genome.fa.s304.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold304
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  184049

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
229--330	50	2.0	50	92	0	168	24	18	17	39	1.92
236--363	50	2.6	50	84	2	141	27	19	14	39	1.90
2696--2884	80	2.4	81	86	8	264	26	26	14	31	1.95
2817--2936	51	2.3	51	84	1	141	28	30	14	27	1.95
2869--3039	79	2.2	79	81	4	193	26	25	15	31	1.96
4379--4404	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
4359--4422	32	2.0	33	87	3	94	29	14	14	42	1.84
5124--5167	21	2.1	21	83	8	54	25	31	2	40	1.68
6966--7004	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
9496--9570	27	2.7	27	87	2	96	21	21	34	22	1.97
9559--9677	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
12046--12071	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
12025--12091	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
12111--12210	19	5.9	18	73	26	103	37	15	12	36	1.84
12133--12189	13	3.9	13	76	24	60	33	15	14	36	1.88
12114--12208	32	3.0	32	98	0	181	35	15	12	35	1.86
12703--13634	55	16.5	55	86	6	1128	24	19	27	28	1.99
12734--13662	452	2.0	454	89	3	1395	24	19	27	28	1.99
18035--18059	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
18015--18084	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
18124--18148	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18157--18281	52	2.4	52	94	0	214	36	17	17	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23387--23587	79	2.6	78	82	4	226	28	17	28	24	1.97
23539--23614	27	2.8	28	89	2	109	19	21	35	23	1.96
23602--23720	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
26090--26115	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26069--26135	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
26155--26222	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
26177--26201	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
26158--26220	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
27175--27205	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
30706--30731	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
30686--30749	32	2.0	33	90	3	103	28	14	15	42	1.86
34636--34764	52	2.5	52	93	0	231	28	18	18	34	1.95
34836--34893	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
34850--34914	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
34837--34912	32	2.4	32	95	0	134	35	17	14	32	1.90
35520--35705	56	3.4	55	77	6	200	34	12	27	25	1.92
35567--36234	49	13.6	49	79	10	609	31	17	26	24	1.97
35567--36235	150	4.6	144	78	9	608	31	17	26	24	1.97
35732--36234	199	2.6	196	86	6	673	31	18	26	24	1.97
36239--36324	32	2.6	33	83	1	111	36	12	31	19	1.90
36301--36620	57	5.6	56	88	2	433	22	15	30	31	1.94
36309--36588	27	9.9	27	82	10	310	19	15	31	33	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
36300--36620	114	2.8	114	89	2	482	22	14	31	31	1.94
47712--47826	24	4.8	24	80	16	123	83	13	2	0	0.75
47713--47835	14	9.2	13	77	19	96	83	13	2	0	0.74
47711--47836	48	2.7	44	85	12	146	81	15	3	0	0.81
47713--47823	1	111.0	1	70	0	69	84	12	2	0	0.72
49269--49721	58	7.8	58	94	0	771	32	33	15	19	1.93
49712--49869	34	4.6	34	90	2	201	20	33	13	32	1.91
49881--50187	160	1.9	161	87	4	451	25	25	16	32	1.96
50969--51030	19	3.6	19	75	24	82	32	11	19	37	1.87
50970--51030	32	1.9	32	100	0	122	32	11	19	36	1.88
50989--51013	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
51076--51100	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
56419--56859	79	5.5	80	78	4	401	29	22	14	34	1.93
56419--56859	159	2.8	159	81	6	491	29	22	14	34	1.93
63195--63222	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
70811--70850	15	2.7	15	88	3	55	82	15	2	0	0.77
72106--72378	31	8.9	31	86	5	353	23	28	14	33	1.94
72106--72345	92	2.6	92	88	4	374	24	28	15	32	1.95
72109--72378	123	2.2	121	89	5	411	23	28	14	33	1.94
72330--72753	34	13.9	28	75	16	214	20	32	12	34	1.90
72347--72676	61	5.3	61	76	14	309	20	31	11	35	1.89
72376--72784	34	12.7	34	78	13	327	20	32	12	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
72347--72726	122	3.0	124	80	10	391	20	31	11	36	1.89
72758--72858	29	3.5	29	77	9	109	33	31	15	18	1.93
72755--72868	29	3.9	29	80	10	99	31	30	17	20	1.95
72928--73006	39	2.0	39	87	0	113	27	21	21	29	1.99
73394--73419	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
75458--75502	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
77306--77336	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
79414--79452	13	3.0	13	100	0	78	30	15	15	38	1.88
82008--82033	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
82837--83383	49	11.6	49	75	9	404	25	26	17	31	1.97
82883--83031	39	3.6	39	73	15	136	26	30	19	24	1.98
82790--83287	98	5.4	88	84	4	512	25	26	18	29	1.98
82790--83189	175	2.2	179	86	4	547	26	27	18	27	1.98
86500--86531	6	5.3	6	100	0	64	0	18	0	81	0.70
88544--88614	36	2.0	35	88	2	106	45	1	5	47	1.35
95970--96024	28	2.0	28	100	0	110	18	10	21	49	1.78
98598--98643	21	2.1	22	84	4	58	34	19	26	19	1.96
100583--100651	24	2.8	24	77	4	66	23	5	26	44	1.75
109636--109663	12	2.3	12	100	0	56	39	0	17	42	1.50
111733--111849	20	5.7	19	76	11	108	35	13	17	32	1.89
119936--120055	52	2.3	52	97	0	222	29	17	18	35	1.94
119936--120075	52	2.7	51	90	4	210	30	17	18	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
120064--120088	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
120129--120195	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
120151--120175	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
120233--120274	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
120999--121145	31	4.5	33	84	10	160	39	10	19	29	1.86
120999--121145	65	2.2	67	82	9	178	39	10	19	29	1.86
122085--122128	22	2.0	22	86	8	63	36	2	11	50	1.51
123273--123316	22	2.0	23	86	4	63	40	20	6	31	1.79
123266--123386	53	2.3	53	76	8	120	38	23	13	23	1.90
123382--123413	16	2.0	16	100	0	64	43	25	12	18	1.85
123388--123443	16	3.4	17	82	7	71	46	19	14	19	1.84
127652--127756	53	2.0	53	94	0	183	34	22	14	28	1.93
128304--128352	25	2.0	25	100	0	98	30	20	16	32	1.94
128486--128522	18	2.1	18	89	0	56	13	0	2	83	0.74
129972--130024	2	26.5	2	100	0	106	50	0	0	49	1.00
130101--130171	16	4.6	15	73	22	58	53	2	0	43	1.15
130113--130174	32	1.9	33	90	3	99	53	1	0	45	1.10
130101--130171	14	4.6	16	73	26	55	53	2	0	43	1.15
130110--130171	17	3.8	17	73	25	62	53	3	0	43	1.17
130142--130210	30	2.4	29	79	13	74	56	2	1	39	1.23
130639--130674	5	7.2	5	100	0	72	41	0	0	58	0.98
131422--131459	20	1.9	20	88	0	58	50	10	5	34	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
132269--132306	18	2.1	19	90	5	60	28	5	23	42	1.76
139571--140039	155	3.1	152	74	11	402	39	18	17	23	1.91
143631--144006	79	4.8	79	78	4	350	34	13	23	28	1.93
143623--144006	158	2.4	157	81	5	420	33	13	23	28	1.93
147792--147817	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
147772--147835	33	2.0	32	87	3	92	26	15	20	37	1.92
147906--147930	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
148524--148554	16	1.9	16	93	0	53	41	12	9	35	1.76
150398--150422	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
156576--156601	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88

Tables:   1   2