genome.fa.s455.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold455
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  143035

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4409--4433	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
4390--4453	32	2.0	33	90	3	103	40	15	15	28	1.88
6954--7029	20	3.8	20	78	0	89	35	13	11	39	1.81
6954--7032	40	2.0	39	87	2	113	35	12	12	39	1.81
21031--21085	11	5.0	11	89	8	78	89	9	1	0	0.57
21031--21083	16	3.3	16	86	5	72	88	9	1	0	0.58
21031--21095	18	3.4	18	79	16	69	86	9	3	1	0.75
21032--21085	26	2.2	26	90	6	85	90	7	1	0	0.51
21032--21085	1	54.0	1	81	0	63	90	7	1	0	0.51
22314--23260	28	32.9	29	88	6	1328	28	32	17	21	1.96
22313--23272	57	16.7	56	87	5	1298	28	32	17	21	1.96
23786--23860	20	3.8	20	78	0	87	34	13	12	40	1.81
23786--23863	40	2.0	39	87	2	111	34	12	12	39	1.82
28156--28320	28	5.7	28	85	4	170	30	32	14	23	1.94
28189--28320	57	2.2	60	86	5	180	30	31	15	22	1.95
28189--28333	29	4.8	32	83	5	105	31	29	16	22	1.96
28412--28545	49	2.7	49	89	0	205	21	29	17	31	1.96
29094--29341	20	11.3	20	66	21	88	29	17	12	41	1.86
29122--29391	51	5.7	51	70	18	206	28	16	12	42	1.84
29094--29390	91	3.3	91	92	1	461	28	16	12	42	1.85
30079--30640	49	11.5	49	75	8	473	25	26	16	31	1.96
30079--30650	101	5.9	99	82	8	586	25	26	16	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30079--30650	150	3.9	148	81	8	679	25	26	16	31	1.96
30336--30406	36	2.0	36	94	0	124	16	26	25	30	1.97
30285--30456	88	2.0	85	86	3	236	24	27	17	30	1.97
30186--30556	186	2.0	186	92	0	616	25	26	16	30	1.97
30370--30698	101	3.3	101	82	3	315	25	27	16	31	1.96
31445--31500	21	2.7	21	100	0	112	39	10	14	35	1.81
31559--31608	19	2.6	19	96	0	91	34	12	18	36	1.87
31715--31756	20	2.0	21	95	4	77	33	19	11	35	1.88
37437--37711	132	2.1	131	83	6	342	33	15	24	26	1.95
37573--37680	53	2.0	53	87	3	155	31	15	23	29	1.95
37614--37887	109	2.5	107	82	3	341	31	15	25	27	1.96
37772--37848	28	2.8	28	92	4	120	23	19	32	24	1.97
40195--40249	20	2.8	20	91	0	92	41	12	14	30	1.83
40287--40312	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
47727--47800	20	3.7	20	85	7	96	40	9	16	33	1.80
47724--47871	40	3.9	40	68	18	118	40	10	16	32	1.83
47744--47882	71	2.0	71	89	0	215	42	10	15	30	1.82
47817--47871	20	2.8	20	82	0	65	40	14	10	34	1.81
48588--48717	49	2.8	46	82	6	154	32	19	25	23	1.97
48791--49218	28	14.9	28	82	7	448	22	15	30	30	1.95
50471--50549	8	9.9	8	75	9	63	3	2	11	82	0.90
50469--50553	21	4.0	21	73	18	61	3	2	12	81	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62701--62729	10	2.7	11	94	5	51	51	0	13	34	1.42
71447--71516	1	70.0	1	71	0	50	85	10	2	1	0.76
71448--71502	17	3.4	17	82	9	71	85	12	0	1	0.68
71462--71502	10	3.9	11	81	12	59	85	12	0	2	0.70
71447--71512	20	3.4	19	84	12	82	84	10	3	1	0.79
71496--71528	14	2.3	15	94	5	59	84	0	15	0	0.61
71483--71531	23	2.1	23	81	11	55	83	4	12	0	0.77
72675--72767	29	3.2	29	63	19	75	25	29	18	26	1.98
72459--73079	59	10.4	59	87	2	746	26	27	18	27	1.98
73885--73926	22	2.0	21	85	4	57	4	7	7	80	1.00
73884--73932	22	2.2	22	78	7	55	8	8	6	77	1.12
76579--76634	28	2.0	28	100	0	112	25	32	14	28	1.94
76579--76648	28	2.5	28	90	4	97	30	30	15	24	1.96
76611--77223	79	7.7	78	80	7	594	29	24	12	33	1.92
76611--77225	157	3.9	158	81	7	642	29	24	12	33	1.92
78414--78463	19	2.6	19	93	0	82	34	12	16	38	1.85
