Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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1 TTGTGG-CTTTACAAAGGGTGCC-CTGAAG
1 TTGTGGACTTTA-AAAGGGTGCCAC-G-AG
* *
29 TTGTGGGCTTTAAAAGAGTGCCACGGAG
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TTGTGGACTTTAAAAGGGTGCCACGAG
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3 GTGGCTTTAC
* *
13 AAAGGGTGCC-CTGAAGTTGTGGGCTTTA
1 AAAGGGTGCCAC-GGAGTTGTGGAC-TTA
*
41 AAAGAGTGCCACGGAGTTGTGGACTTA
1 AAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTA
*
68 AAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTT
1 AAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTT
94 TGAAAAGAAA
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AAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTA
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57 TTGTGGACTT
* *
67 AAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTTGAAAAG
1 AAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAAAG
* * *
101 AAAAAGGTGCCATGGAGTGGTGGGCTTTGAAAAG
1 AAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAAAG
*
135 AAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGGCTTTG--AAG
1 AAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAAAG
* * **
167 -AAAAGATGCCACTGAGTCATGGACTTTGAAAAG
1 AAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAAAG
200 A
1 A
201 GATTGCCATT
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AAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAAAG
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21 CCCTGAAGTT
* *
31 GTGGGCTTTA-AAAGA-GTGCCACGGAGTT
1 GTGGGCTTTAGAAAAAGGTGCCACGGAGTG
* * * *
59 GTGGAC-TT--AAAAGGGTGCCACAGAGTT
1 GTGGGCTTTAGAAAAAGGTGCCACGGAGTG
* *
86 GTGGACTTTGAAAAGAAAAAGGTGCCATGGAGTG
1 GTGGGCTTT----AGAAAAAGGTGCCACGGAGTG
*
120 GTGGGCTTTGAAAAGAAAAAGGTGCCACGGAGTT
1 GTGGGCTTT----AGAAAAAGGTGCCACGGAGTG
154 GTGGGCTTT
1 GTGGGCTTT
163 GAAGAAAAGA
Statistics
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GTGGGCTTTAGAAAAAGGTGCCACGGAGTG
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30 TGTGGGCTTT
40 AAAAGAGTGCCACGGAGTTGTGGAC-TT--A-
1 AAAAGA-TGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAG
* * *
68 AAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTTGAAAAG
1 AAAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTG--AAG
* * * *
101 AAAAAGGTGCCATGGAGTGGTGGGCTTTGAAAAG
1 -AAAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTG--AAG
* *
135 AAAAAGGTGCCACGGAGTTGTGGGCTTTGAAG
1 -AAAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAG
* **
167 AAAAGATGCCACTGAGTCATGGACTTTGAA-
1 AAAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAG
* ** * *
197 AAGAGATTGCCATTGAGTTGTAGACTTTGGAG
1 AAAAGA-TGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAG
* * **
229 AAAAAATGCCACTGAGTCATGGACTTT-AAG
1 AAAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAG
259 AA
1 AA
261 GGTATTTGAA
Statistics
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AAAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTGAAG
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1231 TGGGTGTTGG
1241 GAAACTTGTGTCTC
1 GAAACTTGTGTCTC
1255 GAAACTTGTGTCTC
1 GAAACTTGTGTCTC
1269 ACCGAGATTT
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1.00 0.00 0.00
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14 14 1.00
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GAAACTTGTGTCTC
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1533 TGATTTTGCC
1543 TTTGCACTTTTTTTGTGTGTT-CT
1 TTTG-ACTTTTTTTGTGT-TTACT
**
1566 TTTGTTTTGTTTTTGTGTTTACT
1 TTTGACTT-TTTTTGTGTTTACT
1589 TTTGACTTTTT
1 TTTGACTTTTT
1600 CATCATTTTT
Statistics
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0.76 0.11 0.14
Matches are distributed among these distances:
22 7 0.25
23 21 0.75
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TTTGACTTTTTTTGTGTTTACT
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1595 TTTTTCATCA
* * * * * *
1605 TTTTTTTTTGTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTGTGTTGTTTTTTTTTTT
1 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
1657 GTGTTTGTAC
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1 39 1.00
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T
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1595 TTTTTCATCA
1605 TTTTTTTTTG
1 TTTTTTTTTG
1615 TTTTTTTTTG
1 TTTTTTTTTG
1625 TTTTTGTTTT-
1 TTTTT-TTTTG
*
1635 TTTTTGTGTTG
1 TTTTT-TTTTG
1646 TTTTTTTTT
1 TTTTTTTTT
1655 TTGTGTTTGT
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TTTTTTTTTG
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1595 TTTTTCATCA
1605 TTTT-TTTTTG-TTTTT
1 TTTTGTTTTTGTTTTTT
1620 TTTTGTTTTTGTTTTTT
1 TTTTGTTTTTGTTTTTT
1637 TTTGTGTTGTTT-TTTTTT
1 TTT-TGTT-TTTGTTTTTT
*
1655 TTGTGTTT
1 TTTTGTTT
1663 GTACTTTTGA
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15 4 0.11
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18 12 0.32
19 3 0.08
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TTTTGTTTTTGTTTTTT
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1601 ATCATTTTTT
*
1611 TTTGTTTTTTTTTGTT
1 TTTGTTTTTTTTTGTG
1627 TTTGTTTTTTTTTGTG
1 TTTGTTTTTTTTTGTG
*
1643 TTGTTTTTTTTTTTGTG
1 TT-TGTTTTTTTTTGTG
1660 TTTGT
1 TTTGT
1665 ACTTTTGAGG
Statistics
Matches: 34, Mismatches: 3, Indels: 2
0.87 0.08 0.05
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16 19 0.56
17 15 0.44
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TTTGTTTTTTTTTGTG
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7171 AACATGCTAT
7181 AAATGCATGAAGCATAGCTCA
1 AAATGCATGAAGCATAGCTCA
7202 AAATGCATGAAGCATAGCTCA
1 AAATGCATGAAGCATAGCTCA
7223 AAATGCATGA
1 AAATGCATGA
7233 TTCATTGGCT
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1.00 0.00 0.00
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AAATGCATGAAGCATAGCTCA
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8217 AGCTTCGTAG
8227 CGATACATTGTAT
1 CGATACATTGTAT
8240 CGATACAAAACTTATGTAT
1 CGATAC---A-TT--GTAT
8259 CGATACATTGTAT
1 CGATACATTGTAT
8272 CGATACA
1 CGATACA
8279 AATCGTTGAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 0, Indels: 12
0.73 0.00 0.27
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13 17 0.52
15 2 0.06
16 2 0.06
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19 10 0.30
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CGATACATTGTAT
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Indices: 8316--8357 Score: 57
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8306 GTTGGGACCT
* *
8316 TGTATCGATACATTTTAACAA
1 TGTATCAATACATTTGAACAA
*
8337 TGTATCAATACATTTGGACAA
1 TGTATCAATACATTTGAACAA
8358 AAATGTGATT
Statistics
Matches: 18, Mismatches: 3, Indels: 0
0.86 0.14 0.00
Matches are distributed among these distances:
21 18 1.00
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TGTATCAATACATTTGAACAA
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Indices: 9149--9742 Score: 700
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9139 GTTAAAGATG
* * * * *
9149 AAGGTGCCGATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGAATTAAAAAATGACA
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTT-AAAGATGACA
** *
9202 AAGACGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTAGACTTAAAGATG---
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
* *
9251 AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTTAAAAGATGACA
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTT-AAAGATGACA
** * *
9304 AAGGCACCAATATGGTGATTCAAGGCCAACGATATTGGACTTAAAGATGACA
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
* *
9356 AAGGCGCCAATATGCTGATTCAAAGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATG---
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
* * * *
9405 AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGAGACATTAGACTTAAAGATGACA
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
** *
9457 AAGGCACCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAA
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
9509 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATG---
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
* * * *
9558 AAGATGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT-AA-A-GAC-
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
9606 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGAC-T-----T---A
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
* * *
9649 AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT-AAG--GAC-
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
* *
9697 AAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAGTGATATTGGACTTAAAG
1 AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAG
9743 GTGCCAATGT
Statistics
Matches: 468, Mismatches: 54, Indels: 42
0.83 0.10 0.07
Matches are distributed among these distances:
43 37 0.08
44 1 0.00
46 1 0.00
47 2 0.00
48 75 0.16
49 121 0.26
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53 71 0.15
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AAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACA
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Indices: 9161--10054 Score: 821
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9151 GGTGCCGATG
* * * *
9161 TGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGAATTAAAAAATGACAAAGACGCCAATATGCTGATTCAAG
1 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTT-AAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGATTCAAG
*
9226 GCCAGCGATATTAGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGAC
65 GCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGAC
9291 TTAAAAGATGACAAAGGCACCAATA
130 TT-AAAGATGACAAAGGCACCAATA
* * *
9316 TGGTGATTCAAGGCCAACGATATTGGACTTAAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGATTCAAAG
1 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGATTCAAGG
* *
9381 CCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGAGACATTAGACT
66 CCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACT
9446 TAAAGATGACAAAGGCACCAATA
131 TAAAGATGACAAAGGCACCAATA
* *
9469 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAAAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGG
1 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGATTCAAGG
* *
9534 CCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGATGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCT
66 CCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACT
**
9599 T-AA-A-GAC-AAGGTGCCAATA
131 TAAAGATGACAAAGGCACCAATA
* *
9618 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGAC-T-----T---AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGG
1 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGATTCAAGG
* * * * * * * *
9674 CCAGCGACATTGGTCTTAAGGA-CAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAGTGATATTGGACT
66 CCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACT
* *
9738 TAAAG--G-----TG--CCAATG
131 TAAAGATGACAAAGGCACCAATA
* * * * *
9752 TGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT----AT---------GCTAATGTGTTGATTCAAGG
1 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGATTCAAGG
* * * * ***
9804 CCAACGACATT-GATCTTAAAGATGAA-GTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATACCAGAC
66 CCAGCGATATTGGA-CTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGAC
* * *
9867 TTAAAG--G-----TG--CCGATG
130 TTAAAGATGACAAAGGCACCAATA
* * * * * *
9882 TGCTGAATCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGATG---AA-GTGCCAATATGCTGAATCACGG
1 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGATTCAAGG
** * *
9943 CCAGCGATACCGAACTT----A--AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCT
66 CCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACT
**
10002 T-AA-A-GAC-AAGGTGCCAATA
131 TAAAGATGACAAAGGCACCAATA
* *
10021 TGCTGATTCAAGGCCAACAATATTGGACTTAAAG
1 TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAG
10055 GTGCCAATGT
Statistics
Matches: 642, Mismatches: 73, Indels: 64
0.82 0.09 0.08
Matches are distributed among these distances:
129 1 0.00
130 110 0.17
131 2 0.00
133 5 0.01
134 66 0.10
135 2 0.00
136 2 0.00
137 1 0.00
139 94 0.15
140 48 0.07
143 1 0.00
148 1 0.00
149 38 0.06
150 3 0.00
151 1 0.00
152 2 0.00
153 144 0.22
154 95 0.15
155 26 0.04
ACGTcount: A:0.33, C:0.19, G:0.25, T:0.23
Consensus pattern (153 bp):
TGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGATTCAAGG
CCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACT
TAAAGATGACAAAGGCACCAATA
Found at i:9699 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 9463--9782 Score: 487
Period size: 91 Copynumber: 3.4 Consensus size: 91
9453 GACAAAGGCA
* * * *
9463 CCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAAAAGGTGCCAATATGCTGAT
1 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT-AAG--G-ACAAGGTGCCAATATGCTGAT
9528 TCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGATG
62 TCAAGGCCAGCGATATTGGACTT-AA-A-G--G-TG
*
9564 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAA
1 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAGGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAA
9629 GGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTG
66 GGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTG
*
9655 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAGGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAA
1 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAGGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAA
*
9720 GGCCAGTGATATTGGACTTAAAGGTG
66 GGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTG
9746 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTA
1 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTA
9783 TGCTAATGTG
Statistics
Matches: 211, Mismatches: 8, Indels: 10
0.92 0.03 0.04
Matches are distributed among these distances:
91 127 0.60
92 1 0.00
94 1 0.00
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98 1 0.00
100 2 0.01
101 33 0.16
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.26, T:0.25
Consensus pattern (91 bp):
CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAGGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAA
GGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTG
Found at i:9848 original size:130 final size:131
Alignment explanation
Indices: 9512--10145 Score: 555
Period size: 130 Copynumber: 4.7 Consensus size: 131
9502 GATGAAAAAG
* * *
9512 GTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGA-CTTAAAGATGAAGATGCCAATGTGCTGA
1 GTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATT-GATCTTAAAGATGAAG-TGCCAATATGCTGA
* * * *
9576 TTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATAT
64 TTCAAGGCCAGCGATATTGGACTT----A-AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACAT
*
9641 TGGACTTAAA
124 TGGTCTT--A
* * * *
9651 GGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAGGA-CAAGGTGCCAATATGCTAA
1 -GTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGATCTTAAAGATGAA-GTGCCAATATGCTGA
*
9715 TTCAAGGCCAGTGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTC
64 TTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTC
9780 TTA
129 TTA
* * *
9783 -TGCTAATGTGTTGATTCAAGGCCAACGACATTGATCTTAAAGATGAAGTGCCAATATGCTGATT
1 GTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGATCTTAAAGATGAAGTGCCAATATGCTGATT
*** * *
9847 CAAGGCCAGCGATACCAGACTTAAAGGTGCCGATGTGCTGAATCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT
66 CAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTC-T
9912 AAAGATGAA
130 -----T--A
* * * * ** * *
9921 GTGCCAATATGCTGAATCACGGCCAGCGATACCGAACTT-AA-A-G--GTGCCAATGTGCTGATT
1 GTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGATCTTAAAGATGAAGTGCCAATATGCTGATT
* * * * * *
9981 CAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAACAATATTG
66 CAAGGCCAGCGATATTGGACTT----A-AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTG
*
10046 GACTTAAA
126 GTCTT--A
* * * ** *
10054 GGTGCCAATGTGCTGATTTAAGGCCAGCAACATTGGTCTTAAAGACAAAGGTGCCAATATACTGA
1 -GTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGATCTTAAAGATGAA-GTGCCAATATGCTGA
* **
10119 TTCACGGCCAATGATATTGGACTTAAA
64 TTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAA
10146 AGAAGATGCC
Statistics
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0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
130 111 0.28
131 3 0.01
132 1 0.00
133 3 0.01
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ACGTcount: A:0.31, C:0.20, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (131 bp):
GTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGATCTTAAAGATGAAGTGCCAATATGCTGATT
CAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT
A
Found at i:9901 original size:221 final size:222
Alignment explanation
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Period size: 221 Copynumber: 3.0 Consensus size: 222
9300 GACAAAGGCA
* * * *
9310 CCAATATGGTGATTCAAGGCCAACGATATTGGA-CTTAAAGATGACAAAGGCGCCAATATGCTGA
1 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAACGACATT-GATCTTAAAGATG---AAGGTGCCAATATGCTGA
* *
9374 TTCAAAGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGAGACA
62 TTCAAGGCCAGCGATATTGGACTT----A--AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACA
* * ** *
9439 TTAGACTTAAAGATGACAAAGGCACCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGA
121 TTGGTCTT-AAG--GAC-AAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAGCGATATTGGAC-T-----
* * *
9504 TGAAAAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGATG
176 T---AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTC-T-----T----ATG
* * *
9564 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGA-CAAGGTGCCAATATGCTGATTCA
1 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAACGACATTGATCTTAAAGATGAAGGTGCCAATATGCTGATTCA
9628 AGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAA
66 AGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAA
*
9693 GGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAGTGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGA
131 GGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGA
9758 TTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTATG
196 TTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTATG
* *
9785 CTAATGTGTTGATTCAAGGCCAACGACATTGATCTTAAAGATGAA-GTGCCAATATGCTGATTCA
1 CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAACGACATTGATCTTAAAGATGAAGGTGCCAATATGCTGATTCA
*** * *
9849 AGGCCAGCGATACCAGACTTAAAGGTGCCGATGTGCTGAATCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAA
66 AGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAA
* * * ** *
9914 AGATGAA-GTGCCAATATGCTGAA-TCACGGCCAGCGATACCGAACTTAAAGGTGCCAATGTGCT
131 GGA-CAAGGTGCCAATATGCT-AATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCT
9977 GATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTA
194 GATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTA
10004 AAGACAAGGT
Statistics
Matches: 401, Mismatches: 35, Indels: 41
0.84 0.07 0.09
Matches are distributed among these distances:
221 196 0.49
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ACGTcount: A:0.32, C:0.19, G:0.25, T:0.24
Consensus pattern (222 bp):
CCAATGTGCTGATTCAAGGCCAACGACATTGATCTTAAAGATGAAGGTGCCAATATGCTGATTCA
AGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAA
GGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGA
TTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTATG
Found at i:9913 original size:91 final size:90
Alignment explanation
Indices: 9508--10145 Score: 634
Period size: 91 Copynumber: 7.0 Consensus size: 90
9498 TAAAGATGAA
* * * *
9508 AAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAGATGCCAATGTGC
1 AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGA-GAAG-TGCCAATATGC
*
9573 TGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT
64 TGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTT
* * * *
9600 AAAGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTT-AA-AG--GTGCCAATG
1 ----A-AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGAGAAGTGCCAATA
*
9661 TGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT
61 TGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTT
* * * * * *
9691 AAGGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAGTGATATTGGACTT-AA-AG--GTGCCAATG
1 ----A-AAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGAGAAGTGCCAATA
*
9752 TGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTT
61 TGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTT
* * * *
9782 --A--TGCTAATGTGTTGATTCAAGGCCAACGACATTGATCTTAAAGATGAAGTGCCAATATGCT
1 AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGA-GAAGTGCCAATATGCT
* ***
9843 GATTCAAGGCCAGCGATACCAGACTT
65 GATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTT
* *
9869 AAAGGTGCCGATGTGCTGAATCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGATGAAGTGCCAATATGCT
1 AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGA-GAAGTGCCAATATGCT
* * * ** *
9934 GAATCACGGCCAGCGATACCGAACTT
65 GATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTT
*
9960 AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGACAAGGTGCCAATATGCT
1 AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGAGAA-GTGCCAATATGCT
* * *
10025 GATTCAAGGCCAACAATATTGGACTT
65 GATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTT
* * * *
10051 AAAGGTGCCAATGTGCTGATTTAAGGCCAGCAACATTGGTCTTAAAGACAAAGGTGCCAATATAC
1 AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGA-GAA-GTGCCAATATGC
* ** *
10116 TGATTCACGGCCAATGATATTGGACTT
64 TGATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTT
10143 AAA
1 AAA
10146 AGAAGATGCC
Statistics
Matches: 485, Mismatches: 45, Indels: 28
0.87 0.08 0.05
Matches are distributed among these distances:
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ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.25, T:0.24
Consensus pattern (90 bp):
AAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGAGAAGTGCCAATATGCTG
ATTCAAGGCCAGCGACATTGGACTT
Found at i:10089 original size:312 final size:319
Alignment explanation
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Period size: 312 Copynumber: 2.0 Consensus size: 319
9462 ACCAATATGC
* *
9472 TGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGATGAAAAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCA
1 TGATTCAAGGCCAACGACATTGGACTTAAAGATG--AAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCA
*** *
9537 GCGATATTGGACTTAAAGATGAAGATGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAA
64 GCGATACCAGACTTAAAGATG-AGATGCCAATGTGCTGAATCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAA
* ** *
9602 AGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGCGATATTGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGA
128 AGACAAGGTGCCAATATGCTGAATCAAGGCCAGCGATACCGAACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGA
* ***
9667 TTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAGGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAGTGATAT
193 TTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAACAATAT
*
9732 TGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTATGCTAATGTGT
258 TGGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCAACATTGGTCTTATGCTAATGTGT
9794 TGATTCAAGGCCAACGACATT-GATCTTAAAGATG-AA-GTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAG
1 TGATTCAAGGCCAACGACATTGGA-CTTAAAGATGAAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAG
*
9856 CGATACCAGACTT-AA-A-G-G-TGCCGATGTGCTGAATCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAG
65 CGATACCAGACTTAAAGATGAGATGCCAATGTGCTGAATCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAG
* *
9916 ATGAA-GTGCCAATATGCTGAATCACGGCCAGCGATACCGAACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGAT
130 A-CAAGGTGCCAATATGCTGAATCAAGGCCAGCGATACCGAACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGAT
*
9980 TCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGACAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAACAATATT
194 TCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAACAATATT
*
10045 GGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTTAAGGCCAGCAACATTGGTCTTA
259 GGACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCAACATTGGTCTTA
10095 AAGACAAAGG
Statistics
Matches: 279, Mismatches: 20, Indels: 14
0.89 0.06 0.04
Matches are distributed among these distances:
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313 3 0.01
315 1 0.00
316 1 0.00
317 2 0.01
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322 29 0.10
ACGTcount: A:0.31, C:0.19, G:0.25, T:0.25
Consensus pattern (319 bp):
TGATTCAAGGCCAACGACATTGGACTTAAAGATGAAAGGTGCCAATATGCTGATTCAAGGCCAGC
GATACCAGACTTAAAGATGAGATGCCAATGTGCTGAATCAAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGA
CAAGGTGCCAATATGCTGAATCAAGGCCAGCGATACCGAACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTC
AAGGCCAGCGACATTGGTCTTAAAGACAAGGTGCCAATATGCTAATTCAAGGCCAACAATATTGG
ACTTAAAGGTGCCAATGTGCTGATTCAAGGCCAGCAACATTGGTCTTATGCTAATGTGT
Found at i:10254 original size:27 final size:28
Alignment explanation
Indices: 10216--10450 Score: 170
Period size: 28 Copynumber: 7.8 Consensus size: 28
10206 AAAGGAGAAA
*
10216 GATGCCATGGAGTTGTGGAC-TTAAAAG
1 GATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAG
*
10243 GGTGCCACGGAGTTGTGGAC-TTAAAAG
1 GATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAG
10270 GAACAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAACA-
1 G----A--TGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAA-AG
10304 GATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAG
1 GATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAG
* *
10332 GATGCCACGGAGTTATGGGCTTTAAAAAG
1 GATGCCACGGAGTTGTGGACTTT-AAAAG
* * *
10361 AAAAATGTGCCATGGAGTTGTGGACTTTGAAGAAAA
1 ---GA--TGCCACGGAGTTGTGGACTTT--A-AAAG
** *
10397 GATGCCACTAAGTCGTGGACTTTGAAAAG
1 GATGCCACGGAGTTGTGGACTTT-AAAAG
* *
10426 ATATTGCCACTGAGTTGTGGACTTT
1 -GA-TGCCACGGAGTTGTGGACTTT
10451 GGAGAAAAAA
Statistics
Matches: 169, Mismatches: 20, Indels: 34
0.76 0.09 0.15
Matches are distributed among these distances:
27 27 0.16
28 45 0.27
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30 3 0.02
31 36 0.21
32 1 0.01
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34 24 0.14
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ACGTcount: A:0.30, C:0.14, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (28 bp):
GATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAG
Found at i:10288 original size:60 final size:62
Alignment explanation
Indices: 10182--10333 Score: 186
Period size: 60 Copynumber: 2.5 Consensus size: 62
10172 TTTTAAAGGT
* * * * *
10182 TGCCACTGACTTGTGGGCTTTTGAAAAGGAGAAAGATGCCATGGAGTTGTGGAC-TTAAA-AGGG
1 TGCCACGGAGTTGTGGAC-TTT-AAAAGGAGAAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAACA-GA
*
10245 TGCCACGGAGTTGTGGAC-TTAAAAGGA-ACAAGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAACAGA
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGAGA-AAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAACAGA
10306 TGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGA
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGA
10334 TGCCACGGAG
Statistics
Matches: 79, Mismatches: 6, Indels: 9
0.84 0.06 0.10
Matches are distributed among these distances:
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Consensus pattern (62 bp):
TGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGAGAAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAACAGA
Found at i:10383 original size:90 final size:91
Alignment explanation
Indices: 10213--10449 Score: 273
Period size: 90 Copynumber: 2.6 Consensus size: 91
10203 TGAAAAGGAG
* * * * *
10213 AAAGATGCCATGGAGTTGTGGAC-TTAAAAGGGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGAACAAG
1 AAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGATGCCACGGAGTTATGGACTTAAAAAGAAAAAG
10277 GTGCCACGGAGTTGTGGACTTT-A-A
66 GTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAGA
* *
10301 ACAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGATGCCACGGAGTTATGGGCTTTAAAAAGAAAAA
1 AAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGATGCCACGGAGTTATGGAC-TTAAAAAGAAAAA
* *
10366 TGTGCCATGGAGTTGTGGACTTTGAAGA
65 GGTGCCACGGAGTTGTGGACTTT-AAGA
** * * * *
10394 AAAGATGCCACTAAGTCGTGGACTTTGAAAAGATATTGCCACTGAGTTGTGGACTT
1 AAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTT-AAAAG-GA-TGCCACGGAGTTATGGACTT
10450 TGGAGAAAAA
Statistics
Matches: 124, Mismatches: 17, Indels: 9
0.83 0.11 0.06
Matches are distributed among these distances:
88 21 0.17
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ACGTcount: A:0.31, C:0.14, G:0.30, T:0.25
Consensus pattern (91 bp):
AAAGATGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAAAGGATGCCACGGAGTTATGGACTTAAAAAGAAAAAG
GTGCCACGGAGTTGTGGACTTTAAGA
Found at i:10493 original size:30 final size:30
Alignment explanation
Indices: 10375--10632 Score: 245
Period size: 30 Copynumber: 8.5 Consensus size: 30
10365 ATGTGCCATG
* *
10375 GAGTTGTGGACTTTGAAGA-AAAGATGCCACT
1 GAGTCGTGGACTTTG-GGACAAA-ATGCCACT
* *
10406 AAGTCGTGGACTTT--GAAAAGATATTGCCACT
1 GAGTCGTGGACTTTGGGACAA-A-A-TGCCACT
* * *
10437 GAGTTGTGGACTTTGGAGAAAAAATGCCACC
1 GAGTCGTGGACTTTGG-GACAAAATGCCACT
10468 GAGTCGTGGACTTTGGGACAAAATGCCACT
1 GAGTCGTGGACTTTGGGACAAAATGCCACT
* * * *
10498 GAGTCGTGGGCTTTAGGAGAAACTGCCACT
1 GAGTCGTGGACTTTGGGACAAAATGCCACT
* *
10528 GAGTCATGGGCTTTGGGACAAAATGCCACT
1 GAGTCGTGGACTTTGGGACAAAATGCCACT
* * * *
10558 AAGTCGTGGACTTTGAGA-AGAGATTGCCATT
1 GAGTCGTGGACTTTGGGACA-A-AATGCCACT
* *
10589 GAGTAGTGGGCTTTGGGACAAAATGCCACT
1 GAGTCGTGGACTTTGGGACAAAATGCCACT
10619 GAGTCGTGGACTTT
1 GAGTCGTGGACTTT
10633 AAGAAGGTAT
Statistics
Matches: 187, Mismatches: 31, Indels: 19
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
28 2 0.01
29 3 0.02
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33 1 0.01
34 5 0.03
ACGTcount: A:0.28, C:0.17, G:0.30, T:0.26
Consensus pattern (30 bp):
GAGTCGTGGACTTTGGGACAAAATGCCACT
Found at i:10612 original size:61 final size:61
Alignment explanation
Indices: 10430--10638 Score: 271
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10420 GAAAAGATAT
* * * *
10430 TGCCACTGAGTTGTGGACTTTGGAGAA-AAAATGCCACCGAGTCGTGGACTTTGGGACAAAA
1 TGCCACTGAGTCGTGGACTTT-GAGAAGAAAATGCCACTGAGTAGTGGGCTTTGGGACAAAA
* * *
10491 TGCCACTGAGTCGTGGGCTTT-AGGAGAAACTGCCACTGAGTCA-TGGGCTTTGGGACAAAA
1 TGCCACTGAGTCGTGGACTTTGAGAAGAAAATGCCACTGAGT-AGTGGGCTTTGGGACAAAA
* * * *
10551 TGCCACTAAGTCGTGGACTTTGAGAAGAGATTGCCATTGAGTAGTGGGCTTTGGGACAAAA
1 TGCCACTGAGTCGTGGACTTTGAGAAGAAAATGCCACTGAGTAGTGGGCTTTGGGACAAAA
*
10612 TGCCACTGAGTCGTGGACTTTAAGAAG
1 TGCCACTGAGTCGTGGACTTTGAGAAG
10639 GTATTTGAAG
Statistics
Matches: 129, Mismatches: 15, Indels: 8
0.85 0.10 0.05
Matches are distributed among these distances:
59 3 0.02
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TGCCACTGAGTCGTGGACTTTGAGAAGAAAATGCCACTGAGTAGTGGGCTTTGGGACAAAA
Found at i:18895 original size:32 final size:32
Alignment explanation
Indices: 18856--18940 Score: 116
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18846 GCTTCGTAAT
*
18856 GATACATTGTATTGATACAAAACTTATGTATC
1 GATACATTGTATCGATACAAAACTTATGTATC
** *
18888 GATACATTGTATCGATACAGCACTTGTGTATC
1 GATACATTGTATCGATACAAAACTTATGTATC
* *
18920 GATATATCGTATCGATACAAA
1 GATACATTGTATCGATACAAA
18941 TCATTGAAAT
Statistics
Matches: 45, Mismatches: 8, Indels: 0
0.85 0.15 0.00
Matches are distributed among these distances:
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GATACATTGTATCGATACAAAACTTATGTATC
Found at i:18900 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 18882--18906 Score: 50
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18872 ACAAAACTTA
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TGTATCGATACAT
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**
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**
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20604 AAACTGGCAG
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*** *
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TGTATCGATACATATTTTTT
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* *
23206 ATGTATCGATACACTGATCTTTGTATCGATACATGCAGGCAAATTTGCCCAG
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* * * *
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32946 ACATTATTCT
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32982 T
1 T
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TTGTATCGATACA
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*
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*
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*
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TATCGATACATGATGAATTA
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33096 CATGATGAAT
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TGTATCGATACAA
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32962 CGATACATTG
* ** *
32972 TATCGATACATGCACAATTGTCTCGATACATGAAACTGGTAGTAGCTACCCTACCACTGTTTGTA
1 TATCGATACATGCACAATTGTATCGATACATGAAACTGACAGTAGCTACCCTACCACTATTTGTA
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66 TCGATACATGGTACATTACATCGATACAATGTATCGATACAATGAGTATCGATATATATCGATAC
33097 ATGATGAATTGTATCGATACAATGTATCGATACATTGCTTTTAACAGCTATAAACGCCTACAATT
131 ATGATGAATTGTATCGATACAATGTATCGATACATTGCTTTTAACAGCTATAAACGCCTACAATT
33162 TCAAATCAATT
196 TCAAATCAATT
*
33173 TATCGATACATGGACAATTGTATCGATACATGAAACTGACAGTAGCTACCCTACCACTATTTGTA
1 TATCGATACATGCACAATTGTATCGATACATGAAACTGACAGTAGCTACCCTACCACTATTTGTA
** * * *
33238 TCGATACATGGTACATTGTATCGATACAGTGTATTGATACATGATGAATTGTATCGATACAATGT
66 TCGATACATGGTACATTACATCGATACAATGTATCGATACA--ATG-A--GTATCGAT---ATAT
*
33303 ATCGATACATGATGAATTGTATCGATACAATGTATCGATACATTGCTTTTAACAGCTATAAACGG
123 ATCGATACATGATGAATTGTATCGATACAATGTATCGATACATTGCTTTTAACAGCTATAAACGC
33368 CTACAATTTCAAATCAATT
188 CTACAATTTCAAATCAATT
* *
33387 TATCGATACAT-TATGAATTGTATCGATACAT
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33418 AGCTATGGGA
Statistics
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TATCGATACATGCACAATTGTATCGATACATGAAACTGACAGTAGCTACCCTACCACTATTTGTA
TCGATACATGGTACATTACATCGATACAATGTATCGATACAATGAGTATCGATATATATCGATAC
ATGATGAATTGTATCGATACAATGTATCGATACATTGCTTTTAACAGCTATAAACGCCTACAATT
TCAAATCAATT
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33239 CGATACATGG
33249 TACATTGTATCGA
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* *
33262 TACAGTGTATTGA
1 TACATTGTATCGA
33275 TACA-TG-AT-G-
1 TACATTGTATCGA
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1 TACATTGTATCGA
*
33295 TACAATGTATCGA
1 TACATTGTATCGA
33308 TACA-TG-AT-G-
1 TACATTGTATCGA
33317 -A-ATTGTATCGA
1 TACATTGTATCGA
*
33328 TACAATGTATCGA
1 TACATTGTATCGA
33341 TACATTG
1 TACATTG
33348 CTTTTAACAG
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TACATTGTATCGA
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33224 TACCACTATT
* *
33234 TGTATCGATACATGGT-ACATTGTATCGATACAG
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*
33267 TGTATTGATACATGATGAATTGTATCGATACAA
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33257 ATCGATACAG
*
33267 TGTATTGATACATGATGAAT
1 TGTATCGATACATGATGAAT
