genome.fa.s297.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold297
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  150802

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10522--10562	21	2.0	22	90	9	68	41	17	21	19	1.90
11439--11603	52	3.2	50	81	6	179	42	15	16	26	1.87
11661--11714	20	2.6	21	91	2	83	31	18	11	38	1.86
14593--14980	156	2.5	156	83	5	466	40	18	11	29	1.86
16580--16626	19	2.5	18	83	10	58	63	4	0	31	1.13
21814--21861	24	2.1	24	88	7	73	41	0	0	58	0.98
22490--22535	20	2.3	20	85	3	58	34	4	0	60	1.16
23403--23442	19	2.1	19	90	0	62	47	0	0	52	1.00
24281--24323	22	2.0	21	82	13	52	46	6	0	46	1.30
24720--24819	20	4.8	20	71	20	64	58	0	2	40	1.10
25100--25124	12	2.1	12	100	0	50	32	0	0	68	0.90
25858--25967	30	3.8	28	75	11	105	57	1	0	40	1.16
25900--25985	8	10.4	8	69	15	50	56	2	0	40	1.12
25905--25957	16	3.4	16	79	5	65	58	3	0	37	1.16
26502--26564	32	2.0	32	81	12	76	39	1	0	58	1.07
28697--28722	13	2.0	13	100	0	52	46	15	7	30	1.74
30659--30693	17	2.1	17	94	0	61	31	5	11	51	1.61
30663--30705	17	2.4	18	84	7	61	37	2	6	53	1.41
33472--33505	17	2.0	17	88	0	50	52	2	11	32	1.53
34700--34839	71	2.0	70	92	1	235	37	5	32	25	1.79
35911--36268	50	7.2	50	78	4	287	25	21	20	32	1.98
35911--36268	100	3.6	100	79	3	357	25	21	20	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36585--36611	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
36697--36727	13	2.4	13	94	0	53	35	16	12	35	1.87
36681--36747	33	2.0	32	88	11	100	35	13	17	32	1.89
46374--46571	50	3.9	51	77	5	170	26	19	18	35	1.95
46647--46769	53	2.3	53	80	0	138	34	22	13	30	1.92
46764--46898	53	2.5	54	79	7	141	27	15	22	34	1.95
47826--47887	13	4.8	13	78	13	74	30	12	16	40	1.86
47826--47887	26	2.4	26	100	0	124	30	12	16	40	1.86
49488--49512	12	2.1	12	100	0	50	44	0	32	24	1.54
54109--54147	20	1.9	21	84	5	53	33	23	2	41	1.68
55667--55712	19	2.5	18	86	6	65	34	2	15	47	1.57
55904--55947	21	2.1	21	95	0	79	40	0	29	29	1.57
61126--61215	13	6.0	13	69	26	54	34	17	13	34	1.89
61140--61234	19	5.6	19	72	27	106	35	18	11	33	1.87
61127--61234	32	3.4	32	96	0	198	35	18	12	33	1.89
64655--64680	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65704--65729	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
65931--65959	8	3.6	8	100	0	58	62	27	0	10	1.28
67816--67846	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
71465--71490	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
72332--72643	154	2.0	155	81	3	369	25	13	19	41	1.88
75686--75711	13	2.0	13	100	0	52	46	15	0	38	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76095--76187	36	2.8	33	78	16	111	30	12	25	31	1.93
77298--77353	21	2.7	21	94	0	94	42	3	32	21	1.70
77777--77834	21	2.7	21	79	10	64	51	1	24	22	1.57
79114--79170	13	4.4	13	86	0	78	40	8	14	36	1.76
79114--79173	26	2.3	26	100	0	120	38	8	15	38	1.77
80939--80963	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
81469--81551	32	2.4	36	82	9	104	28	14	25	31	1.95
83883--83934	8	6.8	8	80	6	63	86	9	0	3	0.69
83883--83933	7	6.9	7	77	18	50	86	9	0	3	0.70
83883--83934	15	3.4	16	81	5	63	86	9	0	3	0.69
83883--83935	23	2.3	23	90	6	81	84	9	0	5	0.76
86269--86419	65	2.3	65	81	8	173	23	23	11	41	1.88
86440--87126	66	10.6	65	72	10	361	16	20	16	46	1.84
86447--87126	131	5.2	130	72	10	383	16	20	16	46	1.84
87143--87324	66	2.8	66	77	9	165	18	24	13	44	1.85
