genome.fa.s396.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold396
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  560635

Tables:   1   2   3   4   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124098--124126	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
124324--124447	60	2.0	62	80	13	143	39	3	11	45	1.56
125859--125893	14	2.3	15	90	9	54	40	0	0	60	0.97
125869--125912	20	2.3	19	88	4	61	38	0	0	61	0.96
127026--127083	20	2.9	20	76	18	59	56	1	0	41	1.09
127145--127234	32	2.7	33	74	10	85	45	2	2	50	1.26
127147--127229	27	2.9	27	69	17	69	45	1	2	50	1.22
127193--127236	17	2.4	17	85	11	52	40	2	0	56	1.11
127375--127490	2	57.5	2	82	8	137	50	4	3	42	1.39
129112--129155	24	1.9	22	86	9	61	68	0	4	27	1.09
129142--129207	32	2.0	33	85	8	91	56	0	0	43	0.99
129144--129215	32	2.2	33	82	9	85	58	0	0	41	0.98
129267--129292	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
131309--131368	16	3.7	16	84	2	66	40	0	5	55	1.22
131318--131368	27	1.9	26	84	4	66	39	0	5	54	1.24
131343--131377	18	1.9	18	94	0	61	34	0	11	54	1.37
134050--134074	11	2.3	11	100	0	50	16	0	0	84	0.63
140881--140915	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
141635--141665	16	1.9	16	93	0	53	51	0	0	48	1.00
141684--141734	14	3.5	14	75	17	50	52	0	0	47	1.00
141692--141733	16	2.8	16	78	10	52	52	0	0	47	1.00
142094--142161	24	2.7	25	80	13	77	72	1	1	25	1.02
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142841--142898	20	2.9	21	76	5	66	41	1	0	56	1.09
147112--147140	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
153799--153846	16	2.7	18	78	18	55	35	0	0	64	0.94
154054--154097	22	2.0	23	86	13	65	43	4	0	52	1.22
154357--154404	9	5.0	9	78	14	51	64	0	2	33	1.05
154412--154477	32	2.0	33	82	8	80	43	4	1	50	1.32
153974--154866	386	2.3	385	85	5	1179	41	6	9	42	1.63
154730--154768	19	2.1	19	85	4	53	48	0	7	43	1.31
155905--156083	39	4.8	39	71	8	122	41	2	11	44	1.53
156495--156520	12	2.2	12	100	0	52	15	19	7	57	1.62
158647--158673	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
159462--159747	74	3.9	74	84	2	335	55	13	2	29	1.50
159462--159747	73	3.9	72	81	3	302	55	13	2	29	1.50
159662--159710	26	2.0	26	84	8	66	61	6	0	32	1.21
159868--160064	73	2.7	72	84	5	270	53	11	1	32	1.46
159997--160047	25	2.0	26	84	3	68	60	3	0	35	1.15
160270--160428	70	2.2	72	84	4	198	57	9	0	32	1.36
160948--161009	32	2.0	32	87	3	90	32	9	0	58	1.31
160949--161016	32	2.2	32	84	5	86	35	8	0	55	1.31
161572--161609	10	3.9	10	80	19	53	28	0	2	68	1.03
162447--162496	15	3.4	15	78	13	59	48	0	0	52	1.00
162706--162747	21	2.0	22	85	4	59	57	2	2	38	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162693--162754	27	2.5	24	80	15	63	58	1	1	38	1.18
162802--162841	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
164302--164354	26	2.0	27	85	10	74	43	0	1	54	1.11
164770--164816	23	1.9	25	87	12	71	59	0	0	40	0.97
164769--164819	26	1.9	27	84	11	70	58	0	0	41	0.98
165379--165419	18	2.3	18	87	4	57	60	2	0	36	1.10
165752--165809	9	5.8	10	80	15	59	34	1	0	63	1.04
165750--165809	21	3.0	20	88	7	88	35	1	0	63	1.05
172046--172101	17	3.5	15	75	20	51	53	0	0	46	1.00
172051--172102	16	3.2	16	73	13	52	50	0	0	50	1.00
172063--172097	17	2.1	17	89	10	54	62	0	0	37	0.95
172505--172543	18	2.1	19	85	4	53	64	2	0	33	1.08
172805--172877	26	2.8	28	76	19	84	43	0	0	56	0.99
172819--172877	16	3.4	17	77	17	59	44	0	0	55	0.99
179198--179247	26	1.9	26	88	8	75	56	0	0	44	0.99