33287 TGTATCGATAC------AA-
1 TGTATCGATACATGATGAAT
33300 TGTATCGATACATGATGAAT
1 TGTATCGATACATGATGAAT
33320 TGTATCGATACA
1 TGTATCGATACA
33332 ATGTATCGAT
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TGTATCGATACATGATGAAT
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51162 TCCTCTAAAT
* *
51172 AAGAAA AAGAAA AA-AAA GA-AAA AAGAAA AAGGAA AAGAAA AATGAAA
1 AAGAAA AAGAAA AAGAAA AAGAAA AAGAAA AAGAAA AAGAAA AA-GAAA
*
51219 ATGAAA AA-AAA A
1 AAGAAA AAGAAA A
51231 TGTTCAATGA
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AAGAAA
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Indices: 51265--51310 Score: 56
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51255 AAAAGAGAAA
51265 AAAGAAAAAAAGAAAATAAATG
1 AAAGAAAAAAAGAAAATAAA-G
* **
51287 AAAGAATATGAGAAAATAAAG
1 AAAGAAAAAAAGAAAATAAAG
51308 AAA
1 AAA
51311 CATTATGTCC
Statistics
Matches: 21, Mismatches: 3, Indels: 1
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AAAGAAAAAAAGAAAATAAAG
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Indices: 51275--51317 Score: 61
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51265 AAAGAAAAAA
*
51275 AGAAAATAAATGAAAGAATATG
1 AGAAAATAAATGAAACAATATG
*
51297 AGAAAATAAA-GAAACATTATG
1 AGAAAATAAATGAAACAATATG
51318 TCCTAGAAAA
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AGAAAATAAATGAAACAATATG
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52560 TTTTGTTTAT
* *
52570 CCATCGATTGA-AACTAAGGAGAATTTCTTTATTCTTTGTCTGC
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* * *
52613 CCGTCGATTCAGACCTAAGAGACTTCTTTATCCTTTGTCTGC
1 CCATCGATTGAGAACTAAGAGACTTCTTTATCCTTTGTCTGC
* * *** * *
52655 CCATCGGTTGAGACCCGGGAGACTTCTTTATCTTTTGTTTGC
1 CCATCGATTGAGAACTAAGAGACTTCTTTATCCTTTGTCTGC
52697 CCAT
1 CCAT
52701 TGGCTCAAAC
Statistics
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Found at i:52649 original size:42 final size:42
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Indices: 52594--52737 Score: 135
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52584 TAAGGAGAAT
* * *
52594 TTCTTTATTCTTTGTCTGCCCGTCGATTCAGACCTAAGAGAC
1 TTCTTTATCCTTTGTCTGCCCATCGATTCAGACCCAAGAGAC
* * **
52636 TTCTTTATCCTTTGTCTGCCCATCGGTTGAGACCCGGGAGAC
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* * * ** * *
52678 TTCTTTATCTTTTGTTTGCCCATTGGCTCAAACCCAGGAGAC
1 TTCTTTATCCTTTGTCTGCCCATCGATTCAGACCCAAGAGAC
* *
52720 TTTCATTATCTTTTGTCT
1 -TTCTTTATCCTTTGTCT
52738 ACCTGTCAGC
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
42 70 0.82
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TTCTTTATCCTTTGTCTGCCCATCGATTCAGACCCAAGAGAC
Found at i:52765 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 52715--53025 Score: 213
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52705 TCAAACCCAG
* * *
52715 GAGACTTTCATTATCTTTTGTCTACCTGTCAGCTTAAACTTGA
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTACCTGTCAGCTTAGACCTGA
* * * * *
52758 GACACTTTCTTTATATTTTGTCTGTA-C-ATCAGCTTAGACTTGG
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTC--TACCTGTCAGCTTAGACCTGA
* * * *
52801 GAGACTTTCTTTATTTTTTATCT-GCTCGTC-GACTCAGACCTGA
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTACCT-GTCAG-CTTAGACCTGA
* *
52844 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCTGA
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTACCTGTCAGCTTAGACCTGA
* * * * * *
52887 GAGATTTTCTTCATCTTTTGTTTGCCTGTCTG-TTGAGACCCGA
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTACCTGTCAGCTT-AGACCTGA
* * ** * * *
52930 GAGAATTTCTTTACCTTTCATCTGCCTTTCAGCCTAGACCTGA
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTACCTGTCAGCTTAGACCTGA
** * ** *
52973 GAGAC-TTCTCCATCTCTTTGCCTGTCTGTCGGCTTAGA-CTCGA
1 GAGACTTTCTTTATCT-TTTGTCTACCTGTCAGCTTAGACCT-GA
53016 GAGACTTTCT
1 GAGACTTTCT
53026 CATCTCTTTG
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 45, Indels: 25
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Matches are distributed among these distances:
41 2 0.01
42 12 0.06
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GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTACCTGTCAGCTTAGACCTGA
Found at i:52926 original size:86 final size:86
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Indices: 52588--53025 Score: 293
Period size: 86 Copynumber: 5.1 Consensus size: 86
52578 TGAAACTAAG
* * * * *
52588 GAGAATTTCTTTAT-TCTTTGTCTGCCCGTC-GATTCAGACCTAAGAGAC-TTCTTTATCCTTTG
1 GAGACTTTCTTTATCT-TTTGTCTGCCCATCAGCTT-AGACCTGAGAGACTTTCTTTATCTTTTG
** * *
52650 TCTGCCCATCGGTTGAGACCCGG
64 TCTGCCTGTCGATTGAGACCCGA
* ** * * * *
52673 GAGAC-TTCTTTATCTTTTGTTTGCCCATTGGCTCAAACC-CAGGAGACTTTCATTATCTTTTGT
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACCTGA-GAGACTTTCTTTATCTTTTGT
* * * **
52736 CTACCTGTCAGCTT-AAACTTGA
65 CTGCCTGTC-GATTGAGACCCGA
* * ** * * * *
52758 GACACTTTCTTTATATTTTGTCTGTACATCAGCTTAGACTTGGGAGACTTTCTTTATTTTTTATC
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACCTGAGAGACTTTCTTTATCTTTTGTC
* * *
52823 TG-CTCGTCGACTCAGACCTGA
66 TGCCT-GTCGATTGAGACCCGA
* * * *
52844 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCTGAGAGATTTTCTTCATCTTTTGTT
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACCTGAGAGACTTTCTTTATCTTTTGTC
52909 TGCCTGTCTG-TTGAGACCCGA
66 TGCCTGTC-GATTGAGACCCGA
* * ** ** * ** *
52930 GAGAATTTCTTTACCTTTCATCTGCCTTTCAGCCTAGACCTGAGAGAC-TTCTCCATCTCTTTGC
1 GAGACTTTCTTTATCTTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACCTGAGAGACTTTCTTTATCT-TTTGT
* * *
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TGCCTGTCGATTGAGACCCGA
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52791 TTAGACTTGG
* ** * **
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* *
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* *
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* * *
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GAGAATTTCTTTACCTTTCATCTGCCTGTCAGACTAGACCTGAGAGACTTCTCCATCTCTTTGCC
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* *
52958 TCAGCCTAGAC-CTGAGAGAC-TTCTCCATCTCTTTGCCTGTCTG
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* ** *
53001 TCGGCTTAGACTCGAGAGACTTTCT-CATCTCTTTGTTTGTTTA
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*
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TCAGCTTAGACTCGAGAGACTTTCTCCATCTCTTTGCCTGTCTA
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* *
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* * * *
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TTAGACCTAGGAGACTACTTTTATCTTTCATCTACCTATCGAC
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* *
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* * * *
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* * *
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* * *
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*
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TTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCCTTTGTCTACTAATCAGT
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53720 TTTGCCCATC
* * * * *
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*
53794 CTTTATCCTTTGTCTGCCTGTT
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* * * *
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* * *
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TTATCCTTTGTCTACCGT
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53739 CTGAGAAACT
* * *
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* ** * * * * *
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*
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* * * * *
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* * *
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53876 TTCTTTTATC
*
53886 CTTTGTCTAC-CGTCGACATTAGACTTGGGAGACTTCTCCATT
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* * * * * *
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1 CTTTGTCTACTCATCGACTTAGA-CTGGGAGACTTCTCCAT-T
* * *
53970 CTTTGTCTGCAT-GTCGACTTAGACTCAGGAGACTTCTCCATT
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CTTTGTCTACTCATCGACTTAGACTGGGAGACTTCTCCATT
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*
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Statistics
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* *
54521 CTTTGTTCGCCCATTGACTTAGACTCGAAAGACTC-CTTTATC
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** * *
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*
54605 TTTTGTTT
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54613 ACTCGTCAGC
Statistics
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CTTTGTTTGCCAATTGACTTAGACTCGAAAGACCGCTTTATC
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54787 GCCCATCGGT
**
54797 TTAGACTTGGCAGACTCCTTTATCCTTTGTCTGCTTGCTAGC
1 TTAGACTTGG-AGACTCCTTTATCCTTTGTCTGCCCGCTAGC
* * * * * * *
54839 TTTGACTTGTAAGACTTCTCTATTTCTTTGTCTGCCCGTTGGC
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*
54882 TTAGACCTAGGAGACTCCTTTATCCTTTGTCT
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54914 ACTCGTCGAC
Statistics
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TTAGACTTGGAGACTCCTTTATCCTTTGTCTGCCCGCTAGC
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Indices: 54773--54974 Score: 183
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54763 GAGACTTTTT
* * * ** * * * *
54773 CCATTTCTTTCTCGGCCCATCGGTTTAGA-CTTGGCAGACTCCTTTATCCTTTGTCTGCTTGCTA
1 CCATTTATTTGTCTGCCCATCGACTTAGACCTAGG-AGACTCCTTTATCCTTTGTCTACTCGCGA
* * * *
54837 GCTTTGACTTGTAAGACTTCT
65 GCTTAGACTCGGAAGACTTCC
* * * * *
54858 CTATTTCTTTGTCTGCCCGTTGGCTTAGACCTAGGAGACTCCTTTATCCTTTGTCTACTCGTCGA
1 CCATTTATTTGTCTGCCCATCGACTTAGACCTAGGAGACTCCTTTATCCTTTGTCTACTCG-CGA
*
54923 -CTTAGACTCGGGAGACTTCC
65 GCTTAGACTCGGAAGACTTCC
* *
54943 CCATTTATTTTTTTGCCCATCGACTTAGACCT
1 CCATTTATTTGTCTGCCCATCGACTTAGACCT
54975 TAGAAGACAT
Statistics
Matches: 93, Mismatches: 22, Indels: 4
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Matches are distributed among these distances:
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CCATTTATTTGTCTGCCCATCGACTTAGACCTAGGAGACTCCTTTATCCTTTGTCTACTCGCGAG
CTTAGACTCGGAAGACTTCC
Found at i:55160 original size:43 final size:43
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55026 CAGGAAAGCA
* * * * *
55036 TTTATCT-TTTGTCTGCCCATCAGCTCAAACTCAAGAGACTT-
1 TTTATCTCTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTC
* * * * * *
55077 TTCCATCTCTTTGTCTACTTATCAGCTTGGAC-CTAAGAGACTTC
1 TT-TATCTCTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTC-GAGAGACTTC
* * *
55121 TTTATCTCTTTATCTGCCCATCGGCTTAGACTCGGGAGACTTC
1 TTTATCTCTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTC
* * * *
55164 TTTATC-CTCTGTCTGCCTATCATCTTAGAC-CTAGGAGACTCCTCC
1 TTTATCTCTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTCGA-GAGACT--T-C
* * * * * * *
55209 TTTA-CTTTTTGTCTGCTTGTCAGCTTAGACTCTATAGACCTCC
1 TTTATCTCTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTCGAGAGA-CTTC
* * * * * * *
55252 TTTA--TCTTTAGTTTGCCTGTCGGCGTAGGCTCGAAAGACTTT
1 TTTATCTCTTTA-TCTGCCTATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTC
* ** *
55294 TTTATCT-TTCT-TCTGCCTGTTGGCTTAGACTCGAGAGACCTC
1 TTTATCTCTT-TATCTGCCTATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTC
* * * * *
55336 TTTTATCT-TTCATCTGCCTGTCAGCTTAGACCCAAAAGACTTCC
1 -TTTATCTCTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTCGAGAGACTT-C
* * * * *
55380 TTTATCT-TTCATCTTCCCATCAGATTAGAC-CTGAGAGACTCC
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* * ** *
55422 TTTTTC-CTTTGTCTGTCC-ATTGGCTTAGAC-CTAGGAGACTTC
1 TTTATCTCTTTATCTG-CCTATCAGCTTAGACTCGA-GAGACTTC
* * * * * *
55464 TCTATCTCTTCATCTGCCCATCAACTTAAACTCGGGAGAC-TC
1 TTTATCTCTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTC
55506 TTT
1 TTT
55509 TATTTTTTGT
Statistics
Matches: 324, Mismatches: 82, Indels: 51
0.71 0.18 0.11
Matches are distributed among these distances:
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TTTATCTCTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTC
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Indices: 55036--55508 Score: 273
Period size: 85 Copynumber: 5.5 Consensus size: 84
55026 CAGGAAAGCA
* * * * * * * *
55036 TTTATCTTTTGTCTGCCCATCAGCTCAAACTCAAGAGACTT-TTCCATCTCTTTGTCTACTTATC
1 TTTATCTTTTATCTGCCCATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTCTT-TATCT-TTAGTCTGCCTATC
*
55100 AGCTTGGACCTAAGAGACTTC
64 AGCTTAGACCTAAGAGACTTC
* * *
55121 TTTATCTCTTTATCTGCCCATCGGCTTAGACTCGGGAGACTTCTTTATCCTCT-GTCTGCCTATC
1 TTTATCT-TTTATCTGCCCATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTCTTTAT-CTTTAGTCTGCCTATC
* *
55185 ATCTTAGACCTAGGAGACTCCTCC
64 AGCTTAGACCTAAGAGACT--T-C
* *** * * * * *
55209 TTTA-CTTTTTGTCTGCTTGTCAGCTTAGACTCTATAGACCTCCTTTATCTTTAGTTTGCCTGTC
1 TTTATC-TTTTATCTGCCCATCAGCTTAGACTCGAGAGA-CTTCTTTATCTTTAGTCTGCCTATC
* * * * *
55273 GGCGTAGGCTCGAA-AGACTTT
64 AGCTTAGAC-CTAAGAGACTTC
** ** * *
55294 TTTATCTTTCT-TCTGCCTGTTGGCTTAGACTCGAGAGACCTCTTTTATCTTTCA-TCTGCCTGT
1 TTTATCTTT-TATCTGCCCATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTC-TTTATCTTT-AGTCTGCCTAT
* *
55357 CAGCTTAGACCCAAAAGACTTCC
63 CAGCTTAGACCTAAGAGACTT-C
* * * * *
55380 TTTATCTTTCATCTTCCCATCAGATTAGAC-CTGAGAGACTCCTTTTTCCTTT-GTCTGTCC-AT
1 TTTATCTTTTATCTGCCCATCAGCTTAGACTC-GAGAGACTTCTTTAT-CTTTAGTCTG-CCTAT
** *
55442 TGGCTTAGACCTAGGAGACTTC
63 CAGCTTAGACCTAAGAGACTTC
* * * * *
55464 TCTATCTCTTCATCTGCCCATCAACTTAAACTCGGGAGAC-TCTTT
1 TTTATCT-TTTATCTGCCCATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTCTTT
55509 TATTTTTTGT
Statistics
Matches: 297, Mismatches: 68, Indels: 47
0.72 0.17 0.11
Matches are distributed among these distances:
84 16 0.05
85 142 0.48
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Consensus pattern (84 bp):
TTTATCTTTTATCTGCCCATCAGCTTAGACTCGAGAGACTTCTTTATCTTTAGTCTGCCTATCAG
CTTAGACCTAAGAGACTTC
Found at i:55845 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 55789--56007 Score: 160
Period size: 42 Copynumber: 5.2 Consensus size: 42
55779 GCTCATTGGT
* * * *
55789 TTAGGCTCATGAGACTCCTTTATCCTTTGTTTGCCCATCAAC
1 TTAGACTCAAGAGACTCCTTTATCCTTTGTCTGCCCATCAGC
* * * *
55831 TTAGACTCAAGAGACCCCTTTAT-CTTTCATCTGCACATC-GG
1 TTAGACTCAAGAGACTCCTTTATCCTTT-GTCTGCCCATCAGC
* * * * * **
55872 TTCAGACCTGAA-AGACT-CTTCCATCTCTTTGTCTACTCGTTGGC
1 TT-AGA-CTCAAGAGACTCCTT-TATC-CTTTGTCTGCCCATCAGC
* * *
55916 TTAGACTCGAGAGACTTCTTTATCTCTTTGTTTGCCCATCAGC
1 TTAGACTCAAGAGACTCCTTTATC-CTTTGTCTGCCCATCAGC
* *
55959 TTAGAC-CAAGGAGACTTCTTTATCCTCTGTCTGCCCATCAGC
1 TTAGACTCAA-GAGACTCCTTTATCCTTTGTCTGCCCATCAGC
56001 TTAGACT
1 TTAGACT
56008 TGGGAGACTC
Statistics
Matches: 137, Mismatches: 29, Indels: 21
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Matches are distributed among these distances:
41 9 0.07
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43 54 0.39
44 10 0.07
ACGTcount: A:0.21, C:0.28, G:0.16, T:0.36
Consensus pattern (42 bp):
TTAGACTCAAGAGACTCCTTTATCCTTTGTCTGCCCATCAGC
Found at i:55961 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 55799--57586 Score: 354
Period size: 43 Copynumber: 41.9 Consensus size: 43
55789 TTAGGCTCAT
* * * *
55799 GAGACTCCTTTATC-CTTTGTTTGCCCATCAACTTAGACTCAA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
** ** * *
55841 GAGACCCCTTTATCT-TTCATCTGCACATC-GGTTCAGAC-CTGA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTT-AGACTC-GA
* * * * * **
55883 AAGAC-TCTTCCATCTCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACTCGA
1 GAGACTTCTT-TATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* *
55926 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTTTGCCCATCAGCTTAGAC-CAA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * *
55968 GGAGACTTCTTTATC-CTCTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTTGG
1 -GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * *
56011 GAGACTCTTCCTTT-T-TCTTTCATCTACCCGTC-GACTTAAAC-CTGA
1 GAGA--CTT-CTTTATCTCTTT-GTCTGCCCATCAG-CTTAGACTC-GA
* * * * *
56056 GAGACTACTTTTATCT-TTTATCTGCCCGTC-GACATAAAC-CTGA
1 GAGACTTC-TTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAG-CTTAGACTC-GA
* * * * *
56099 GAGACTATTTTTATCT-TTTATCTGCCCGTCAGCTTAAACCCGA
1 GAGACT-TCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * * * * * * *
56142 TAGACCTCTTTTAT-TTTTTATTTACCCATCAGTTTAGTC-CTAA
1 GAGACTTC-TTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTC-GA
* ** * * *
56185 GAGGCTTCCTTTATCT-TTCATCTTCCCGTCAAG-TTAGACCCGA
1 GAGACTT-CTTTATCTCTTTGTCTGCCCATC-AGCTTAGACTCGA
* * *
56228 GAGACTTTTTTTATCT-TTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACCCAA
1 GAGAC-TTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* ** * * * *
56271 GAAACTTCTCCATCTCTTTGTTTGCCCATCTGCTTATAC-CTAA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTC-GA
** * * *
56314 GAGACTTCTCCATCTCTTTATCTGCCCATC-GACTTACACTCGG
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAG-CTTAGACTCGA
** * * * * * *
56357 GAGACTTCTCCATCTCTTTATCTACCCGTCGGCTTAGACCCTA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * *
56400 GGTGACTTCTTTATCT-TTTGTGTGCCCATTAGCTTAGAC-CTA
1 -GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* ** * *
56442 TGAGACTTC-TTATC-CTTTGTCTACATATC-GACTTAGACCCGG
1 -GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAG-CTTAGACTCGA
* * ** * *
56484 GAGACTTCTTCAT-TCTTTGTCTACCCATTGGCTTAGATTCGG
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * *
56526 GAGAC-TCTTTTATCT-TTTGTTTGCCCGTCGGCTTAGACTCGG
1 GAGACTTC-TTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * * ** * * *
56568 GAGACTTTTTTAGCTTTTTATCCACCCATCGGCTTAGACTTGG
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * * ** ** * *
56611 GAGACTTCTTTATC-CTTTATTTACCTATTGGCCAAAAC-CTA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* ** *
56652 GGAGAC-CCTTTTATCT-TTTGTCTGCTAAT-TGCCTTAGACTCGA
1 -GAGACTTC-TTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAG-CTTAGACTCGA
* * * * * *
56695 GAGACTTCTTCAT-TTTTTGTCTG--CTTGCTGACCTAGAC-CTGG
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCAT-CAG-CTTAGACTC-GA
* *
56737 GAGA-TTCCTTTATCT-TTCT-TTTGCCCATTAGCTTAGACTC-A
1 GAGACTT-CTTTATCTCTT-TGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * *** * *
56778 GAAGACTTCTCTATCTCTTTTTCTACATGTCGGCTTAGACCCGA
1 G-AGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* ** * * *
56822 AAGACTTTCTCCATTTCTTTGTCTGCCCCTCAGCTTAGACCTTG-
1 GAGAC-TTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGA-CTCGA
* * * * *
56866 GAGACTCCTTTATC-CTTTGCCTGCCCA-CTAGGCTTGGACTTGG
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATC-A-GCTTAGACTCGA
* * * *
56909 GAGACTT-TTCAATTTCTTTGTCTGCCCATC-GACTTACACTTGA
1 GAGACTTCTT-TATCTCTTTGTCTGCCCATCAG-CTTAGACTCGA
* * * * * *
56952 AAGACTTCTTTAT-GCTTTGTTTGCCAATCGGCTTAGAC-CTTA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTC-GA
* * * * * * *
56994 GTGAC-CCTTTTATCTTTCATTTGTTTG----TCAACTCAGACCCAA
1 GAGACTTC-TTTATC--TC-TTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * ** * *
57036 GAGACTT-TTCCATTTCTTCATCTGTCCATC-GACTTAGAC-CTGG
1 GAGACTTCTT-TATCTCTTTGTCTGCCCATCAG-CTTAGACTC-GA
* * * ** ** *
57079 GAGGCTTC-TCATTCTCTTTGTCTACCTGTCAGCTTTTACCCGA
1 GAGACTTCTTTA-TCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
** * * * *
57122 GAGACTTTCTCCATTTCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGAC-CTGG
1 GAGAC-TTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTC-GA
* * * * * * *
57166 GAG-CCTCTTTTATC-ATTTATCTACCCAGTCGGCTTTGACTTGA
1 GAGACTTC-TTTATCTCTTTGTCTGCCCA-TCAGCTTAGACTCGA
* * * ** *
57209 GAGACTT-TTCCATTTCTTTGTCTGCCCGTTGGCTTAGAC-CCA
1 GAGACTTCTT-TATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* ** *
57251 GGAGAC-TCTTTTATCT-TTTATCTGCCTGTC-GACTTAGACACGA
1 -GAGACTTC-TTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAG-CTTAGACTCGA
* ** * * * * * * *
57294 GGGACTTCTCCATTTCTTTGTTTCCCCATCAACATAGACTTGG
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * *** *
57337 GAGACTTC-TCACTCTCTTCGTCTACATGTCAGCTTAGACTCGG
1 GAGACTTCTTTA-TCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * *
57380 GAGACTCCTTTATC-CTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCCGA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
** * * * **
57422 GAGACCCCTTTATCT-TTTATCTACCCATTAGCTCGGACTCGA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * * ** * *
57464 AAGACTT-TTCCATCTCTTTGTTTGCTCATTGGCTTAGACCCAA
1 GAGACTTCTT-TATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * * * *
57507 GAGACTTTTTTATCTGTTTATCTGCCTATCAGCTTAGACTTGG
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
* * * *
57550 GTGACTTCTTTATC-CTTTGTTTTCCCGTCAGCTTAGA
1 GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGA
57587 GCTGGGAGAC
Statistics
Matches: 1266, Mismatches: 358, Indels: 244
0.68 0.19 0.13
Matches are distributed among these distances:
39 5 0.00
40 4 0.00
41 51 0.04
42 438 0.35
43 596 0.47
44 134 0.11
45 30 0.02
46 8 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.27, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
GAGACTTCTTTATCTCTTTGTCTGCCCATCAGCTTAGACTCGA
Found at i:57340 original size:85 final size:86
Alignment explanation
Indices: 57119--57503 Score: 264
Period size: 85 Copynumber: 4.5 Consensus size: 86
57109 AGCTTTTACC
*
57119 CGAGAGACTTTCTCCATTTCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCTGGGAGCCTCTTTTATCATTT
1 CGAGAGAC-TTCTCCATTTCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCTGGGAGACTCTTTTATCATTT
* * *
57184 ATCTACCCAGTCGGCTTTGACT
65 ATCTACCCAGTCGACTTAGACA
* * * * * ** *
57206 TGAGAGACTTTTCCATTTCTTTGTCTGCCCGTTGGCTTAGACCCAGGAGACTCTTTTATCTTTTA
1 CGAGAGACTTCTCCATTTCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCTGGGAGACTCTTTTATCATTTA
* *
57271 TCT-GCCTGTCGACTTAGACA
66 TCTACCCAGTCGACTTAGACA
* * * * * * * *
57291 CGAGGGACTTCTCCATTTCTTTGTTTCCCCATCAACATAGACTTGGGAGACT-TCTCACTC-TCT
1 CGAGAGACTTCTCCATTTCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCTGGGAGACTCTTTTA-TCAT-T
* *
57354 TCGTCTA--CATGTC-AGCTTAGACT
64 T-ATCTACCCA-GTCGA-CTTAGACA
* * ** * * * * * *
57377 CGGGAGACTCCTTTA-TCCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCCGAGAGACCCCTTTATCTTTTA
1 CGAGAGACTTCTCCATTTCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCTGGGAGACTCTTTTATCATTTA
* * ** *
57441 TCTACCCATTAG-CTCGGACT
66 TCTACCCAGTCGACTTAGACA
* * * * *
57461 CGAAAGACTTTTCCATCTCTTTGTTTGCTCATTGGCTTAGACC
1 CGAGAGACTTCTCCATTTCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACC
57504 CAAGAGACTT
Statistics
Matches: 222, Mismatches: 64, Indels: 26
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
84 23 0.10
85 112 0.50
86 80 0.36
87 7 0.03
ACGTcount: A:0.18, C:0.27, G:0.17, T:0.37
Consensus pattern (86 bp):
CGAGAGACTTCTCCATTTCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCTGGGAGACTCTTTTATCATTTA
TCTACCCAGTCGACTTAGACA
Found at i:57426 original size:42 final size:42
Alignment explanation
Indices: 57367--57600 Score: 130
Period size: 42 Copynumber: 5.5 Consensus size: 42
57357 TCTACATGTC
* *
57367 AGCTTAGACTCGGGAGACTCCTTTATCCTTTGTTTGCCCATT
1 AGCTTAGACCCGAGAGACTCCTTTATCCTTTGTTTGCCCATT
* * * * *
57409 AGCTTAGACCCGAGAGACCCCTTTATCTTTTATCTACCCATT
1 AGCTTAGACCCGAGAGACTCCTTTATCCTTTGTTTGCCCATT
** * * *
57451 AGCTCGGACTCGAAAGACT--TTTCCATCTCTTTGTTTGCTCATT
1 AGCTTAGACCCGAGAGACTCCTTT--ATC-CTTTGTTTGCCCATT
* * ** * * * * *
57494 GGCTTAGACCCAAGAGACTTTTTTATCTGTTTATCTGCCTATC
1 AGCTTAGACCCGAGAGACTCCTTTATC-CTTTGTTTGCCCATT
** * * * * * *
57537 AGCTTAGACTTGGGTGACTTCTTTATCCTTTGTTTTCCCGTC
1 AGCTTAGACCCGAGAGACTCCTTTATCCTTTGTTTGCCCATT
* * *
57579 AGCTTAGAGCTGGGAGACTCCT
1 AGCTTAGACCCGAGAGACTCCT
57601 ATCCCAACGC
Statistics
Matches: 141, Mismatches: 46, Indels: 10
0.72 0.23 0.05
Matches are distributed among these distances:
40 3 0.02
42 79 0.56
43 56 0.40
45 3 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (42 bp):
AGCTTAGACCCGAGAGACTCCTTTATCCTTTGTTTGCCCATT
Found at i:57568 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 57365--57586 Score: 230
Period size: 85 Copynumber: 2.6 Consensus size: 84
57355 CGTCTACATG
* *
57365 TCAGCTTAGACTCGGGAGACTCCTTTATCCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCCGAGAGACCCC
1 TCAGCTTAGACTCGGGAGACTTCTTTATCCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCCAAGAGACCCC
57430 TTTATCTTTTATCTACCCA
66 TTTATCTTTTATCTACCCA
* ** ** * * * *
57449 TTAGCTCGGACTCGAAAGACTT-TTCCATCTCTTTGTTTGCTCATTGGCTTAGACCCAAGAGACT
1 TCAGCTTAGACTCGGGAGACTTCTT-TATC-CTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCCAAGAGACC
** * *
57513 TTTTTATCTGTTTATCTGCCTA
64 CCTTTATCT-TTTATCTACCCA
* * * * *
57535 TCAGCTTAGACTTGGGTGACTTCTTTATCCTTTGTTTTCCCGTCAGCTTAGA
1 TCAGCTTAGACTCGGGAGACTTCTTTATCCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGA
57587 GCTGGGAGAC
Statistics
Matches: 106, Mismatches: 28, Indels: 7
0.75 0.20 0.05
Matches are distributed among these distances:
83 2 0.02
84 19 0.18
85 55 0.52
86 28 0.26
87 2 0.02
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (84 bp):
TCAGCTTAGACTCGGGAGACTTCTTTATCCTTTGTTTGCCCATTAGCTTAGACCCAAGAGACCCC
TTTATCTTTTATCTACCCA
Found at i:58675 original size:79 final size:79
Alignment explanation
Indices: 58539--59029 Score: 516
Period size: 79 Copynumber: 6.2 Consensus size: 79
58529 AAGTTTAATA
* * * * * *
58539 TTTTGGAGATAAAATCGAGGTTGGGGGTATCCTTTCAAAAATAACAGGGTCAGAGTATCCCCGAT
1 TTTTGGAAATAAAATCGGGGTT-GGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTAGAGTATCCCCGAT
*
58604 TGT-GAGAAATCGGTA
65 TGTGGA-AAATCGGTG
** * * *
58619 TTTTAAAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCACTTCGGAAATAACAGGGTTGGAGTATCCCCGATT
1 TTTTGGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTAGAGTATCCCCGATT
* *
58684 ATGGAAAATCGATG
66 GTGGAAAATCGGTG
* * ** * *
58698 TTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCGAAAATAATGGGGTTGGAGTATCCTCGATT
1 TTTTGGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTAGAGTATCCCCGATT
*
58763 GTGGAAAATTGGTG
66 GTGGAAAATCGGTG
* * * * * * *
58777 TTTTAGAAATAAAATCGAGGTTGGAATATCCCCTCAAAAATAACAGGGTTAGAGTTTCCCCAATT
1 TTTTGGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTAGAGTATCCCCGATT
* * *
58842 GTAGAAAATTGGTT
66 GTGGAAAATCGGTG
* * * * *
58856 TTTTGGAAATGAAACCAGGGTTGGAGTATCCCTTCAAAAATAACGGGGTTAGAGTATCCCCGATT
1 TTTTGGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTAGAGTATCCCCGATT
* * **
58921 ATGGAAAATTGGCA
66 GTGGAAAATCGGTG
* * * * * *
58935 TTTTGGAAATAAGATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAACAACGGGGTTGGAGTATCCTCAATT
1 TTTTGGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTAGAGTATCCCCGATT
** *
59000 GTTAAAAATCGATG
66 GTGGAAAATCGGTG
59014 TTTTGGAAATAAAATC
1 TTTTGGAAATAAAATC
59030 AAGATTAGAG
Statistics
Matches: 340, Mismatches: 70, Indels: 3
0.82 0.17 0.01
Matches are distributed among these distances:
79 320 0.94
80 20 0.06
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.25, T:0.29
Consensus pattern (79 bp):
TTTTGGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTAGAGTATCCCCGATT
GTGGAAAATCGGTG
Found at i:58799 original size:158 final size:158
Alignment explanation
Indices: 58539--59046 Score: 599
Period size: 158 Copynumber: 3.2 Consensus size: 158
58529 AAGTTTAATA
* * ** * *
58539 TTTTGGAGATAAAATC-GAGGTTGGGGGTATCCTTTCAAAAATAACAGGGTCAGAGTATCCCCGA
1 TTTTGGAAATAAAATCAG-GGTT-GGAGTATCCCCTCAAAAATAACGGGGTTAGAGTATCCCCGA
* * * *
58603 TTGT-GAGAAATCGGTATTTTAAAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCACTTCGGAAATAACAGGG
64 TTGTGGA-AAATTGGTATTTTAGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGG
* * *
58667 TTGGAGTATCCCCGATTATGGAAAATCGATG
128 TTGGAGTATCCCCAATTGTAGAAAATCGATG
* * * *
58698 TTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCGAAAATAATGGGGTTGGAGTATCCTCGATT
1 TTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCAAAAATAACGGGGTTAGAGTATCCCCGATT
* * * * * *
58763 GTGGAAAATTGGTGTTTTAGAAATAAAATCGAGGTTGGAATATCCCCTCAAAAATAACAGGGTTA
66 GTGGAAAATTGGTATTTTAGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTG
* * * *
58828 GAGTTTCCCCAATTGTAGAAAATTGGTT
131 GAGTATCCCCAATTGTAGAAAATCGATG
* * *
58856 TTTTGGAAATGAAACCAGGGTTGGAGTATCCCTTCAAAAATAACGGGGTTAGAGTATCCCCGATT
1 TTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCAAAAATAACGGGGTTAGAGTATCCCCGATT
* * * * * *
58921 ATGGAAAATTGGCATTTTGGAAATAAGATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAACAACGGGGTTG
66 GTGGAAAATTGGTATTTTAGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTG
*
58986 GAGTATCCTCAATTGTTA-AAAATCGATG
131 GAGTATCCCCAATTG-TAGAAAATCGATG
* * *
59014 TTTTGGAAATAAAATCAAGATTAGAGTATCCCC
1 TTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCC
59047 AAGATGAAAA
Statistics
Matches: 289, Mismatches: 57, Indels: 7
0.82 0.16 0.02
Matches are distributed among these distances:
158 265 0.92
159 23 0.08
160 1 0.00
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.25, T:0.29
Consensus pattern (158 bp):
TTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCAAAAATAACGGGGTTAGAGTATCCCCGATT
GTGGAAAATTGGTATTTTAGAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAATAACAGGGTTG
GAGTATCCCCAATTGTAGAAAATCGATG
Found at i:58924 original size:237 final size:238
Alignment explanation
Indices: 58547--59029 Score: 637
Period size: 237 Copynumber: 2.0 Consensus size: 238
58537 TATTTTGGAG
** ** *
58547 ATAAAATCGAGGTTGGGGGTATCCTTTCAAAAATAACAGGGTCAGAGTATCCCCGATTGTGAGAA
1 ATAAAATCGAGGTTGGGAATATCCCCTCAAAAATAACAGGGTCAGAGTATCCCCAATTGTGAGAA
* * ** *
58612 ATCGGTATTTTAAAAATAAAATCGGGGTTGGAGTATCACTTCGGAAATAACAGGGTTGGAGTATC
66 ATCGGTATTTTAAAAATAAAACCAGGGTTGGAGTATCACTTCAAAAATAACAGGGTTAGAGTATC
** * *
58677 CCCGATTATGGAAAATCGATGTTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCGAAAATAAT
131 CCCGATTATGGAAAATCGACATTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCGAAAACAAC
* * * *
58742 GGGGTTGGAGTATCCTCGATTGTGGAAAATTGGTGTTTTAGAA
196 GGGGTTGGAGTATCCTCAATTGTGAAAAATCGATGTTTTAGAA
* *
58785 ATAAAATCGAGGTT-GGAATATCCCCTCAAAAATAACAGGGTTAGAGTTTCCCCAATTGT-AGAA
1 ATAAAATCGAGGTTGGGAATATCCCCTCAAAAATAACAGGGTCAGAGTATCCCCAATTGTGAG-A
* * ** * * *
58848 AATTGGTTTTTTGGAAATGAAACCAGGGTTGGAGTATCCCTTCAAAAATAACGGGGTTAGAGTAT
65 AATCGGTATTTTAAAAATAAAACCAGGGTTGGAGTATCACTTCAAAAATAACAGGGTTAGAGTAT
* * * * *
58913 CCCCGATTATGGAAAATTGGCATTTTGGAAATAAGATCGGGGTTGGAGTATCCCTTCGAAAACAA
130 CCCCGATTATGGAAAATCGACATTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCGAAAACAA
* *
58978 CGGGGTTGGAGTATCCTCAATTGTTAAAAATCGATGTTTTGGAA
195 CGGGGTTGGAGTATCCTCAATTGTGAAAAATCGATGTTTTAGAA
59022 ATAAAATC
1 ATAAAATC
59030 AAGATTAGAG
Statistics
Matches: 210, Mismatches: 34, Indels: 3
0.85 0.14 0.01
Matches are distributed among these distances:
236 2 0.01
237 194 0.92
238 14 0.07
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.25, T:0.29
Consensus pattern (238 bp):
ATAAAATCGAGGTTGGGAATATCCCCTCAAAAATAACAGGGTCAGAGTATCCCCAATTGTGAGAA
ATCGGTATTTTAAAAATAAAACCAGGGTTGGAGTATCACTTCAAAAATAACAGGGTTAGAGTATC
CCCGATTATGGAAAATCGACATTTTGGAAATAAAATCAGGGTTGGAGTATCCCCTCGAAAACAAC
GGGGTTGGAGTATCCTCAATTGTGAAAAATCGATGTTTTAGAA
Found at i:60392 original size:137 final size:138
Alignment explanation
Indices: 60145--60422 Score: 531
Period size: 137 Copynumber: 2.0 Consensus size: 138
60135 CAGCAAACAC
*
60145 AACATATGTCATGGAGGATAGAAATGCATGAACCAATATGACATCTTTATGGGAAGAAAAGAAAA
1 AACATATGTCATGGAGGATAGAAATGCATGAACCAATATGACATCATTATGGGAAGAAAAGAAAA
*
60210 GAAAGAACAAATGCATGGTGATGGCAAGGTATCATCAAGATAAACATGTTAAAAAGACATTTTTA
66 GAAAGAACAAATGCATGGTGATGGCAAGGTATCATCAAGATAAACATGTTAAAAAGACATTTTAA
60275 TTTCATGG
131 TTTCATGG
60283 AACATATGTCATGGAGGATAGAAATGCATGAACCAATATGACAT-ATTATGGGAAGAAAAGAAAA
1 AACATATGTCATGGAGGATAGAAATGCATGAACCAATATGACATCATTATGGGAAGAAAAGAAAA
60347 GAAAGAACAAATGCATGGTGATGGCAAGGTATCATCAAGATAAACATGTTAAAAAGACATTTTAA
66 GAAAGAACAAATGCATGGTGATGGCAAGGTATCATCAAGATAAACATGTTAAAAAGACATTTTAA
60412 TTTCATGG
131 TTTCATGG
60420 AAC
1 AAC
60423 CTATCAAGCT
Statistics
Matches: 138, Mismatches: 2, Indels: 1
0.98 0.01 0.01
Matches are distributed among these distances:
137 94 0.68
138 44 0.32
ACGTcount: A:0.45, C:0.11, G:0.21, T:0.24
Consensus pattern (138 bp):
AACATATGTCATGGAGGATAGAAATGCATGAACCAATATGACATCATTATGGGAAGAAAAGAAAA
GAAAGAACAAATGCATGGTGATGGCAAGGTATCATCAAGATAAACATGTTAAAAAGACATTTTAA
TTTCATGG
Found at i:61514 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 61488--61544 Score: 87
Period size: 20 Copynumber: 2.9 Consensus size: 20
61478 ATGTATCGAT
* *
61488 ACAATGTATTGATACCATGA
1 ACAATGTATCGATACAATGA
*
61508 CCAATGTATCGATACAATGA
1 ACAATGTATCGATACAATGA
61528 ACAATGTATCGATACAA
1 ACAATGTATCGATACAA
61545 ATTGTGAAAA
Statistics
Matches: 33, Mismatches: 4, Indels: 0
0.89 0.11 0.00
Matches are distributed among these distances:
20 33 1.00
ACGTcount: A:0.42, C:0.18, G:0.14, T:0.26
Consensus pattern (20 bp):
ACAATGTATCGATACAATGA
Found at i:62054 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 61931--63429 Score: 426
Period size: 86 Copynumber: 17.5 Consensus size: 86
61921 CTTAGGTCCG
* * * *
61931 AGAGACTTCTTTTAT-TTTTCATCTGCCTGTC-GACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTATATCTTTC
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTT-GTCTGCCCGTCAG-CTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTC
*
61994 GTCTATCTGTCAACTTAGACCAA
64 GTCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * *
62017 AAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA-AGGACTTCTTCC-AT-TTTT
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGG-C--C-TCCTATATCTT
* * * * *
62079 TTGTTTGTCGGTCAACTTAGACTC-G
62 TCGTCTATCCGTCAACTTAGAC-CAA
* ** * * * * * *
62104 AGAGAC-TCCTTTATCTTTTGTCTGCTCGTTGGTTTAGACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTAC-
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCT-CCTATATCTTTCG
* * *** **
62167 TCTACCCATTGGCTTAGACCCG
65 TCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * * ** ** * * * *
62189 GGAGAC-TCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACC-CTTTTATCATTCGT
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTCGT
** * *** *
62252 CTGCCCATTGGCTTAGACCCA
66 CTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * *
62273 AGAGACTTCTTTTAT-TTTTCATCTGCCCGTC-GACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTC
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTT-GTCTGCCCGTCAG-CTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTC
**
62336 GTCTATTTGTCAACTTAGACCAA
64 GTCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * * *
62359 AAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCAAG-GGACTTCTTCC-AT-TTTT
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGG-C--C-TCCTATATCTT
* ** *
62421 TTGT-T-TGCCGGTTGACTTAGACTC-G
62 TCGTCTAT-CC-GTCAACTTAGAC-CAA
* * ** * * * * * *
62446 AGAGAC-TCCTCTATCTTTTGTTTGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTC-
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCT-CCTATATCTTTCG
* * *** **
62509 TCTACCCATTGGCTTAGACCTG
65 TCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * * ** ** * * * *
62531 GGAGAC-TCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACC-CTTTTATCATTCGT
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTCGT
** * *** *
62594 CTGCCCATTGGCTTAGACCCA
66 CTATCCGTCAACTTAGACCAA
** * * *
62615 AGAGACTTATTTTAT-TTTTCATCTGCCCGTC-GACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTC
