genome.fa.s343.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold343
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  198635

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22--102	27	3.0	26	68	13	65	35	8	3	51	1.50
158--196	14	2.7	14	88	4	51	30	15	15	38	1.88
1640--1710	36	2.0	36	86	5	101	39	14	14	32	1.85
1741--1894	34	4.5	34	76	11	118	38	16	18	25	1.92
15387--15447	9	7.1	9	76	10	56	13	40	1	44	1.53
15359--15477	42	2.8	42	88	2	159	12	42	0	44	1.48
17247--17300	28	1.9	28	85	7	74	62	9	16	11	1.52
28750--28973	79	2.8	79	84	4	252	29	23	11	34	1.90
28890--29006	51	2.3	51	83	0	144	29	26	13	30	1.94
28812--29085	130	2.1	130	81	4	320	29	25	13	31	1.93
28942--29162	79	2.8	78	84	3	298	27	25	15	32	1.95
28785--29189	209	1.9	207	82	3	492	28	25	13	32	1.94
44899--44955	1	57.0	1	78	0	60	89	8	1	0	0.55
44902--44948	8	5.8	8	85	14	69	89	10	0	0	0.49
44899--44948	18	2.8	18	93	6	84	90	10	0	0	0.47
44900--44948	26	1.9	26	95	4	91	89	10	0	0	0.48
46059--46663	61	10.1	61	82	8	699	25	27	19	27	1.99
46118--46215	32	3.2	32	61	19	80	23	26	18	31	1.97
46039--46663	178	3.5	178	88	3	875	25	27	19	27	1.99
49787--49993	79	2.6	79	89	3	292	29	25	12	32	1.92
49927--50043	50	2.3	50	85	4	155	29	25	14	30	1.95
49978--50206	79	2.9	78	83	3	289	26	24	16	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49851--50122	129	2.1	129	81	6	318	28	25	13	32	1.94
55335--55606	144	1.9	144	81	6	336	31	19	13	35	1.90
58330--58415	44	2.0	44	93	2	147	34	18	11	34	1.87
59737--61523	159	11.2	156	73	10	651	30	17	13	38	1.88
61034--61479	160	2.8	158	77	5	346	28	19	13	38	1.90
65785--65834	14	3.6	14	71	17	50	68	4	18	10	1.34
65785--65837	27	1.9	28	92	3	90	67	3	16	11	1.35
76383--76453	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
76368--76486	42	2.8	42	90	0	184	8	45	2	43	1.47
76401--76476	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
76392--76477	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
80135--80326	49	3.9	49	88	0	258	30	16	28	25	1.96
80921--81072	61	2.5	62	92	1	243	23	30	19	26	1.98
81076--81268	54	3.4	54	82	7	235	26	26	20	25	1.99
81101--81268	61	2.9	59	80	13	222	26	26	20	26	1.99
81080--81270	61	3.4	56	78	13	221	27	26	21	25	1.99
80948--81664	209	3.5	209	84	9	1016	25	30	19	24	1.98
81187--81559	94	3.9	95	85	8	506	24	31	19	24	1.98
81479--81734	54	4.6	54	89	6	379	26	29	21	23	1.99
81587--81881	155	1.9	148	86	6	412	25	29	20	24	1.99
81739--81943	55	3.6	55	78	8	230	26	27	20	25	1.99
81769--81951	62	3.1	61	82	7	225	25	27	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81533--81972	210	2.1	209	89	3	681	25	28	19	26	1.99
81941--82195	42	5.8	44	77	12	233	18	28	13	39	1.89
82000--82195	89	2.3	85	86	7	261	19	27	15	38	1.91
82737--82762	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
85148--85466	79	4.0	78	81	6	345	27	26	14	32	1.95
86490--86619	49	2.7	49	86	0	161	33	16	23	26	1.96
86539--86846	88	3.5	88	88	0	447	30	17	25	26	1.98
86588--86836	39	5.9	39	69	16	156	28	18	26	27	1.98
86451--86698	137	1.8	137	93	0	433	30	16	24	27	1.97
86894--87477	33	18.1	32	81	10	577	36	13	30	19	1.90
86894--87571	33	21.1	31	82	10	548	36	13	30	19	1.90
86894--87477	65	9.0	64	83	8	648	36	13	30	19	1.90
87070--87386	60	5.1	60	85	7	411	36	12	31	20	1.89
86888--87386	126	3.9	126	88	4	689	36	12	31	19	1.89
88857--88902	6	7.8	6	83	11	60	0	2	13	84	0.71
88851--88902	19	2.7	19	87	3	68	0	1	13	84	0.70