82142--82170	13	2.2	13	100	0	58	31	13	13	41	1.84
84496--84613	51	2.3	51	82	7	141	29	27	11	32	1.91
84549--84852	79	3.8	80	78	7	273	27	24	13	34	1.93
85510--85613	51	2.0	51	98	0	199	39	32	9	18	1.83
97087--97126	15	2.5	16	88	8	55	87	7	5	0	0.66
97087--97128	9	5.1	8	83	13	50	85	7	7	0	0.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98201--98986	61	13.0	61	87	2	1036	25	26	19	28	1.99
98226--98986	243	3.1	243	86	2	1085	25	26	19	28	1.99
99292--99321	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
101679--101787	51	2.1	51	84	3	139	29	24	11	33	1.91
101722--102026	79	3.9	80	80	7	329	27	25	13	33	1.93
108031--108062	13	2.4	14	94	5	57	75	9	0	15	1.05
110462--110503	20	2.1	20	95	0	75	28	11	4	54	1.57
110465--110509	20	2.4	19	88	7	65	28	8	4	57	1.48
111619--111655	19	1.9	19	88	0	56	27	8	8	56	1.56
113621--113665	22	2.0	22	95	0	81	33	31	0	35	1.58
114998--115042	20	2.1	21	84	8	56	6	28	46	17	1.73
115703--115733	8	3.8	8	95	4	53	61	25	0	12	1.32
121675--121700	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
121655--121718	33	2.0	32	87	3	92	26	12	20	40	1.88
121800--121824	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
122366--122390	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
123532--123564	15	2.3	15	89	5	50	30	3	9	57	1.45
123559--123593	17	2.1	17	89	5	54	31	5	5	57	1.46
123863--124012	35	4.1	36	68	17	94	50	2	1	45	1.24
123755--124039	111	2.5	115	84	9	359	53	2	1	42	1.24
123863--124063	111	1.8	111	84	6	282	53	3	1	40	1.31
124382--124661	125	2.2	122	79	12	271	43	3	2	51	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125216--125606	176	2.2	180	82	6	470	41	7	16	34	1.76
125216--125614	86	4.4	90	79	8	398	41	7	16	34	1.76
125541--125753	70	3.1	70	96	1	401	40	10	18	30	1.84
125688--125967	92	3.0	91	76	8	262	41	8	17	33	1.79
130050--130087	13	2.8	13	81	18	51	60	2	0	36	1.11
129909--130262	119	2.9	120	82	8	382	53	1	2	42	1.26
130554--130609	22	2.5	23	82	2	69	30	3	5	60	1.36
130533--130607	23	3.2	23	74	12	73	29	2	6	61	1.35
130582--130872	115	2.6	111	82	10	348	45	2	1	50	1.24
133967--134086	52	2.3	52	95	0	213	30	16	18	35	1.93
133967--134106	52	2.7	51	88	4	201	31	16	18	33	1.93
134095--134119	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
134160--134226	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
134182--134206	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
134264--134305	21	2.0	21	85	0	57	33	14	16	35	1.89
134420--134454	17	2.1	17	100	0	70	28	31	17	22	1.96
135086--135232	48	2.9	50	76	7	145	34	17	23	24	1.95
135010--135407	171	2.3	170	91	4	618	36	14	24	24	1.93
135384--135451	22	3.1	21	66	26	52	30	17	25	26	1.97
135324--136147	49	17.6	49	81	12	970	32	18	24	25	1.97
135323--136152	92	8.9	92	89	6	1093	32	17	24	25	1.97
136147--136211	34	1.9	34	100	0	130	16	18	36	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136202--136936	34	22.2	33	83	10	735	31	12	35	20	1.90
136202--136941	68	11.2	66	83	10	820	31	12	34	21	1.90
136202--136941	131	5.6	132	84	9	867	31	12	34	21	1.90
136889--137003	31	3.7	31	86	5	144	26	17	28	27	1.97
138215--138266	1	52.0	1	80	0	59	1	0	7	90	0.53
138215--138272	20	3.1	19	85	7	82	1	0	10	87	0.60
138218--138272	19	2.8	20	86	10	78	1	0	10	87	0.63
138215--138264	17	2.9	17	87	0	73	2	0	8	90	0.54
138213--138278	20	3.3	20	76	20	66	4	3	9	83	0.89

Tables:   1

The End!