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTT-GTCTGCCCGTCAG-CTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTC
**
62678 GTCTATTTGTCAACTTAGACCAA
64 GTCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * * *
62701 AAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAACTTAGACCCGAG-GGACTTCTTCC-AT-TTTT
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGG-C--C-TCCTATATCTT
* * * *
62763 TTGTTTA-CCGGTCGACTTAGACTC-G
62 TCGTCTATCC-GTCAACTTAGAC-CAA
* ** * * * * * *
62788 AGAGAC-TCCTTTATCTTTTGTTTGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTT-G
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCT-CCTATATCTTTCG
* *** **
62851 TCTACCCGTTGGCTTAGACCCG
65 TCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * * ** ** * * * * * *
62873 GGAGACTT-TTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAAAGACC-CTTTTATCATTCAT
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTCGT
** * *** *
62936 CTGCCCATTGGCTTAGACCCA
66 CTATCCGTCAACTTAGACCAA
** * * *
62957 AGAGACTTATTTTAT-TTTTCATCTGCCCGTC-GACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTC
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTT-GTCTGCCCGTCAG-CTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTC
**
63020 GTCTATTTGTCAACTTAGACCAA
64 GTCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * *
63043 AAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGAG-GGACTTCTTCC-AT-TTTT
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGG-C--C-TCCTATATCTT
* * * *
63105 TTGTTTA-CCGGTCGACTTAGACTC-G
62 TCGTCTATCC-GTCAACTTAGAC-CAA
* ** * * * * * *
63130 AGAGAC-TCCTTTATCTTTTGTTTGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTT-G
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCT-CCTATATCTTTCG
* *** **
63193 TCTACCCGTTGGCTTAGACCCG
65 TCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * * ** ** * * * * *
63215 GGAGACTT-TTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAAAGACC-CTTTTATCATTCGT
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTCGT
** * *** *
63278 CTGCCCATTGGCTTAGACCCA
66 CTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * * * *
63299 AGAGACTTCTTTTAT-TTTTCATCTGCCCGTC-GACTTAGACTCGAGAGGTCTCCTTTATCTTTC
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTT-GTCTGCCCGTCAG-CTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTC
* *
63362 GCCTATCTGTCAACTTAGACCAA
64 GTCTATCCGTCAACTTAGACCAA
* * *
63385 AAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGAG
1 AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAG
63430 GGACTTCTTC
Statistics
Matches: 1040, Mismatches: 293, Indels: 160
0.70 0.20 0.11
Matches are distributed among these distances:
83 33 0.03
84 130 0.12
85 328 0.32
86 400 0.38
87 124 0.12
88 13 0.01
89 12 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (86 bp):
AGAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTCAGCTTAGACCCGAGAGGCCTCCTATATCTTTCGT
CTATCCGTCAACTTAGACCAA
Found at i:62220 original size:85 final size:84
Alignment explanation
Indices: 62094--63651 Score: 425
Period size: 85 Copynumber: 18.3 Consensus size: 84
62084 TGTCGGTCAA
* * * * * *
62094 CTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTCTGCTCGTTGGTTTAGACCTGAGAGACTTCCCTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGA---CCCTA
62159 TT-TC-TTAC-TCTACCCATTGG
63 TTATCATT-CGTCTACCCATTGG
* * *
62179 CTTAGACCCGGGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTATTA
*
62244 TCATTCGTCTGCCCATTGG
66 TCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * * * * * *
62263 CTTAGACCCAAGAGACTTCTTTTAT-TTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCT
1 CTTAGACCCGAGAGAC-TCTTTTATCCTTT-GTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGA-GAC-CCT
* **** ***
62327 -TTATCTTTCGTCTATTTGTCAA
62 ATTATCATTCGTCTACCCATTGG
** * * * * * * ** * *
62349 CTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCAAGGGACTTCTTC
1 CTTAGACCCGAGAGAC-TCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGAC--C--C
* * * * * ** *
62414 CATT-T-TTTTGTTTGCCGGTTGA
61 TATTATCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * * * * * * *
62436 CTTAGACTCGAGAGACTCCTCTATCTTTTGTTTGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGA---CCCTA
*
62501 TT-TCTTTC-TCTACCCATTGG
63 TTATCATTCGTCTACCCATTGG
* * * *
62521 CTTAGACCTGGGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTATTA
*
62586 TCATTCGTCTGCCCATTGG
66 TCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * * * * * * *
62605 CTTAGACCCAAGAGACTTATTTTAT-TTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCT
1 CTTAGACCCGAGAGAC-TCTTTTATCCTTT-GTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGA-GAC-CCT
* **** ***
62669 -TTATCTTTCGTCTATTTGTCAA
62 ATTATCATTCGTCTACCCATTGG
** * * * * * * *** *
62691 CTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAACTTAGACCCGAGGGACTTCTTC
1 CTTAGACCCGAGAGAC-TCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGAC--C--C
* * * * ** * *
62756 CATT-T-TTTTGTTTACCGGTCGA
61 TATTATCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * * * * * *
62778 CTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTTTGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGA---CCCTA
* *
62843 TT-TC-TTTGTCTACCCGTTGG
63 TTATCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * *
62863 CTTAGACCCGGGAGACTTTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAAAGACCCTTTTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTATTA
* *
62928 TCATTCATCTGCCCATTGG
66 TCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * * * * * * *
62947 CTTAGACCCAAGAGACTTATTTTAT-TTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCT
1 CTTAGACCCGAGAGAC-TCTTTTATCCTTT-GTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGA-GAC-CCT
* **** ***
63011 -TTATCTTTCGTCTATTTGTCAA
62 ATTATCATTCGTCTACCCATTGG
** * * * * * * ** *
63033 CTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGAGGGACTTCTTC
1 CTTAGACCCGAGAGAC-TCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGAC--C--C
* * * * ** * *
63098 CATT-T-TTTTGTTTACCGGTCGA
61 TATTATCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * * * * * *
63120 CTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTTTGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGA---CCCTA
* *
63185 TT-TC-TTTGTCTACCCGTTGG
63 TTATCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * *
63205 CTTAGACCCGGGAGACTTTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAAAGACCCTTTTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTATTA
*
63270 TCATTCGTCTGCCCATTGG
66 TCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * * * * * *
63289 CTTAGACCCAAGAGACTTCTTTTAT-TTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGTCTCCT
1 CTTAGACCCGAGAGAC-TCTTTTATCCTTT-GTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGA-GAC-CCT
* * * ** ***
63353 -TTATCTTTCGCCTATCTGTCAA
62 ATTATCATTCGTCTACCCATTGG
** * * * * * * ** * *
63375 CTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGAGGGACTTCT-T
1 CTTAGACCCGAGAGAC-TCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGAC-CCTAT
* ** * * ** * *
63439 CCAGTTTTTTGTTTACCGGTCGA
64 -TA-TCATTCGTCTACCCATTGG
* * * * * * * *
63462 CTTAGACTCGAAAGACTCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTTGGTTTAGACCTGAGAGACTTCCCTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGA---CCCTA
* *
63527 TT-TC-TTTGTCTACCCGTTGG
63 TTATCATTCGTCTACCCATTGG
* * *
63547 CTTAGACCCGGGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTA
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTATTA
* *
63612 TCTTTCGTCTGCCCATTGG
66 TCATTCGTCTACCCATTGG
*
63631 CTTAGACCCAAGAGACT-TTTT
1 CTTAGACCCGAGAGACTCTTTT
63652 CATTTCTTTC
Statistics
Matches: 1094, Mismatches: 318, Indels: 124
0.71 0.21 0.08
Matches are distributed among these distances:
82 30 0.03
83 18 0.02
84 144 0.13
85 401 0.37
86 359 0.33
87 123 0.11
88 8 0.01
89 11 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (84 bp):
CTTAGACCCGAGAGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTCGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTATTA
TCATTCGTCTACCCATTGG
Found at i:62299 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 62094--63694 Score: 685
Period size: 43 Copynumber: 37.5 Consensus size: 43
62084 TGTCGGTCAA
* * * *
62094 CTTAGACTCGAGAGAC-TCCTTTATCTTTTGTCTGCTCGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * * *
62136 TTTAGACCTGAGAGACTTCCCTATT-TCTTAC-TCTACCCATTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTT--CTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * **
62179 CTTAGACCCGGGAGAC-TCTTTTATCCTTT-GTCTACTGGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTAT-CTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * *
62221 CTTAGACCCGAGAGAC-CCTTTTATCATTCGTCTGCCCATTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * *
62263 CTTAGACCCAAGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * **** ***
62306 CTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGTCTATTTGTCAA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
** * * * * * **
62349 CTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * ** * * * * *
62392 CTTAGACCCAAGGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTGCCGGTTGA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTA-TCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * *
62436 CTTAGACTCGAGAGAC-TCCTCTATCTTTTGTTTGCCCGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * * *
62478 TTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATT-TCTTTC-TCTACCCATTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTT--CTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * **
62521 CTTAGACCTGGGAGAC-TCTTTTATCCTTT-GTCTACTGGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTAT-CTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * *
62563 CTTAGACCCGAGAGAC-CCTTTTATCATTCGTCTGCCCATTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * * *
62605 CTTAGACCCAAGAGACTTATTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * **** ***
62648 CTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGTCTATTTGTCAA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
** * * * * * ***
62691 CTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* ** * * * * * * *
62734 CTTAGACCCGAGGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTA-TCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * *
62778 CTTAGACTCGAGAGAC-TCCTTTATCTTTTGTTTGCCCGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * *
62820 TTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATT-TCTTT-GTCTACCCGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTT--CTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * **
62863 CTTAGACCCGGGAGACTT-TTTTATCCTTT-GTCTACTGGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTAT-CTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * *
62905 CTTAGACCCGAAAGAC-CCTTTTATCATTCATCTGCCCATTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * * *
62947 CTTAGACCCAAGAGACTTATTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * **** ***
62990 CTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGTCTATTTGTCAA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
** * * * * * **
63033 CTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* ** * * * * * * *
63076 CTTAGACCCGAGGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTA-TCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * *
63120 CTTAGACTCGAGAGAC-TCCTTTATCTTTTGTTTGCCCGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * *
63162 TTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATT-TCTTT-GTCTACCCGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTT--CTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * **
63205 CTTAGACCCGGGAGACTT-TTTTATCCTTT-GTCTACTGGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTAT-CTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * *
63247 CTTAGACCCGAAAGAC-CCTTTTATCATTCGTCTGCCCATTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * *
63289 CTTAGACCCAAGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * * ** * ***
63332 CTTAGACTCGAGAG-GTCTCCTTTATCTTTCGCCTATCTGTCAA
1 CTTAGACCCGAGAGACT-TCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
** * * * * * **
63375 CTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* ** * * * * * * *
63418 CTTAGACCCGAGGGACTTCTTCCAGTTTTTTGTTTACCGGTCGA
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTA-TCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * *
63462 CTTAGACTCGAAAGAC-TCCTTTATCTTTTGTCTGCCCGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * * *
63504 TTTAGACCTGAGAGACTTCCCTATT-TCTTT-GTCTACCCGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTT--CTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * **
63547 CTTAGACCCGGGAGAC-TCTTTTATCCTTT-GTCTACTGGTTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTAT-CTTTCGTCTGCCCGTTGG
* *
63589 CTTAGACCCGAGAGAC-CCTTTTATCTTTCGTCTGCCCATTGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* * *
63631 CTTAGACCCAAGAGACTT-TTTCATTTCTTTCGTCTGCCCGTAGG
1 CTTAGACCCGAGAGACTTCTTT--TATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
* *
63675 CTCT-GACTCGAAAGACTTCT
1 CT-TAGACCCGAGAGACTTCT
63695 CATTTTCTTT
Statistics
Matches: 1156, Mismatches: 354, Indels: 95
0.72 0.22 0.06
Matches are distributed among these distances:
40 18 0.02
41 21 0.02
42 417 0.36
43 526 0.46
44 158 0.14
45 16 0.01
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
CTTAGACCCGAGAGACTTCTTTTATCTTTCGTCTGCCCGTTGG
Found at i:62544 original size:342 final size:342
Alignment explanation
Indices: 61931--63671 Score: 3115
Period size: 342 Copynumber: 5.1 Consensus size: 342
61921 CTTAGGTCCG
* *
61931 AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCTGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTATATCTTTCGT
1 AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
*
61996 CTATCTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
66 CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
* ** * *
62061 AGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTGTCGGTCAACTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTC
131 GGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTT
* * ** *
62126 TGCTCGTTGGTTTAGACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTACTCTACCCATTGGCTTAGACCCGGG
196 TGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
62191 AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
261 AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
62256 CCATTGGCTTAGACCCA
326 CCATTGGCTTAGACCCA
62273 AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
1 AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
*
62338 CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCAA
66 CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
* * *
62403 GGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTGCCGGTTGACTTAGACTCGAGAGACTCCTCTATCTTTTGTT
131 GGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTT
* * *
62468 TGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTCTCTACCCATTGGCTTAGACCTGGG
196 TGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
62533 AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
261 AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
62598 CCATTGGCTTAGACCCA
326 CCATTGGCTTAGACCCA
*
62615 AGAGACTTATTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
1 AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
*
62680 CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAACTTAGACCCGA
66 CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
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131 GGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTT
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196 TGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
* * *
62875 AGACTTTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAAAGACCCTTTTATCATTCATCTGC
261 AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
62940 CCATTGGCTTAGACCCA
326 CCATTGGCTTAGACCCA
*
62957 AGAGACTTATTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
1 AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
63022 CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
66 CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
63087 GGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTT
131 GGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTT
63152 TGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
196 TGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
* *
63217 AGACTTTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAAAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
261 AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
63282 CCATTGGCTTAGACCCA
326 CCATTGGCTTAGACCCA
* *
63299 AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGTCTCCTTTATCTTTCGC
1 AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
*
63364 CTATCTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
66 CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
* * *
63429 GGGACTTCTTCCAGTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAAAGACTCCTTTATCTTTTGTC
131 GGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTT
*
63494 TGCCCGTTGGTTTAGACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
196 TGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
*
63559 AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCTTTCGTCTGC
261 AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
63624 CCATTGGCTTAGACCCA
326 CCATTGGCTTAGACCCA
* *
63641 AGAGACTT-TTTCATTTCTTTCGTCTGCCCGT
1 AGAGACTTCTTTTA-TT-TTTCATCTGCCCGT
63672 AGGCTCTGAC
Statistics
Matches: 1356, Mismatches: 41, Indels: 3
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Matches are distributed among these distances:
341 4 0.00
342 1339 0.99
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ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (342 bp):
AGAGACTTCTTTTATTTTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAGAGGCCTCCTTTATCTTTCGT
CTATTTGTCAACTTAGACCAAAAAGACTTCCTTTATCTTTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGA
GGGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAGAGACTCCTTTATCTTTTGTT
TGCCCGTTGGTTTAAACCTGAGAGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
AGACTCTTTTATCCTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAGAGACCCTTTTATCATTCGTCTGC
CCATTGGCTTAGACCCA
Found at i:63928 original size:86 final size:86
Alignment explanation
Indices: 63760--63928 Score: 182
Period size: 85 Copynumber: 2.0 Consensus size: 86
63750 TTGCCCTCGG
* * * *
63760 CTTAGACCTGGGAGACTTTCTCCATTTCTTTGTCTGCCTATTAGCTTCAACTAGGGAGACTCCTT
1 CTTAGACCTAGGAGACTTTCTCCATTTCTTTATCTACCTATCAGCTTCAACTAGGGAGACTCCTT
* * *
63825 TATCCTTTGTCTGCCCATTGA
66 CATCCTTTATCTACCCATTGA
* * * *
63846 CTTAGACCTATGAGACTTT-TCCATTTCTTTATCTACCTGTCAGCTT-AGACCT-GGGAGATTTC
1 CTTAGACCTAGGAGACTTTCTCCATTTCTTTATCTACCTATCAGCTTCA-A-CTAGGGAGACTCC
*
63908 TTCATTTCTTTATCTACCCAT
64 TTCA-TCCTTTATCTACCCAT
63929 AAGCTTAGAC
Statistics
Matches: 68, Mismatches: 12, Indels: 6
0.79 0.14 0.07
Matches are distributed among these distances:
84 1 0.01
85 35 0.51
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ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.15, T:0.40
Consensus pattern (86 bp):
CTTAGACCTAGGAGACTTTCTCCATTTCTTTATCTACCTATCAGCTTCAACTAGGGAGACTCCTT
CATCCTTTATCTACCCATTGA
Found at i:63980 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 63045--65021 Score: 394
Period size: 43 Copynumber: 46.3 Consensus size: 43
63035 TAGACCAAAA
* * * *
63045 AGACTTCCTTTATCT-TTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGAG
1 AGACTT-CTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * * * ** *
63088 GGACTTCTTCCATTTTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAG
1 AGACTTC-TCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * * * *
63132 AGACTCCTTTATCT-TTTGTTTGCCCGTTGGTTTAAAC-CTGAG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
* * * * * * *
63174 AGACTTCCCTATTTCTTTGTCTACCCGTTGGCTTAGACCCGGG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * *** * * *
63217 AGACTTTTTTATC-CTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAA
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * *
63259 AGACCCTT-T-TATC-ATTCGTCTGCCCATTGGCTTAGACCCAAG
1 AGA--CTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * *
63301 AGACTTCTTTTAT-T-TTTCATCTGCCCGTCGACTTAGACTCGAG
1 AGACTTC-TCTATCTCTTT-GTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * * ** ** ** * *
63344 AGGTCTCCTTTATCT-TTCGCCTATCTGTCAACTTAGAC-CAAAA
1 A-GACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
* * * *
63387 AGACTTCCTTTATCT-TTTGTCTTCCCATCAGCTTAGACCCGAG
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* * * * * ** * *
63430 GGACTTCTTCCAGT-TTTTTGTTTACCGGTCGACTTAGACTCGAA
1 AGACTTC-TCTA-TCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * *
63474 AGACTCCTTTATCT-TTTGTCTGCCCGTTGGTTTAGAC-CTGAG
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* * * * * * *
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1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * *** * *
63559 AGAC-TCTTTTATC-CTTTGTCTACTGGTTGGCTTAGACCCGAG
1 AGACTTC-TCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * *
63601 AGACCCTT-T-TATCT-TTCGTCTGCCCATTGGCTTAGACCCAAG
1 AGA--CTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * *
63643 AGACTT-TTTCATTTCTTTCGTCTGCCCGTAGGCTCT-GACTCGAA
1 AGACTTCTCT-ATCTCTTT-GTCTGCCCATCGGCT-TAGACTCGAG
* * ** * * *
63687 AGACTTCTC-ATTTTCTTTTTCTAG-CTGTCAGCTTTGACTCGGG
1 AGACTTCTCTA-TCTCTTTGTCT-GCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * *
63730 AGACTTCTCCATCTTTTTGTTTGCCC-TCGGCTTAGAC-CTGGG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
* * * ** * *
63772 AGACTTTCTCCATTTCTTTGTCTGCCTATTAGCTTCA-ACTAGGG
1 AGAC-TTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTT-AGACTCGAG
* * * * *
63816 AGACTCCTTTATC-CTTTGTCTGCCCATTGACTTAGAC-CTATG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGA-G
* * * * * ** * *
63858 AGACTTTTCCATTTCTTTATCTACCTGTCAGCTTAGAC-CTGGG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
* * * * **
63901 AGATTTCT-TCATTTCTTTATCTACCCATAAGCTTAGACTCGAG
1 AGACTTCTCT-ATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * *
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1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * ** * *
63987 AGACTCCTTTATC-CTTTGTTTACCTGTCAGCTTAGAC-CAGGG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
** * * * * *
64029 AGACCCCTTTATCT-TTCGTCTGCCCATCAG-TTCAGACCCAAG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTT-AGACTCGAG
* * * * * *
64071 AGACTTCACTATCTCTTTATGTACTCATCGGCTTAGAC-CTAAG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
* * * *
64114 AGACTTCTCTATCTCCTTGTCTGCCTATCGGCTTAGATTCGGG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * *
64157 AGACTTCTTTATC-CTTTGTTTGCCCATTGGCTTAGACCCAAG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* ** * * * *
64199 AGACTCTTTCATTATCT-TTCATCTGCCTATCGACTTAGACTTGGG
1 AGACT-TCTC--TATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * * * *
64244 AGACCTCCTTTATCT-TTTAT-TTCCCATTGGGTTAGACCCGAG
1 AGA-CTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * ** * *
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1 AGACTTC-TCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGA-G
* * * * * * * *
64329 AAACCTAT-TTTAT-TTTTTATTTGCCCGTCGACTTAGAC-CTTAG
1 AGA-CT-TCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
* * * * ** *
64372 AGGCTTCCTTTATCT-TTCGTCTTCCTGTCAGCTTAGAC-CTGAG
1 AGACTT-CTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
* * * * *
64415 AGACTTTCTTTATCT-TTTGTCTGTCCGTTGGCTTAGACCCGAG
1 AGAC-TTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * * *
64458 AGACTTTTCTATCTCTTTGTTTGCCCATCAGCTTAAACCCAAG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * *
64501 AGACTTCTCCATCTCTTTGTTTGCCCATCGACTTAGACT-TAGG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGA-G
* * * *
64544 AGACTTCT-TCATCTCTTTATCTACCCATTGGCTTAGAC-CTAGG
1 AGACTTCTCT-ATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGA-G
* * * * * *
64587 AGACTTCTTTATCT-TTTCTTTGCCCATTGGCTTAGAC-CTAAT
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
* ** * *
64629 AGACTTCT-TA-C-CATTTGTCTACCTGTCAGCTTAGAACCCG-G
1 AGACTTCTCTATCTC-TTTGTCTGCCCATCGGCTTAG-ACTCGAG
* **
64670 AGACTTCT-TCAT-TCTTTGTC-GACCCATCCGCTTAGA-TTTAGG
1 AGACTTCTCT-ATCTCTTTGTCTG-CCCATCGGCTTAGACTCGA-G
* * * * * * * * *
64712 AAACTCCTTTGTAT-TTTGTTTGCCCGTTGGCTTAGACTCGGG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * *
64754 AGAATTCT-TCATCTCCTTGTCTACCCATCGGCTTAAACTC-AG
1 AGACTTCTCT-ATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * *
64796 AAGACTTTTTTATCT-TTTGTTTGCCCATCGGCTTAAAC-CTGTG
1 -AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTC-GAG
** * * *
64839 AGACCCCTTTATCT-TTTGTCTGCTCATCGGCTTAGA-TCCAAG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACT-CGAG
* ** * * * * *
64881 AGACTTCT-TCAT-TCTTTATCTGCCTGTTGACCTAAAC-CTAG
1 AGACTTCTCT-ATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * * * *
64922 AAGA-TTCCTTTATCT-TTCT-TTTGCCTATCAGCTTAGACTTGAG
1 -AGACTT-CTCTATCTCTT-TGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
* * *
64965 AGACTTCTCCATCTCTTTGTCTACCCATCGACTTAGACTCGAG
1 AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
*
65008 AGACTTCTTTATCT
1 AGACTTCTCTATCT
65022 ATTTATCAAC
Statistics
Matches: 1418, Mismatches: 399, Indels: 234
0.69 0.19 0.11
Matches are distributed among these distances:
40 8 0.01
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46 2 0.00
ACGTcount: A:0.19, C:0.26, G:0.17, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
AGACTTCTCTATCTCTTTGTCTGCCCATCGGCTTAGACTCGAG
Found at i:64066 original size:42 final size:40
Alignment explanation
Indices: 63957--64066 Score: 103
Period size: 42 Copynumber: 2.6 Consensus size: 40
63947 CTTCTCTCTC
* ** *
63957 TCTTTGTCTGCCCATCGGTTTAGACTTGGGAGACTCCTTTA
1 TCTTTGTCTGCCCATCAG-TTAGACCAGGGAGACCCCTTTA
* * **
63998 TCCTTTGTTTACCTGTCAGCTTAGACCAGGGAGACCCCTTTA
1 T-CTTTGTCTGCCCATCAG-TTAGACCAGGGAGACCCCTTTA
64040 TCTTTCGTCTGCCCATCAGTTCAGACC
1 TCTTT-GTCTGCCCATCAGTT-AGACC
64067 CAAGAGACTT
Statistics
Matches: 53, Mismatches: 13, Indels: 5
0.75 0.18 0.07
Matches are distributed among these distances:
41 7 0.13
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ACGTcount: A:0.16, C:0.29, G:0.19, T:0.35
Consensus pattern (40 bp):
TCTTTGTCTGCCCATCAGTTAGACCAGGGAGACCCCTTTA
Found at i:64536 original size:129 final size:128
Alignment explanation
Indices: 64403--64636 Score: 278
Period size: 128 Copynumber: 1.8 Consensus size: 128
64393 TTCCTGTCAG
* * ** *
64403 CTTAGACCTGA-GAGACTTTCTTTATCT-TTTGTCTGTCCGTTGGCTTAGACCCGA-GAGACTT-
1 CTTAGA-CTGAGGAGAC-TTCTTCATCTCTTTATCTACCCATTGGCTTAGA-CCGAGGAGACTTC
*
64464 TTCTATCTCTTTGTTTGCCCATCAGCTTAAACCCAAGAGACTTCTCCATCTCTTTGTTTGCCCAT
63 TT-TATCT-TTTCTTTGCCCATCAGCTTAAACCCAAGAGACTTCTCCATCTCTTTGTTTGCCCAT
64529 CGA
126 CGA
* *
64532 CTTAGACTTAGGAGACTTCTTCATCTCTTTATCTACCCATTGGCTTAGACCTAGGAGACTTCTTT
1 CTTAGACTGAGGAGACTTCTTCATCTCTTTATCTACCCATTGGCTTAGACCGAGGAGACTTCTTT
** * * *
64597 ATCTTTTCTTTGCCCATTGGCTTAGACCTAATAGACTTCT
66 ATCTTTTCTTTGCCCATCAGCTTAAACCCAAGAGACTTCT
64637 TACCATTTGT
Statistics
Matches: 88, Mismatches: 13, Indels: 9
0.80 0.12 0.08
Matches are distributed among these distances:
128 45 0.51
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ACGTcount: A:0.20, C:0.26, G:0.15, T:0.39
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CTTAGACTGAGGAGACTTCTTCATCTCTTTATCTACCCATTGGCTTAGACCGAGGAGACTTCTTT
ATCTTTTCTTTGCCCATCAGCTTAAACCCAAGAGACTTCTCCATCTCTTTGTTTGCCCATCGA
Found at i:70096 original size:20 final size:20
Alignment explanation
Indices: 70052--70113 Score: 88
Period size: 20 Copynumber: 3.0 Consensus size: 20
70042 AACATGGTCC
* **
70052 TGTATCGATACATTTTAGATA
1 TGTATCGATACA-TTCACTTA
70073 TGTATCGATACATTCACTTA
1 TGTATCGATACATTCACTTA
70093 TGTATCGATACATTCACTTA
1 TGTATCGATACATTCACTTA
70113 T
1 T
70114 TATATTGATA
Statistics
Matches: 38, Mismatches: 3, Indels: 1
0.90 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
20 26 0.68
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ACGTcount: A:0.31, C:0.16, G:0.11, T:0.42
Consensus pattern (20 bp):
TGTATCGATACATTCACTTA
Found at i:70125 original size:21 final size:20
Alignment explanation
Indices: 70075--70125 Score: 75
Period size: 20 Copynumber: 2.5 Consensus size: 20
70065 TTTAGATATG
*
70075 TATCGATACATTCACTTATG
1 TATCGATACATTCACTTATA
70095 TATCGATACATTCACTTATTA
1 TATCGATACATTCACTTA-TA
*
70116 TATTGATACA
1 TATCGATACA
70126 AATTGTAGAA
Statistics
Matches: 28, Mismatches: 2, Indels: 1
0.90 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
20 18 0.64
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Consensus pattern (20 bp):
TATCGATACATTCACTTATA
Found at i:70820 original size:155 final size:156
Alignment explanation
Indices: 70605--70912 Score: 352
Period size: 155 Copynumber: 2.0 Consensus size: 156
70595 GAAAGTTCAA
** * *
70605 GGACTAAATTGCAAAAAGTTTGAATTTTTTTCTTTGAGTATCCTTGCTTGACTGAAAGTCCTTAG
1 GGACTAAATTGCAAAAAGTTTGAAAATTTTTCTTTGAGTATCCTTGCTCGACTGAAAGTCCCTAG
* * * * * * *
70670 TGCCA-AAAAGGAATGTTTCATGCATTTTTTAACACATTTTAGGCTTTTTAGCATGTTAAGGAC-
66 TACCATAAAAGGAATGTTTCATGCATTTCTAAACACATCTTAGGCCTTTTAACATATTAAGGACT
70733 CTTTTTGTAAATTTAAAAAAGTTTTG
131 CTTTTTGTAAATTTAAAAAAGTTTTG
* * * *
70759 GGACTAAATTTCAAAAAAGTTTTAAAATTTTTCTTT-AGGTATCCTTGCTCGGCTGAGAGTCCCT
1 GGACTAAATTGC-AAAAAGTTTGAAAATTTTTCTTTGA-GTATCCTTGCTCGACTGAAAGTCCCT
* * * * * * *
70823 CGTACCATAGAAGTATTGTTTGATGCATTTCTAAACATATCTTAGGCCTTTTAACATATTAGGGA
64 AGTACCATAAAAGGAATGTTTCATGCATTTCTAAACACATCTTAGGCCTTTTAACATATTAAGGA
* * *
70888 CTTTTTTTGTAAATTTTAGAAAGTT
129 CTCTTTTTGTAAATTTAAAAAAGTT
70913 CAAGAACTGA
Statistics
Matches: 125, Mismatches: 25, Indels: 5
0.81 0.16 0.03
Matches are distributed among these distances:
154 12 0.10
155 47 0.38
156 46 0.37
157 20 0.16
ACGTcount: A:0.30, C:0.13, G:0.17, T:0.41
Consensus pattern (156 bp):
GGACTAAATTGCAAAAAGTTTGAAAATTTTTCTTTGAGTATCCTTGCTCGACTGAAAGTCCCTAG
TACCATAAAAGGAATGTTTCATGCATTTCTAAACACATCTTAGGCCTTTTAACATATTAAGGACT
CTTTTTGTAAATTTAAAAAAGTTTTG
Found at i:79803 original size:486 final size:484
Alignment explanation
Indices: 78847--81530 Score: 3654
Period size: 486 Copynumber: 5.5 Consensus size: 484
78837 TAAATTGCCC
* * *
78847 AAAGTATTTGATCGAGCCTTGCAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
1 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
*
78912 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAACATGTAAATATGCAA
66 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAA
* * * *
78977 AAAGTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCTATCAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
131 AAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
* * * * * *
79042 CCATTTTCACATGATTTTCTTACTGATTTGAAATTAATTTGGATGTGTGATAAGGTGTTTGCAAG
196 CCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAG
* * *
79107 GGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATATATTTGT-ATCATGATGCTGAATTGT
261 AGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTTGTAAT-ATGATGCTGAATTGT
* * * *
79171 TAAGTTACAAATCATATAGGTAGCTTGGTCAAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATAATATTGTGC
325 TAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGC
* * * *
79236 TTATTTTTACCTTGCTTTCTTGACTTATAAGTTATTCAATGAGATTTGAAATTGTAAGGATTAAA
390 TTATTTTT-CCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGA-TTGAAATTATAAGGATTAAA
* *
79301 TTGCAAAAAAGAAAAGTAATGCTTTATGGCCA
453 TTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * *
79333 AAGGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGCTCTAAGCTGATT
1 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
* * * * * *
79398 AGGCGATTT-AGTTATGTGCTTTTATGATGTTCTGATTGATTCGGGGTCAAAATGTAAAAATGCA
66 TGGTGATTTGA-TTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCA
*
79462 AAATTTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
130 AAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * * * *
79527 ACCATTTTGGCATCTTTTTCTTGTTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGATGTTTGCAA
195 ACCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAA
* * * * *
79592 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTACGTGAAATTTCATTGCTTTTATTCGTAATATGGTGCTGAATTGT
260 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTTGTAATATGATGCTGAATTGT
* * * *
79657 TAAGTTGCAAATC-TTTCTGATAGTTTGGTTGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTG
325 TAAGTTACAAATCATTT-AGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTG
* *
79721 CTTAGTTTTTCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGCATTGGAATTATAAGGACTAA
389 CTTA-TTTTTCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAG-ATTGAAATTATAAGGATTAA
*
79786 ATTTCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
452 ATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* *
79819 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTCTTCCACGATTTGTAGATGGTT-CAAGCTGAT
1 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTT-TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGAT
* * *
79883 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTCTATGATGATGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATGTGCA
65 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCA
*
79948 AAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACAAGATCA
130 AAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * ** *
80013 ACCATTTTGACTTGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGGTGAGGCATTTGCAT
195 ACCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAA
* * * * ** *
80078 GAGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGAATTTTCTTTGCACGTATTTGT-ATAACATTGCTGAATCG
260 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTTGTAATATGA-TGCTGAATTG
* * * *
80142 TTCAGTTACAAATCATTTAGATAGCATAGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGACGATATTGTG
324 TTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTG
* * * * * * *
80207 CTTCGTTTTTCTTTGATTTTTTTATTTATAAGTTATTTAATGAAAATTGAAATTTTAAGGACTAA
389 CTT-ATTTTTCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATG-AGATTGAAATTATAAGGATTAA
80272 ATTGCAAAAATG-AAAGTCATGCTTTATGGCCA
452 ATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * *
80304 AAAGTATTTAACCAAGCCTTCTAAAGGATTTTTCTTCCACGATTTGTAGATGGTTCC-AGCTGAT
1 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTT-TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGAT
* * *
80368 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTCTATGATGATGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATGTGCA
65 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCA
* *
80433 AAAATTTAAATACTTGGTTGCAAAGTTTGCTCCATGAAATTTCTTATTTA-CTCGAAACATGATC
130 AAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CGAAACATGATC
* * *
80497 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATACGCGATGAGGTGTTTGCA
194 AACCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* * * *
80562 TGGGAAAATTCTTG-AACAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTTAT-ATCTTGATGCTGAAT
