Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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* * *
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*
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*
575 ATCAT-TGCAAAGATA-TTTC-AAATTTCACAATAAGAT-TTTAAAAATTAATTTTTTTTCTGAA
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* *
636 TA-TCAAATTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAAAATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAG
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*
700 AAAATTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAAC-CAGGAAAATGAATGAATCTTT
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* *
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**
1370 TCAT-TTCAAA-ATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATA-TTAAAAATTAA-TTTTTTCTGAATA
582 TCATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAATA
* *
1431 CTCATCTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCAC-TTTTCTTTCACATGCATGTGCAAGAAA
647 TTCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAGAAA
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1558 AACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTAT
777 AACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTAT
1589 TTGA-ATAATTTTTAAAATTTTAAAACCCATG-AAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAA
1 TTGATA-AATTTTTAAAATTTT-AAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAA
*
1652 A-TTCGTAATTTAAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTAAAAAACCAAATGGAATT
64 ACTTCGTAATTTAAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATT
*
1716 TATCAAAACTGATTTGAT-GGAATT-AATGATAATATTTGAAT-ATTTTGATGTTTGTGAAACAA
129 TATCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATG-TT-TGAAACTA
*
1778 AAAATATTTTGTCGAAAATGTTACGAGCAAAGAATTTTCATTCAGA-TGATGCAAAATGGATTCA
192 AAAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAA-TTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCA
1842 AAATCAACATATTGGATGAAATATTAACTTCT-AATTAAAGAAAATAAATTTATACAA-TTATGA
256 AAATC-ACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGA
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**
2157 TATCATTTTGCAAAGATAGTTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTT-AAAATTAA-TTTTTTCTG
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* * *
2220 AATA--CATCTTTTTTATTTGA-AGTTGGCCCTAGATTGTAACTTTTTCTTTCCCATGCATGTGC
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*
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*
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131 TCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAA
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* *
3020 CAACTTTTTTATCTGAG-TTGGCCCTAAATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAG-AAAT
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* *
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390 TAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTT
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585 TCCGCAAAGATAG-TTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAATA-T
* *
3812 TCATCTTTTTTATTTGAGA-TGGCCCTAGATTGTAC-TTTTCTTTCACATGCA--TGCAAGAAAA
648 TCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAGAAAA
*
3873 TTTGAAAACGGGAAAA-TTTAAGGAAAAAAAAAAAAAACTCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAA
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1 TTGATAAATTTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAAC
*
4027 TTCGTAATTTGAAACGAGAGGAATTCCAAAAG-AAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTA
66 TTCGTAATTTAAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTA
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196 TATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATC
*
4221 ACATATTGGATGAAATTTTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAA-TTATGATAAA-T
261 ACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATT
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*
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*
4822 TTCGTAATTGAAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTC-AAAACCAAATGGAATTTA
66 TTCGTAATTTAAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTA
*
4886 --AAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAAGTTTGATGTTTGAAACTAAAAA
131 TCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAA
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260 CACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAAT
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390 TAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTT
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**
5327 TTTGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAA-TTTTTTCTGAATATTC
585 TCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAATATTC
*
5391 ATCTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATT
650 AACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATT
* *
5456 TGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAATTCAGGAAAATGAATGAATCTTTGAAAAC
715 TGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAACTCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAAC
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780 TGATTTAATATGAATTAAATAATAGTAT
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1 TTGATAAATTTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAAC
* *
5613 TTCGTAATTGAGAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTA
