genome.fa.s406.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold406
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  153680

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76--128	23	2.2	23	83	6	61	49	3	16	30	1.64
776--828	22	2.3	23	78	15	56	13	16	5	64	1.47
788--834	22	2.1	22	84	7	60	14	17	4	63	1.45
1270--1322	21	2.3	24	84	12	67	71	11	1	15	1.22
3487--3515	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
6413--6460	2	24.0	2	95	0	87	47	0	2	50	1.12
7374--7670	152	2.0	152	98	0	576	29	22	16	31	1.96
8651--8910	50	5.2	49	77	7	227	31	15	16	35	1.91
8651--8909	100	2.6	100	78	2	295	32	15	16	35	1.91
13481--13506	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
13550--13633	13	5.5	13	71	28	60	36	16	13	33	1.87
13558--13652	19	5.7	18	72	27	93	36	16	12	33	1.87
13461--13654	32	6.0	32	80	7	205	37	15	13	32	1.88
13697--13748	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
13582--13788	115	1.8	115	100	0	414	33	17	13	35	1.89
13705--13790	19	4.7	19	72	20	76	37	16	12	33	1.87
13697--13769	32	2.3	32	97	0	137	35	17	12	34	1.88
13826--13946	21	5.8	20	84	6	134	34	15	14	35	1.88
13826--13923	42	2.3	42	100	0	196	34	14	14	36	1.86
13826--13946	63	1.9	63	91	3	199	34	15	14	35	1.88
13826--13944	42	2.8	42	93	2	168	35	15	13	35	1.87
17021--17280	50	5.2	50	88	1	353	28	18	21	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20816--20859	22	2.0	23	86	4	63	6	6	9	77	1.13
24030--24602	88	6.7	88	74	8	450	32	18	12	36	1.89
24182--24328	78	1.9	79	84	1	197	34	17	13	34	1.89
24290--24608	87	3.8	85	76	6	272	31	18	12	36	1.88
24030--24608	168	3.4	169	76	9	527	32	18	12	36	1.89
28206--28251	19	2.4	19	82	7	58	73	8	2	15	1.16
31419--31487	29	2.4	30	83	9	81	0	27	0	72	0.85
31424--31484	16	3.9	16	76	21	67	0	29	0	70	0.88
31426--31488	31	2.1	30	85	11	85	0	26	0	73	0.84
31451--31485	17	2.1	17	89	5	54	0	28	0	71	0.86
31499--31548	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
35562--35615	2	27.0	2	100	0	108	50	0	0	50	1.00
38529--38553	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
42746--42819	16	4.8	16	85	3	98	43	0	0	56	0.99
42758--42828	32	2.2	32	89	2	106	43	1	0	54	1.08
43423--43600	72	2.5	73	84	6	220	36	1	7	54	1.38
43722--43762	20	2.0	20	85	0	55	31	0	7	60	1.24
46405--46438	14	2.4	14	95	0	59	38	2	8	50	1.49
51565--51622	25	2.5	24	80	8	66	68	1	12	17	1.28
51706--51761	2	28.0	2	96	0	94	50	3	0	46	1.19
58444--58474	5	6.4	5	92	7	55	80	0	0	19	0.71
65438--65476	21	1.9	20	94	5	69	35	20	12	30	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65536--65598	19	3.7	18	76	24	73	33	12	17	36	1.88
65555--65579	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
65534--65606	32	2.3	32	97	0	137	34	12	17	35	1.88
65623--65684	21	3.0	21	100	0	124	43	9	19	27	1.82
67980--68215	52	4.6	51	78	6	237	30	25	11	32	1.91
67991--68215	102	2.2	103	86	2	310	31	25	12	31	1.92