259 AGAGAAAATTCTTGTAA-AAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTTGTAAT-ATGATGCTGAAT
* * * *
80625 TGTTGAGTTGCAATTCATTTAGATTGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTG
322 TGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTG
* * *
80690 TGCTTATTTTGGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGACATTATACGGATT
387 TGCTTATTTT-TCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGA-TTGAAATTATAAGGATT
** *
80755 GAAA-AACAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCTA
450 -AAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * *
80790 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAATGA-TTTTTTCCATGGTTTATGGATGGTTCCACGCTGATT
1 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
* * *
80854 TGGTGATTTGATTACGTGTTTTTACGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
66 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAA
* ** * ** * *
80919 ATATTTATGGACTTGGTTGCAAAGTTAGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCTAAAACATGGTCAC
131 AAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
* * * * * *
80984 CCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTG--A--AATTTAGATGTGTGTTGTGTTGTTTGCATG
196 CCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAG
* * * * ** * *
81045 AGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGAAATTTTATTCCATGCATTTGTACGATAATGTTGAATTGTT
261 AGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTTGTAATATGATGCTGAATTGTT
* * * *
81110 GAGTTACAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGCATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGACATTGTGCT
326 AAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCT
*
81175 TATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAAT
391 TATTTTT-CCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGA-TTGAAATTATAAGGATTAAAT
*
81240 GGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
454 TGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
*
81271 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGAT
1 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGAT
* * *
81336 TTGGTGATTTGATTACGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTACGGGTCAAAATGCAAATATGCA
65 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCA
* * * *
81401 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCTATCAAATTTCTTATTTAGCAGAAACATGATCA
130 AAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * * *
81466 ACCATTTTCACATGATTTTCTTACTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATAAGGTGTTTGCAA
195 ACCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAA
81531 CGAAATTTCA
Statistics
Matches: 1940, Mismatches: 227, Indels: 61
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
480 3 0.00
481 245 0.13
482 5 0.00
483 176 0.09
484 28 0.01
485 583 0.30
486 846 0.44
487 54 0.03
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (484 bp):
AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAA
AAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
CCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAG
AGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTTGTAATATGATGCTGAATTGTT
AAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCT
TATTTTTCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTGAAATTATAAGGATTAAATTG
CAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
Found at i:80779 original size:971 final size:969
Alignment explanation
Indices: 78847--81530 Score: 3752
Period size: 971 Copynumber: 2.8 Consensus size: 969
78837 TAAATTGCCC
* *
78847 AAAGTATTTGATCGAGCCTTGCAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
1 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
*
78912 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAACATGTAAATATGCAA
66 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAA
* * *
78977 AAAGTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCTATCAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
131 AAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
* * * * * *
79042 CCATTTTCACATGATTTTCTTACTGATTTGAAATTAATTTGGATGTGTGATAAGGTGTTTGCAAG
196 CCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGTGTGATGAGGTGTTTGCATG
* * * *
79107 GGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATATATTTGTAT-CATGATGCTGAATTGT
261 AGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGAATTTTCTTTGCATGTATTTGTATACAT--TGCTGAATTGT
* * * *
79171 TAAGTTACAAATCATATAGGTAGCTTGGTCAAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATAATATTGTGC
324 TAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGC
* * * *
79236 TTATTTTTACCTTGCTTTCTTGACTTATAAGTTATTCAATGAGATTTGAAATTGTAAGGATTAAA
389 TTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAAGGATTAAA
* * *
79301 TTGCAAAAAAGAAAAGTAATGCTTTATGGCCAAAGGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTT
454 TTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTT
* * * *
79366 -TTCCATGATTTGTGGATGGCTCTAAGCTGATTAGGCGATTT-AGTTATGTGCTTTTATGATGTT
519 CTTCCATGATTTGTGGATGGTTC-CAGCTGATTTGGTGATTTGA-TTATGTG-TTTTATGATGTT
* * * *
79429 CTGATTGATTCGGGGTCAAAATGTAAAAATGCAAAATTTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTC
581 GTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAAAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTC
* *
79494 CATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATCTTTTTCTTGTTGATTTGA
646 CATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGA
* *
79559 AATTAATTTAGATGCGTGTTGAGATGTTTGCAAGAGAAAATTCTTGTAAAAGTACGTGAAATTTC
711 AATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAGAGAAAATTCTTGTAAAAGTACGTGAAATTTC
* * * * * *
79624 ATTGCTTTTATTCGTAATATGGTGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCTTTCTGATAGTTTGGTTGA
776 ATTGCATGTATTC-TAATATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCTTTCAGATAGCTTGGTCGA
*
79689 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTAGTTTTTCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
840 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTAGTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
**
79754 TATTTAATGAGCATTGGAATTATAAGGACTAAATTTCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
905 TATTTAATGAGCATTGGAATTATAAGGACTAAATAACAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * *
79819 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTCTTCCACGATTTGTAGATGGTT-CAAGCTGAT
1 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTT-TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGAT
* * *
79883 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTCTATGATGATGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATGTGCA
65 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCA
* *
79948 AAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACAAGATCA
130 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * * **
80013 ACCATTTTGACTTGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGGTGAGGCATTTGCAT
195 ACCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGTGTGATGAGGTGTTTGCAT
* *
80078 GAGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGAATTTTCTTTGCACGTATTTGTATAACATTGCTGAATCGT
260 GAGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGAATTTTCTTTGCATGTATTTGTAT-ACATTGCTGAATTGT
* * * *
80143 TCAGTTACAAATCATTTAGATAGCATAGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGACGATATTGTGC
324 TAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGC
* * * * * * * *
80208 TTCGTTTTT-CTTTGATTTTTTTATTTATAAGTTATTTAATGAAAATTGAAATTTTAAGGACTAA
389 TT-ATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAAGGATTAA
* *
80272 ATTGCAAAAATG-AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTAACCAAGCCTTCTAAAGGATTTT
453 ATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTT
* * *
80336 TCTTCCACGATTTGTAGATGGTTCCAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTCTATGATGATG
518 TCTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTT-TATGATGTTG
* * *
80401 TGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATGTGCAAAAATTTAAATACTTGGTTGCAAAGTTTGCTCC
582 TGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAAAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCC
80466 ATGAAATTTCTTATTTA-CTCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGA
647 ATGAAATTTCTTATTTAGC-CGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGA
* * * * *
80530 AATTAATTTAGATACGCGATGAGGTGTTTGCATGGGAAAATTCTTG-AACAAGTAGGTGAAATTT
711 AATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAGAGAAAATTCTTGTAA-AAGTACGTGAAATTT
* * * *
80594 CATTGCATGTATT-TATATCTTGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAATTCATTT-AGATTGCTTGGT
775 CATTGCATGTATTCTA-AT-ATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATC-TTTCAGATAGCTTGGT
80657 CGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTA-TTTTGGCCTTGATTTCTTGATTTAT
837 CGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTAGTTTT-GCCTTGATTTCTTGATTTAT
* * *
80721 AAGTTATTTAATGAG-ATTTGACATTATACGGATTGAAA-AACAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
901 AAGTTATTTAATGAGCATTGGA-ATTATAAGGACT-AAATAACAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
*
80784 TGGCTA
964 TGGCCA
* * * *
80790 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAATGA-TTTTTTCCATGGTTTATGGATGGTTCCACGCTGATT
1 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
* * *
80854 TGGTGATTTGATTACGTGTTTTTACGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
66 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAA
* * * ** * *
80919 ATATTTATGGACTTGGTTGCAAAGTTAGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCTAAAACATGGTCAC
131 AAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
* * * *
80984 CCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTG--A--AATTTAGATGTGTGTTGTGTTGTTTGCATG
196 CCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGTGTGATGAGGTGTTTGCATG
* * * * * * *
81045 AGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGAAATTTT-ATTCCATGCATTTGTACGATAATGTTGAATTGT
261 AGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTG-AATTTTCTTTGCATGTATTTGTA-TACATTGCTGAATTGT
* * * *
81109 TGAGTTACAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGCATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGACATTGTGC
324 TAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGC
* *
81174 TTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAA
389 TTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAAGGATTAAA
* *
81239 TGGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTT
454 TTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTT
*
81303 CTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTACGTGTTTTTATGATGTT
519 C-TTCCATGATTTGTGGATGGTTCC-AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTG-TTTTATGATGTT
* * *
81368 GTGATTGATTACGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTC
581 GTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAAAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTC
* * * ** * *
81433 TATCAAATTTCTTATTTAGCAGAAACATGATCAACCATTTTCACATGATTTTCTTACTGATTTGA
646 CATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGA
*
81498 AATTAATTTAGATGCGTGATAAGGTGTTTGCAA
711 AATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAA
81531 CGAAATTTCA
Statistics
Matches: 1513, Mismatches: 175, Indels: 52
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
965 5 0.00
966 194 0.13
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974 3 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.11, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (969 bp):
AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAA
AAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
CCATTTTGACATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGTGTGATGAGGTGTTTGCATG
AGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGAATTTTCTTTGCATGTATTTGTATACATTGCTGAATTGTTA
AGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTT
ATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAAGGATTAAATT
GCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTCT
TCCATGATTTGTGGATGGTTCCAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTATGATGTTGTGAT
TGATTAGGGGTCAAAATGTAAATATGCAAAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGA
AATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTA
ATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAGAGAAAATTCTTGTAAAAGTACGTGAAATTTCATTGC
ATGTATTCTAATATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCTTTCAGATAGCTTGGTCGAATCTGT
TTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTAGTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTA
ATGAGCATTGGAATTATAAGGACTAAATAACAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
Found at i:81816 original size:321 final size:323
Alignment explanation
Indices: 81222--81851 Score: 996
Period size: 321 Copynumber: 2.0 Consensus size: 323
81212 ATGAGATTTG
*
81222 AAATTATAGGGATTAAATGGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAG
1 AAATTATAGGGATTAAATGGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCAAG
* * * *
81287 CCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTAC
66 CCTTGGAAAGGATTTTCTTTCCATGATATATGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTAC
* * *
81352 GTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTACGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTG
131 GTGTGTTTATGATGTTGTGATAGATTACGGATCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTG
* *
81417 GTTGCAAAGTTTGTTCTATCAAATTTCTTATTTAGCAGAAACATGATCAACCATTTTCACATGAT
196 ATTGCAAAGTTTGTTCCATCAAATTTCTTATTTAGCAGAAACATGATCAACCATTTTCACATGAT
*
81482 TTTCTTACTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATAAGGTGTTTGCAACGAAATTTCATGGA
261 TTTCTTACTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATAAGATGTTTGCAACGAAATTTCATGGA
* * * *
81545 AAATTATAGGGATTAAATTGCCAAAATGGAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATCAAG
1 AAATTATAGGGATTAAATGGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCAAG
*
81610 CCTTGGAAAGGATTTT-TTTCCATGATATATGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTAT
66 CCTTGGAAAGGATTTTCTTTCCATGATATATGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTAC
* *
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* * ** *
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* * *
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* * * *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * *
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*
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* *
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* *
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* * * *
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* * *
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* *
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* * * * ** * *
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** * *
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* * * * *
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* * * * * *
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** * * *
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* *
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*
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*
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * *
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* * ** *
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* * *
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* * *
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* * * * * * *
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* * * *
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*
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* * *
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* * * *
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* * * *
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* * * *
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AAGGGGGAAAAATCATTGATT
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* *
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*
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*
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** * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* *
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*
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**
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* * * * *
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* *
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* ** * * * *
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*
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* *
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* * *
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* *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * * * * *
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** * * * * * * * *
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* * *
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*
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* * * * * * * * *
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325 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGA-TTGATTAGGGGTCAAAATGCA
* *
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* * ** * *
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1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGA-GCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG
* * ** * * * *
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* * * *
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* * * *
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* * *
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260 ATGGCCAAAAGTATTTGACT-GAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCC
* * * *
97990 AAGTTGATTTGGTGTTTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTAATTAGGGGT-TAAATGCA
324 AAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCA
** * * ****
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389 AATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAA
* * *
98119 CATGATCAACCATTTCGACATGTTTTTCCTGCTG
454 CATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
* * *
98153 ATTTGAAATTAATTT-GACTGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAATAGGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGA-TGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG
* * * * * * *
98217 AAATTTCATTACATGTATTTGCATCAAGATGCTGAAATGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCT
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* * *
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130 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
* * **
98347 TATAAGTTATTTAATTAGATTTGAAATTATAAGGACAAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTT
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** * *
98412 ATGGCCAAAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTT-TTTCCATGATTTGTGGACGGCTCCA
260 ATGGCCAAAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCA
* * * *
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* *
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*
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452 AACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
* *
98639 ATTTGAAATTAATTTAGATTCGTGATATG-G-TGTTTGCAAGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGT
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTG-T-TGAGCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGT
* *
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* * * *
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* *
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*
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** * * * *
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**
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*
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*
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* * * * *
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* * * * * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * ** * *
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** ** * *
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* * * * *
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*
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* * *
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* *
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* * *
100002 TATGCAAAAAATTAAGGACGTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAAGTTCTTATTTAGCCGAAACA
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* * * **
100067 TGATCAATCAATTTGACATGCGTTTCGTT-CTG
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* ** *
100099 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGA
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* * * * *
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* * *
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* * *
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* * * * *
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* * * * * * * *
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* * * * * *
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* *
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* * * * *
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* * * *
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* * ** *
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* * *
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* * * *
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* ** * * * *
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* * *
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* *
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* *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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* * * * *
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* *
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* * *
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** * * * * **
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* ** * * * * * *
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*
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* * * *
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* * *
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* * * * *
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* *
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1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
*
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66 AATTTTATTGCATGTATTTGTACCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTT
* * *
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131 GGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTT
* *
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* * *
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* *
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Statistics
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* * *
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*
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* * * * * * * * *
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* * * * * * *
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* * * * * * * *
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* *
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* * *
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* *
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* ** * * *
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* * * * *
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* * * ** *
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*
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* * * * * * *
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* * *
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** * * *
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* * * * * * *
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* * *
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* *
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*
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** * * *
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* * * * * **
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* * **
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* * * *
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* * * *
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* * * * * * * *
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* * *
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*
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* * * *
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* * * *
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* * *
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* *
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*
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* * * * *
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* * * * *
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* * * * *
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* * * ** * * *
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* * * *
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*
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* ** * * * * *
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* * * * *
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* *
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970 G
* * * * *
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* ** * * *
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* * * *
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* * * *
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196 ATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
* * *
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* * * * **
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* * ****
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* * *
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* * * *
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518 TTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATCATGATGCT
* * * *
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* * *
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** *
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* * *
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* * *
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905 GTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC
*
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* * *
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* * * *
98703 AAATTTTATTGCAAGTATTTGTACCATGATGCTTAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
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* * * *
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130 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
* *
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*
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** * * * *
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**
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* *
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129 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGAT
*
99805 TTATAAGTTATTTAATGAGATTTAAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
194 TTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
* *
99870 TATGGCCAAAAGTGTTTGACTGAGACTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCC
259 TATGGCCAAAAGTATTTGAC-GAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCC
* *
99935 AAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTTTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCA
322 AAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCA
* * *
100000 AATATGCAAAAAATTAAGGACGTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAAGTTCTTATTTAGCCGAAA
387 AATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAA
* * * **
100065 CATGATCAATCAATTTGACATGCGTTTCGTT-CTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGG
452 CATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTC-TTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGG
* * *
100129 AGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-TT-CATGTATTTCTATCATGA
516 TGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTATTACATGTATTTGTATCATGA
* * * * *
100192 TGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGAAATCGATAAAGA
579 TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGA
* *
100257 TGAT-TTGTTCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATATTA
644 TGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTA
* * * * * *
100321 -AGGGGTTAAATTGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCGAAAGTACTAGACCGAGTC-TGT
709 TAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTG-
* * *
100384 TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGGGATTTTGTTTATGTGTG
773 TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTT
* * * * * * * *
100449 TTTATGATATTCTGATTGACTATGGGTCAAAATGCAACTATGCAAAATTTTAACGATTTGGTTGA
837 TTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGC
* * *
100514 AAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCCGAAACATTATCAACCATTTTGGCTTGTTTTTCT
902 AAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCT
100579 TGCTG
966 TGCTG
* * * *
100584 ATTTGAAATTTATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAGAGAAAATTCTTGTAAAAGTATGTGA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
* *
100649 AATTTCATTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCT
66 AATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
* * ** *
100713 TGGTTGAAACTGCATGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
130 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
* * *
100778 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTT
195 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTT
* * *
100842 ATGGCCAAAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAA
260 ATGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
* ** * * * *
100907 GCTGATTTGGTGACTTGATTATGCTGTTTTTCCGATGTTGTGAGTAATGAGGGGTTAAAATGCAA
324 GCTGATTTGGTGATTTGATTATG-TGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
* * * *
100972 ATGTACAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCAAAAT
388 ATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
* * * *
101037 ATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCTTGTTGAGCTG
453 ATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTG
*
101102 TTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTGGGTGAAATTTTATTGA-ATGTATTTGTA-CGATGATG
518 TTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATT-ACATGTATTTGTATC-ATGATG
* * *
101165 CTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCAAATCTATTTGAAATTCATAAA-ATG
581 CTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATG
* * * * *
101229 TTATTGCGTTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTCTAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATA
646 ATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATA
* *
101294 GGGATTAAATTACAAAAATGAAAAGTCATGCTTCATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTT-TAA
711 GGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAA
* *
101358 AGGATTTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTAATTATGTGTTTTT
776 AGGA-TTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTT
* * * * * *
101423 CA-GATGTTCTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAA
840 -ATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAA
* * * *
101487 AGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCTGAAACATGATGAACCATATTGGCATGGTTTTCTTG
904 AGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTG
101552 CTG
968 CTG
** * * * **
101555 ATTTGAAATTAATTTCTATGCGTGATAAGGTGCTTGCAACA-AAACATTCTTGTAAAAGTAGGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAA-ATTCTTGTAAAAGTAGGTG
** * * * * *
101619 AAATTTC-TCTGCATGTATTTACATCATGGTGCTGATTTGTTAAGCTAG-AAATCATTTAGATAG
65 AAATTTCAT-TGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAG-TTGCAAATTATTTAGATAG
*
101682 CTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCATG-TTATCTTG
128 CTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATT-TCTTG
* * * *
101746 ACTTATAAGTTATTTTATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTACAAAAAAGAAAAGTCATGC
192 ATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGC
* * *
101811 TTTATGGCCAAAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCTTGATGTGTGGATGGCT
257 TTTATGGCCAAAAGTATTTGAC-GAGCCTTGTAAAGGATTTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTT
101876 CCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATG
320 CCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATG
* * * * *
101941 CAAAAATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTACAATGTTTGTTCCCTGAAATTTCTTATTTAGCTGA
385 CAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGA
*
102006 AACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAG
450 AACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAG
* * * *
102071 CTGTTTGCATGAGAAAATGCTTATAAAAGTAGGTGAAATTTTATTGCATGTATTTGTA-CAATGA
515 GTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATC-ATGA
*
102135 TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGA
579 TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGA
* * *
102200 TGATATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGCTATTTAATGAGATTTGAAATTA
644 TGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTA
* *
102265 TAGGGATTAAATTGCAAAAATTG-AAAGTCATGCTTCATGGCCAAAAGTATTTGACTGAGCCTTG
709 TAGGGATTAAATTGCAAAAA-TGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTG
* * * *
102329 TAAAGGA-TTTTTTCCATGATCTATGGATGGCTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTT
773 TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTT
* * *
102393 TTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAGAATACAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCA
838 TTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCA
* * * ** * * * * *
102458 TATA-TTTGTAT-CATG--A-TGCTGAATT-G-TTAA-GTTA-CAAATCA-TTTCG-ATAGCTTG
903 -A-AGTTTGT-TCCATGAAATTTCTTATTTAGCCAAACATGATC-AACCATTTTGGCAT-G-TTT
*
102512 GTCTAAT-CT-
962 TTCT--TGCTG
* ** * * * * * * *
102521 ATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTA-CCTTGATTT-CTTGATTTACAAGTTA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATG----CGTG---A---TGAGGC--G-TTTGCATGA--GA-AAATTC
* ** * * * * ** * * * * *
102584 TT-TAACGAG-ATTTGAAATTGT-A-AGGA-GTGAATTGCAAAAAAGAAAAG-T-CATTCTTTA-
50 TTGTAA-AAGTAGGTGAAATT-TCATTGCATGT-ATTTG-TATCATG--ATGCTGAATTGTTGAG
* * * * * * ** **
102641 TGGCCAAAAGTATTT-GACCGAGCGTGGT-GAA--GGATTT---TTTCTTCCA-A-GAT-TTGTG
