genome.fa.s413.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold413
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  166130

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1004--1045	22	1.9	22	85	9	59	59	2	2	35	1.23
1166--1211	20	2.2	21	88	3	67	34	0	0	65	0.93
1653--2034	204	1.9	204	91	0	622	51	6	6	36	1.52
1966--2026	20	3.2	20	76	17	67	65	1	0	32	1.02
2259--2301	17	2.5	17	81	7	52	62	6	2	27	1.33
2330--2376	24	1.9	25	86	4	69	57	6	0	36	1.24
2383--2423	15	2.7	15	88	3	55	51	4	0	43	1.23
2503--2566	16	4.1	16	82	6	78	60	4	0	34	1.17
2495--2566	32	2.3	30	81	11	83	59	4	0	36	1.17
3177--3210	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
4034--4067	11	2.9	12	86	8	52	64	0	0	35	0.94
4856--4936	11	7.5	11	72	14	62	39	0	0	60	0.97
5381--5465	28	3.0	28	75	14	86	35	5	1	57	1.30
6533--6574	22	2.0	21	86	13	61	42	0	0	57	0.99
8809--9032	95	2.3	96	82	7	294	50	8	8	33	1.61
9727--9809	20	4.1	20	67	16	53	49	1	4	44	1.31
9951--9983	16	1.9	18	88	11	52	45	0	0	54	0.99
10346--10385	12	3.5	11	83	16	55	60	0	0	40	0.97
10341--10390	22	2.3	22	82	6	66	54	0	0	46	1.00
11046--11120	20	3.8	20	78	0	78	34	12	12	41	1.79
14952--14998	4	11.2	4	82	13	51	70	0	0	29	0.88
14953--14997	14	3.4	14	85	11	60	68	0	0	31	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18479--18684	101	2.0	103	90	3	328	41	3	7	47	1.49
19658--19692	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
19869--19939	31	2.2	32	85	11	94	45	0	0	54	0.99
21050--21140	47	2.0	45	95	4	164	36	10	20	31	1.88
21466--21508	19	2.3	18	84	11	59	34	0	0	65	0.93
21456--21557	35	2.8	38	71	14	97	42	0	0	57	0.98
23024--23084	29	2.1	28	85	8	79	47	0	1	50	1.10
23049--23110	26	2.5	24	82	12	72	45	0	0	54	0.99
23038--23110	24	3.0	24	81	13	78	43	0	0	56	0.99
28289--28485	104	1.9	104	90	2	313	49	5	7	38	1.52
29893--29936	18	2.4	18	80	0	52	54	4	0	40	1.21
29991--30033	21	2.0	21	82	8	52	37	2	0	60	1.10
29996--30040	21	2.1	22	84	8	58	35	2	0	62	1.08
30065--30106	15	2.9	14	77	16	50	38	0	0	61	0.96
33499--33548	24	2.1	24	88	0	73	38	2	22	38	1.65
37143--37301	82	1.9	82	85	2	221	27	20	16	34	1.95
37166--37318	82	1.9	82	82	5	193	28	21	15	34	1.94
37241--37557	86	3.7	87	82	4	353	25	23	17	32	1.97
37241--37556	172	1.9	169	82	6	404	25	23	17	32	1.97
38389--38428	20	2.0	21	85	5	55	50	0	0	50	1.00
39416--39766	188	1.9	188	80	8	419	44	11	7	35	1.70
44856--45021	44	3.6	44	80	8	118	33	2	3	61	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44907--45010	50	2.1	50	92	0	172	32	1	4	60	1.29
45324--45379	21	2.9	19	86	7	69	66	0	1	32	1.03
45321--45369	18	2.7	18	84	6	64	63	0	2	34	1.06
45311--45390	21	3.7	21	71	11	54	66	1	3	28	1.17
47296--47335	16	2.6	15	84	7	53	55	0	0	45	0.99
47627--47722	22	4.2	23	70	13	65	51	2	1	45	1.20
47627--47722	45	2.1	45	84	5	122	51	2	1	45	1.20
48463--48499	15	2.5	15	87	12	51	32	0	2	64	1.07
48617--48719	50	2.0	53	94	5	185	48	1	1	47	1.24
48626--48701	18	4.4	18	65	24	56	51	2	1	44	1.23
49427--49480	27	1.9	29	88	7	85	46	1	0	51	1.11
50265--50317	2	26.5	2	79	7	54	50	1	1	45	1.23
50265--50319	22	2.5	22	88	5	76	52	1	1	43	1.22
51776--51831	15	3.7	15	75	13	53	53	1	1	42	1.21
52137--52219	23	3.8	22	73	9	80	40	1	1	56	1.15
52169--52239	24	3.1	22	82	11	72	32	1	1	64	1.11
