genome.fa.s380.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold380
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  278973

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6985--7023	18	2.2	17	86	4	51	51	2	0	46	1.14
7196--7305	16	6.9	16	89	2	132	59	4	0	35	1.24
7211--7257	6	8.5	6	82	17	66	57	0	0	42	0.98
7196--7305	48	2.3	48	87	0	157	59	4	0	35	1.24
9510--9539	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
13316--14235	157	5.9	157	83	5	1015	28	24	12	34	1.92
13927--13985	28	2.0	27	87	12	82	28	27	13	30	1.94
13316--14184	79	11.1	79	81	4	970	28	24	12	33	1.92
24312--24383	23	3.1	23	100	0	144	22	18	8	51	1.72
25204--25528	28	11.7	27	72	11	180	33	22	18	26	1.97
25200--25355	82	1.9	82	81	5	190	33	20	19	26	1.96
33327--33355	12	2.3	13	94	5	51	6	0	37	55	1.27
33846--33940	35	2.9	31	82	11	111	27	24	14	33	1.94
34514--34583	19	3.6	19	83	7	70	38	8	15	37	1.78
34535--34585	19	2.7	19	90	6	77	41	5	15	37	1.72
35367--35413	21	2.2	21	84	0	58	23	25	2	48	1.62
35285--35540	127	2.0	127	92	1	424	25	22	6	45	1.76
35497--35541	21	2.1	22	79	8	56	24	26	2	46	1.64
37999--38039	21	2.0	21	90	0	64	24	12	0	63	1.28
39381--39415	17	2.1	17	94	0	61	51	20	5	22	1.68
46937--47004	19	3.9	18	76	23	83	36	16	11	35	1.85
46959--46983	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46940--47002	32	2.0	32	96	0	117	34	17	12	34	1.88
56950--57021	19	3.7	19	86	3	90	33	16	19	30	1.94
57779--58292	28	18.5	28	81	6	503	29	29	16	23	1.96
57773--58292	56	9.4	56	81	8	557	29	30	16	24	1.96
57779--58292	84	6.2	84	82	4	610	29	29	16	23	1.96
59079--59154	20	3.8	20	80	0	89	32	13	13	40	1.83
63049--63113	33	2.0	32	87	3	94	29	13	15	41	1.86
63074--63135	20	3.2	20	86	11	92	35	14	16	33	1.89
63253--63290	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
73838--73894	10	5.7	10	77	8	62	47	8	21	22	1.78
80610--80643	17	2.0	17	94	0	59	29	32	11	26	1.92
81332--81365	17	1.9	18	88	5	52	61	5	8	23	1.47
81241--81429	96	2.0	96	81	5	220	42	11	19	26	1.85
83044--83068	4	6.2	4	100	0	50	0	0	48	52	1.00
88590--88643	20	2.6	21	85	2	74	35	16	7	40	1.77
90478--90516	13	3.0	13	88	0	60	35	20	15	28	1.93
90582--90637	21	2.6	22	88	5	96	35	10	26	26	1.89
90688--90773	34	2.5	34	94	0	145	27	19	17	34	1.95
90866--90906	21	2.0	21	85	9	57	39	7	12	41	1.70
96302--96421	52	2.3	52	95	0	213	28	17	19	35	1.94
96302--96441	52	2.7	52	86	4	185	29	17	20	33	1.95
96520--96544	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98429--98466	20	1.9	20	88	0	58	31	10	13	44	1.77
101556--101622	35	1.9	35	84	6	91	32	14	19	32	1.92
102712--102788	19	4.1	18	75	9	73	80	1	15	2	0.89
102712--102807	13	7.5	12	71	13	59	79	1	16	3	0.92
102712--102796	10	8.0	10	70	16	55	80	1	16	2	0.89
102758--102809	19	2.7	19	82	5	61	78	0	19	1	0.84
170296--170339	21	2.1	20	84	16	54	22	15	4	56	1.57
172598--172685	37	2.6	34	80	10	99	27	13	25	34	1.93
172598--172683	32	2.5	36	78	14	101	27	13	24	33	1.94
173413--173512	50	2.0	50	98	0	191	41	16	25	18	1.90
174304--174363	21	2.8	21	80	16	70	51	1	26	20	1.56
178605--178805	35	5.9	35	85	5	243	33	10	25	30	1.90
178605--178805	66	3.0	66	85	5	251	33	10	25	30	1.90
179770--179843	20	3.6	20	85	3	94	40	9	16	33	1.80
180809--180847	21	1.9	21	89	5	62	15	25	20	38	1.92
182310--182523	96	2.2	96	82	4	252	28	18	11	41	1.86
184218--184255	14	2.6	15	84	15	53	31	10	7	50	1.66
