genome.fa.s359.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold359
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  131537

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2164--2202	20	2.0	19	85	5	51	23	12	41	23	1.88
2482--2526	25	1.9	24	86	13	67	4	8	13	73	1.23
2551--2649	5	19.8	5	88	0	117	50	7	21	21	1.72
2539--2629	15	6.2	15	88	2	123	50	7	20	20	1.73
2543--2649	35	3.1	35	93	1	171	50	7	21	20	1.72
2658--2734	22	3.5	22	67	22	72	45	9	19	25	1.80
2661--2760	43	2.3	43	100	0	200	48	9	18	25	1.77
2683--2755	21	3.4	21	66	23	62	46	9	19	24	1.79
2941--2975	16	2.3	15	95	5	61	85	0	2	11	0.69
2940--2978	21	1.9	20	94	5	69	82	0	5	12	0.83
3201--3238	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
3232--3304	22	3.3	22	79	7	85	46	9	9	34	1.69
3657--3720	22	2.9	21	83	4	74	48	7	7	35	1.61
3867--3925	22	2.7	22	89	0	91	40	13	15	30	1.86
6792--6829	19	2.0	20	85	15	53	60	0	0	39	0.97
9072--9402	51	6.3	51	72	12	217	31	11	26	29	1.92
11899--11954	21	2.7	21	91	0	94	35	17	10	35	1.85
12639--13075	55	7.9	55	89	5	627	21	20	29	28	1.98
12799--12936	27	5.0	27	60	16	68	21	19	29	28	1.98
14084--14122	20	2.0	20	89	0	60	0	5	7	87	0.68
26707--26732	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
26689--26752	32	2.0	33	84	3	85	40	18	12	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27738--27907	52	3.3	51	83	2	223	31	12	26	30	1.93
27890--27965	27	2.8	28	88	6	102	21	21	34	23	1.97
27680--28071	211	1.9	211	86	2	563	30	12	27	29	1.93
27949--28071	51	2.3	53	84	4	151	32	10	23	33	1.89
30429--30456	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
30410--30476	33	2.0	33	91	0	107	44	14	14	25	1.84
30496--30563	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
30518--30542	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30499--30561	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
30618--30696	21	3.8	21	100	0	158	37	21	10	30	1.86
35057--35187	58	2.3	58	83	0	172	48	15	9	27	1.75
35299--35415	46	2.5	48	83	9	161	49	12	14	23	1.77
35970--36026	30	1.9	30	92	0	96	26	17	26	29	1.97
38529--38560	3	10.7	3	93	0	55	62	3	0	34	1.11
40098--40144	24	2.0	24	87	4	69	59	8	19	12	1.58
42245--42295	20	2.5	21	87	3	68	39	9	15	35	1.81
42269--42472	91	2.2	91	97	0	381	36	8	17	36	1.81
46231--46627	58	6.9	58	81	3	383	49	16	8	26	1.74
46231--46522	115	2.5	115	84	4	365	50	17	7	25	1.72
46231--46627	173	2.3	174	85	3	507	49	16	8	26	1.74
47100--47321	117	1.9	115	83	8	285	49	11	10	28	1.72
48361--48416	21	2.7	21	80	2	69	37	17	14	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48361--48409	20	2.4	20	82	3	62	32	18	16	32	1.93
48773--48820	20	2.4	20	100	0	96	31	18	10	39	1.85
51138--51868	158	4.7	158	82	4	818	27	24	13	34	1.93
51160--51828	237	2.9	234	83	4	839	28	24	13	34	1.93
51129--51876	79	9.6	78	80	5	715	27	24	13	34	1.93
57568--57773	78	2.6	78	81	2	216	29	16	29	24	1.97
57725--57798	28	2.6	28	85	10	98	22	18	33	24	1.97
57785--58121	52	6.4	52	70	17	221	31	12	25	29	1.93
57779--58121	104	3.3	101	72	13	307	32	12	25	29	1.93
57676--58123	212	2.1	211	87	2	641	31	13	27	28	1.94
57937--58009	27	2.6	28	87	8	105	21	20	32	24	1.97