109 TTG-C-AAATTATTTAGA--TAGCTTGGTCGAATCTG-TTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTG
* ** ** * *
102696 --GATGGTT-CCATGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGT-TTTTATGATG-TTGTG--ATTGAT
169 CTTATTTTTGCC-T--TGATTTCTTGATTT-A-TAAGT-TATTTAATGA-GATT-TGAAATT-A-
* * * * * * * ** * * * *
102754 TAGGGGTCAAAATGTAAAAATGCAAAATTTGAAAGACTTGGTTG-CAAAATTTTTTCCACGAAAT
224 TAGGGATTAAATTGCAAAAATG-AAAA-GT-CATG-CTTTATGGCCAAAAGTATTT-GACG--A-
* * * ** * ** * **
102818 TTCCTATTTATCCAACAGA---TGATCAACAATTT-TGGCAT-GTT------T-TTCTTCCTGAT
281 -GCCT-TGTA---AA-GGATTTTTTTCCATGATTTGTGG-ATGGTTCCAAGCTGAT-TTGGTGAT
* ** ** * * * * * *
102871 TTGA-AAT-T-AATTTA-GATGCGCGATGAGGTG-TTTGCGTGTGAAAATTC---T-TG-TAAAA
338 TTGATTATGTGTTTTTATGATG-TTG-TGA-TTGATTAG-GGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAA
* * ** * * * * * ** **
102926 -GTAGGTGACATTTCATTGC-ATGTATTTGTACCACG--A-TGCTCAATTT--TTG--AGTTG--
399 TTTAAG-GAC--TTGGTTGCAAAG--TTTGTTCCATGAAATTTCT-TATTTAGCCGAAACATGAT
* * ** * * ** * * *
102980 CAAATCA-TTTAG-ATAGCTTGGTCGAAT-CTG-TTTGAAATTGATAAAGATG-ATGTTGTGCGT
458 C-AACCATTTTGGCAT-G-TTTTTC--TTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAG-GT
* * * * * * ** * ** * * * * *
103040 ATTTTGGCCT-TG-ATATCTCGGTT-TATAGGTTATTTAAAGAGATT-TGAAAT-TATTGGGATT
517 -GTTT-GCATGAGAAAAT-TC--TTGTAAAAG-TAGGTGAA-ATTTTATTACATGTATTTGTATC
* ** ** * * *
103100 A-AATTGCAAAAATGAAAGGTCAAGCTTTATGGCCAAAAGTATTTCATAAAGCCTT-GTAAACG-
575 ATGA-TGC-----TGAATTGTTGAG---T-T-G-C-AAATTATTT-AGATAG-CTTGGT---CGA
* * * ** * **
103162 ATTTTTTTCGATGATTTGTGGATGGTTCCAAACCGATTTGGGGATTTTG-TT-TTTGTGTGGTTT
622 ATCTGTTT-GA--A-AT-T-GA----T--AAA--GA--T-GATATTGTGCTTATTT-T-T-GCCT
* ** * * * * ***
103225 ATGATGTT-GTGATTGATTATGGGTTA--AAATGCAAATATGCAAAAATT-TAAGGATTTGGTTG
667 -TGAT-TTCTTGA-T--TTATAAGTTATTTAATG-AGATTTG---AAATTATAGGGATTAAATTG
* ** ** * * ** * *
103286 CAAAGTTCGTTCCATGAAATTTC-TTATTTA-GTCGAAACA-TGGTTAACC--G--TTTTAGACA
723 CAAA--------AATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAA-AGTATTTGACCGAGCCTTGTA-A-A
* ** ** ** ** * ** **
103344 -G-TTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAAT--TTAGATGCGTGATGAGGTGTTTACGTGAGAAAAT
777 GGATTTTT-TTCCATGATTTG---TGGATGGTTCCAAAC-TGATTTGGTGATT---TGATTATGT
* * * * *
103404 -TCTTGTA-AAAGTATGTGAAATTTCATTTCATGTATTTGGATCAAGATGCTGAAATGTTGAGTC
834 GT-TTTTATGATGT-TGTG--A-TTGA-TT-ATG-----GG-TCAAAATGC--AAA---T-A-T-
* * * * ** *
103467 GCAAATCATTTACA-TAGCTTAGTCG-AATCTTTTTGAAATT-GATAAAGATGATATTGTGCTTA
878 GCAAA-AATTTA-AGGA-CTTGGTTGCAA--AGTTTG---TTCCAT---GA--A-ATT-T-CTTA
* ** * * **
103529 TTTTTGCCTGGAC-T--TCTTA--ATTTAT---AAGTTATTT-AAG-TAG
927 -TTTAGCC-AAACATGATC-AACCATTT-TGGCATGTT-TTTCTTGCT-G
*** * *** *** *
103569 ATTTGAAATTATAAGGACAAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATG-GCCAAAAGTAT-TT
1 ATTTGAAA-T-TAA--TTTAGA-TGC-GTGATGAGGCGT-TTGC---ATGAG--AAAA-T-TCTT
* * * * * * * * * ** * *
103632 G-ACCAAGCCT-TGTAAAGGATTT-TTCTCCATG-ATTTGCGAACGGCTCCAAACTGATTTGGTG
52 GTA-AAAG--TAGGTGAA--ATTTCAT-TGCATGTATTTG-TATC--AT-GATGCTGAATTGTTG
* ** * ** * * *
103693 ATTTG-ATTTTGTGTT-TTTATG-TTGTTGCG-ATTTGTTATGGGTCAAAATGCAAATATGAAAA
107 AGTTGCAAATTAT-TTAGATA-GCTTGGT-CGAATCTGTT-T--G--AAATTG-----AT--AAA
* * * * *** ** ** *
103754 AATTGAAGGACTTG-GTCTCAAAGTTTGTT-CCATGAAATTTCTT-ATTTAGCCGAAACATGATC
157 GA-TG-A-TA-TTGTG-CT--TA-TTT-TTGCCTTG--ATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAAT-
* * ** **** * * ** * * * * *
103816 AACCATTTTGGCATGT-T-TTTCTTGCCGACTTG-AAATTAATTTAAATTCGTGATATGGTGTTT
210 GA-GA-TTTGAAAT-TATAGGGATT---AAATTGCAAA--AATGAAAAGTCATGCT-T--T-ATG
** ** * * * * **
103878 G-CAAGAGAAAATTCTTGTAAAAG--TAGGTGAA--ATTTTATTGCATGTATTTGTACCAT-G--
263 GCCAA-A-AGTA-T-TTG-ACGAGCCT-TGTAAAGGATTTTTTTCCATG-ATTTGT-GGATGGTT
* * * * * * ** * * ***
103935 --ATGCTCAATTGTTGAGTT-A-CAAAT-TATTTA-GATAGCTTGGTCGAATTTG-TTTGAAATC
320 CCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGAT-G-TT-GT-G-A-TTGATTAGGGGTC
* * ** ** *** * * *
103993 GATAAA-GATAACATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT-TATAAGTTAT-TT-AATGA
379 -A-AAATG-CAA-A-TATGCAAAAATTT--AAGGA---CTTGGTTGCA-AAGTT-TGTTCCATGA
* ** * ** *** * * * *
104054 GATTTCAAATTATAG-GGATTAA-ATTGA--AAAAATGAAAAGTCATGCTTTT-TGGC-CA----
432 AATTTCTTATT-TAGCCGA--AACA-TGATCAACCAT--TTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTG
* * * * * *** ** **
104109 AAAGT-ATTT-GATCAAGCCTTG-TAAAGGATTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTG
491 AAATTAATTTAGAT---G-CGTGAT-GAGG---TGTTTGCATGA---GAAAATTCTTGTAAA---
* * * * * * * * * ** *
104171 ATTTGGTG--ATTTGATTATGCACGTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATG-CAAAT
542 AGTAGGTGAAATTTTATTA--CA----TGT-AT-TTGT-A-TCATGAT-GCT-GAATTGTTGAGT
* ** * * * ** ** *
104233 ATGCAAA-AATTTA-AGGGCTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAAC
595 -TGCAAATTATTTAGATAGCTTGG-T-CGAA-TCTGTT---TGAAA--T-TGATAAAGATGATA-
* * * * * * *
104296 ATGAT-C-AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGA-AA-TTAATTTAGATG-CATGTTG
649 TTG-TGCTTA--TTTTTGCCTTG-ATTTC-T--TGATTT-ATAAGTT-ATTTA-ATGAGAT-TTG
** * * * * ** * * *
104356 AGCTGTTTGCATGAGA--AAATTCTTGTAAGAGTAGGTGAAATTTTATTGCATGTATTTGTCCTA
703 AAAT-TAT--A-GGGATTAAA---TTGCAA-A--A-ATGAAAAGTCA-TGC-T-T-TATGGCC-A
* * * ** * ** * ** * * *
104419 TGATGTTGAATTG-TTGAG--TTGCAAATTATTTAGATAGCTT-GGTGGAATCTGTTTGAAATTG
752 -AAAG-T-ATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTT---T--TTTCCAT-G-AT-T-TGTG-GATGG
* * * * * *
104480 AT-CAAGA-TGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATT-TCTTGATTTTTAAGTTGTTTAAGGAGA
804 TTCCAA-ACTGAT-TTG-G-TGA---TT----TGATTAT-GTG-TTTTTATGATG-TT---GTGA
* * * * * * * *
104542 TTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATG--AAAA-GTCATG-CTTTGTGGCCAAAAGTATT
852 -TTG--ATTA-TGGG-TCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTG-C-AAAG--TT
* * *** * * *
104603 TGACTGAGCCTTGTAAAGGTTTTTCGTTCCAGGATTT-G-TGGAC-GGTTCCAACCTAATTTGG-
908 TG--T--TCCATG-AAA----TTTC-TT-----ATTTAGCCAAACATGAT-CAACC-ATTTTGGC
104664 -TGATTTGATT-TTG-TG
956 ATG-TTT--TTCTTGCTG
** * * ** * ** * *
104679 -TTT--TTTTGATGTT--TTGTTTGATTAGGGGTCGAAATGCAATTATGCAAAA---AT-TAAAG
1 ATTTGAAATTAAT-TTAGATGCGTGA-T-GAGG-CG-TTTGC-ATGA-G-AAAATTCTTGTAAA-
* * * * ** * * ***
104735 GACTTGGTTGCAAAGTTT-GTTTCATAAAATTTCT-TGC-TCA-GCTGAA-ACATGA--T-CAAC
57 -AGTAGG-TG-AAA-TTTCATTGCAT-GTATTTGTAT-CATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAA-
* ** * * * * *
104792 CA-T-TTTGGCAT-G-TTTTTC--TTCTTGATTTGAAATTAATCAAGAT-ACGTGTTGAGC-TA-
115 -ATTATTTAG-ATAGCTTGGTCGAATC-TG-TTTGAAATTGATAAAGATGA--TATTGTGCTTAT
* * ** * * * *
104848 -CTTGCCTGAGAAATTTCTTG-TAAAAGTAGGTGAAATTTAATAGCATGTATTTGTACCATGAT-
174 TTTTGCCT-TG--ATTTCTTGAT-TTA-TAAGT--TATTTAAT-G-A-G-ATTTG-A-AATTATA
* * * * ** *** ** * *
104910 GCTGAATTGTTGAGTTG--AAAATTATTTAG--ATAGC--T-TGGTTGAATCTGTTTGA--A--A
226 G--GGA---TTAAATTGCAAAAATGA-AAAGTCAT-GCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACGAGCC
* * * * ** * *
104964 TTGTTAAA-GATTATATTGTGC-TTATTT-T---T-G--CC---TTGATTTCTTCATTT-A-TAA
284 TTG-TAAAGGATT-T-TTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTAT
* * * * * * * *
105015 GT-TATTTATTGA-GATT-TGAAATT-A-TAGGGATTAAATTGCAAAAATG--AAAA-GTCATG-
346 GTGTTTTTA-TGATG-TTGTG--ATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGA
** * *** * ** *** ** * *
105071 CTTTATGGCCAAAAG--TGTT---TGACTAAGGACTTGTAAAG--G-ATTTTTTTCCACGATTTG
407 CTTGGTTG-C-AAAGTTTGTTCCATGA--AATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTT-
* * * * *
105128 TGG-ATGGTTCCAAGCTGAT-TTGGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAG
467 TGGCAT-GTT------T-TTCTTGCTGATTTGA-AAT-TA-ATTTA-GATG-CGTGA-TG---AG
* **** * * **** * * * * * *
105191 GGGTCAAAATGCA-AATATGCAAAAAATTAAGGACGTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTC
515 GTGTTTGCATG-AGAAAATTCTTGTAA--AAGTA---GG-TG-AAATTTTATTACAT-GTATTTG
* * *** * * * *
105255 T-T-AT-TTAGCCGAA-ACATGA--T-C-AATCAATTT-GACATGCATT--TCG-TTCGGATTTG
571 TATCATGAT-GCTGAATTGTTGAGTTGCAAAT-TATTTAGATA-GC-TTGGTCGAATCTG-TTTG
* ** * * * * * * * ** *
105308 AAATTAATTTAGATGCGTGA-TGAG--GA-GTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAA
631 AAATTGATAAAGATG-AT-ATTGTGCTTATTTTTGCCT-TG--ATTTCTTG---ATTTA----TA
* * * * ** * * ** * *
105369 AATTCTTTTCATTG-TATTT-CTATCAT---GATGCTGAATTG-TTAAGTTACAAA-TCAT--TT
684 AGTT-ATTT-AATGAGATTTGAAATTATAGGGAT--TAAATTGCAAAAATGA-AAAGTCATGCTT
* * ** * *
105425 AGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGA---A--ATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCT
744 ---TA---TGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTG-TAAAG--G--A------TT-TTTTT-CCA
* * * * * * *** * *
105485 TGATTTCTTGAT--TT--ATAAGTTATTTAATGAGATTTGA-TAT-TAAGGGGTTA-AAAG--GT
790 TGATTTGTGGATGGTTCCA-AACTGATTT--GGTGATTTGATTATGT--GTTTTTATGATGTTGT
*** * *** ** * * * *
105541 -AAAAATGAAAAGTC---ATGC-TTTATGGCCGAAAGTATT-A-GAC-CGAGTCTGTTAAAGGAT
850 GATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATAT-G-CAAAAAT-TTAAGGACTTG-GT-TG-CAAA-G--
* * * ***** *
105598 TTTTTTCCATG--ATTTGTGGATGGTT--CCAAACA-GATTTGGGGATTTTGGTTATGTGTCTTT
906 TTTGTTCCATGAAATTTCT-TAT--TTAGCCAAACATGA-TCAACCATTTTGG-CATGT-T-TTT
* *
105658 -ATGATG
964 CTTGCTG
* * * * ** * * * *** * *
105664 -TTATG--ATTGA-CT--ATGGGTCAAAATGCAACTATGCAAAATTTTAATGATTTGGTTGT-AA
1 ATT-TGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGC--GTTTGC---ATGAGAA--AATT-CTTGTAAA
* * * * ** * ** **
105722 AGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CGAAACATGATCAACCATTTTGGCTTGTTTTTCTT
57 AG-TAG----GTGAAATTTC--A-TT-GCATG-TATTTG-T--ATCATGAT-GC-TG----AATT
* * * * **
105786 GCTGATTTG-AAATTTATTTAGAT-GCGTGAT-G-AGGTGTTTGCAAGAGAAAATT-ATTGTAAA
103 GTTGAGTTGCAAA-TTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTT------G-AAATTGA---T-AA
* * * * * * ** * *
105846 AGTATGTGAAATTTCATTGCATGTATTCGTATCATAGTGC-TGAATTGTTGAGTTGCAAATCATT
156 AG-A--TGATATTG---TGC-T-TATT--T-T--T-G-CCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATT
* * * **
105910 TAGAT-AGCATGGTTGAAA--CT--GCATGAAATTG-ATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGC
206 TA-ATGAG-AT--TTGAAATTATAGGGATTAAATTGCA-AAA-ATGA-A--AAG-TCA----TG-
* ** * * * ** * ***
105969 CTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTGTAAAATG
256 CTTTATGGC--CA---A-AAG-TATTTGACGAGCCTTG-TA--A-A-GGATT---TTTTTCCATG
*** * * * * * * * * *
106034 AAAAGT-CATGCTT-TATGACCGAAAGTATTGGACCGAGCCTTG-TAATG-GATTTTT-TCCATG
306 ATTTGTGGATGGTTCCAAG-CTG--A-T-TTGG--TGA--TTTGATTATGTG-TTTTTAT-GATG
* * * ** * *** ** * **
106094 TT-T-TTTGGA-T--GGTTC-CAA-GCTGATTTGGTGACTTGATTATGTGTTTTTCCGATGTTGT
360 TTGTGATT-GATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAAT--TTAAG-G-ACTT--G--GTTG-
* *** ** * ** * *
106152 GATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTACAAAAATTTAAG--G--ACTTGGTTGCAA--AGTTT
415 CA--AA-G-TTTGTT-CCATG-AAAT-TTC--TTATTT-AGCCGAAACAT-GAT-CAACCA-TTT
** ** ** * *** * * ** * ** *
106211 GTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCAT-TTTGGCATGTGGT-TCTTGCTA
467 -TGGCATG-TTTTTCTTGCTGATTTGAAA-TTAATTTA-GATGCGT-G-ATGAGGTGT-TTGC--
** * ** * ** * * ** * *
106274 ATTTG-AAATTAATT-TAGATGCGT-GTTGAGCTGTTTGCATGAGA-AAATTCCTGTA-AAAG-T
523 ATGAGAAAATT-CTTGTA-A-AAGTAGGTGAAAT-TTT--ATTACATGTATT--TGTATCATGAT
* * *
106333 AGGTGAAATT-TT-A-TTG--AATGTATTT-G-TATG-ATGATGTTGAAT-TGTTGAGTTGCAAA
580 -GCTG-AATTGTTGAGTTGCAAAT-TATTTAGATA-GCTTG--GTCGAATCTG-T---TTG-AAA
** ** ** ** ** **
106389 TT-ATTTAGAT-AGCTTGAT-CGAATCTGTTTGAAATTGA--TCAAGATGTTATTGCGCTTATTT
634 TTGATAAAGATGATATTG-TGCTTAT-T-TTTG-CCTTGATTTCTTGAT-TTA-TAAG----TT-
* *
106449 TTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAATTGAAA
688 ---------------------------ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAA
* * * *
106514 AAATGAAAAGTCATGCTTTTTGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCAT
726 AAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCAT
* * *
106579 GATTTGTGAATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGCGTGTTTATGATGTTGTGATTGA
791 GATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGA
*
106644 TTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGGCTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAAT
856 TTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAAT
*
106709 TTCTTATTTAGCGGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
921 TTCTTATTTAGC-CAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
* * *
106760 ATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGA-GCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGC-GTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG
* * *
106824 AAATTTTATTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
65 AAATTTCATTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
* * * *
106888 TTGGTGGAATCTATTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGAT
129 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGAT
* * * *
106953 TTTTAAGTTTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
194 TTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
* * *
107018 TGTGGCCAAAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAAGG-TTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTC
259 TATGGCCAAAAGTATTTGAC-GAGCCTTGTAAAGGATTTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTC
* * * * * * * *
107082 CAACCTAATTTGGTGATTTGATTTTTTGTTTTTTTGATGTTTTGTTTGATTAGGGGTCGAAATGC
321 CAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGC
* * * * ** * *
107147 AATTATGCAAAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCATAAAATTTCTTGCTCAGCTGAA
386 AAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAA
** *
107212 ACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGAG
451 ACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAG
* ** * * *
107276 CTACTTGCCTGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAA-TTTAATAGCATGTATTTGT-TCCATG
515 GTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTA-CATGTATTTGTAT-CATG
* *
107339 ATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTTGAATCTGTTTGAAATTGTTAAAG
578 ATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAG
* * *
107404 ATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGTTATTTATTGAGATTTGAAATT
643 ATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATT
* ** *
107469 ATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTGTTTGACTAAGACTTG
708 ATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTG
* * *
107534 TAAAGGATTTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTATTT
773 TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTT
* * *
107599 TTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAAATTAAGGACGTGGTTGCA
838 TTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCA
* * * * * **
107664 AAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAATCAATTTGACATGCATTTCGT
903 AAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTC-T
*
107729 T-CGG
966 TGCTG
* *
107733 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
* * * * * * *
107798 AAATTCTTTTCATGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTT
66 AATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTT
* * *
107863 GGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTT
131 GGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTT
* * ** *
107928 ATAAGTTATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
196 ATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
* * *
107992 TGGCCGAAAGTATTAGACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
261 TGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTG-TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
* * * * * * * * *
108056 ACAGATTTGGGGATTTTGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAA
324 GCTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
* * * * *
108121 CTATGCAAAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
388 ATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
* *
108186 ATGATCAACCATTTTGGCTTGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTTATTTAGATGCGTGATGAGGTG
453 ATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTG
* * * * * *
108251 TTTGCAAGAGAAAATTATTGTAAAAGTATGTGAAATTTCATTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGC
518 TTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATCATGA-TGC
* * * * **
108315 TGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGAAACTGCATGAAATTGATAAAGATGA
582 TGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGA
* * *
108380 TATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATACTATAG
647 TATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAG
* * * * *
108445 GGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGACCGAAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAAT
712 GGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAA
* * * * **
108509 GGA-TTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGACTTGATTATGTGTTTTTCC
777 GGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTAT
* * * * * *
108573 GATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTACAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGT
842 GATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGT
** *
108638 TTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTA
907 TTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
* *
108703 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGA-GCTGTTTGCATGAGAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGC-GTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG
* * * *
108767 AAATTTTATTGAATGTATTTGTATGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
65 AAATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
* * * *
108832 TGATCGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGTTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
130 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
* *
108897 TATAAGTTATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAATTGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTT
195 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTT
* * *
108962 TTGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
260 ATGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
* * * *
109027 ACTGATTTGGTGATTTGATTATGCGTGTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAA
324 GCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAA
* * *
109092 TATGCAAAAATTTAAGGGCTTGGTTGCAGAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACA
389 TATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACA
* * *
109157 TGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGAGCTGT
454 TGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGT
* * * *
109222 TTGCATGAGAAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTGAAATTTTATTGCATGTATTTGT-CCTATGATGT
519 TTGCATGAG-AAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATC-ATGATGC
* *
109286 TGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTGGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGA
582 TGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGA
* * * * *
109351 TATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGATTTTTAAGTTTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTG
647 TATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAG
* *
109416 GGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTGTGGCCAAAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAA
712 GGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAA
* * * * *
109481 GG-TTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTCCAACCTAATTTGGTGATTTGATTTTGTGTTTTT
777 GGATTTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTT
* * * * * * *
109545 TTGATGTTTTGTTTGATTAGGGGTCGAAATGCAATTATGCAAAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAA
840 ATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAA
* * ** * *
109610 GTTTGTTTCATAAAATTTCTTGCTCAGCTGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTT-C
905 GTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC
109674 TTG
969 -TG
** * * *
109677 ATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGA-GC-TACTTGCCTGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGT
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGT--TTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGT
* * * *
109740 GAAATTTAATAGCATGTATTTGTACCATGATGCTGAATCGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
64 GAAATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
* * *
109805 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGTTAAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCAT
129 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGAT
*
109870 TTATAAGTTATTTATTGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
194 TTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
* * * * *
109935 TATGGCCAAAAGTGTTTGACTAAGACTTGTAAAGGAATTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCA
259 TATGGCCAAAAGTATTTGAC-GAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCA
*
110000 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
323 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
* * *
110065 ATATGCAAAAAATTAAGGACTTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
388 ATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
* * * *
110130 ATGATCAATCAATTTGACATGCATTTGGT-TTG--GATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAG
453 ATGATCAACCATTTTGGCATG--TTT-TTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAG
* * *
110192 GAGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-TT-CATGTATTTCTATCATG
515 GTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTATTACATGTATTTGTATCATG
* * * *
110255 ATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAG
578 ATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAG
* * *
110320 ATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATATT
643 ATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATT
* ** * * * *
110385 A-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCGAAAGTATTAGACCGAGTC-TG
708 ATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTG
* * *
110448 TTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACAGATTTGGGGATTTCGGTTATGTGT
773 -TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTT-GATTATGTGT
* * * * * * * *
110513 CTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAACTATGCAAAATTTTAATGATTTGGTTG
836 TTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTG
* *
110578 TAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCTTG-TTTTC
901 CAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTC
110642 TTGCTG
965 TTGCTG
* * * * *
110648 ATTTGAAATTTATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAGAGAAAATTATTGTAAAAGTATGTGA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
* * *
110713 AATTTCATTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCA
66 AATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
* * ** *
110777 TGGTTGAAACTGCATGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
130 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
* * *
110842 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTT
195 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTT
* * * * * *
110906 ATGACCGAAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAATGGA-TTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAA
260 ATGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
* ** * * *
110970 GCTGATTTGGTGACTTGATTATGTGTTTTTCCGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAA
324 GCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAA
* *
111035 TGTACAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAG-CGAAACA
389 TATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACA
** * * *
111099 TGATCAACCATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGCTGT
454 TGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGT
* * *
111164 TTGCATGAGAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTGA-ATGTATTTGTATGATGATGTT
519 TTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATT-ACATGTATTTGTATCATGATGCT
* * *
111228 GAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGATCGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGTT
583 GAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGAT
* *
111293 ATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTCAAATTATAGG
648 ATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGG
* * * *
111358 GATTAAATTGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTTTTGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAG
713 GATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAG
* * *
111423 GATTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGCGTGTTTATG
778 GATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATG
* *
111488 ATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGC-AAAATTTAAGGGCTTGGTTGCAGAGTT
843 ATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTT
*
111552 TGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
908 TGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
* * *
111616 ATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGA-GCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGC-GTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG
* * *
111680 AAATTTTATTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
65 AAATTTCATTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
* * *
111744 TTGGTGGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGAT
129 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGAT
* * * *
111809 TTTTAAGTTTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
194 TTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
* * *
111874 TGTGGCCAAAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAAGG-TTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTC
259 TATGGCCAAAAGTATTTGAC-GAGCCTTGTAAAGGATTTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTC
* * * * * * * *
111938 CAACCTAATTTGGTGATATGATTTTGTGTTTTTTTGATGTTTTGTTTGATTAGGGGTCGAAATGC
321 CAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGC
* * * * * ** * * *
112003 AATTATGCAAAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCATAAAATTTCATGCTCAGCTGGA
386 AAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAA
** *
112068 ACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGAG
451 ACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAG
* ** * * * *
112132 CTACTTGCCTGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAA-TTTAATAGCATGTATTTGTACCATGA
515 GTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTA-CATGTATTTGTATCATGA
* *
112196 TGCTGAATCGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGTTAAAGA
579 TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGA
* * *
112261 TTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGTTA-TTATTGAGATTTGAAATTA
644 TGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTA
* ** *
112325 TAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTGTTTGACTAAGACTTGT
709 TAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGT
* * * *
112390 AAAGGAATTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTATTTT
774 AAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTT
* *
112455 TATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAAATTAAGGACTTGGTTGCAA
839 TATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAA
* * * * * *
112520 AATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAATCAATTTGACATGCATTTGGT-
904 AGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATG--TTT-TTC
112584 TTG--G
965 TTGCTG
* *
112588 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
* * * * * * *
112653 AAATTCTTTTCATGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTT
66 AATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTT
* * *
112718 GGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTT
131 GGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTT
* * ** *
112783 ATAAGTTATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
196 ATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
* * *
112847 TGGCCGAAAGTATTAGAACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCA
261 TGGCCAAAAGTATTTG-A-CGAGCCTTG-TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCA
* * * * * * * * *
112911 AACAGATTTGGGGATTTGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAA
323 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
* * * * *
112976 CTATGCAAAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
388 ATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
113041 ATGATCAACCATTTTGGC-TGTTTTTCTTTTGCTGATTTGAAATT-ATTTAGATGCGTGATGAGG
453 ATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTC--TTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGG
* * * * *
113104 TGTTTGCAAGAGAAAATTATTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTA-TTCTATCAT-AGT
516 TGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATCATGA-T
* * * * **
113167 GCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGAAACTGCATGTAAATTGATAAAGA
580 GCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTG-AAATTGATAAAGA
* *
113232 TGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATAACT
644 TGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGA-AATT
* * * *
113297 ATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGACCGAAAGTATTGGACCGAAGCCTT
708 ATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCG-AGCCTT
* * * * *
113361 GTAATGGATTTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGACTTGATTATGTGTT
772 GTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTG-T
* * * * * *
113426 TTTTACGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTCAAAATGCAAATGTAC-AAAATTTAAGGACTTGGTT
836 TTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGG-TCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTT
**
113490 GCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCTGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTGGT
900 GCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC--AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTT
*
113555 TCTTGCTA
963 TCTTGCTG
*
113563 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTG-TGA-GC-TGTTGCATGAGAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGT-TTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG
* *
113625 AAATTT-ATTGAATGTATTTGTATCGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
65 AAATTTCATTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
* *
113689 TTGGATCGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTG
129 TTGG-TCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGA-TATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTG
* *
113754 ATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAA-TGAAAAAATGAAAAGTCATGC
192 ATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGC
* *
113818 TTT-TGGCCAAAAGTATTTGATCCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCATGATTCTGTGGATGGT
257 TTTATGGCCAAAAGTATTTGA--CGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATT-TGTGGATGGT
* *
113882 TCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTG-TTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAAT
319 TCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAAT
* * *
113946 GCAAATATGCAAAAATTTAAGGGCTTGGTTGCAGAGTTTG-TCCATGAAATTTCTTATTTAGCGG
384 GCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCG
* *
114010 AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGA
449 AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGA
* * * *
114075 GCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTGAAATTTTATTGCATGTATTTGT-CCTATG
514 GGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATC-ATG
* * *
114139 ATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTGGAATCTGTTTGAAATTGATCAAG
578 ATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAG
* * * *
114204 ATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGATTTTTAAGTTTTTTAAGGAGATTTGAAATT
643 ATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATT
* * * *
114269 ATTGGGA-TAAATTGCACAAATGAAAAGTCATGC-TTGTGGCCAAAAGTATTTGACTGAGCCTTG
708 ATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTG
* * * * * *
114332 TAACGG-TTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTCCAACCTAATTTGGTGATTTGATTTTGTGT
773 TAAAGGATTTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTG-
* * * * * *
114396 TTTTTTTGATGTT-TGTTTGATTAGGGGTCGAAATGCAATTATGCAAAAATTAAAGGACTTGGTT
835 TTTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTT
* ** * *
114460 GCAAAGTTTGTTTCAT-AAATTTCTTGCTCAGCTGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTT
900 GCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTT
114524 CTT-CTTG
964 CTTGC-TG
** * * *
114531 ATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGA-GC-TACTTGCCTGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGT
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGT--TTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGT
* * * *
114594 GAAATTTAATAGCATGTATTTGTACCATGATGCTGAATCGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
64 GAAATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
* * *
114659 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGTTAAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCAT
129 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGAT
*
114724 TTATAAGTTATTTATTGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
194 TTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
* * * * *
114789 TATGGCCAAAAGTGTTTGACTAAGACTTGTAAAGGAATTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCA
259 TATGGCCAAAAGTATTTGAC-GAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCA
*
114854 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
323 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
* * *
114919 ATATGCAAAAAATTAAGGACTTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
388 ATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
* * *
114984 ATGATCAATCAATTTTGACATGCATTTGGT-TTG--GATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGA
453 ATGATCAA-CCATTTTGGCATG--TTT-TTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGA
* * *
115046 GGAGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-TT-CATGTATTTCTATCAT
514 GGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTATTACATGTATTTGTATCAT
* * * *
115109 GATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAA
577 GATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAA
* * *
115174 GATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGA-TTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATAT
642 GATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAAT
* ** * * * *
115238 TA-AGGGGTTAAAAGGTTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCGAAAGTATTAGACCGAGTC-
707 TATAGGGATTAAATTG-CAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCT
* *
115301 TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACAGATTTGG-GATTTCGGTTATGT
771 TG-TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTT-GATTATGT
* * * * * * * *