184335--184365	13	2.5	13	94	5	55	38	0	3	58	1.15
186214--186258	19	2.4	19	76	0	54	53	6	8	31	1.58
192268--192341	20	3.8	19	87	5	112	39	13	14	32	1.86
193174--193665	28	17.6	28	81	8	520	23	16	31	28	1.96
194922--194985	10	6.5	10	82	7	60	4	0	18	76	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211173--211349	80	2.2	80	86	2	250	28	12	30	28	1.93
217322--217347	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
217379--217431	21	2.7	20	82	8	72	32	15	13	39	1.85
221488--221841	154	2.3	155	78	6	387	39	17	15	27	1.90
223495--223915	165	2.5	166	81	5	480	50	7	9	33	1.62
223884--223951	33	2.1	33	94	0	118	45	2	7	44	1.46
224674--224807	49	2.7	50	87	1	180	23	16	16	43	1.87
227139--227337	79	2.5	76	83	6	227	31	26	12	30	1.92
227272--227390	51	2.3	51	90	5	179	27	28	14	29	1.95
227192--227434	130	1.9	130	87	0	360	29	26	13	30	1.94
233404--234434	62	16.6	62	83	4	1141	23	25	19	31	1.98
234438--235050	44	14.5	43	74	10	241	20	25	13	40	1.89
234429--235064	82	7.5	85	76	12	440	19	25	13	41	1.87
234481--235050	165	3.4	166	81	8	629	20	25	13	40	1.89
235038--235242	61	3.4	60	82	4	250	25	25	19	29	1.98
237365--237787	165	2.6	165	80	8	479	50	8	9	32	1.63
237756--237819	33	2.0	33	96	3	121	43	1	7	46	1.42
238548--238674	20	5.8	20	80	17	146	25	14	14	44	1.84
240979--241262	79	3.6	77	85	5	336	28	24	11	34	1.91
241199--241310	51	2.2	51	93	0	188	27	25	14	33	1.94
241120--241476	130	2.7	130	86	1	475	29	25	12	33	1.92
241330--241446	51	2.3	51	86	2	164	32	24	10	32	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
241428--241500	28	2.7	27	81	12	87	23	26	20	30	1.99
241456--241712	79	3.3	79	80	9	247	27	24	15	32	1.95
243275--243553	84	3.3	84	78	5	303	46	15	21	17	1.84
243279--243496	43	5.2	43	65	11	119	46	14	22	16	1.84
244307--244684	87	4.2	88	79	7	327	29	24	15	30	1.95
244307--244684	181	2.1	181	80	6	416	29	24	15	30	1.95
245097--245341	46	5.4	45	81	6	242	20	23	13	42	1.88
246866--246907	7	6.7	6	82	17	50	2	14	2	80	0.90
246865--246910	19	2.4	19	82	17	60	4	13	2	80	0.95
246866--246907	12	3.3	12	83	12	50	2	14	2	80	0.90
246887--246920	17	2.1	15	89	10	50	5	5	5	82	0.95
248226--248267	22	1.9	22	85	0	57	52	0	9	38	1.34
250138--250491	158	2.3	156	81	6	412	39	19	14	25	1.90
251782--251807	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
251762--251825	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
254357--254418	25	2.5	25	100	0	124	32	16	16	35	1.91
260506--260531	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
260486--260549	32	2.0	33	87	3	94	28	14	17	40	1.88
262041--262591	164	3.3	162	75	10	431	49	7	10	33	1.65
262671--263159	246	2.0	246	94	0	854	44	12	8	33	1.74
265174--265222	23	2.2	23	85	3	64	67	14	2	16	1.33
265452--265850	78	5.1	78	75	9	287	36	12	22	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
265452--265830	154	2.4	157	79	9	416	35	13	23	27	1.92
268217--268347	51	2.6	50	84	2	172	43	14	16	25	1.85
268716--268948	34	6.9	34	97	0	421	20	0	38	41	1.52
268807--268909	25	4.4	23	67	26	65	18	0	40	40	1.51
273625--273789	34	4.9	34	96	0	312	20	0	37	41	1.53
273682--273784	25	4.4	23	68	26	74	19	0	39	40	1.52
277555--277579	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
277567--277619	20	2.6	21	82	8	65	37	15	16	30	1.90
277874--278023	71	2.1	71	98	1	291	46	20	16	17	1.85

Tables:   1

The End!