52390--52441	26	2.1	24	85	7	68	50	0	0	50	1.00
52394--52700	120	2.5	123	80	12	360	55	1	1	41	1.18
52539--52652	53	2.1	54	82	7	135	60	0	0	37	1.09
52492--52735	128	1.9	132	87	5	365	54	1	1	42	1.20
56484--56538	22	2.5	22	100	0	110	61	9	10	18	1.54
57478--57525	20	2.4	20	78	0	51	39	14	14	31	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57448--57525	40	2.0	39	84	2	102	39	12	14	33	1.84
58783--58816	12	2.8	12	86	0	50	41	2	32	23	1.69
59983--60055	24	2.9	26	75	17	66	64	1	0	34	1.02
60018--60068	23	2.2	23	89	6	77	62	0	1	35	1.06
60791--60866	23	3.0	26	75	21	81	51	0	0	48	1.00
62880--62912	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
65522--65566	20	2.2	20	80	0	54	60	0	0	40	0.97
68476--68546	31	2.2	33	87	5	101	45	0	4	50	1.21
68593--68633	22	1.9	21	90	5	64	60	0	2	36	1.10
68434--68802	200	1.9	200	82	2	474	46	2	6	44	1.42
68608--68641	16	2.1	16	94	0	59	52	0	2	44	1.16
68905--68973	10	7.1	9	72	16	50	53	1	0	44	1.09
69353--69409	14	3.8	14	74	17	51	54	1	0	43	1.10
69366--69420	18	3.3	17	73	21	53	56	0	3	40	1.17
69336--69410	32	2.2	34	88	6	109	54	1	0	44	1.08
69585--69622	3	13.0	3	94	5	69	68	0	0	31	0.90
69922--70049	29	4.4	29	72	12	93	57	0	1	40	1.14
71292--71327	2	18.5	2	88	5	56	52	2	0	44	1.15
72017--72132	42	2.8	43	85	5	175	36	4	8	50	1.53
74270--74398	38	3.6	34	74	15	91	55	0	0	43	1.05
74263--74407	7	20.7	7	70	19	72	57	0	0	42	1.04
74278--74357	32	2.6	30	82	11	90	51	0	1	47	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
74333--74410	20	4.1	18	73	18	61	61	0	0	38	0.96
74628--74669	18	2.3	19	84	12	61	69	2	2	26	1.13
75119--75179	6	9.3	6	75	19	52	57	1	1	39	1.18
75126--75162	18	2.0	19	94	5	67	59	0	0	40	0.97
76860--76896	18	2.0	19	89	5	58	43	0	2	54	1.14
82632--82688	20	2.9	19	89	5	78	29	17	12	40	1.86
82602--82668	33	2.0	33	88	5	100	26	14	14	43	1.85
82619--82649	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
85015--85332	130	2.5	130	79	5	315	27	25	13	33	1.93
85143--85382	128	1.9	130	82	3	306	27	27	15	30	1.96
85805--85847	21	2.0	21	86	8	61	39	11	9	39	1.74
85885--85955	20	3.6	19	77	7	70	39	16	14	29	1.88
85925--86061	53	2.6	53	95	1	238	37	18	17	26	1.93
86025--86061	19	2.0	19	94	5	67	45	16	10	27	1.80
86085--86145	10	6.0	10	73	16	54	24	27	9	37	1.87
87678--87729	19	2.8	18	80	11	52	71	3	0	25	1.03
88301--88375	20	3.8	20	78	0	87	33	13	13	40	1.83
88301--88378	40	2.0	39	87	2	111	33	12	14	39	1.84
102295--102343	26	1.9	26	87	4	73	79	14	4	2	0.97
103558--104445	29	30.5	29	86	4	1130	28	29	17	24	1.97
103558--104445	57	15.2	58	85	4	1130	28	29	17	24	1.97
103555--104413	290	3.0	289	88	3	1248	28	30	17	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104975--105051	20	3.8	20	79	6	84	35	11	10	42	1.76
119032--119070	9	4.6	9	87	9	55	87	5	0	7	0.68
119032--119070	8	4.6	8	90	6	51	87	5	0	7	0.68
120304--121190	29	30.8	29	83	9	1025	28	29	17	23	1.97
135693--135747	16	3.5	16	80	2	58	81	12	3	1	0.89
135696--135747	14	3.8	13	77	7	50	82	11	3	1	0.88
136962--137822	29	29.5	29	86	5	1130	27	30	17	24	1.97
136962--137822	57	14.7	58	85	7	1036	27	30	17	24	1.97
136959--137822	320	2.7	314	87	5	1239	27	30	17	24	1.97
138352--138428	20	3.8	20	79	6	84	35	11	10	42	1.76

Tables:   1   2