57671--58063	107	3.7	105	73	10	339	30	13	27	27	1.95
60464--60518	20	2.8	20	82	0	74	45	16	14	23	1.84
60538--60590	19	2.8	19	97	0	97	37	15	11	35	1.83
61227--62123	55	16.3	55	92	2	1391	21	20	29	29	1.98
61301--61446	28	5.2	28	61	16	79	21	18	32	28	1.97
61877--62021	26	5.3	26	61	15	69	22	18	29	28	1.98
62017--62105	29	3.2	29	64	20	80	20	19	32	28	1.96
63117--63166	13	4.1	12	84	10	66	0	4	8	88	0.64
63092--63166	23	3.2	23	78	1	78	0	9	6	84	0.79
68831--68864	17	2.0	17	88	0	50	5	26	17	50	1.69
75448--75649	78	2.6	78	81	2	208	28	17	29	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75605--75676	28	2.6	28	84	10	94	23	18	34	23	1.96
75526--75730	107	1.9	108	82	5	254	29	15	28	26	1.96
75665--76001	52	6.4	51	69	14	220	32	12	25	29	1.92
75605--76003	212	1.9	212	88	3	615	31	13	27	28	1.94
75817--75892	27	2.8	28	90	6	111	22	21	32	23	1.98
75551--75943	107	3.7	105	73	10	330	30	13	27	27	1.95
75880--75998	51	2.3	53	84	7	145	34	11	21	31	1.90
78344--78398	20	2.8	20	80	0	65	47	16	12	23	1.81
78418--78472	19	2.9	19	97	0	101	40	14	10	34	1.81
78508--78580	21	3.5	21	88	3	103	35	16	13	34	1.88
79285--79993	55	12.9	55	94	2	1171	20	19	29	29	1.97
79476--79558	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
79696--79778	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
92521--92717	79	2.5	78	80	2	189	30	16	27	25	1.97
92673--92748	27	2.7	27	86	8	91	23	18	34	23	1.96
92599--93010	107	3.9	107	72	12	328	30	14	26	27	1.95
92732--93068	52	6.4	51	69	17	208	32	12	25	29	1.92
92726--93068	104	3.3	101	70	14	282	32	12	25	29	1.93
92624--93070	211	2.1	211	87	3	632	31	13	26	28	1.94
92887--92959	27	2.7	27	89	6	103	23	20	31	24	1.98
92947--93065	51	2.3	53	84	7	145	33	10	22	32	1.89
95369--95394	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95348--95414	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
95434--95501	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
95456--95480	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
95437--95499	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
95556--95609	21	2.6	21	84	0	72	38	18	11	31	1.86
100243--100396	79	1.9	79	92	0	254	27	24	12	34	1.92
100248--100417	79	2.2	78	87	4	243	29	26	11	32	1.91
100398--100650	79	3.2	78	84	1	308	29	27	12	30	1.93
100588--100706	52	2.3	52	89	1	195	31	27	10	30	1.91
100545--100908	131	2.8	131	88	2	543	29	26	12	31	1.93
100716--100835	51	2.3	52	87	5	172	30	29	12	28	1.93
100768--101111	79	4.3	79	79	6	347	26	26	14	32	1.95
100979--101155	80	2.2	78	81	5	196	25	27	15	31	1.95
100768--101155	158	2.4	157	77	10	369	26	26	14	32	1.95
112748--113376	222	2.8	224	97	1	1196	28	9	13	47	1.75
117430--117475	16	2.9	16	83	0	56	23	10	17	47	1.79
118735--118760	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
119319--119517	103	1.9	103	94	2	355	47	6	15	30	1.71
120102--120136	18	2.0	17	88	5	52	62	0	0	37	0.95
128555--128602	2	23.5	2	78	4	51	41	8	0	50	1.33
129054--129343	103	2.8	102	80	6	262	45	5	6	43	1.51
129430--129689	104	2.5	102	81	5	292	41	3	5	49	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128863--129689	390	2.1	382	82	6	990	43	5	6	43	1.53

Tables:   1

The End!