genome.fa.s309.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold309
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  161035

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1047--1090	19	2.2	20	88	4	63	18	11	4	65	1.40
9741--9776	17	2.2	16	95	5	63	19	0	0	80	0.71
11515--12039	42	12.5	42	72	11	215	44	17	22	16	1.87
11637--11758	41	3.0	40	81	6	127	38	19	26	15	1.92
11516--12050	126	4.3	125	73	10	338	43	16	22	16	1.87
12202--12394	47	4.0	47	78	11	183	43	13	20	22	1.87
14633--14688	20	2.8	20	83	0	76	39	12	12	35	1.81
14721--14774	19	2.8	20	80	8	67	35	14	14	35	1.88
14739--14836	33	3.0	33	91	4	146	39	13	14	32	1.84
17146--17185	21	2.0	21	90	5	64	47	0	20	32	1.50
17313--17352	13	3.1	13	85	0	53	37	10	17	35	1.83
22845--22871	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
29486--29562	24	3.2	24	66	23	72	57	18	1	23	1.48
29489--29563	23	3.2	23	66	23	66	57	17	1	24	1.48
29487--29587	47	2.1	47	100	0	202	56	18	1	22	1.52
29511--29585	23	3.2	23	66	23	66	56	20	2	21	1.55
29871--29918	11	4.3	10	82	17	51	2	20	2	75	1.02
33518--33542	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
33498--33566	32	2.1	33	94	2	122	34	10	18	36	1.85
33603--33731	52	2.5	52	97	0	240	34	17	18	28	1.94
36712--36771	30	2.0	30	100	0	120	30	26	26	16	1.97
41267--41324	19	3.4	19	71	26	65	31	18	13	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
41259--41329	32	2.2	32	94	0	124	32	19	12	35	1.90
41286--41310	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
42094--42564	49	10.0	49	79	10	432	32	16	25	25	1.96
42141--42559	92	4.5	96	80	9	458	32	16	25	25	1.96
42440--42554	41	2.8	42	91	1	187	26	19	26	27	1.99
42478--42541	21	3.0	21	63	14	51	28	15	26	29	1.96
42581--42791	28	7.4	28	81	8	230	18	16	30	33	1.94
42627--42825	57	3.5	57	87	5	267	21	16	31	31	1.95
42607--42827	29	7.7	29	81	8	238	21	15	31	32	1.94
44275--44347	1	73.0	1	75	0	65	0	2	9	87	0.63
44272--44344	10	7.2	10	81	10	78	0	2	10	86	0.68
44263--44345	24	3.2	26	81	13	100	0	2	12	85	0.69
44263--44346	39	2.1	40	88	2	125	0	2	11	85	0.68
44263--44347	14	6.1	14	81	10	86	0	2	11	85	0.68
44263--44348	15	5.4	15	78	14	84	0	2	12	84	0.71
50029--50095	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
50552--50577	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
50616--50691	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
50636--50709	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
50616--50709	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
52513--52537	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
55660--55726	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56183--56208	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
56247--56322	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
56267--56340	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
56247--56340	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
65177--65247	32	2.2	32	94	0	124	36	18	11	33	1.86
65204--65228	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
65185--65247	19	3.6	19	72	24	66	36	17	11	34	1.85
67466--67502	10	3.9	9	86	13	56	8	16	0	75	1.02
68058--68504	167	2.7	165	85	4	558	52	8	10	29	1.64
68058--68534	168	2.9	167	82	5	561	52	9	9	28	1.65
68058--68581	167	3.1	168	79	8	543	52	9	9	28	1.66
70220--70600	153	2.5	152	83	4	446	39	20	15	24	1.91
71700--71740	20	2.0	20	86	9	57	68	4	0	26	1.10
72498--72571	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
72516--72591	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
72498--72591	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
72630--72655	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
74869--74913	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
78760--78839	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
78825--78863	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
81314--81387	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
81332--81407	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81314--81407	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
81446--81471	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
99479--99627	76	1.9	78	85	5	205	32	14	26	26	1.94
99594--99721	51	2.5	51	74	8	127	32	11	28	28	1.92
100568--101617	524	2.0	524	97	0	1974	28	21	22	26	1.99
103847--103975	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
103984--104008	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
104061--104144	19	4.7	19	78	16	99	38	16	11	33	1.86
104099--104123	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
104080--104142	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
105338--105363	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
111446--111525	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
111511--111575	13	5.0	13	94	0	112	30	18	15	35	1.92
111512--111575	26	2.5	26	100	0	128	31	18	15	34	1.93
111696--111742	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
111698--111740	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
114094--114119	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
120222--120299	20	3.7	20	74	15	75	26	15	15	42	1.87
120420--120466	21	2.3	21	79	20	55	34	19	4	42	1.70
120422--120464	20	2.2	19	84	16	52	32	18	4	44	1.71
122817--122842	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
123593--123892	102	3.0	102	85	5	377	33	17	26	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123717--123891	92	1.9	92	91	0	287	32	17	26	23	1.97
123601--123882	49	5.8	49	78	9	326	32	18	26	22	1.97
123909--124004	30	3.3	29	78	7	97	18	14	30	36	1.91
124025--124284	34	7.6	34	90	5	373	36	13	31	18	1.89
124251--124334	29	3.0	28	79	6	98	28	14	34	22	1.93
124266--124372	29	3.7	29	79	7	119	27	14	34	23	1.94
125367--125411	18	2.6	18	82	3	56	0	8	8	82	0.85
131222--131350	52	2.5	52	96	0	240	27	17	18	35	1.94
131436--131498	19	3.6	19	74	24	75	39	15	12	31	1.85
131428--131530	32	3.2	32	90	0	161	38	18	11	31	1.87
131817--132257	219	2.0	218	99	0	864	35	17	21	25	1.95
133352--133394	20	2.1	21	95	4	79	32	11	23	32	1.90
133439--133479	21	2.0	21	90	0	64	26	14	9	48	1.75
133495--133546	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
133503--133588	19	4.7	19	72	20	76	34	16	12	36	1.87
133495--133567	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
133534--133595	19	3.2	19	76	13	63	29	14	14	41	1.85
134212--134434	119	1.9	118	80	10	267	39	13	26	21	1.90
134417--134717	61	5.3	56	82	7	322	24	21	27	26	1.99
134417--135187	55	13.8	55	73	13	479	24	21	28	25	1.99
134739--135187	55	7.9	55	86	6	499	24	21	27	26	1.99
134736--135187	116	3.9	115	87	5	594	23	21	27	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135325--135366	21	2.0	21	95	0	75	30	19	9	40	1.83
135385--135455	32	2.2	32	89	0	106	36	16	8	38	1.80
140879--140906	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
140959--141015	19	3.3	18	72	27	61	33	17	12	36	1.87
140954--141015	32	1.9	32	96	0	115	33	17	11	37	1.86
140978--141002	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
140958--141044	19	4.7	19	68	25	53	33	16	11	39	1.84
141754--142243	49	10.3	49	80	8	459	32	16	25	25	1.96
141875--142243	92	4.0	92	83	8	459	32	16	24	26	1.96
141786--142193	141	2.9	145	81	9	437	32	17	25	25	1.96

Tables:   1   2