genome.fa.s340.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold340
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  358576

Tables:   1   2   3   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
370--433	1	64.0	1	95	0	101	95	0	1	3	0.32
374--430	30	1.9	30	100	0	114	94	0	1	3	0.35
367--433	34	2.0	34	100	0	134	91	0	2	5	0.52
373--431	31	1.9	31	100	0	118	94	0	1	3	0.34
372--432	32	1.9	32	100	0	122	95	0	1	3	0.33
371--435	33	2.0	33	100	0	130	92	0	1	6	0.45
438--494	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
550--617	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
571--595	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
552--614	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
657--682	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
637--703	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
3152--3224	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
3207--3377	51	3.3	51	79	4	198	29	25	11	33	1.91
3360--3441	28	2.9	28	80	7	87	25	31	15	26	1.96
5021--5060	18	2.2	18	90	0	62	30	7	5	57	1.48
5211--5243	13	2.6	13	85	4	50	48	15	0	36	1.45
10684--10720	15	2.5	15	90	0	56	48	16	21	13	1.80
12793--12830	13	2.9	14	84	15	62	34	21	15	28	1.94
12951--12996	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
15383--15408	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
15365--15428	32	2.0	33	87	3	94	40	15	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16658--16721	32	2.0	33	87	3	94	29	20	10	39	1.87
17629--17742	19	6.8	18	72	27	108	34	12	15	37	1.85
17667--17723	13	3.9	13	76	24	60	35	14	15	35	1.88
17629--17744	32	3.5	32	95	4	196	34	12	15	37	1.85
17764--17788	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
18188--18261	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
18206--18281	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
18188--18281	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
18320--18345	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
20564--20608	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
22411--22441	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
24519--24544	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
27091--27116	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
32541--32582	21	2.0	21	90	0	66	66	0	11	21	1.23
44509--44568	21	2.9	21	85	5	77	33	15	15	36	1.88
45970--46064	31	3.1	29	80	7	100	48	15	5	30	1.67
50896--51096	100	2.0	99	97	0	375	32	18	6	41	1.77
52899--52960	28	2.2	28	94	2	108	46	16	3	33	1.63
52960--53067	29	3.8	27	72	16	83	32	9	13	44	1.76
52962--53092	57	2.3	58	81	5	160	27	10	13	48	1.76
53961--53993	17	1.9	17	93	0	57	33	18	3	45	1.65
55835--55878	22	2.0	22	82	4	54	38	11	15	34	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58713--58859	76	1.9	76	90	2	233	27	20	32	19	1.97
59411--59449	18	2.2	18	95	0	69	28	0	0	71	0.86
60684--60739	11	4.8	12	77	16	55	25	1	3	69	1.14
60687--60736	17	3.0	16	80	11	57	22	2	4	72	1.12
60684--60739	23	2.5	22	80	8	67	25	1	3	69	1.14
60684--60739	6	9.7	6	79	11	55	25	1	3	69	1.14
61764--61868	52	2.0	52	88	0	156	30	15	12	41	1.84
62930--62954	13	1.9	13	100	0	50	24	0	8	68	1.16
63942--63972	15	2.1	15	93	0	53	48	3	0	48	1.17
64185--64221	18	2.1	17	90	5	56	37	5	0	56	1.22
72569--72937	31	11.8	31	74	8	239	23	20	13	42	1.88
72678--72857	61	2.9	62	75	9	170	26	20	12	41	1.88
72762--72943	97	1.9	96	85	3	249	26	22	13	37	1.91
75936--76356	172	2.4	172	83	6	514	29	27	10	32	1.90
