30505	226	3.6	228	89	3	1146	24	20	27	27	1.99
30395--30477	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
29687--30535	55	15.0	55	85	7	987	24	20	27	27	1.99
31539--31565	14	1.9	14	100	0	54	0	18	7	74	1.05

Tables:   1

The End!