genome.fa.s293.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold293
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1704560

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149810--150017	30	6.8	30	85	6	256	30	15	31	22	1.95
149783--150017	92	2.5	92	85	4	321	31	15	30	22	1.95
151290--151320	13	2.4	13	94	0	53	0	0	16	83	0.64
151290--151320	15	2.1	14	94	5	53	0	0	16	83	0.64
157663--157691	12	2.4	12	100	0	58	34	44	13	6	1.71
160360--160404	21	2.1	21	83	4	54	53	0	0	46	1.00
171020--171067	17	2.7	19	78	15	57	54	8	25	12	1.65
171686--171723	19	2.0	19	89	0	58	50	0	2	47	1.15
171693--171748	19	2.8	21	84	7	64	50	0	0	50	1.00
171697--171759	20	3.1	19	79	11	54	52	0	0	47	1.00
171794--171837	15	2.8	16	82	10	54	70	2	0	27	0.99
171796--171829	14	2.3	15	90	5	52	70	0	0	29	0.87
171784--171830	15	3.1	15	81	0	58	70	0	0	29	0.88
172471--172592	16	7.3	16	72	14	86	41	0	2	55	1.13
172545--172616	15	4.7	15	75	10	56	45	0	1	52	1.09
172505--172586	37	2.2	38	84	2	112	45	0	2	52	1.14
172471--172606	31	4.1	31	70	18	78	42	0	2	55	1.12
172526--172604	37	2.1	37	81	9	90	45	0	0	54	0.99
173475--173520	2	23.0	2	81	0	56	52	2	0	45	1.13
173475--173520	18	2.6	18	89	0	65	52	2	0	45	1.13
174990--175049	30	2.0	30	86	0	84	30	11	10	48	1.72
177271--177304	2	16.5	2	93	6	59	50	0	2	47	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180920--180945	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
180902--180965	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
183170--183214	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
185018--185048	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
187119--187157	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
187280--187322	20	2.2	19	84	16	52	30	20	4	44	1.72
189700--189725	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
189682--189745	32	2.0	33	87	3	94	40	17	14	28	1.88
191838--191878	20	2.0	20	95	0	73	51	4	17	26	1.65
193293--195052	28	61.4	28	83	9	978	24	16	31	27	1.97
193432--194088	96	7.3	93	84	7	563	20	19	30	29	1.97
193293--194269	200	4.8	201	83	9	1066	21	18	30	29	1.97
194270--195024	27	27.0	27	85	6	830	29	14	32	24	1.94
194270--195024	55	13.5	54	84	6	866	29	14	32	24	1.94
194459--194534	37	2.1	37	92	0	125	22	15	38	23	1.93
196066--196095	11	2.7	11	94	0	51	0	3	6	90	0.56
196376--196421	23	2.0	24	82	4	58	6	13	10	69	1.35
203572--203626	23	2.4	23	78	6	58	34	7	10	47	1.66
205843--205889	23	2.0	24	83	4	60	48	2	6	42	1.40
210393--210430	19	1.9	21	89	10	62	39	0	5	55	1.23
210541--210600	26	2.4	25	82	2	66	26	3	15	55	1.56
210631--210744	31	3.6	31	73	8	88	40	3	6	50	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
213549--213620	24	2.9	24	85	6	81	23	8	22	45	1.79
218058--218151	27	3.6	27	87	4	131	23	8	22	45	1.79
222844--222899	21	2.6	22	82	5	78	39	23	1	35	1.65
228276--228307	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
229341--229375	15	2.4	15	90	4	54	31	5	0	62	1.18
229497--229546	25	2.0	25	88	0	73	54	24	6	16	1.64
230391--230477	2	44.0	2	85	11	99	48	5	1	44	1.34
233706--233730	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
233855--233902	22	2.1	23	85	11	64	68	2	2	27	1.11
235156--235361	50	4.1	50	92	3	328	29	19	18	31	1.96
240404--240497	36	2.6	36	98	0	179	11	18	42	27	1.85
240675--240713	20	2.0	19	85	5	51	23	12	41	23	1.88
241046--241141	15	6.5	15	85	4	126	48	8	21	20	1.75
241058--241133	5	15.2	5	90	0	98	52	6	19	21	1.68