115365 GTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAACTATGCAAAATTTTAATGATTTGGT
834 GTTTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGT
* *
115430 TGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA-CATTTTGGCTTGTTTT
899 TGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTT
115494 TC-TGCTG
963 TCTTGCTG
* * * * * *
115501 A-TTGAAATTTATTTAGATGCTTGATGAGGTGTTTGCAAGAGAAAATTATTGTAAAAAGTATGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT-AAAAGTAGGTG
* *
115565 AAATTTCATTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGC
65 AAATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
* * * ** *
115629 ATGGTTGAAACTGCATGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGAT
129 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGAT
* * *
115694 TTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTT
194 TTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTT
* * * * * *
115758 TATGACCGAAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAATGGA-TTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCA
259 TATGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCA
* ** * * *
115822 AGCTGATTTGGTGACTTGATTATGTGTTTTTCCGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAA
323 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
* *
115887 ATGTACAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTA-TTAGCCGAAAC
388 ATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
** * * *
115951 ATGATCAACCATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGCTG
453 ATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTG
* * *
116016 TTTGCATGAGAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTGA-ATGTATTTGTATGATGATGT
518 TTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATT-ACATGTATTTGTATCATGATGC
* * *
116080 TGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGATCGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGT
582 TGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGA
* *
116145 TATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTCAAATTATAG
647 TATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAG
* * * *
116210 GGATTAAATTGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTTTTGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAA
712 GGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAA
* * *
116275 GGATTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGCGTGTTTAT
777 GGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTAT
* *
116340 GATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGGCTTGGTTGCAGAGT
842 GATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGT
*
116405 TTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
907 TTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
* * *
116470 ATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGA-GCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGC-GTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG
* * *
116534 -AATTTTATTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
65 AAATTTCATTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGC
* * *
116597 TTGGTGGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGAT
129 TTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGA-
* * * *
116662 TTTTTAAGTTTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCT
193 TTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCT
* * * *
116727 TTGTGGCCAAAAGT-TATTGACTGAGCCTTGTAAAGG-TTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTT
258 TTATGGCCAAAAGTAT-TTGAC-GAGCCTTGTAAAGGATTTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTT
* * * * * * * *
116790 CCAACCTAATTTGGTGATATGATTTTGTGTTTTTTTGATGTTTTGTTTGATATTAGGGGTCGAAA
320 CCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTG--ATTAGGGGTCAAAA
* * * *** *
116855 TGCAAATTATGCAAAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCATAAAATTTCATGCCTCAG
383 TGCAAA-TATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTC-TTATTTAG
* * **
116920 CTGGAACATGATCAACCA-TTTGGCATG-TTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATGCGTG
446 CCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTG
* * ** * * * *
116982 TTGAGCTACTTGCCTGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAA-TTTAATAGCATGTATTTGTAC
510 ATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTA-CATGTATTTGTAT
* *
117046 CATGATGCTGAATCGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGTT
574 CATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGAT
* * *
117111 AAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGTTATTTATTGAGATTTGA
639 AAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGA
* ** *
117176 AATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTGTTTGACTAAGA
704 AATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGC
* * *
117241 CTTGTAAAGGAATTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGT
769 CTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGT
* * *
117306 ATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAAATTAAGGACTTGGT
834 GTTTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGT
* * * * * **
117371 TGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAATCAATTTGACATGCATT
899 TGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTT
*
117436 TCGTT-CGG
963 TC-TTGCTG
* *
117444 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
* * * * * * *
117509 AAATTCTTTTCATGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTT
66 AATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTT
* * *
117574 GGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTT
131 GGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTT
* * ** *
117639 ATAAGTTATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
196 ATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
* * *
117703 TGGCCGAAAGTATTAGACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
261 TGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTG-TAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
* * * * * * * * *
117767 ACAGATTTGGGGATTTTGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAA
324 GCTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
* * * * *
117832 CTATGCAAAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
388 ATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
* *
117897 ATGATCAACCATTTTGGCTTGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTTATTTAGATGCGTGATGAGGTG
453 ATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTG
* * * * * *
117962 TTTGCAAGAGAAAATTATTGTAAAAGTATGTGAAATTTCATTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGC
518 TTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATCATGA-TGC
* * * * **
118026 TGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGAAACTGCATGAAATTGATAAAGATGA
582 TGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGA
* * *
118091 TATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATACTATAG
647 TATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAG
* * * * *
118156 GGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGACCGAAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAAT
712 GGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAA
* * * * **
118220 GGA--TTTTTCCAT-TTTTTTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGACTTGATTATGTGTTTTTCC
777 GGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTAT
* * * * * *
118282 GATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTACAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGT
842 GATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGT
** *
118347 TTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTA
907 TTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTG
* *
118412 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGA-GCTGTTTGCATGAGAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTG
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGC-GTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG
* * * *
118476 AAATTTTATTGAATGTATTTGTATGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
65 AAATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
* * * * *
118541 TGATCGAATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGTTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATT
130 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
* * *
118606 TCTAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTACAAAAATGAAAAGTCATGCTTC
195 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTT
* *
118671 GTGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTT-TAAAGGACTTTTTTT-CATGATCTGTGGATGGTTCCA
260 ATGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCA
* * * * * *
118734 AACTGATTTGGTGATTTAATTATGTGTTTTT-TGGATGTTCT-AGTTAATGAGGGGTTAAAATGC
323 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTAT-GATGTTGTGA-TTGATTAGGGGTCAAAATGC
118797 AAA-AGTGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGA
386 AAATA-TGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGA
* * **
118861 AACATGATCATCCATTTTGGCATGGTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTCTATGCGTGATGAG
450 AACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAG
* ** * * * ** *
118926 GTGCTTGCAACAAAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCT-CTGCATGTATTTACATCATGG
515 GTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTT-TATTACATGTATTTGTATCATGA
* * *
118990 TGCTGAATTGTTAAGCTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGA
579 TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGA
** * * * *
119055 TGATATTGTGCTTATTTTTGCAATG-TTATCTTGACTTATAAGCTATTTTATGGGATTTGAAATT
644 TGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATT-TCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATT
* * * **
119119 ATAGGGATTGAATTACAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACTAAGCCTTG
708 ATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTG
* * * * *
119184 TAAAGGATTTTCTTTCCTTGATTTTTGGATGGCTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTTTGTGTT
773 TAAAGGATTTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTT
* * * * *
119249 TTTATAATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAACGCAAAAATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTAC
837 TTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGC
* * * *
119314 AATGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATCTAGCTGAAACATGATCAACCCTTTTGGCATGTTTTTCT
902 AAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCT
119379 TGCTG
966 TGCTG
* ** *
119384 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGTTGTTTGCATGAGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
*
119449 AATTTTATTGCATGTATTTGTA-CGATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
66 AATTTCATTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
** *** **
119513 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATCGAGATGATATTGCATTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCTTT
130 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
* * * *
119578 TATAAGCTATTTAATGAGATTTGAAATTTTAGGGATTAAATTGCAAAAATGGAAAGCCATGCTTT
195 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTT
* * *
119643 ATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGGTTTTTTTTCCATGATCTATGGATGGTTCCA
260 ATGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTGTAAA-GGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCA
* * *
119708 AGCTGATTTGGGGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAGAATACAA
323 AGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAA
* *
119773 ATATGCAAAAATTTAAGGATTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGTCGAAAC
388 ATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC
* * * *
119838 ATGGTCAACCGTTTTGGCCA-GTTTTTCTTGCTGATTTAAAATTAATTTGGATGCGTGATGAGGT
453 ATGATCAACCATTTTGG-CATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGT
* * * * * *
119902 GTTTGCATGAGAAAATTGTTATGAAAGGAGGTGAAATTTCATTACATGTATTCGTATC---A--C
517 GTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATCATGATGC
* *
119962 T---TTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTTGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGA
582 TGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGA
* *
120024 TATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATATTACAG
647 TATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAG
* * * * *
120089 GGATTAAATTGCAAAAATGAAAGGTCAAGCTTTATGGCCAAAAGTCTTTGATCAAGCCTTGTAAA
712 GGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAA
* * * * *
120154 GGATTTTTTTCCGTGATTTATGGATGGTTCCAAACTGATTTGGGGATTTTGTTTATATGTTTTTA
777 GGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTA
*
120219 TGATGTTGTGATTGATTGTGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAG
841 TGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAG
* * * * * * *
120284 TTAGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCTGAAACAAT-ATCAATCATTTTAGCATGGTTTTCTTGT
906 TTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGC-CAAAC-ATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC
120348 TG
969 TG
* * * * *
120350 ATTTGAAATTAATTTAGATACGTGATGAGGTGCTTGCAAGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGATGA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
* * * * * *
120415 AGTTTC-TCGGCATGTATTTATATCATAATGCTGATTTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCT
66 AATTTCAT-TGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCT
* * *
120479 TGGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTATGCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATT
130 TGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATT
* * * *
120544 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGATATTACAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAGGTCAAGCTTT
195 TATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTT
* * * * * *
120609 GTGGCCAAAAGTCTTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCGTGATTTATGGATGGTTCCAA
260 ATGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAA
* * * *
120674 ACTGATTTGGGGATTTTGTTTATATGTTTTTATGATGTTGTGATTGATT-GTGGGTCAAAATGCA
324 GCTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAG-GGGTCAAAATGCA
* * *
120738 AATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTAGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCTGAAA
387 AATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAA
* * * * *
120803 CAAT-ATCAATCATTTTAGCATGGTTTTCTTGTTGATTTGAAATTAATTTAGATACGTGATGAGG
452 C-ATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGG
* * * * *** * *
120867 TGCTTGCAAGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGATGAAGTTTCT-CGGCATGTATTTATATCATAAT
516 TGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTT-TATTACATGTATTTGTATCATGAT
* * *
120931 GCTGATTTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAGAT
580 GCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGAT
* * * * * *
120996 GATATTATGCTTATTTTTACCTTGATTTCTTAATTTACAAGTTATTTAACGAGATTTGAAATTGT
645 GATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTAT
* * * * * * * * *
121061 AAGGAGTAAATTGTAAAAATGAAAAGTCATGCTCTGTTGCTGAAAA-TATTTGATCGAGCCATGT
710 AGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGC-CAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGT
* * * *
121125 AAAGGAATTTTTTCCATGATTTATGGATGGTTCCAAGCTAATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTT
774 AAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTT
* * * *
121190 TATGA-GTTGTGATTAATGAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGATGCAA
839 TATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAA
* *
121254 AGTTTGTTCCATGAAGTTTCTTATTTAGCCAAAACATGATCAACCATTTTGGCATGGTTTTCTTG
904 AGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-AAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTG
121319 CTG
968 CTG
* * * *
121322 ATTTGAAATTAACTTAGATGCGTGATGAGGTGCTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTTGGTGA
1 ATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGCGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGA
* * * * * *
121387 AATTTCAGTGCTTGTATTTGTACCATGATGCTCAATTGTTGAGTTGCAAATAATTTAGGTAGCTT
66 AATTTCATTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTT
* * * * *
121452 GGTCGAATCTGTTTGAAATTGATATAGATGATATTATGCGTATTTTTGCCTTGATATCTTGGTTT
131 GGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTT
* * * ** *
121517 ATAAGTTATTTAAAGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAATTGAAAGGTCAACCTTTG
196 ATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
* *
121582 TGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAA
261 TGGCCAAAAGTATTTGA-CGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAG
* * * * * * *
121647 CTGATTTGGCGACTTTGTTTATATGTGTTTATGATGTTGTGATTCATTATGTGTCAAAATGCAAA
325 CTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAA
* *
121712 TATGCAAAAATTTAAGGATTTGCTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACA
389 TATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACA
* * * *
121777 TGATCAACCATTTTGGCCTGTTTTTCCTGCAGATTTGAAATTAATTTAGATGCCTGATGAGGTGT
454 TGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGT
* *
121842 TTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTACCATGATGCAG
519 TTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATCATGATGCTG
*
121907 AATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCAAATCTG-TTGAAATTGATAAAGATGATA
584 AATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATA
* * * * * * *
121971 TTGCGTTTATTTTTGTCTTGATTTCTTCATTTACAAGTTGTTTAATGAGATTTGAAATTATAAGG
649 TTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGG
* * * *
122036 ATTAAATTGCAAAAATGAAAGGTCAAGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGG
714 ATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGG
* * * * * *
122101 ATTTTTTTCTATGATTTGTGGATGATTCCAAACTGATTTGGGGATTTTGTTTATATGTGTTTATG
779 ATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATG
122166 ATGTTGT
843 ATGTTGT
122173 ACGTGGTTGC
Statistics
Matches: 21507, Mismatches: 3598, Indels: 2705
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963 1 0.00
964 8 0.00
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Consensus pattern (970 bp):
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GGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTT
ATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTA
TGGCCAAAAGTATTTGACGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAGC
TGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATA
TGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATG
ATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTT
GCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTATTACATGTATTTGTATCATGATGCTGAA
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TAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGAT
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TTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGT
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Found at i:103972 original size:486 final size:485
Alignment explanation
Indices: 102453--122172 Score: 25983
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102443 AAGGACTTGG
* * * * * *
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* * *
102518 TCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTACAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * * * * * *
102583 ATTTAACGAGATTTGAAATTGTAAGGAGTGAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATTCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * * * **
102648 AAGTATTTGACCGAGCGTGGTGAAGGATTTTTTCTTCCAAGATTTGTGGATGGTTCCATGCTGAT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA--TTTT-TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* *
102713 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAAAATGC-
258 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * * * * *
102777 AAAATTTGAAAGACTTGGTTGCAAAATTTTTTCCACGAAATTTCCTATTTATCC-AACAGATGAT
323 AAAATTT-AAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAA-ACATGAT
* * *
102841 CAACAATTTTGGCATGTTTTTCTTCCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGCGATGAGGTGTTTGC
386 CAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGC
* * * *
102906 GTGTGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGACATTTCA
451 ATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * * *
102941 TTGCATGTATTTGTACCACGATGCTCAATTTTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * * * * * *
103006 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATGTTGTGCGTATTTTGGCCTTGATATCTCGGTTTATAGGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * * *
103071 ATTTAAAGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAGGTCAAGCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* *** * * *
103136 AAGTATTTCATAAAGCCTTGTAAACGATTTTTTTCGATGATTTGTGGATGGTTCCAAACCGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * * * * *
103201 GGGGATTTTGTTTTTGTGTGGTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTTAAAATGCAAATATGCA
260 GGTGA-TTTGATTATGTGT-TTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * * *
103266 AAAATTTAAGGATTTGGTTGCAAAGTTCGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGTCGAAACATGGTTA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * * *
103331 ACCGTTTTAGACA-GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTACG
388 ACCATTTT-GGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* *
103395 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTATGTGAAATTTCA
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * * * * * *
103429 TTTCATGTATTTGGATCAAGATGCTGAAATGTTGAGTCGCAAATCATTTACATAGCTTAGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * * *
103494 TCTTTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTGGACTTCTTAATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* **
103559 ATTTAA-GTAGATTTGAAATTATAAGGACAAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
131 ATTTAATG-AGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * *
103623 AAAGTATTTGACCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTCTCCATGATTTGCGAACGGCTCCAAACTGATT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTT-TCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATT
* * * * *
103688 TGGTGATTTGATTTTGTGTTTTTATGTTGTTGCGATTTG-TTATGGGTCAAAATGCAAATATGAA
259 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGA-TTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
*
103752 AAAATTGAAGGACTTGGTCT-CAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
323 AAAATTTAAGGACTTGGT-TGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
* * * *
103816 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCCGACTTGAAATTAATTTAAATTCGTGAT-ATGGTGTTTGC
387 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGA-GGTGTTTGC
*
103880 AAGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
451 ATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
103915 TTGCATGTATTTGTACCATGATGCTCAATTGTTGAGTTACAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * * *
103980 TTTGTTTGAAATCGATAAAGATAACATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * *
104045 ATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAATTGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTTTTGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* *
104110 AAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
**** *
104175 GGTGATTTGATTATGCACGTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* *
104240 AATTTAAGGGCTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
* * *
104305 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
104370 GAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTGAAATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
104401 TTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTGGA
1 TTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* * *
104465 ATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGATTTTTAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * *
104530 TGTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTGTGGCCA
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * * *
104595 AAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAAGGTTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTCCAACCTAAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * * * *
104660 TTGGTGATTTGATTTTGTGTTTTTTTGATGTTTTGTTTGATTAGGGGTCGAAATGCAATTATGCA
258 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * ** * *
104725 AAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCATAAAATTTCTTGCTCAGCTGAAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
** * * * ** *
104790 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATACGTGTTGAGCTACTTGCC
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* *
104854 TGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTAA
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
104888 TAGCATGTATTTGTACCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGAAAATTATTTAGATAGCTTGGTTGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
104953 TCTGTTTGAAATTGTTAAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
*
105018 ATTTATTGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* ** * * *
105083 AAGTGTTTGACTAAGGACTTGTAAAGGATTTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
196 AAGTATTTGACCGA-GCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATT
*
105148 TGGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
259 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
* * * *
105213 AAAATTAAGGACGTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
324 AAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
* * * ** * *
105278 TCAATTTGACATGCATTTCGTT-CGGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCAT
389 CCATTTTGGCATGTTTTTC-TTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAT
*
105342 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-
453 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTA
* * * *
105376 TT-CATTGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGA
1 TTGCA-TGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* * *
105440 ATCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * ** * *
105505 TATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCG
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * *
105569 AAAGTATTAGACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACAGAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTG-TAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * * * * *
105633 TTGGGGATTTTGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGGGTCAAAATGCAACTATGC
258 TTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGC
* * * *
105698 AAAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
322 AAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
* *
105763 AACCATTTTGGCTTGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTTATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
387 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* * * *
105828 AGAGAAAATTATTGTAAAAGTATGTGAAATTTCA
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
105862 TTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* ** *
105926 AACTGCATGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * * *
105991 TATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGACCG
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * *
106055 AAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAATGGATTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* ** * * * * *
106120 GGTGACTTGATTATGTGTTTTTCCGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTACAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
106185 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
** * * *
106250 CATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
106315 GAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
106346 TTGAATGTATTTGTATGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGATCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
106411 TCTGTTTGAAATTGATCAAGATGTTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * *
106476 ATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAATTGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTTTTGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * *
106541 AAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCATGATTTGTGAATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * *
106606 GGTGATTTGATTATGCGTGTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* *
106671 AATTTAAGGGCTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
* * *
106736 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
106801 GAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTGAAATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
106832 TTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTGGA
1 TTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* * * *
106896 ATCTATTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGATTTTTAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * *
106961 TTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTGTGGCCA
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * * *
107026 AAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAAGGTTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTCCAACCTAAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * * * * *
107091 TTGGTGATTTGATTTTTTGTTTTTTTGATGTTTTGTTTGATTAGGGGTCGAAATGCAATTATGCA
258 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * ** * *
107156 AAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCATAAAATTTCTTGCTCAGCTGAAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
** * * ** *
107221 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGAGCTACTTGCC
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* *
107285 TGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTAA
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* *
107319 TAGCATGTATTTGT-TCCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTTGA
1 TTGCATGTATTTGTAT-CATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* * *
107383 ATCTGTTTGAAATTGTTAAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
*
107448 TATTTATTGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* ** * * *
107513 AAAGTGTTTGACTAAGACTTGTAAAGGATTTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATT
*
107578 TGGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
259 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
* * * *
107643 AAAATTAAGGACGTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
324 AAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
* * * ** * *
107708 TCAATTTGACATGCATTTCGTT-CGGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCAT
389 CCATTTTGGCATGTTTTTC-TTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAT
*
107772 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-
453 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTA
* * * *
107806 TT-CATGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
107870 TCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * ** * *
107935 ATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCGA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * *
107999 AAGTATTAGACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACAGATT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTG-TAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATT
* * * * * * * *
108063 TGGGGATTTTGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAACTATGCA
259 TGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * *
108128 AAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * *
108193 ACCATTTTGGCTTGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTTATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAA
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAT
* * *
108258 GAGAAAATTATTGTAAAAGTATGTGAAATTTCA
453 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
108291 TTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* ** *
108355 AACTGCATGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * * *
108420 TATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGACCG
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * *
108484 AAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAATGGATTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* ** * * * * *
108549 GGTGACTTGATTATGTGTTTTTCCGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTACAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
108614 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
** * * *
108679 CATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
108744 GAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
108775 TTGAATGTATTTGTATGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGATCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
108840 TCTGTTTGAAATTGATCAAGATGTTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * *
108905 ATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAATTGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTTTTGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* *
108970 AAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * *
109035 GGTGATTTGATTATGCGTGTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* * *
109100 AATTTAAGGGCTTGGTTGCAGAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
* * *
109165 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
109230 GAAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTGAAATTTTA
455 G-AAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
109262 TTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTGGA
1 TTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* * *
109326 ATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGATTTTTAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * *
109391 TTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTGTGGCCA
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * * *
109456 AAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAAGGTTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTCCAACCTAAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * * * *
109521 TTGGTGATTTGATTTTGTGTTTTTTTGATGTTTTGTTTGATTAGGGGTCGAAATGCAATTATGCA
258 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * ** * *
109586 AAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCATAAAATTTCTTGCTCAGCTGAAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
** * * ** *
109651 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGAGCTACTTGCC
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* *
109715 TGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTAA
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
109749 TAGCATGTATTTGTACCATGATGCTGAATCGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
109814 TCTGTTTGAAATTGTTAAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
*
109879 ATTTATTGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* ** * * *
109944 AAGTGTTTGACTAAGACTTGTAAAGGAATTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGG-ATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