76799--76825	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
76780--76844	32	2.0	33	90	3	105	29	15	13	41	1.86
76877--76941	33	2.0	33	85	11	89	33	13	15	36	1.87
83103--83138	13	2.8	13	95	0	63	33	19	13	33	1.91
85595--85667	20	3.8	19	83	7	76	38	19	12	30	1.88
91086--91158	20	3.8	18	75	13	56	42	16	10	30	1.82
91107--91158	20	2.7	20	82	8	63	46	13	11	28	1.78
110191--110228	16	2.5	15	87	8	58	13	0	5	81	0.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112660--112723	27	2.4	27	84	5	87	42	0	1	56	1.09
118224--118254	16	1.9	16	100	0	62	58	3	0	38	1.15
118754--118824	32	2.2	34	80	14	80	43	0	1	54	1.08
118758--118811	20	2.9	17	86	10	54	40	0	1	57	1.09
118839--118879	20	2.1	19	86	9	55	58	2	0	39	1.11
119045--119108	2	32.0	2	87	0	92	43	0	6	50	1.27
121546--121575	15	2.0	15	100	0	60	20	6	26	46	1.75
123703--123810	32	3.6	30	82	9	114	22	19	29	28	1.98
123722--123811	30	3.0	29	84	12	112	21	18	32	27	1.97
123760--124126	28	13.2	28	85	4	404	29	14	31	24	1.94
123760--124134	55	6.7	55	82	4	414	29	14	31	24	1.95
125536--125597	22	2.8	24	74	16	62	8	11	8	72	1.28
141924--142344	79	5.3	78	81	3	423	27	27	13	32	1.94
141924--142343	158	2.7	156	79	3	475	27	26	13	32	1.94
146307--146498	79	2.4	79	76	3	206	32	14	25	27	1.95
146467--146573	49	2.1	50	86	3	144	28	14	29	27	1.95
146625--146792	51	3.3	49	83	8	212	31	11	26	30	1.91
149182--149238	21	2.7	21	100	0	114	33	14	21	31	1.92
149742--149844	41	2.5	41	81	12	122	43	10	28	17	1.82
149741--150033	43	7.2	41	71	17	152	40	13	26	19	1.89
149847--150007	45	3.7	45	75	9	138	39	13	27	19	1.89
150003--150392	61	6.6	60	78	10	342	28	20	25	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150203--150389	55	3.3	55	83	9	239	24	19	27	28	1.99
150408--150824	55	7.4	55	85	6	457	22	19	29	28	1.98
150416--150824	109	3.6	109	82	8	439	22	19	29	28	1.98
164145--164319	79	2.2	79	82	6	212	33	13	24	29	1.93
164300--164417	51	2.3	52	86	1	157	30	15	26	27	1.96
164402--164472	28	2.5	28	90	0	106	25	16	30	26	1.97
164458--164629	51	3.4	50	78	7	193	33	12	23	30	1.92
166939--166963	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
169456--169536	40	2.0	40	100	0	162	53	2	7	37	1.43
169652--169705	18	3.1	17	78	21	58	35	0	1	62	1.06
171431--171928	152	3.2	150	75	10	459	40	16	16	26	1.89
174998--175025	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
175078--175128	19	2.7	19	96	0	93	39	17	11	31	1.86
175906--176301	49	7.9	49	84	3	459	32	18	25	22	1.97
175906--176301	101	3.9	100	88	3	530	32	18	25	22	1.97
175905--176309	199	2.0	198	86	4	555	33	18	25	22	1.97
176318--176871	28	19.4	28	85	5	684	18	17	32	31	1.94
176318--176876	58	9.8	58	88	4	721	18	17	32	31	1.94
176318--176879	115	4.9	114	89	4	733	18	17	32	31	1.94
178310--178413	1	104.0	1	72	0	82	0	0	13	86	0.57
178299--178413	41	2.9	40	85	13	159	0	0	14	85	0.60
178300--178413	19	5.8	19	83	14	135	0	0	14	85	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
192400--192464	19	3.7	19	71	23	70	38	15	13	32	1.87
192398--192460	32	2.0	32	96	0	117	36	14	14	34	1.86
192782--193197	152	2.7	153	79	8	430	42	17	15	25	1.88
196749--196789	17	2.4	17	88	12	57	34	9	12	43	1.75
196781--196823	17	2.6	16	78	7	50	37	9	18	34	1.83
197734--197787	19	2.8	19	85	2	63	35	11	20	33	1.88
200233--200269	13	2.8	13	87	0	56	35	10	16	37	1.83
205384--205411	14	2.0	14	100	0	56	35	14	21	28	1.92
206106--206153	10	4.6	10	76	19	53	81	0	18	0	0.70
206105--206154	12	4.3	12	76	16	52	82	0	18	0	0.68

Tables:   1   2   3