88849--88910	14	4.2	14	75	18	54	0	1	14	83	0.71
88852--88923	35	2.1	33	84	5	90	2	4	13	79	1.00
94342--94451	51	2.2	51	85	5	150	35	10	21	31	1.88
96917--96946	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
96999--97028	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
99923--99983	13	5.2	13	72	22	53	39	11	14	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99905--100003	33	3.0	33	88	2	146	40	11	15	33	1.82
99937--100005	20	3.8	20	75	25	80	39	8	14	37	1.77
101085--101166	28	3.0	27	76	16	87	12	20	8	58	1.60
103829--103856	12	2.3	12	100	0	56	28	35	17	17	1.93
116825--116907	16	4.8	18	78	12	77	39	10	10	38	1.75
119626--119690	18	3.7	18	82	8	80	36	13	10	38	1.80
127152--127227	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
127151--127236	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
127142--127260	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
132699--132761	30	2.2	29	81	13	78	46	19	3	31	1.65
133817--133849	15	2.1	17	88	11	52	48	0	6	45	1.27
139352--139410	9	6.9	9	71	11	52	44	0	42	13	1.44
139371--139405	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
139374--139419	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
139329--139438	42	2.6	42	89	0	157	42	0	43	12	1.49
140136--140162	13	2.1	13	100	0	54	22	22	14	40	1.90
143692--143942	124	2.0	124	97	0	475	39	14	31	14	1.86
145441--145516	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
145440--145525	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
145431--145549	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
149792--150042	124	2.0	124	97	0	475	39	14	31	14	1.86
151541--151616	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151540--151625	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
151531--151649	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
157435--157553	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
157468--157543	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
157459--157544	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
157450--157520	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
167011--167129	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
167044--167119	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
167035--167120	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
167026--167096	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
171618--171667	18	2.7	19	79	11	52	8	42	2	48	1.44
171657--171721	12	5.9	12	73	23	54	12	44	0	43	1.41
171633--171718	42	2.0	42	93	0	145	12	44	0	43	1.42
185510--185557	9	5.2	9	80	9	53	62	8	0	29	1.24
185518--185557	19	2.1	20	90	9	66	67	7	0	25	1.16
191915--192250	160	2.1	158	82	5	403	40	18	13	27	1.88
191915--192245	157	2.1	155	82	5	396	39	18	13	27	1.89
193072--193119	19	2.6	19	83	3	62	62	18	0	18	1.33
195611--195757	79	1.9	79	87	5	219	32	7	31	28	1.85
195691--195810	52	2.3	50	88	4	177	31	9	31	27	1.88
195614--195851	131	1.8	128	89	4	370	31	8	31	28	1.87
195786--195948	83	2.0	83	80	4	186	30	10	25	33	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
195658--196237	217	2.7	214	77	6	521	32	10	26	30	1.90
195962--196111	81	1.9	80	87	1	219	30	10	26	32	1.90
196119--196250	49	2.6	52	84	4	162	37	12	24	26	1.90
196119--196290	52	3.4	52	81	4	181	35	11	23	29	1.90
196231--196581	80	4.4	79	84	3	400	32	11	25	30	1.91
196231--196582	159	2.2	159	84	4	451	32	11	25	30	1.91

Tables:   1

The End!