87631--87998	66	5.6	65	73	3	222	14	21	17	45	1.84
88301--88452	65	2.3	66	78	6	157	13	19	19	47	1.82
88724--89178	66	7.0	66	72	10	265	16	22	15	44	1.86
89358--89494	66	2.1	67	81	1	159	14	18	16	50	1.78
89390--89571	65	2.8	65	80	1	157	17	19	15	47	1.83
89443--89605	66	2.5	65	78	3	157	17	22	16	43	1.88
89944--90388	66	6.7	65	76	6	322	16	24	15	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90084--90384	134	2.3	131	79	6	302	16	25	14	42	1.87
89944--90394	200	2.3	198	76	6	444	16	24	15	43	1.87
91169--91328	65	2.4	65	76	3	160	12	20	20	46	1.82
91421--92136	65	10.9	65	70	12	240	17	22	15	44	1.86
92166--92606	66	6.7	66	75	7	308	14	18	17	49	1.79
92093--92606	132	3.9	132	71	8	361	15	18	16	49	1.81
92836--93010	63	2.7	64	71	13	144	20	22	14	43	1.87
93953--93992	18	2.3	18	86	4	55	52	0	2	45	1.14
98355--98805	143	3.1	144	86	3	573	36	13	23	25	1.92
98339--98805	74	6.4	74	80	4	502	36	13	23	25	1.92
104521--104788	79	3.4	79	80	6	276	33	15	25	25	1.95
104565--104903	79	4.3	77	79	4	241	33	15	24	27	1.95
104531--104903	158	2.4	158	78	3	394	32	14	24	27	1.95
106758--106805	22	2.2	22	92	3	80	14	8	18	58	1.61
115251--115375	52	2.4	52	95	0	223	28	18	17	35	1.94
115452--115504	20	2.7	20	91	2	90	39	16	11	32	1.85
116300--116479	67	2.7	66	92	1	288	37	12	24	25	1.90
116469--117211	43	15.9	52	76	15	335	32	18	24	24	1.97
116545--116610	22	3.0	22	62	33	52	30	19	22	27	1.98
116536--116603	21	3.2	21	65	19	59	30	17	25	26	1.97
116482--117215	92	7.9	92	93	1	1211	32	18	24	25	1.97
117222--117414	32	5.9	33	91	3	311	17	18	34	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117220--117414	65	3.0	64	91	4	313	16	18	34	30	1.94
117430--118174	31	22.6	32	71	12	316	31	13	35	20	1.91
117425--118215	100	8.0	96	76	10	554	32	13	34	19	1.90
117417--118170	131	5.7	130	78	9	667	32	12	35	19	1.90
117425--118209	64	11.9	65	75	12	477	32	13	34	20	1.91
117425--118215	230	3.4	230	86	4	1028	32	13	34	19	1.90
118188--118687	29	16.8	29	72	11	217	26	15	29	28	1.96
118218--118623	30	13.7	28	76	11	221	25	16	29	28	1.97
118218--118687	57	7.9	57	73	12	311	26	15	29	28	1.96
118218--118623	114	3.4	114	75	11	438	25	16	29	28	1.97
118372--118450	35	2.3	35	86	2	115	35	11	30	22	1.90
118113--118652	242	2.2	241	94	1	920	28	15	30	26	1.96
120142--120189	1	48.0	1	78	0	51	0	6	4	89	0.58
120133--120170	15	2.5	15	91	4	58	0	2	13	84	0.73
120133--120165	15	2.1	16	94	5	59	0	0	15	84	0.61
120123--120186	21	3.0	22	82	13	71	0	6	10	82	0.82
120144--120189	24	2.0	24	86	4	67	0	6	4	89	0.60
122229--122259	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
124063--124107	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
127381--127413	9	3.8	9	96	4	59	81	6	0	12	0.85
127380--127420	9	4.8	8	91	8	55	82	4	2	9	0.89
127906--127980	20	3.8	20	78	0	96	33	13	12	41	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135544--135595	2	26.0	2	88	0	77	48	3	0	48	1.20
135544--135595	16	3.2	16	94	0	86	48	3	0	48	1.20
136115--136192	2	40.0	2	92	5	133	0	51	1	47	1.09
136192--136222	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
136928--136969	21	2.0	21	86	9	59	54	2	2	40	1.26
136924--136983	22	2.7	21	74	7	57	56	3	1	38	1.26
137069--137103	14	2.6	13	91	8	61	71	0	0	28	0.86
137091--137204	31	3.8	29	71	16	88	50	1	2	44	1.26
138244--138328	32	2.7	32	77	3	100	48	7	5	38	1.55
138440--138479	21	1.9	21	85	10	55	40	0	2	57	1.12

Tables:   1   2