66 TTCGTAATTTAAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTA
*
5678 TGAAAACTGATTTGAT-GGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAA
131 TCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAA
*
5742 TTTTTTGTCGAAAA-TTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATC
196 TATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATC
5806 ACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATT
261 ACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATT
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326 AAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGAT
*
5936 AAAA-TCACCAATTGACACCTTTTGGGAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTA
391 AAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTA
6000 ATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAA
456 ATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAA
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521 TTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAATTTGACCGTGATATCAT
6128 CCGCAAAGATAGTTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAA-TTTTTTCTGAATA-TC
586 CCGCAAAGATAG-TTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAATATTC
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650 AACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATT
*
6254 TGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAATA-AAAAAACTCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAAC
715 TGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAACTCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAAC
6318 TGATTTAATATGAATTAAATAATAGTAT
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* *
6411 TTCGTAAGTTGAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAA-CAAATGGAATTTA
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*
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*
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*
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*
7328 ATAT-TTTTGTCG-AAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAA
193 AAATATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAA
7391 ATCACATA-TGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAG-AAA-AAATTTA-ACAATTT-TGAT-A
258 ATCACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAA
7450 ATTAAACGAAAATAAAATT-AAAAAATATGGTATTCAT-ATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATT
323 ATTAAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATT
*
7513 GA-AAAATTCACCAATTGACATCTTTTGGTAGAAAATGCT-ATAGATATTTTCTTTTG-ATATTC
388 GATAAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTC
7575 TTAATTTTTCA-GGCATGTA-TAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGT
453 TTAATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGT
*
7638 CAATTTATCGAG-TTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAATTTGACGGTGATAT
518 CAATTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAATTTGACCGTGATAT
7702 CATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCAC-ATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAATAT
583 CATCCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAATAT
7766 TCAAC-TTTTTATTTGAGATTGG-CCTAGATTGCACTTTTTCTTTCA-ATGCATGTGCAAGAAAA
648 TCAACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAGAAAA
7828 TTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAA-TCA-GAAAATGAATGAATCTTTGAAA
713 TTTGAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAACTCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAA
7891 ACTGATTTAATATGAA-T-AAT-ATAGTAT
778 ACTGATTTAATATGAATTAAATAATAGTAT
7918 TTGATAAATTTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAAC
1 TTGATAAATTTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAAC
* *
7983 TTCGT-ATTTGAAACGAGAGGAATTCCAAAAG-AAATCATTAACTAAAAAACCAAAT-GAATTTA
66 TTCGTAATTTAAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTA
8045 TCAAAACTGATTTGATGGGAATT-AATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAA
131 TCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAA
8109 TATTTTGTCGAAAATT
196 TATTTTGTCGAAAATT
Statistics
Matches: 7039, Mismatches: 86, Indels: 424
0.93 0.01 0.06
Matches are distributed among these distances:
777 4 0.00
778 36 0.01
779 31 0.00
780 55 0.01
781 43 0.01
782 71 0.01
783 94 0.01
784 153 0.02
785 97 0.01
786 121 0.02
787 147 0.02
788 221 0.03
789 252 0.04
790 647 0.09
791 913 0.13
792 860 0.12
793 1036 0.15
794 734 0.10
795 666 0.09
796 307 0.04
797 245 0.03
798 176 0.03
799 41 0.01
800 41 0.01
801 48 0.01
ACGTcount: A:0.43, C:0.11, G:0.13, T:0.33
Consensus pattern (807 bp):
TTGATAAATTTTTAAAATTTTAAACCCATGAAAATCCTCATGAAAAAAATTACTAGAAAGAAAAC
TTCGTAATTTAAAACGAGAGGAATTCCAAAAGAAAATCATTAACTCAAAAACCAAATGGAATTTA
TCAAAACTGATTTGATGGGAATTAAATGATAATATTTGAATAATTTTGATGTTTGAAACTAAAAA
TATTTTGTCGAAAATTTTACGAGCAAAGAATTTCATTCAGAGTGATGCAAAATGGATTCAAAATC
ACATATTGGATGAAATATTAACTTCTAAATTAAAGAAAATAAATTTATACAATTTATGATAAATT
AAACGAAAATAAAATTAAAAAAATATGGTATTCATCATATCGTGAAAAATTCAAAATTAATTGAT
AAAATTCACCAATTGACACCTTTTGGTAGAAAATGCTAATAGATATTTTCTTTTGAATATTCTTA
ATTTTTCAGGGCATGTATTAGCATAAAAACCTCATAGGTGTTAGTAAGAAAAATATGACGGTCAA
TTTATCGAGTTTTTCAGAAAAATCTCAAAACATTCTTAAAAATGAAAATTTGACCGTGATATCAT
CCGCAAAGATAGTTTCAAAATTTCACAATAAGATATTTAAAAATTAATTTTTTTCTGAATATTCA
ACTTTTTTATTTGAGATTGGCCCTAGATTGCACTTTTTCTTTCACATGCATGTGCAAGAAAATTT
GAAAACGGGAAAATTTTAAGGAAAAAAATAAAAAACTCATGAAAATGAATGAATCTTTGAAAACT
GATTTAATATGAATTAAATAATAGTAT
Done.