241046--241141	10	9.8	10	82	3	106	48	8	21	20	1.75
241160--241236	22	3.5	22	70	22	81	44	9	20	25	1.81
241163--241300	43	3.3	43	89	7	214	47	9	18	24	1.77
241225--241309	38	2.3	38	93	4	147	48	10	17	23	1.78
242531--242786	50	5.1	50	91	0	406	30	20	18	30	1.97
242528--242786	100	2.6	100	94	1	448	29	20	18	30	1.97
251309--251343	17	2.1	17	100	0	70	57	20	11	11	1.64
251628--251688	30	2.0	30	83	0	77	49	8	9	32	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251710--251749	16	2.5	16	87	0	53	52	0	5	42	1.23
252692--252747	17	3.4	17	83	13	64	51	0	3	44	1.18
252718--252757	17	2.4	17	86	0	53	52	2	5	40	1.37
253157--253195	14	2.8	14	84	0	51	43	0	2	53	1.14
254034--254089	16	3.7	15	73	20	53	55	0	0	44	0.99
254048--254144	16	5.8	16	70	13	61	56	1	0	42	1.06
254034--254097	31	2.1	31	82	5	76	56	0	0	43	0.99
254024--254095	15	4.7	15	75	3	54	52	1	0	45	1.09
254562--254606	23	2.0	23	82	8	56	40	6	0	53	1.27
256299--256403	27	4.0	27	76	14	112	47	21	7	22	1.76
257807--257903	19	5.8	18	72	27	97	32	12	17	37	1.87
257809--257909	32	3.2	32	98	0	193	33	11	17	36	1.87
257828--257884	13	3.9	13	76	24	60	35	14	17	33	1.90
257935--258001	34	2.0	33	88	2	98	25	14	13	46	1.82
260348--260446	51	1.9	51	90	8	157	31	20	10	38	1.86
260447--260523	27	2.8	27	88	5	102	24	33	18	23	1.96
260476--260655	80	2.3	80	88	4	258	25	30	16	28	1.97
260587--260756	52	3.3	51	83	2	214	28	28	12	30	1.93
260349--260946	291	2.1	285	87	3	840	26	27	14	31	1.95
260771--260974	79	2.6	77	79	6	185	23	28	18	30	1.97
262009--262085	20	3.7	20	78	10	82	32	19	11	36	1.88
275354--275413	12	5.7	10	79	15	59	81	6	3	8	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
275370--275411	13	3.4	12	84	12	50	83	7	4	4	0.91
276631--277644	29	34.6	29	85	6	1206	28	32	17	21	1.96
276631--277644	57	17.3	57	84	6	1219	28	32	17	21	1.96
276634--277644	264	3.8	259	87	5	1399	28	32	17	21	1.96
278225--278341	20	5.7	20	82	9	137	32	20	10	36	1.86
281428--281483	16	3.7	15	73	20	53	55	0	0	44	0.99
281442--281538	16	5.8	16	70	13	61	56	1	0	42	1.06
281428--281491	31	2.1	31	82	5	76	56	0	0	43	0.99
281418--281489	15	4.7	15	75	3	54	52	1	0	45	1.09
281895--281928	2	17.0	2	87	0	50	50	2	2	44	1.32
281943--282029	23	3.8	23	72	8	63	51	4	0	43	1.22
285700--285749	14	3.6	14	75	20	59	50	6	6	38	1.52
285695--285747	28	1.9	28	92	3	90	50	5	5	37	1.50
285822--285880	14	4.3	14	68	20	52	55	1	6	35	1.36
286099--286145	22	2.2	22	84	3	60	42	12	10	34	1.78
286099--286155	21	2.6	21	76	13	53	42	14	10	33	1.79
287494--287533	22	1.9	20	90	10	62	50	7	0	42	1.30
287511--287550	16	2.6	15	88	11	55	55	5	0	40	1.22
287524--287556	16	2.1	16	88	5	50	63	3	0	33	1.10
287493--287568	37	2.1	36	82	7	91	55	5	0	39	1.23
288016--288049	13	2.5	13	90	4	50	29	0	0	70	0.87
290514--290545	12	2.7	12	100	0	64	34	34	18	12	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293825--293869	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
296218--296256	19	2.0	20	85	5	53	61	2	2	33	1.23
296840--296976	73	1.9	73	84	3	186	50	8	13	27	1.71
297146--297179	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
301987--302043	15	3.4	17	75	20	66	43	0	0	56	0.99
301993--302043	16	3.3	15	70	20	50	43	0	0	56	0.99
301983--302091	32	3.4	30	81	13	103	37	0	0	62	0.96
306398--306660	79	3.3	79	75	1	249	26	26	15	31	1.95
314401--314438	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
320948--320980	15	2.3	15	90	10	52	72	3	0	24	0.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12