*
110009 GGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* * * *
110074 AAATTAAGGACTTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAT
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
* * * *
110139 CAATTTGACATGCATTTGGT-TTG--GATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCA
390 CATTTTGGCATG--TTT-TTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
*
110201 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTA
* * * *
110236 TT-CATGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
110300 TCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * ** * *
110365 ATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCGA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * *
110429 AAGTATTAGACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACAGATT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTG-TAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATT
* * * * * * * *
110493 TGGGGATTTCGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAACTATGCA
259 TGGTGATTT-GATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * *
110558 AAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * *
110623 ACCATTTTGGCTTG-TTTTCTTGCTGATTTGAAATTTATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAA
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAT
* * *
110687 GAGAAAATTATTGTAAAAGTATGTGAAATTTCA
453 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
110720 TTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* ** *
110784 AACTGCATGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * * *
110849 TATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGACCG
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * *
110913 AAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAATGGATTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* ** * * * * *
110978 GGTGACTTGATTATGTGTTTTTCCGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTACAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
111043 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAG-CGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
** * * *
111107 CATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
111172 GAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
111203 TTGAATGTATTTGTATGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGATCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
111268 TCTGTTTGAAATTGATCAAGATGTTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * *
111333 ATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAATTGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTTTTGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* *
111398 AAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * *
111463 GGTGATTTGATTATGCGTGTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGC-AA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* * *
111527 AATTTAAGGGCTTGGTTGCAGAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
* * *
111592 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
111657 GAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTGAAATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
111688 TTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTGGA
1 TTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* * *
111752 ATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGATTTTTAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * *
111817 TTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTGTGGCCA
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * * *
111882 AAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAAAGGTTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTCCAACCTAAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * * * * *
111947 TTGGTGATATGATTTTGTGTTTTTTTGATGTTTTGTTTGATTAGGGGTCGAAATGCAATTATGCA
258 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * * ** * * *
112012 AAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCATAAAATTTCATGCTCAGCTGGAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
** * * ** *
112077 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGAGCTACTTGCC
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* *
112141 TGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTAA
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
112175 TAGCATGTATTTGTACCATGATGCTGAATCGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
112240 TCTGTTTGAAATTGTTAAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
*
112305 A-TTATTGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* ** * * *
112369 AAGTGTTTGACTAAGACTTGTAAAGGAATTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGG-ATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
*
112434 GGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* * * *
112499 AAATTAAGGACTTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAT
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
* * * *
112564 CAATTTGACATGCATTTGGT-TTG--GATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCA
390 CATTTTGGCATG--TTT-TTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
*
112626 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTA
* * * *
112661 TT-CATGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
112725 TCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * ** * *
112790 ATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCGA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * *
112854 AAGTATTAGAACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACAGAT
196 AAGTATTTG-ACCGAGCCTTG-TAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * * * * * *
112918 TTGGGGATTTGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAACTATGCA
258 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * *
112983 AAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
113048 ACCATTTTGGC-TGTTTTTCTTTTGCTGATTTGAAATT-ATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGC
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTC--TTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGC
* * *
113111 AAGAGAAAATTATTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCA
451 ATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
113146 TTGCATGTA-TTCTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* ** *
113209 AACTGCATGTAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAG
65 ATCTGTTTG-AAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAG
* * *
113274 TTATTTAATGAGATTTGATAACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGAC
129 TTATTTAATGAGATTTGA-AATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGC
* * * * * *
113338 CGAAAGTATTGGACCGAAGCCTTGTAATGGATTTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAAGCTG
193 CAAAAGTATTTGACCG-AGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTG
* * * * *
113403 ATTTGGTGACTTGATTATGTGTTTTTTACGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTCAAAATGCAAATG
256 ATTTGGTGATTTGATTATGTG-TTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGG-TCAAAATGCAAATA
*
113468 TAC-AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCTGAAACAT
319 TGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCC-GAAACAT
** * *
113532 GATCAACCATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTG-TGAGCTG-T
383 GATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTT
*
113595 TGCATGAGAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTGAAA-TTTA
448 TGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* *
113632 TTGAATGTATTTGTATCGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGATCG
1 TTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGG-TCG
* *
113697 AATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAA
64 AATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGA-TATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAA
* *
113762 GTTATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAA-TGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTT-TGGC
128 GTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGC
*
113825 CAAAAGTATTTGATCCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCATGATTCTGTGGATGGTTCCAAACT
193 CAAAAGTATTTGA-CCGAGCCTTGTAAAGGATTT-TTTCCATGATT-TGTGGATGGTTCCAAACT
*
113890 GATTTGGTGATTTGATTATGTG-TTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATAT
255 GATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATAT
* * *
113954 GCAAAAATTTAAGGGCTTGGTTGCAGAGTTTG-TCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACATGA
320 GCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGA
* * *
114018 TCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGAGCTGTTTG
385 TCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTG
*
114083 CATGAGAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTGAAATTTTA
450 CATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
114119 TTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTGGA
1 TTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* * *
114183 ATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGATTTTTAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * * *
114248 TTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGA-TAAATTGCACAAATGAAAAGTCATGC-TTGTGGCCA
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * * * *
114311 AAAGTATTTGACTGAGCCTTGTAACGGTTTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTCCAACCTAAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * * *
114376 TTGGTGATTTGATTTTGTGTTTTTTTTGATGTT-TGTTTGATTAGGGGTCGAAATGCAATTATGC
258 TTGGTGATTTGATTATGTG-TTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGC
* * ** * *
114440 AAAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCAT-AAATTTCTTGCTCAGCTGAAACATGATC
322 AAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
** * * **
114504 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGAGCTACTTGC
387 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGC
* * *
114568 CTGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTAA
451 ATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
114603 TAGCATGTATTTGTACCATGATGCTGAATCGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
114668 TCTGTTTGAAATTGTTAAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
*
114733 ATTTATTGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* ** * * *
114798 AAGTGTTTGACTAAGACTTGTAAAGGAATTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGG-ATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
*
114863 GGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* * *
114928 AAATTAAGGACTTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAT
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA-
* * * *
114993 CAATTTTGACATGCATTTGGT-TTG--GATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGC
389 CCATTTTGGCATG--TTT-TTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGC
*
115055 ATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-
451 ATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTA
* * * *
115091 TT-CATGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
115155 TCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGA-TTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * ** * *
115219 ATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCG
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTG-CAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * *
115283 AAAGTATTAGACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACAGAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTG-TAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * * * * *
115347 TTGG-GATTTCGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAACTATGC
258 TTGGTGATTT-GATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGC
* * * *
115411 AAAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
322 AAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
* * *
115476 AA-CATTTTGGCTTGTTTTTC-TGCTGA-TTGAAATTTATTTAGATGCTTGATGAGGTGTTTGCA
387 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* * * *
115538 AGAGAAAATTATTGTAAAAAGTATGTGAAATTTCA
452 TGAGAAAATTCTTGT-AAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
115573 TTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* ** *
115637 AACTGCATGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * * *
115702 TATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGACCG
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * *
115766 AAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAATGGATTTTTTCCATGTTTTTTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* ** * * * * *
115831 GGTGACTTGATTATGTGTTTTTCCGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTACAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
115896 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTA-TTAGCCGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
** * * *
115960 CATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
116025 GAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
116056 TTGAATGTATTTGTATGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGATCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
116121 TCTGTTTGAAATTGATCAAGATGTTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * *
116186 ATTTAATGAGATTTCAAATTATAGGGATTAAATTGAAAAAATGAAAAGTCATGCTTTTTGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* *
116251 AAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTCTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * *
116316 GGTGATTTGATTATGCGTGTTTATGATGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* * *
116381 AATTTAAGGGCTTGGTTGCAGAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCGGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
* * *
116446 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCATGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
116511 GAAAATTCTTGTAAGAGTAGGTG-AATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
116541 TTGCATGTATTTGT-CCTATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTGGA
1 TTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* * *
116605 ATCTGTTTGAAATTGATCAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCCTGATTTCTTGATTTTTTAAG
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGA-TTTATAAG
* * * *
116670 TTTTTTAAGGAGATTTGAAATTATTGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTGTGGCC
129 TTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCC
* * * * *
116735 AAAAGT-TATTGACTGAGCCTTGTAAAGG-TTTTCGTTCCAGGATTTGTGGACGGTTCCAACCTA
194 AAAAGTAT-TTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTT--TTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTG
* * * * * *
116798 ATTTGGTGATATGATTTTGTGTTTTTTTGATGTTTTGTTTGATATTAGGGGTCGAAATGCAAATT
256 ATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTG--ATTAGGGGTCAAAATGCAAA-T
* * * *** * * *
116863 ATGCAAAAATTAAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTTCATAAAATTTCATGCCTCAGCTGGAACA
318 ATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTC-TTATTTAGCCGAAACA
** * * *
116928 TGATCAACCA-TTTGGCATG-TTTTCTT-CTTGATTTGAAATTAATCAAGATGCGTGTTGAGCTA
382 TGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGC-TGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTG
* * * *
116990 CTTGCCTGAGAAATTTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTAA
446 TTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * *
117030 TAGCATGTATTTGTACCATGATGCTGAATCGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
117095 TCTGTTTGAAATTGTTAAAGATTATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
*
117160 ATTTATTGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* ** * * *
117225 AAGTGTTTGACTAAGACTTGTAAAGGAATTTTTTCCACGATTTGTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGG-ATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
*
117290 GGTGATTTGATTATGTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
* * * *
117355 AAATTAAGGACTTGGTTGCAAAATTTGTTCCATGGAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAT
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
* * ** * *
117420 CAATTTGACATGCATTTCGTT-CGGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGAGTTTGCATG
390 CATTTTGGCATGTTTTTC-TTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATG
*
117484 AGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGCGAAAATTCTT-
454 AGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTG-AAATT-TTA
* * * *
117517 TT-CATGTATTTCTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
117581 TCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTTCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * ** * *
117646 ATTTAATGAGATTTGATATTA-AGGGGTTAAAAGGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCGA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * *
117710 AAGTATTAGACCGAGTC-TGTTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACAGATT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTG-TAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATT
* * * * * * * *
117774 TGGGGATTTTGGTTATGTGTCTTTATGATGTTATGATTGACTATGTGTCAAAATGCAACTATGCA
259 TGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * *
117839 AAATTTTAATGATTTGGTTGTAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * *
117904 ACCATTTTGGCTTGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTTATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAA
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAT
* * *
117969 GAGAAAATTATTGTAAAAGTATGTGAAATTTCA
453 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
118002 TTGCATGTATTCGTATCAT-AGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCATGGTTGA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGA-TGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
* ** *
118066 AACTGCATGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTCATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * * * *
118131 TATTTAATGAGATTTGATACTATAGGGATTAAATTG-TAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGACCG
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * * *
118195 AAAGTATTGGACCGAGCCTTGTAATGGA-TTTTTCCAT-TTTTTTGGATGGTTCCAAGCTGATTT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* ** * * * * *
118258 GGTGACTTGATTATGTGTTTTTCCGATGTTGTGATTAATGAGGGGTTAAAATGCAAATGTACAAA
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAA
118323 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
325 AATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAAC
** * * *
118388 CATTTTGGCATGTGGTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGA
390 CATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGA
*
118453 GAAAATTCCTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
455 GAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
118484 TTGAATGTATTTGTATGATGATGTTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGATCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * * * *
118549 TCTGTTTGAAATTGATCAAGATGTTATTGCGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCATTTCTAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* **
118614 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTACAAAAATGAAAAGTCATGCTTCGTGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* *
118679 AAGTATTTGACCGAGCCTT-TAAAGGACTTTTTTTCATGATCTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * * * *
118743 GGTGATTTAATTATGTGTTTTT-TGGATGTTCT-AGTTAATGAGGGGTTAAAATGCAAA-AGTGC
260 GGTGATTTGATTATGTGTTTTTAT-GATGTTGTGA-TTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATA-TGC
118805 AAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
322 AAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATC
* * ** *
118870 ATCCATTTTGGCATGGTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTCTATGCGTGATGAGGTGCTTGCA
387 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
** *
118935 ACAAAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCT-
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTT-TA
* ** * * * *
118969 CTGCATGTATTTACATCATGGTGCTGAATTGTTAAGCTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
** * *
119034 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCAATG-TTATCTTGACTTATAAGC
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATT-TCTTGATTTATAAGT
* * * * *
119098 TATTTTATGGGATTTGAAATTATAGGGATTGAATTACAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
** * * * *
119163 AAAGTATTTGACTAAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCTTGATTTTTGGATGGCTCCAAGCTGAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTT-TTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * * *
119228 TTGGTGATTTGATTTTGTGTTTTTATAATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAACGCAAAAATGCA
258 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * * *
119293 AAAATTTAAGGACTTGGTTACAATGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATCTAGCTGAAACATGATCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * *
119358 ACCCTTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGTTGAGTTGTTTGCAT
388 ACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAT
*
119423 GAGAAAATTCTTATAAAAGTAGGTGAAATTTTA
453 GAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
119456 TTGCATGTATTTGTA-CGATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
1 TTGCATGTATTTGTATC-ATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGA
** *** ** *
119520 ATCTGTTTGAAATTGATCGAGATGATATTGCATTTATTTTTGCCTTGATTTCTTCTTTTATAAGC
65 ATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGT
* * *
119585 TATTTAATGAGATTTGAAATTTTAGGGATTAAATTGCAAAAATGGAAAGCCATGCTTTATGGCCA
130 TATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCA
* * * *
119650 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGGTTTTTTTTCCATGATCTATGGATGGTTCCAAGCTGAT
195 AAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAA-GG-ATTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGAT
* * *
119715 TTGGGGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAGAATACAAATATGCA
258 TTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * *
119780 AAAATTTAAGGATTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGTCGAAACATGGTCA
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCA
* * *
119845 ACCGTTTTGGCCA-GTTTTTCTTGCTGATTTAAAATTAATTTGGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
388 ACCATTTTGG-CATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* * * * *
119909 TGAGAAAATTGTTATGAAAGGAGGTGAAATTTCA
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
119943 TTACATGTATTCGTATC---A--CT---TTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTTGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
120000 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * * *
120065 ATTTAATGAGATTTGATATTACAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAGGTCAAGCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * * * *
120130 AAGTCTTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCGTGATTTATGGATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * *
120195 GGGGATTTTGTTTATATGTTTTTATGATGTTGTGATTGATT-GTGGGTCAAAATGCAAATATGCA
260 GGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAG-GGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * *
120259 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTAGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCTGAAACAAT-ATC
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC-ATGATC
* * * * * *
120323 AATCATTTTAGCATGGTTTTCTTGTTGATTTGAAATTAATTTAGATACGTGATGAGGTGCTTGCA
387 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* * *
120388 AGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGATGAAGTTTCT-
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTT-TA
** * * * *
120422 CGGCATGTATTTATATCATAATGCTGATTTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * *
120487 TCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTATGCTTATTTTTACCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * * * *
120552 ATTTAATGAGATTTGATATTACAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAGGTCAAGCTTTGTGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * * * * *
120617 AAGTCTTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCGTGATTTATGGATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * *
120682 GGGGATTTTGTTTATATGTTTTTATGATGTTGTGATTGATT-GTGGGTCAAAATGCAAATATGCA
260 GGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAG-GGGTCAAAATGCAAATATGCA
* * *
120746 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTAGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCTGAAACAAT-ATC
323 AAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAAC-ATGATC
* * * * * *
120810 AATCATTTTAGCATGGTTTTCTTGTTGATTTGAAATTAATTTAGATACGTGATGAGGTGCTTGCA
387 AACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCA
* * *
120875 AGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGATGAAGTTTCT-
452 TGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTT-TA
** * * * *
120909 CGGCATGTATTTATATCATAATGCTGATTTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * * * *
120974 TCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTATGCTTATTTTTACCTTGATTTCTTAATTTACAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * * * * * * * *
121039 ATTTAACGAGATTTGAAATTGTAAGGAGTAAATTGTAAAAATGAAAAGTCATGCTCTGTTGCTGA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGC-CA
* * * * *
121104 AAA-TATTTGATCGAGCCATGTAAAGGAATTTTTTCCATGATTTATGGATGGTTCCAAGCTAATT
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* *
121168 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGA-GTTGTGATTAATGAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
259 TGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
* * *
121232 AAATTTAAGGACTTGGATGCAAAGTTTGTTCCATGAAGTTTCTTATTTAGCCAAAACATGATCAA
324 AAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
* * *
121297 CCATTTTGGCATGGTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAACTTAGATGCGTGATGAGGTGCTTGCATG
389 CCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATG
* *
121362 AGAAAATTCTTGTAAAAGTTGGTGAAATTTCA
454 AGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * * * *
121394 GTGCTTGTATTTGTACCATGATGCTCAATTGTTGAGTTGCAAATAATTTAGGTAGCTTGGTCGAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * * * *
121459 TCTGTTTGAAATTGATATAGATGATATTATGCGTATTTTTGCCTTGATATCTTGGTTTATAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * * ** *
121524 ATTTAAAGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAATTGAAAGGTCAACCTTTGTGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* *
121589 AAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * * * * * *
121654 GGCGACTTTGTTTATATGTGTTTATGATGTTGTGATTCATTATGTGTCAAAATGCAAATATGCAA
260 GGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAA
* *
121719 AAATTTAAGGATTTGCTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
324 AAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAA
* * * *
121784 CCATTTTGGCCTGTTTTTCCTGCAGATTTGAAATTAATTTAGATGCCTGATGAGGTGTTTGCATG
389 CCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATG
121849 AGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
454 AGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
* * * *
121881 TTACATGTATTTGTACCATGATGCAGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCAAA
1 TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
* * * * *
121946 TCTG-TTGAAATTGATAAAGATGATATTGCGTTTATTTTTGTCTTGATTTCTTCATTTACAAGTT
66 TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
* * * *
122010 GTTTAATGAGATTTGAAATTATAAGGATTAAATTGCAAAAATGAAAGGTCAAGCTTTATGGCCAA
131 ATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAA
* * * *
122075 AAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCTATGATTTGTGGATGATTCCAAACTGATTT
196 AAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCAAACTGATTT
* * * *
122140 GGGGATTTTGTTTATATGTGTTTATGATGTTGT
260 GGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGT
122173 ACGTGGTTGC
Statistics
Matches: 16881, Mismatches: 2098, Indels: 508
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TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATTATTTAGATAGCTTGGTCGAA
TCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTT
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GTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAA
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ATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAG
AAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTTA
Found at i:107117 original size:16 final size:16
Alignment explanation
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*
107098 TTTGATTTTTTGTTTT
1 TTTGATGTTTTGTTTT
107114 TTTGATGTTTTGTTT
1 TTTGATGTTTTGTTT
107129 GATTAGGGGT
Statistics
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Matches are distributed among these distances:
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Found at i:124218 original size:486 final size:486
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Indices: 122176--128750 Score: 8647
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122166 ATGTTGTACG
*
122176 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATTG-TCAACCATTTTAGCAT
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* * * *
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* ** * * * * *
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* * * *
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195 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAA-AGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCT
* * * *
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* *
122498 AAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCACGATA
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* * * *
122563 TGTGGATGGCTCCAAGCTGATTTGGTGAGTTGACTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGGTTAG
387 TGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAG
* *
122628 GGGTCAAAATTCAAATATGCAAAAATTTAAGGAAT
452 GGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* * * *
122663 TCGTTGCAATCG-TTGTTCCATGAAATTTCTTGTTTAGCTGAAACATGATCAACCATTTTGGCAT
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* * *
122727 GTTTTTCTTGTTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATAAGGTGTTCGCATGAGAAAATTCTTG
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* * *
122792 TAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTTTTTGTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATC
130 TAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATC
* *
122857 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTTTGCTTATTTTTTCCTT
195 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTT
* *
122922 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGATATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAATAA
260 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGC-AAAAATGA
* * * * * * *
122987 AAAGTCATGCCTTATAGCCAAAAGAATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTCCATGATATG
324 AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTG
* * * * *
123052 TGGCTGGTTCCGAA-CTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTGTTTAGGTTGTTGTGATTGATTATG
389 TGGATGGTTCC-AAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
123116 GGTCAAAATGCAAATATGC----A---AA--A--
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* *
123139 T--TT---AA----G-TCCATGAAATTT-TTAATTAAGCTGAAACATGATCAACCATTTTGGCAT
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTT-ATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCAT
* * *
123193 GTTTTTCTTGTTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGCTTACATGAGAAAATTCTTG
65 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
* * * * *
123258 TAAAAGTAGGTGAAATTTCGTTGCATGTTTTTGTATCATGATGTTGATTTGTTGAGTTACAAATC
130 TAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATC
*
123323 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATGTTGTGCTTATTTTTGCCTT
195 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTT
* * * ** * *
123388 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTTATGCGATTGGAAATTATATTGATTAAAATGCAAAAATTAA
260 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAA
* * *
123453 AATTCAAGCTTTATGGCCAAAACTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATG-TTCT
325 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTTCCATGATT-T
* * *
123517 GTGGATGGTTCCAAGCTGATCTGGGGATTTGATTTTGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
388 GTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
* *
123582 GGTGAAAATGCAAATATGGAAAAATTTAAGGACT
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* * * *
123616 TGGTTGCAATGTTTGGTCCGTGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGAG-AA
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTG-GCAT
* * * * * *
123680 GTTTTTCTTGCGGATTTGAAGTTAATTTTGATCCGTGATGAGGTGTTTGCATAAGAAAATTCATG
65 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
* * * * * *
123745 TAAAAGTAGGTGAAATTTCATTAG-ATGTATTCGTATCATGGTGTTGAATTGTTAAGTCGCAAAT
130 TAAAAGTAGGTGAAATTTC-TTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAAT
* * *
123809 CATTTAGATAGGTTGGTCAAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTCCTTATTTTTGCCT
194 CATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCT
** *
123874 TGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTACGGGGATTAAATTGTAAAAATGA
259 TGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGA
* * *
123939 AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATATTTTTCCACGATTTA
324 AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTG
* *
124004 TGGATGGTTCCAAGCTAATTTGGTGATTTGATTTTGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGG
389 TGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGG
*
124069 GTCAAAATGCAAATATGTAAAAATTTAAGGACT
454 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* *
124102 TGGCTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACAAGATCAACCATTTTGGCATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
* *
124167 TTTTCCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATAAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * *
124232 AAAAGTAGGTGAAATTTCGTTGCATGTATTTGTGTCATGATGCTGATTTGTTGAGTTGCAAATCA
131 AAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCA
* * * *
124297 TTTAGATAGCCTAGCCGAATCTGTTTGAAATTGTTAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
196 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
* * * * * *
124362 GTATCTTGATTTGTAAGTTATTTTATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAAATGCAAAAATGAGA
261 ATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAA
* * * * *
124427 AGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGGA-TGAGCCCTATAAAGGATTTTTTTTCCAGGATTTC
326 AGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTT-GACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTTCCATGATTTG
* * * * *
124491 TGGATGG-TCCTAGCTGATTTGGAGATTTGATTATCTGTTTTTATGATGTTGTGATAGATTAAGG
389 TGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGG
* * * *
124555 GTGAAAATGCAAATGTGGAAAAATTTACGGACT
454 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* **