68224--68404	79	2.3	79	81	5	215	25	25	14	33	1.95
69970--70000	13	2.4	13	100	0	62	51	0	22	25	1.48
73996--74038	12	3.7	11	78	9	50	86	9	0	4	0.71
74001--74039	20	2.0	20	90	10	62	84	7	0	7	0.77
75289--76037	44	17.4	44	73	11	500	19	21	15	43	1.88
75336--75405	36	1.9	36	85	5	97	15	27	10	47	1.77
75372--76068	87	8.0	87	78	7	541	19	21	15	43	1.88
75579--75993	219	1.9	218	85	0	578	19	20	16	42	1.89
77371--77685	166	1.9	168	88	3	485	28	10	9	51	1.67
77371--77741	166	2.2	163	84	5	467	28	11	10	49	1.72
79243--79542	161	1.9	161	87	2	442	33	11	13	42	1.80
81402--81457	21	2.7	21	85	0	76	44	17	12	25	1.84
81503--81557	20	2.6	22	82	11	78	32	10	10	45	1.74
85776--85800	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
85839--85895	20	3.0	19	85	7	71	45	14	10	29	1.78
87460--87736	79	3.5	78	82	4	297	28	24	12	34	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87788--87903	51	2.2	52	89	4	173	31	25	8	34	1.86
87747--87985	131	1.8	131	82	5	313	28	25	11	34	1.91
92679--92797	44	2.7	44	98	0	229	32	22	12	31	1.92
98130--98221	36	2.8	31	77	12	80	30	23	14	31	1.94
98741--98802	33	1.9	32	90	3	97	37	11	16	35	1.84
98910--98954	23	1.9	23	81	4	54	40	8	8	42	1.67
101917--101969	21	2.6	19	78	21	54	20	16	3	58	1.54
102450--102485	3	12.0	3	87	0	54	27	33	2	36	1.72
103545--103638	33	2.8	34	72	19	90	31	22	10	35	1.88
105306--105344	20	2.0	20	89	0	60	41	7	15	35	1.76
105441--105494	20	2.7	20	88	2	81	35	14	11	38	1.82
106822--106867	22	2.1	22	84	11	60	65	8	17	8	1.45
109123--109153	16	1.9	16	93	0	53	25	38	9	25	1.86
112588--112657	5	13.2	5	76	11	59	30	1	0	68	0.98
112588--112621	16	2.1	16	94	0	59	23	0	0	76	0.79
112588--112657	11	6.6	10	71	12	59	30	1	0	68	0.98
117691--117762	34	2.1	35	94	2	128	25	22	25	27	2.00
123667--123711	22	2.0	22	83	8	56	55	6	0	37	1.26
125487--125526	2	20.0	2	94	0	71	52	0	0	47	1.00
126776--126824	9	5.4	9	77	22	50	22	0	0	77	0.77
126773--126830	17	3.4	17	77	17	59	20	0	0	79	0.74
127784--127809	13	2.0	13	100	0	52	38	7	7	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129816--129849	14	2.3	15	90	5	52	47	0	5	47	1.26
129938--129968	16	1.9	16	93	0	53	25	0	0	74	0.82
130873--130937	16	4.4	16	75	13	59	56	0	0	43	0.99
130877--130933	28	2.0	28	90	6	89	54	0	0	45	0.99
131255--131357	49	2.1	50	82	8	122	35	11	14	37	1.83
135736--135891	50	3.1	51	82	7	203	32	16	16	34	1.91
137581--137619	17	2.3	17	86	0	51	30	0	2	66	1.05
139369--139570	78	2.6	79	81	4	221	30	16	27	25	1.97
139526--139593	28	2.4	28	80	9	68	25	23	30	20	1.98
139615--139751	52	2.6	52	81	6	161	33	13	24	27	1.94
139738--139808	27	2.6	27	86	2	88	22	22	32	22	1.98
142271--142296	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
142250--142316	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
142978--144204	55	22.3	55	91	5	1900	21	20	29	28	1.98
145193--145227	13	2.9	12	91	8	54	0	0	8	91	0.42
145192--145242	19	2.6	19	84	3	66	0	5	7	86	0.71

Tables:   1

The End!