genome.fa.s384.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold384
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  138936

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159--322	69	2.4	69	94	4	289	19	31	5	43	1.74
159--322	35	4.8	35	94	4	291	19	31	5	43	1.74
5750--5821	20	3.6	20	80	0	81	43	11	12	33	1.78
6737--6802	32	2.0	32	82	2	78	27	16	28	27	1.97
6790--7451	28	23.5	28	77	8	474	22	17	30	29	1.97
6790--7423	85	7.5	87	78	10	415	22	17	30	29	1.97
6993--7060	22	3.1	22	91	0	109	22	16	30	30	1.95
7468--7534	13	5.2	13	70	22	52	40	14	11	32	1.83
8509--8543	12	2.9	12	86	0	52	0	0	14	85	0.59
8509--8541	13	2.6	13	90	4	50	0	0	12	87	0.53
12749--12775	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
17778--17818	15	2.7	15	76	0	55	17	0	39	43	1.49
25706--25762	20	2.8	20	86	0	87	43	14	10	31	1.79
26827--27035	103	2.0	103	99	0	409	42	8	6	43	1.60
27725--27764	21	1.9	21	89	0	62	45	2	7	45	1.45
28768--28805	3	12.7	3	100	0	76	31	0	0	68	0.90
29457--29540	14	5.5	15	72	11	73	26	8	8	57	1.57
29418--29511	46	2.0	46	84	8	120	24	11	8	55	1.63
29458--29540	29	2.7	30	88	7	123	26	8	8	56	1.57
29490--29586	45	2.2	45	84	3	124	25	11	7	55	1.60
29698--29730	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
29839--29894	22	2.4	23	79	8	60	33	3	1	60	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30188--30503	144	2.2	144	80	8	360	25	11	17	45	1.82
32389--32428	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
35351--35423	27	2.7	27	84	0	92	24	5	20	49	1.70
37996--38037	21	2.0	22	85	4	59	33	23	23	19	1.97
39922--39988	27	2.5	26	90	2	98	25	5	17	50	1.69
46459--46520	26	2.4	26	86	0	79	32	6	14	46	1.70
46476--46529	26	2.1	26	89	0	81	24	7	18	50	1.72
50929--51003	27	2.8	26	80	13	82	22	6	21	49	1.72
51529--51562	17	2.1	16	88	5	50	61	2	8	26	1.40
55344--55448	20	4.7	20	69	22	75	44	8	15	31	1.76
56296--56346	16	3.2	16	81	10	68	21	9	15	52	1.71
59485--59583	37	2.7	37	90	0	144	22	20	25	32	1.98
64232--64316	37	2.3	37	87	0	116	23	21	22	32	1.98
67099--67149	21	2.5	21	81	9	61	35	1	1	60	1.19
68456--68495	21	2.0	21	85	9	57	57	0	0	42	0.98
70526--70550	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
71575--71623	22	2.3	22	86	6	66	34	4	4	57	1.37
73058--73274	34	6.4	34	81	3	249	42	26	7	23	1.80
73058--73274	68	3.2	67	90	1	344	42	26	7	23	1.80
77682--77899	34	6.4	34	81	2	258	42	27	6	23	1.78
77682--77899	68	3.2	68	88	5	341	42	27	6	23	1.78
79634--79660	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81194--81310	34	3.4	34	90	0	180	26	0	30	42	1.56
81186--81318	34	3.9	34	88	1	176	27	0	30	40	1.62
86055--86189	34	4.0	34	90	0	198	25	0	33	40	1.56
88500--88529	15	2.0	15	100	0	60	40	13	6	40	1.71
96056--96098	13	3.3	13	84	9	52	32	0	0	67	0.91
96159--96214	25	2.2	24	78	9	58	46	12	0	41	1.42
96213--96255	13	3.2	14	80	9	54	62	2	0	34	1.08
98066--98421	79	4.5	78	89	1	487	34	15	25	24	1.95
99828--99893	21	3.5	21	67	26	65	19	31	6	42	1.76
99819--99951	35	3.9	35	95	4	243	19	32	6	42	1.76
99849--99940	14	5.7	14	68	26	58	19	34	6	39	1.78
99800--99952	35	4.6	33	92	5	231	18	30	5	45	1.73
99819--99951	68	1.9	70	95	3	243	19	32	6	42	1.76
99958--99986	12	2.3	13	94	5	51	27	0	3	68	1.05
100416--100509	42	2.3	42	83	7	113	44	12	24	18	1.84
100652--101129	61	7.9	61	80	8	528	29	20	26	24	1.99
100657--101106	122	3.7	122	94	0	769	29	20	26	23	1.99
101067--101251	94	2.0	94	88	6	277	24	18	31	24	1.98
101170--102432	55	22.5	55	77	12	763	22	20	30	26	1.98
101557--101633	40	1.9	41	86	7	113	27	16	36	19	1.93
101607--102432	172	4.8	165	84	9	975	22	20	29	27	1.98
101946--102033	26	3.3	26	65	14	70	20	19	32	27	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101609--102400	288	2.8	280	90	4	1234	22	20	29	27	1.98
102225--102310	26	3.2	26	67	15	66	22	19	32	25	1.97
101170--102432	110	11.2	109	82	11	1422	22	20	30	26	1.98
108527--108869	79	4.3	78	86	3	454	34	13	25	26	1.93
110242--110395	35	4.6	34	93	4	199	19	29	5	46	1.72
110261--110395	35	3.9	35	99	0	261	20	31	5	43	1.73
115879--115950	20	3.6	20	80	0	81	43	11	12	33	1.78
116869--116934	32	2.0	32	82	2	78	27	16	28	27	1.97
116922--117582	28	23.5	28	77	8	481	22	17	30	29	1.97
116922--117554	85	7.5	87	78	9	422	22	17	30	29	1.97
117125--117192	22	3.1	22	91	0	109	22	16	30	30	1.95
117599--117665	13	5.2	13	70	22	52	40	14	11	32	1.83
118641--118674	12	2.9	12	91	4	52	0	0	14	85	0.60
118634--118675	11	3.7	11	87	6	57	2	0	11	85	0.68
122881--122907	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
127910--127950	15	2.7	15	76	0	55	17	0	39	43	1.49
135835--135889	19	2.9	19	88	0	92	43	12	10	32	1.78
136944--137152	103	2.0	103	99	0	409	42	8	6	43	1.60
137841--137880	21	1.9	21	89	0	62	45	2	7	45	1.45
138882--138911	3	10.3	3	92	7	53	33	0	0	66	0.92
138883--138914	14	2.3	14	100	0	64	34	0	0	65	0.93

Tables:   1

The End!