genome.fa.s453.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold453
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  95597

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4500--4626	20	5.8	20	70	21	87	40	12	16	29	1.85
4452--4628	51	3.7	49	74	17	185	40	12	16	29	1.86
4452--4623	90	1.9	91	92	1	292	41	12	16	29	1.85
5848--5882	12	2.9	12	100	0	70	51	17	0	31	1.45
6978--7039	19	3.2	19	80	13	65	67	1	1	29	1.09
7011--7035	13	1.9	13	100	0	50	64	0	4	32	1.12
8438--8733	65	4.5	65	75	7	208	45	11	21	21	1.83
8515--8952	65	6.7	62	72	8	196	47	11	20	21	1.81
8506--8929	195	2.2	196	79	4	464	47	11	20	21	1.81
8553--8795	131	1.9	131	80	5	285	48	10	20	20	1.79
13232--13432	76	2.6	76	77	8	176	47	8	17	25	1.76
13526--13635	58	1.9	58	81	7	134	40	18	17	23	1.90
13610--13706	30	3.3	29	68	17	74	50	18	13	17	1.78
13527--13980	60	7.6	59	76	9	280	46	19	15	18	1.85
13585--13970	119	3.2	117	78	6	348	46	18	16	18	1.84
13807--13915	30	3.7	30	70	16	91	47	17	18	16	1.83
13795--13885	30	3.1	30	67	20	73	51	19	13	15	1.76
13849--13947	30	3.3	30	69	10	85	47	19	16	17	1.83
14948--15001	19	2.8	20	83	8	76	35	16	14	33	1.90
15584--15630	21	2.1	23	88	7	71	44	14	4	36	1.65
17374--17416	21	2.0	22	86	4	61	51	0	20	27	1.48
23693--23750	19	3.0	20	82	7	75	39	15	10	34	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23717--23780	33	2.0	32	87	9	94	42	15	10	31	1.82
24382--24532	44	3.5	44	73	12	123	48	13	15	21	1.80
24389--24574	88	2.1	88	78	1	203	48	15	15	20	1.80
25094--25313	114	1.9	113	85	2	298	39	10	13	36	1.79
25654--25705	19	2.6	21	87	6	72	38	11	15	34	1.83
28220--28417	79	2.5	79	89	0	315	26	30	15	27	1.96
28220--28448	79	2.9	78	84	4	307	27	29	13	29	1.95
30220--30252	12	2.7	13	90	9	52	0	15	0	84	0.61
30220--30252	17	1.9	17	88	11	50	0	15	0	84	0.61
35521--35553	16	2.1	16	88	11	50	24	0	0	75	0.80
36062--36108	19	2.5	20	83	16	64	57	0	0	42	0.98
37901--37936	14	2.6	14	91	8	56	58	0	0	41	0.98
37985--38038	27	2.0	26	82	10	65	50	0	0	50	1.00
38569--38612	21	2.1	21	86	0	61	31	54	0	13	1.39
38581--38623	12	3.6	12	87	0	59	32	55	0	11	1.36
39572--39602	15	2.1	15	93	0	53	9	6	58	25	1.54
40329--40403	28	2.6	28	75	8	80	53	1	0	45	1.08
45394--45458	33	2.0	33	85	11	89	30	16	15	36	1.90
45509--45535	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
54197--54221	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
54177--54241	33	2.0	33	88	11	98	30	18	15	35	1.92
59083--59143	23	2.7	23	87	5	79	26	3	18	52	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61779--61821	22	1.9	23	85	4	61	37	13	6	41	1.72
62620--62662	2	21.5	2	100	0	86	48	0	0	51	1.00
63027--63060	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
63545--63594	23	2.2	22	79	10	57	46	0	4	50	1.20
64677--64707	13	2.4	13	94	0	53	38	9	16	35	1.81
64654--64720	33	2.0	33	88	0	98	32	11	13	41	1.81
69295--69360	27	2.4	27	97	0	123	24	22	12	40	1.88
71529--71570	15	2.8	15	88	0	57	30	11	2	54	1.49
73733--73757	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
74998--75086	29	3.1	27	69	20	74	61	1	2	34	1.15
75444--75497	19	2.8	19	78	16	58	37	0	0	62	0.95
75444--75497	18	3.0	18	81	13	67	37	0	0	62	0.95
76914--76971	30	2.0	28	87	9	82	67	0	3	29	1.07
76913--76971	29	2.0	28	87	6	82	67	0	3	28	1.06
77425--77514	20	4.4	21	63	18	55	54	0	0	45	0.99
77476--77577	36	2.9	34	80	11	93	49	0	1	49	1.12
78382--78425	14	2.9	16	80	16	58	38	0	0	61	0.96
78735--78784	16	3.1	16	77	8	57	30	0	0	70	0.88
80409--80447	20	2.0	20	89	0	60	28	15	10	46	1.78
83495--83606	50	2.2	50	88	0	170	25	19	15	40	1.90
85361--85723	79	4.6	78	80	6	315	31	23	10	33	1.89
85393--85723	78	4.2	79	80	5	359	31	24	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85394--85723	157	2.1	156	83	3	396	31	24	11	32	1.91
85597--85853	131	2.0	131	81	8	303	31	26	9	32	1.88
85657--85774	51	2.3	51	86	4	159	30	25	11	32	1.92
85709--86075	79	4.6	80	75	11	276	29	25	11	33	1.90
85710--85930	80	2.8	79	81	8	229	31	25	9	33	1.88
85708--86076	158	2.3	158	80	5	397	29	25	11	33	1.91
88419--88489	8	8.9	8	71	20	51	39	0	0	60	0.97
88414--88468	21	2.6	20	78	18	58	38	0	1	60	1.08
88422--88519	26	3.6	27	79	14	103	42	1	0	56	1.06
88397--88514	15	7.9	15	67	20	61	43	0	0	55	1.05
88391--88514	26	4.6	26	73	17	85	43	0	0	55	1.05
88471--88538	32	2.1	32	89	5	102	50	1	0	48	1.10
89178--89221	11	4.0	11	85	8	54	70	0	0	29	0.88
89189--89222	12	2.9	12	91	4	52	70	0	0	29	0.87
89672--89748	17	4.4	17	76	12	59	44	0	1	54	1.08
89692--89756	9	7.0	10	76	18	52	46	0	0	53	1.00
89721--89784	24	2.7	25	75	20	66	40	0	0	59	0.97
92791--92843	27	2.0	28	88	7	83	52	3	1	41	1.30
92800--92862	10	6.6	10	77	12	62	57	1	0	41	1.08
92790--92857	28	2.5	27	81	9	84	54	2	1	41	1.24
92825--92877	20	2.8	19	88	5	63	58	0	1	39	1.09
92825--92869	20	2.4	19	92	7	74	62	0	0	37	0.96

Tables:   1

The End!