124588 TGGTTGCAAAGTTTGGTCTGTGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCCA-
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGG-CAT
* * * *
124652 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATATAGATGCGTGATGAGATGTCTGCCA-GAGAATATTCTT
65 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTG-CATGAGAAAATTCTT
* ** * *
124716 GTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTCATATCATGGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAAC
129 GTAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAAT
** * * * * *
124781 CATTTAGATCCCTTGGTCGAATCTATTTGAAACTAATAAAGATGATGTTGTGCTTAATTTTGCCT
194 CATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCT
* ** * * *
124846 TGATTTCTTGATTTACAAGTTATTTAACAAGATTTGAAATTGTAAGGATTAAATTGCAAAAAAGA
259 TGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGA
* **
124911 AAAGTCATGCTTTATGGACAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAATATTTTCTTTCCATGATTT
324 AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTT-TTTCCATGATTT
* * *
124976 GTGGATGTTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATTTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
388 GTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
125041 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* ** *
125075 TGGTTGCAATGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCTAAAACATGATCAACCTTTTTGGCATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
* * * * *
125140 TTTTTCTTGCTGATTTGAATTTAATTAAGTTGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * * * *
125205 AAAAGTTGGAGAAATTT-TATTACATGTA-TTGTACCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAGTT
131 AAAAGTAGGTGAAATTTCT-TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATC
* * * *
125268 ATTTAAATAGCTTGATCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATTATATTGTGCTTATTTTT-ACTA
195 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCT-
* * * * *
125332 TGATTTCTTGATTTACAAGTTATTTAACGAGATTTGAAATTGTTA-GGAGTAAATTGCAAAAAAG
259 TGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATT-ATAGGGATTAAATTGCAAAAATG
* * * *
125396 AAAAGTCATGCTCTATGGCCAAAAGTATTTGATCGAGCCTGGTGAAGGATTTTTTTCCATGATTT
323 AAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTT
* * * * *
125461 GTGGATGGTTCCATGCTAATTAGGTGATTTGATTATGTATTTTTCTGATGTTGTGATTGATTAGG
388 GTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
* * *
125526 GGTCAAAATGTAAATACGC-AAAATTTAAAGACT
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* **
125559 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCCGAAACATGATCAACCATTTTGATATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
** * * *
125624 CATTTCTTTCTAATTTGAAATTAATTTAGGTGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * * *
125689 AAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTATATTATGATGCTGAATTATTAAGTTACAAATCA
131 AAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCA
* * *
125754 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTACCATG
196 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
* * * * * *
125819 ATTTCTTGATTTACAAGTTATTTAACGAGATTTGAAATTGTAAGGAGTAAATTGCAAAAAAGAAA
261 ATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAA
* * * *
125884 AGTCATGCTTTACGGCCAAAAGTATTTGAACGAGCCTGGTGAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTG
326 AGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTG
* *
125949 GATGGTTCCATGCTGATTAGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGT
391 GATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGT
* * * *
126014 CAAAATGTAAATACGCAAAATTTTAAAGACT
456 CAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* **
126045 TGGTTGCAAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCCGAAACATGATCAACCATTTTGATAT
1 TGGTTGC-AAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCAT
** * * *
126110 GCATTTCTTTCTAATTTGAAATTAATTTAGGTGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
65 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
* * * * *
126175 TAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTATATTATGATGCTGAATTATTAAGTTACAAATC
130 TAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATC
* * *
126240 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTACCAT
195 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTT
* * ** * *
126305 GATTTCTTGATTTATAACTTATTTAAAGAGATTTGAAATCGTAAGGATTAAATTGCAAAAAGGAA
260 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAA
126370 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCATGATTTG
325 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTT-TTTCCATGATTTG
* *
126435 TGGATGATTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGAG
389 TGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGG
126500 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
454 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* ** * * * * *
126533 TCGTTGCAATA-TTTGTTCCACAAAATTTCCTATTTAGCTGAAACATGATCAACCACTTTGACAC
1 TGGTTGCAA-AGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCAT
*
126597 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTTTTG
65 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
* ** * * *
126662 TAAATGTAGGTGAAAAATCTTTGCATGTATTTGTGTAATGATGCTAAATTGTTGAGTTGCAAATC
130 TAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATC
* ** * * **
126727 ATTTAGATATCTTCATCGAATCTGTTTGAAATTGACATAGATGATATTAAGCTTATTTTTGCCTT
195 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTT
* * *
126792 GATTTCTTGATGTATATGTTATTTAAAGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAA
260 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAA
* * * * *
126857 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATCAATCCTTGTAAATGATTTTTTTCCATGATATGT
325 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGT
* * * *
126922 GGATGGTTCCAATCTGATTTGGAGATTTGATTA--TG------TG-TGTTGTGATTGGTTATGGG
390 GGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGG
126978 TCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
455 TCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* **
127010 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCCGAAACATGATCAACCATTTTGAAATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
** * * *
127075 CATTTCTTTCTAATTTGAAATTAATTTAGGTGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * * *
127140 AAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGGATTATGATGCTGAATTATTAAGTTACAAATCA
131 AAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCA
* * * * *
127205 TTTAGTTAGCTTAGTCGATTCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTTTCCCT
196 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTA-TTTTTGCCTT
* * * * * * *
127270 GATTTCGTGATTTACAAGTTATTTAACGATATTTGAAATTGTTA-GGAGTAAATTGCAAAAAAGA
260 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATT-ATAGGGATTAAATTGCAAAAATGA
* * * *
127334 AAAGTCACGCTTTATGGGCAAAAGTATTTGACCGAGCCTGGTGAAGGATTTTTTTTCCATGATTT
324 AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTTCCATGATTT
* * *
127399 ATGGATGGTTCCAAGCTGATTAGGTGATTTGATTTTGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
388 GTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
** * * *
127464 GGTCAAAATATAAATAAGCAAAATTTTAAAGACT
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* * * ** * * *
127498 TGGTTGCAAAATTTATTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCAAAACAACATCCACAATTTTGGAATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
*** * *
127563 TTTTTCTTGGAAATTTGAAATTAATTTAGATGTGTGATGAGTTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * * *
127628 AAAAGTAGGTGAAATTTCATTT-CATATATTTTTACCATGATGATGAATTATT-ATGTTGCAAAT
131 AAAAGTAGGTGAAATTTC-TTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGA-GTTGCAAAT
* * * *
127691 CATTTAGATAACTTGGTCGAATCTGTTTAAAATTGATATAGATGATATTGTGCTTATTTTCGCCT
194 CATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCT
* *
127756 TGATTTCTTGATTTATATGTTATTTAAAGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGA
259 TGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGA
** * * * *
127821 ATGGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCAATGATATG
324 AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTG
* * * * * **
127886 TGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTAATTATGTGTGTTTATGATGTTGGGATTGAGTA-TT
389 TGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGG
127950 GTCAAAATGCAAATATGC-AAAATTTAAGGACT
454 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* * *
127982 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTGTTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCCTA
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
* *
128047 TTTTTCCTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAGAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * * * * *
128112 AAAAGAAGGTGAAATTT-TATTGCTTGTATTTGTACCATGATGTTGAATTGTTCAGTTACAAATT
131 AAAAGTAGGTGAAATTTCT-TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATC
* * * * *
128176 ATTTAGATAGCTTGGTCAAATCTG-TTGAAATTGATAAAGATGATATTGCGTTTCTTTTTGTCTT
195 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTT
* * * * *
128240 GATTTCTTCATTTACAAGTTGTTTAATGAGATTTGAAATTATAGAGATTAAATTGCAAAAATGGA
260 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAA
* * * *
128305 AGGTCAAGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTTG
325 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGA-TTTTTTTCCATGATTTG
* * * * * ** * *
128370 TGGATGATTCCAAACTGATTTGGGGATTTTGTTTATATGCGTTTATGATATTGTGATTGATTATG
389 TGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
* *
128435 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTATGGACA
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* * *
128469 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGTCGAAACATTATCAACCATTTTAGCATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
* * **
128534 GTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGCTTGCAAAAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* ** * * *
128599 AAAAGTAGGTGAAGTTTCTCAGCATGTATTTATATCATGATGCTGATTTGTTGTGTTGCAAATCA
131 AAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCA
* *
128664 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGGTAAAGTTGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
196 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
*
128729 -TTATCTTGATTTATATGTTATT
261 ATT-TCTTGATTTATAAGTTATT
128751 GAAAGCTCAA
Statistics
Matches: 5358, Mismatches: 647, Indels: 165
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
465 52 0.01
466 359 0.07
467 1 0.00
470 1 0.00
471 1 0.00
473 2 0.00
474 2 0.00
475 1 0.00
476 2 0.00
477 262 0.05
478 103 0.02
479 49 0.01
480 2 0.00
481 2 0.00
482 2 0.00
483 139 0.03
484 388 0.07
485 431 0.08
486 1181 0.22
487 1894 0.35
488 481 0.09
489 3 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (486 bp):
TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
AAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAATCA
TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
ATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAA
AGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTG
GATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGT
CAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
Found at i:125258 original size:972 final size:971
Alignment explanation
Indices: 122176--128750 Score: 8616
Period size: 972 Copynumber: 6.8 Consensus size: 971
122166 ATGTTGTACG
*
122176 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATTG-TCAACCATTTTAGCAT
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACA-TGATCAACCATTTTGGCAT
* * * *
122240 GGTTTTCTTGCTAATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGCTTGCAAGAGAAAATTCTTG
65 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
* ** * * * * * *
122305 TAAAAGTAGGTGAAGTTTCTCGGCATGTTTTTATATCATGATGCTGATTTGATGTGTTGCAAATC
130 TAAAAGTAGGTGAAATTT-TTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTACAAATC
* * * *
122370 ATTTAGATAGCTTGGTTGAATCTGTTTAAAAATGATAACA-ATAATATTGTGCTTATTTTTGCCT
194 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAA-AGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCT
* * *
122434 TG-TTATCTTGATTTATATGTTATTTTATGAGATTTAAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAG
258 TGATT-TCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAG
* * *
122498 AAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCACGATA
322 AAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATT
* * * *
122563 TGTGGATGGCTCCAAGCTGATTTGGTGAGTTGACTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGGTTAG
387 TGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAG
* * * *
122628 GGGTCAAAATTCAAATATGCAAAAATTTAAGGAATTCGTTGCAATCG-TTGTTCCATGAAATTTC
452 GGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAA-AGTTTGTTCCATGAAATTTC
* * *
122692 TTGTTTAGCTGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGTTGATTTGAAATTAATTTAG
516 TTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAG
* * * *
122757 ATGCGTGATAAGGTGTTCGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTTT
581 ATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTAT
* *
122822 TTGTATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAA
646 TTATATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAA
* * *
122887 ATTGATAAAGATGATATTTTGCTTATTTTTTCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAG
711 ATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAA-AAG
* * * * *
122952 ATTTGATATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAATAAAAAGTCATGCCTTATAGCCAAAAGAATTTG
775 ATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAA-GAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTG
* *
123017 ATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTCCATGATATGTGGCTGGTTCCGAA-CTGATTTGGTGATTT
839 ATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATATGTGGATGGTTCC-AAGCTGATTTGGTGATTT
* * * *
123081 GATTATGTGTGTTTAGGTTGTTGTGATTGATTATGGGTCAAAATGCAAATATGC----A---AA-
903 GATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAG
123138 -A--
968 GACT
* *
123139 T--TT---AA----G-TCCATGAAATTT-TTAATTAAGCTGAAACATGATCAACCATTTTGGCAT
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTT-ATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCAT
* * *
123193 GTTTTTCTTGTTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGCTTACATGAGAAAATTCTTG
65 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
* * * *
123258 TAAAAGTAGGTGAAATTTCGTTGCATGTTTTTGTATCATGATGTTGATTTGTTGAGTTACAAATC
130 TAAAAGTAGGTGAAATTT-TTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTACAAATC
*
123323 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATGTTGTGCTTATTTTTGCCTT
194 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTT
* * * ** * **
123388 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTTATGCGATTGGAAATTATATTGATTAAAATGCAAAAATTAA
259 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAA
* * *
123453 AATTCAAGCTTTATGGCCAAAACTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATG-TTCT
324 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATT-T
* * *
123517 GTGGATGGTTCCAAGCTGATCTGGGGATTTGATTTTGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
388 GTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
* * * * *
123582 GGTGAAAATGCAAATATGGAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAATGTTTGGTCCGTGAAATTTCTT
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTT
* * * *
123647 ATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGAG-AAGTTTTTCTTGCGGATTTGAAGTTAATTTTGA
518 ATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTG-GCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGA
* * *
123711 TCCGTGATGAGGTGTTTGCATAAGAAAATTCATGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTAG-ATGTAT
582 TGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATT-GCATGTAT
** * * * * *
123775 TCGTATCATGGTGTTGAATTGTTAAGTCGCAAATCATTTAGATAGGTTGGTCAAATCTGTTTGAA
646 TTATATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAA
* *
123840 ATTGATAAAGATGATATTGTCCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAG
711 ATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAA-AAG
** * *
123905 ATTTGAAATTACGGGGATTAAATTGTAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGA
775 ATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGA
* * * * * * *
123970 CCGAGCCTTGTAAAGGATATTTTTCCACGATTTATGGATGGTTCCAAGCTAATTTGGTGATTTGA
840 TCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATATGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGA
* *
124035 TTTTGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGTAAAAATTTAAGGA
905 TTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGA
124100 CT
970 CT
* *
124102 TGGCTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACAAGATCAACCATTTTGGCATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
* *
124167 TTTTCCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATAAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * *
124232 AAAAGTAGGTGAAATTTCGTTGCATGTATTTGTGTCATGATGCTGATTTGTTGAGTTGCAAATCA
131 AAAAGTAGGTGAAATTT-TTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTACAAATCA
* * * *
124297 TTTAGATAGCCTAGCCGAATCTGTTTGAAATTGTTAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
195 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
* * * * * * *
124362 GTATCTTGATTTGTAAGTTATTTTATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAAATGCAAAAATGAGA
260 ATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAA
* * * * *
124427 AGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGGA-TGAGCCCTATAAAGGATTTTTTTTCCAGGATTTC
325 AGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTT-GACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTTG
* * * * *
124491 TGGATGG-TCCTAGCTGATTTGGAGATTTGATTATCTGTTTTTATGATGTTGTGATAGATTAAGG
389 TGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGG
* * * * * **
124555 GTGAAAATGCAAATGTGGAAAAATTTACGGACTTGGTTGCAAAGTTTGGTCTGTGAAATTTCTTA
454 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTA
*
124620 TTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCCA-GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATATAGAT
519 TTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGG-CATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGAT
* * *
124684 GCGTGATGAGATGTCTGCCA-GAGAATATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATT
583 GCGTGATGAGGTGTTTG-CATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATT
* * * * ** *
124748 CATATCATGGTGCTGAATTGTTGAGTTGCAAACCATTTAGATCCCTTGGTCGAATCTATTTGAAA
647 TATATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAA
* * * * *
124813 CTAATAAAGATGATGTTGTGCTTAATTTTGCCTTGATTTCTTGATTTACAAGTTATTTAACAAGA
712 TTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAA-AAGA
* * * *
124878 TTTGAAATTGTAAGGATTAAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGACAAAAGTATTTGAC
776 TTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGAT
* ** * *
124943 CGAGCCTTGTAAAATATTTTCTTTCCATGATTTGTGGATGTTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGA
841 CAAGCCTTGTAAAGGATTTT-TTTCCATGATATGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGA
* *
125008 TTATTTATTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGA
905 TTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGA
125073 CT
970 CT
* ** *
125075 TGGTTGCAATGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCTAAAACATGATCAACCTTTTTGGCATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
* * * * *
125140 TTTTTCTTGCTGATTTGAATTTAATTAAGTTGCGTGTTGAGCTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * * * * *
125205 AAAAGTTGGAGAAATTTTATTACATGTA-TTGTACCATGATGCTGAATTGTTGAGTTGCAAGTTA
131 AAAAGTAGGTGAAATTTT-TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTACAAATCA
* * * *
125269 TTTAAATAGCTTGATCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATTATATTGTGCTTATTTTT-ACTAT
195 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCT-T
* * * *
125333 GATTTCTTGATTTACAAGTTATTTAACGAGATTTGAAATTGTTA-GGAGTAAATTGCAAAAAAGA
259 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATT-ATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGA
* * * *
125397 AAAGTCATGCTCTATGGCCAAAAGTATTTGATCGAGCCTGGTGAAGGA-TTTTTTTCCATGATTT
323 AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTT
* * * * *
125461 GTGGATGGTTCCATGCTAATTAGGTGATTTGATTATGTATTTTTCTGATGTTGTGATTGATTAGG
388 GTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
* * *
125526 GGTCAAAATGTAAATACGC-AAAATTTAAAGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTT
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTT
* ** ** * * *
125590 ATTTTGCCGAAACATGATCAACCATTTTGATATGCATTTCTTTCTAATTTGAAATTAATTTAGGT
518 ATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGAT
*
125655 GCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTT
583 GCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTT
* * * *
125720 ATATTATGATGCTGAATTATTAAGTTACAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGAAAT
648 ATATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAAT
* * * *
125785 TGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTACCATGATTTCTTGATTTACAAGTTATTTAACGAGAT
713 TGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAA-AAGAT
* * * * *
125850 TTGAAATTGTAAGGAGTAAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTACGGCCAAAAGTATTTGAAC
777 TTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATC
* * * * * *
125915 GAGCCTGGTGAAGGATTTTTTTCCATGATTTGTGGATGGTTCCATGCTGATTAGGTGATTTGATT
842 AAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATATGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATT
* * * *
125980 ATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGTAAATACGCAAAATTTTAAAGACT
907 ATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* **
126045 TGGTTGCAAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCCGAAACATGATCAACCATTTTGATAT
1 TGGTTGC-AAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCAT
** * * *
126110 GCATTTCTTTCTAATTTGAAATTAATTTAGGTGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
65 GTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTG
* * * *
126175 TAAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTATATTATGATGCTGAATTATTAAGTTACAAATC
130 TAAAAGTAGGTGAAATTT-TTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTACAAATC
* * *
126240 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTATTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTACCAT
194 ATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTT
* * ** * *
126305 GATTTCTTGATTTATAACTTATTTAAAGAGATTTGAAATCGTAAGGATTAAATTGCAAAAAGGAA
259 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAA
*
126370 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTCTTTCCATGATTTG
324 AAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTTG
* *
126435 TGGATGATTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGAG
389 TGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGG
* ** *
126500 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTCGTTGCAATA-TTTGTTCCACAAAATTTCCT
454 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAA-AGTTTGTTCCATGAAATTTCTT
* * * *
126564 ATTTAGCTGAAACATGATCAACCACTTTGACACGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGAT
518 ATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGAT
* * ** *
126629 GCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTTTTGTAAATGTAGGTGAAAAATCTTTGCATGTATTT
583 GCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTT
* * * * * * **
126694 GTGTAATGATGCTAAATTGTTGAGTTGCAAATCATTTAGATATCTTCATCGAATCTGTTTGAAAT
648 ATATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAAT
* * ** * *
126759 TGACATAGATGATATTAAGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATGTATATGTTATTTAAAGAGAT
713 TGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAAA-AGAT
*
126824 TTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATC
777 TTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATC
* * * *
126889 AATCCTTGTAAATGATTTTTTTCCATGATATGTGGATGGTTCCAATCTGATTTGGAGATTTGATT
842 AAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATATGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATT
* *
126954 A--TG------TG-TGTTGTGATTGGTTATGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
907 ATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* **
127010 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTTGCCGAAACATGATCAACCATTTTGAAATG
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
** * * *
127075 CATTTCTTTCTAATTTGAAATTAATTTAGGTGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * *
127140 AAAAGTAGGTGAAATTTCTTTGCATGTATTTGGATTATGATGCTGAATTATTAAGTTACAAATCA
131 AAAAGTAGGTGAAATTT-TTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTACAAATCA
* * * * *
127205 TTTAGTTAGCTTAGTCGATTCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTTTCCCT
195 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTA-TTTTTGCCTT
* * * * * *
127270 GATTTCGTGATTTACAAGTTATTTAACGATATTTGAAATTGTTA-GGAGTAAATTGCAAAAAAGA
259 GATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATT-ATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGA
* * * *
127334 AAAGTCACGCTTTATGGGCAAAAGTATTTGACCGAGCCTGGTGAAGGATTTTTTTTCCATGATTT
323 AAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTT
* * *
127399 ATGGATGGTTCCAAGCTGATTAGGTGATTTGATTTTGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
388 GTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGG
** * * * * *
127464 GGTCAAAATATAAATAAGCAAAATTTTAAAGACTTGGTTGCAAAATTTATTCCATGAAATTTCTT
453 GGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTT
* ** * * * ***
127529 ATTTAGCCAAAACAACATCCACAATTTTGGAATGTTTTTCTTGGAAATTTGAAATTAATTTAGAT
518 ATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGAT
* * * *
127594 GTGTGATGAGTTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTTCATATATTT
583 GCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTT
* * * * * * *
127659 TTACCATGATGATGAATTATTATGTTGCAAATCATTTAGATAACTTGGTCGAATCTGTTTAAAAT
648 ATATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAAT
* * *
127724 TGATATAGATGATATTGTGCTTATTTTCGCCTTGATTTCTTGATTTATATGTTATTTAAAGAGAT
713 TGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAAA-AGAT
* **
127789 TTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAATGAATGGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATC
777 TTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATC
* * *
127854 AAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCAATGATATGTGGATGGTTCCAAACTGATTTGGTGATTTAATT
842 AAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATATGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATT
* * * **
127919 ATGTGTGTTTATGATGTTGGGATTGAGTA-TTGTCAAAATGCAAATATGC-AAAATTTAAGGACT
907 ATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
* * *
127982 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTGTTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCCTA
1 TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
* *
128047 TTTTTCCTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCAAGAGAAAATTCTTGT
66 TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
* * * * * *
128112 AAAAGAAGGTGAAATTTTATTGCTTGTATTTGTACCATGATGTTGAATTGTTCAGTTACAAATTA
131 AAAAGTAGGTGAAATTTT-TTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTACAAATCA
* * * * *
128177 TTTAGATAGCTTGGTCAAATCTG-TTGAAATTGATAAAGATGATATTGCGTTTCTTTTTGTCTTG
195 TTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG
* * * * * *
128241 ATTTCTTCATTTACAAGTTGTTTAATGAGATTTGAAATTATAGAGATTAAATTGCAAAAATGGAA
260 ATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAA
* * * *
128306 GGTCAAGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATCAAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTTGT
325 AGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTTGT
* * * * * ** * *
128371 GGATGATTCCAAACTGATTTGGGGATTTTGTTTATATGCGTTTATGATATTGTGATTGATTATGG
390 GGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGA-TTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGG
* *
128436 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTATGGACATGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTA
454 GTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTA
* * * *
128501 TTTAGTCGAAACATTATCAACCATTTTAGCATGGTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATG
519 TTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATG
* ** * *
128566 CGTGATGAGGTGCTTGCAAAAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAGTTTC-TCAGCATGTATTT
584 CGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCAT-TGCATGTATTT
* **
128630 ATATCATGATGCTGATTTGTTGTGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAAT
648 ATATCATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAAT
* * *
128695 TGGTAAAGTTGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTG-TTATCTTGATTTATATGTTATT
713 TGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATT-TCTTGATTTATAAGTTATT
128751 GAAAGCTCAA
Statistics
Matches: 4924, Mismatches: 617, Indels: 134
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
951 2 0.00
952 135 0.03
953 692 0.14
954 5 0.00
956 1 0.00
958 2 0.00
959 2 0.00
961 3 0.00
963 2 0.00
964 236 0.05
965 629 0.13
966 4 0.00
967 2 0.00
968 2 0.00
969 2 0.00
970 253 0.05
971 830 0.17
972 1030 0.21
973 696 0.14
974 395 0.08
975 1 0.00
ACGTcount: A:0.30, C:0.10, G:0.20, T:0.40
Consensus pattern (971 bp):
TGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATTTAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATG
TTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCGTGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGT
AAAAGTAGGTGAAATTTTTTGCATGTATTTGTATCATGATGCTGAATTGTTGAGTTACAAATCAT
TTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGATAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGA
TTTCTTGATTTATAAGTTATTTAATGAGATTTGAAATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAAA
GTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGACCGAGCCTTGTAAAGGATTTTTTTTCCATGATTTGTG
GATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGTGTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGT
CAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACTTGGTTGCAAAGTTTGTTCCATGAAATTTCTTATT
TAGCCGAAACATGATCAACCATTTTGGCATGTTTTTCTTGCTGATTTGAAATTAATTTAGATGCG
TGATGAGGTGTTTGCATGAGAAAATTCTTGTAAAAGTAGGTGAAATTTCATTGCATGTATTTATA
TCATGATGCTGAATTGTTAAGTTGCAAATCATTTAGATAGCTTGGTCGAATCTGTTTGAAATTGA
TAAAGATGATATTGTGCTTATTTTTGCCTTGATTTCTTGATTTATAAGTTATTTAAAAGATTTGA
AATTATAGGGATTAAATTGCAAAAAAGAAAAGTCATGCTTTATGGCCAAAAGTATTTGATCAAGC
CTTGTAAAGGATTTTTTTCCATGATATGTGGATGGTTCCAAGCTGATTTGGTGATTTGATTATGT
GTTTTTATGATGTTGTGATTGATTAGGGGTCAAAATGCAAATATGCAAAAATTTAAGGACT
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130108 TATCAAAGTT
* * *
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CAATGTATCGATA
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** *
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TTATTTTCATTAGCCAATTCA
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135713 CTGCCAAGGA
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*
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*
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TGTATCGATACATTGCTCAT
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138156 AAATTTCTAG
* * * *
138166 ATTTTTCAT-CTCGGGGATACTCCAA-TCCCGGTTTCATTTCCAAAACATCA
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* * *
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* * * *
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ATTTTTCATAATCGGGGATACTCCAACTCCGATTTTATTTCCAAAACACCA
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* * * * *
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*
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138216 ATTTTTCTTA
* * * *
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* * *
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*** *
138356 CGAGGGGATACTCCAACTCCGATTTTATTTCTAAAACACCAATTCTCCACAATCGGGGATATTCC
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* * *
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66 AACTCCGATTTTATTTTCAAAACACCAATTTTTCACAATCGGGGATACTCCAACCCCGTTATTTC
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*
138458 ATCGGGGATACT-TCAACCCCGTTATTTC
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138528 AATCCCAGCT
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* * ***
138589 TTATTTCTAAAATATTGATTTCTCATAATTGGGGATACTCTAACCCC
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138636 ATTATTTTCA
Statistics
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138476 CCGTTATTTC
*
138486 ATCGGGGATACTCTAACCACGTTATTTTTGAGGGGATACTCCAATCCCAGCTTTATTTCCAAAAT
1 ATCGGGGATACTCTAACCACGTTATTTTTGAGGGGATACTCCAATCCCAGTTTTATTTCCAAAAT
* * * *
138551 ATTGATTTCTCACAATCAAGGATACTTCAACCCCGGGCTTATTTCTAAA-ATATTGATTTCTCAT
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138615 A
129 A
* * * * * * * * ***
138616 ATTGGGGATACTCTAACCCCATTA-TTTTCACGGAGATACTCAAATCTCAATTTTATTTTTGAAA
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* * * *** * *
138680 CATCTATTTCT-ATAATCAGGGACACTTCAACCGTTGCCTTATTTCTAAGTAATCGATTTTTCAC
65 TAT-TATTTCTCACAATCAAGGACACTTCAACCCCGGCCTTATTTCTAAATAATCGATTTCTCAC
138744 A
129 A
* * * * * *
138745 ATCGGGGATACCCCAACCTCGTTATTTTCGAGGGGATACTCCAA-CCCCGTTATTATCTCCAAAA
1 ATCGGGGATACTCTAACCACGTTATTTTTGAGGGGATACTCCAATCCCAGTT-TTATTTCCAAAA
138809 TATTA
65 TATTA
138814 AATTTCTCGT
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ATTATTTCTCACAATCAAGGACACTTCAACCCCGGCCTTATTTCTAAATAATCGATTTCTCACA
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Indices: 144948--145076 Score: 240
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144938 CGAAATATGA
144948 AAATTTGCCTGCATGTATCGATACATTTTATAGTGTATCGATACATCTGGGC
1 AAATTTGCCTGCATGTATCGATACATTTTATAGTGTATCGATACATCTGGGC
*
145000 AAATTTGCTTGCATGTATCGATACATTTTATAGTGTATCGATACATCTGGGC
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*
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1 AAATTTGCCTGCATGTATCGATACA
145077 AAGATTAGTG
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Matches: 74, Mismatches: 3, Indels: 0
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Indices: 153364--153439 Score: 56
Period size: 5 Copynumber: 15.6 Consensus size: 5
153354 CTTCTCTTCT
*
153364 AAAA- AAAACC AAAAC AAAAAC AAAAC AAAA- AAAA- AACAAA AAAAC
1 AAAAC AAAA-C AAAAC -AAAAC AAAAC AAAAC AAAAC AA-AAC AAAAC
*
153409 AAAAC -CAA- AAAAC AAAA- AATAAC AAAAC AAA
1 AAAAC AAAAC AAAAC AAAAC AA-AAC AAAAC AAA
153440 GAAAAAAAGA
Statistics
Matches: 60, Mismatches: 3, Indels: 17
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AAAAC
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153357 CTCTTCTAAA
* *
153367 AAAAAC CAAAAC AAAAAC -AAAAC AAAAA- AAAAAC AAAAAAAC AAAACC
1 AAAAAC AAAAAC AAAAAC AAAAAC AAAAAC AAAAAC --AAAAAC AAAAAC
153415 AAAAAAC AAAAA
1 -AAAAAC AAAAA
153427 ATAACAAAAC
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Matches: 45, Mismatches: 4, Indels: 10
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Done.