179953--179983	16	1.9	16	100	0	62	32	0	0	67	0.91
179912--179986	39	1.9	39	86	0	105	38	2	0	58	1.12
189221--189706	244	2.0	243	89	2	740	30	20	16	32	1.95
192268--192330	28	2.2	29	83	8	76	38	3	17	41	1.65
192269--192322	22	2.6	20	77	8	54	37	3	16	42	1.66
199633--199658	13	2.0	13	100	0	52	92	0	7	0	0.39
200929--200958	15	2.0	15	100	0	60	26	6	26	40	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204734--204781	24	2.0	24	100	0	96	45	12	12	29	1.78
209284--209310	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
209844--209927	22	3.9	21	80	10	80	29	0	0	70	0.88
209870--209942	17	4.6	16	71	25	57	34	0	0	65	0.93
209874--209946	28	2.5	29	80	12	96	35	0	0	64	0.94
212106--212152	23	1.9	26	83	12	64	27	2	0	70	0.99
213000--213044	2	23.0	2	90	4	74	48	2	0	48	1.13
213525--213570	22	2.1	21	84	11	58	30	2	2	65	1.16
214088--214132	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
216392--216422	10	3.1	10	95	0	53	58	0	0	41	0.98
227184--227216	18	1.9	17	88	11	50	24	0	6	69	1.10
228565--228608	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
233674--233772	45	2.2	45	96	1	182	29	15	20	35	1.93
237098--237130	15	2.1	16	88	5	50	33	0	6	60	1.21
240279--240325	15	3.1	15	84	6	67	74	0	0	25	0.82
241048--241088	16	2.4	18	80	15	52	65	2	7	24	1.30
241208--241425	110	2.0	110	99	0	427	46	9	11	32	1.73
243202--243252	18	2.6	20	81	12	70	15	7	0	76	1.00
243584--243618	2	17.5	2	93	0	61	48	0	2	48	1.16
244734--244767	15	2.3	15	89	0	50	52	2	41	2	1.31
248951--248990	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
250305--251460	590	2.0	588	86	5	1615	41	10	10	37	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
251546--253459	650	2.9	650	83	6	2237	41	11	10	36	1.75
257946--257970	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
258087--258138	14	3.7	15	69	26	51	59	3	1	34	1.27
258182--258246	22	3.0	22	65	17	55	58	1	0	40	1.07
258183--258241	15	4.0	15	70	12	59	61	1	0	37	1.07
258221--258325	18	6.1	17	69	11	54	44	3	0	50	1.26
258479--258510	2	16.0	2	93	0	55	53	0	0	46	1.00
258955--258989	18	1.9	18	100	0	70	37	11	5	45	1.64
259926--259997	35	2.1	35	100	0	144	30	22	19	27	1.98
262528--262681	79	1.9	80	87	8	226	40	25	12	21	1.88
268498--268542	15	2.8	16	80	10	56	22	0	8	68	1.16
269785--269825	16	2.6	16	84	0	55	31	0	14	53	1.41
270833--270880	14	3.2	14	83	13	60	60	0	2	37	1.09
270834--270953	16	7.4	15	73	16	80	60	0	1	38	1.07
270846--270949	34	3.2	31	79	16	95	60	0	1	37	1.08
270875--270981	50	2.3	45	80	11	117	57	0	0	41	1.05
270851--270985	28	4.7	30	69	21	85	57	0	1	40	1.08
274437--274491	25	2.3	24	79	14	60	50	7	0	41	1.30
280532--280586	29	2.0	29	82	7	69	41	7	20	30	1.79
290736--290857	6	20.5	6	89	1	138	0	40	0	59	0.98
290738--290807	9	7.9	9	88	3	70	0	37	0	62	0.95
294935--294982	20	2.5	20	79	3	53	70	8	4	16	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
296073--296109	10	3.5	11	85	10	51	29	0	0	70	0.88
296083--296150	22	3.0	23	72	23	63	38	0	0	61	0.96
296564--296641	31	2.6	31	75	15	83	48	0	2	48	1.15
296675--296723	18	2.7	18	78	15	55	34	0	0	65	0.93
296729--296753	6	4.2	6	100	0	50	52	0	0	48	1.00
297616--297655	21	2.0	20	90	5	62	40	2	10	47	1.50
298423--298448	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
298692--298719	14	2.0	14	100	0	56	42	7	14	35	1.73
300641--300668	6	4.7	6	100	0	56	0	0	50	50	1.00
301342--301402	20	3.0	20	82	13	72	54	1	3	40	1.27

Tables:   1   2   3   4