genome.fa.s466.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold466
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  253436

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6157--6259	43	2.4	43	88	3	154	33	20	13	32	1.91
6687--6736	27	1.9	26	88	8	75	24	36	16	24	1.94
13982--14012	14	2.2	14	94	0	53	41	0	0	58	0.98
16297--16401	53	2.0	54	94	1	185	56	11	10	21	1.65
17143--17247	45	2.3	45	82	6	124	30	4	0	64	1.14
17167--17247	22	3.7	21	73	14	65	32	3	0	64	1.11
17986--18040	27	2.0	27	100	0	110	27	25	21	25	2.00
18969--19021	20	2.7	20	100	0	106	26	15	15	43	1.85
27826--27882	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
29832--29857	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
31352--31429	40	2.0	40	86	0	111	35	10	12	41	1.77
32230--32266	19	1.9	19	100	0	74	24	27	16	32	1.96
36816--36867	20	2.6	20	100	0	104	30	15	11	42	1.82
37035--37059	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
40670--40829	83	1.9	80	82	10	198	27	11	25	35	1.91
47180--47281	33	3.2	33	66	20	97	29	15	18	36	1.92
47160--47288	64	2.0	64	100	0	258	27	15	18	37	1.91
49457--49904	224	2.0	224	100	0	896	28	15	19	36	1.93
50557--50583	13	2.1	13	100	0	54	14	7	22	55	1.64
56232--56284	27	1.9	28	92	3	90	18	33	0	47	1.49
60149--60189	15	2.7	15	84	3	55	17	19	17	46	1.85
61714--61765	19	2.7	20	87	6	79	38	19	13	28	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61800--61838	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
63796--63956	84	1.9	84	80	9	186	53	4	17	24	1.62
65470--65494	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
67434--67459	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
67416--67479	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
67514--67552	20	1.9	21	94	5	71	43	10	10	35	1.73
70515--70548	3	11.3	3	90	0	50	35	2	35	26	1.72
77662--77687	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
77641--77709	33	2.1	33	89	5	104	34	18	14	31	1.91
81457--81499	20	2.2	20	87	4	61	34	18	13	32	1.90
81669--81719	21	2.4	21	96	3	93	45	15	3	35	1.65
82085--82157	22	3.6	21	71	17	73	26	30	2	41	1.70
83991--84021	13	2.4	13	94	0	53	38	12	16	32	1.86
90153--90221	33	2.1	32	86	10	95	39	18	10	31	1.84
90183--90220	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
90175--90200	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
91088--91113	10	2.6	10	100	0	52	7	0	7	84	0.77
94310--94575	148	1.8	147	82	2	345	37	13	13	34	1.84
95333--95365	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
96084--96591	164	3.1	166	78	8	527	49	8	11	29	1.69
96160--96685	166	3.2	164	76	9	485	50	8	11	28	1.68
99284--99702	154	2.7	152	81	7	458	31	9	10	48	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100348--100379	7	4.6	7	100	0	64	87	0	12	0	0.54
100429--100473	23	1.9	24	86	4	65	11	11	4	73	1.23
101322--101346	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
103708--103784	31	2.5	32	80	6	95	35	15	16	32	1.91
107538--107588	20	2.6	19	87	3	66	45	13	13	27	1.82
111654--111683	15	2.0	15	93	0	51	50	16	20	13	1.78
111643--111683	15	2.7	16	81	11	50	46	17	19	17	1.85
113892--113938	22	2.3	20	78	10	51	34	19	4	42	1.70
116291--116340	19	2.6	19	87	0	73	46	16	12	26	1.81
125019--125066	19	2.5	19	96	0	87	47	16	12	22	1.80
131320--131366	22	2.3	20	78	10	51	34	19	4	42	1.70
133721--133770	19	2.6	19	90	0	73	42	16	16	26	1.88
135926--135965	21	1.9	21	85	10	55	70	0	27	2	1.01
138075--138159	30	2.8	30	83	3	109	30	11	7	50	1.65
138522--138669	79	1.9	79	85	5	210	26	13	14	45	1.82
144185--144214	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
144162--144226	33	2.0	33	84	0	85	33	16	13	35	1.89
144259--144313	19	2.8	20	86	5	76	38	10	16	34	1.84
144299--144324	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
146305--146371	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
146325--146349	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
146414--146438	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
146447--146567	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
150049--150093	20	2.2	20	100	0	90	11	26	40	22	1.87
155756--155848	49	1.9	48	86	2	132	69	12	8	8	1.35
156307--156398	30	3.0	30	73	17	91	16	18	19	45	1.85
156305--156519	60	3.6	60	75	8	172	17	16	19	47	1.83
156582--156717	58	2.3	59	76	6	134	18	16	19	44	1.86
158101--158139	13	3.0	13	92	0	69	28	0	0	71	0.86
161400--161425	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
161381--161443	33	1.9	33	87	6	92	28	15	15	39	1.89
162459--162531	33	2.2	33	92	0	119	32	20	23	23	1.98
164007--164046	13	3.1	13	85	0	62	37	12	15	35	1.85
165436--165466	15	2.0	16	93	6	55	45	12	0	41	1.42
175041--175112	20	3.6	20	75	0	81	40	12	13	33	1.83
175138--175192	20	2.7	20	86	8	67	30	18	10	40	1.85
178018--178059	20	2.0	21	90	4	68	9	28	42	19	1.82
178476--178513	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
184750--184774	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
190598--190662	20	3.2	20	78	12	69	29	18	10	41	1.84
195508--195575	33	2.1	32	88	2	100	35	16	13	35	1.87
197155--197190	18	2.0	18	88	0	54	47	2	27	22	1.65
201680--201718	13	3.0	13	88	0	51	33	15	12	38	1.85
203528--203585	27	2.1	27	96	0	107	32	3	31	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
204269--204293	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
204249--204316	33	2.1	33	91	2	111	35	16	14	33	1.89
210564--210648	32	2.5	34	78	15	104	35	24	9	30	1.87
210564--210649	37	2.5	34	83	10	104	34	24	9	31	1.87
211735--211783	13	4.2	13	70	24	54	36	20	12	30	1.89
211833--211887	19	2.9	19	86	5	67	32	16	20	30	1.94
213400--213425	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
213380--213443	32	2.0	33	87	9	96	28	14	15	42	1.86
214126--214169	21	2.1	21	83	8	54	27	31	2	38	1.69
215783--215829	21	2.3	21	76	23	55	42	4	19	34	1.70
215950--215974	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
218052--218082	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
219886--219930	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
222144--222169	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
230427--230454	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
230504--230559	19	2.9	19	91	2	85	33	17	17	30	1.94
230941--230994	19	2.7	20	83	11	67	38	11	14	35	1.82
231451--232673	674	1.8	673	92	1	2087	32	20	7	39	1.81
232554--232789	116	2.0	116	100	0	472	22	25	9	42	1.83
235115--235164	21	2.4	20	80	9	55	24	24	2	50	1.60
235137--235177	21	2.0	21	90	0	64	19	26	0	53	1.45
237225--237283	20	2.9	20	80	14	75	38	13	13	33	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243758--243788	16	1.9	16	93	0	53	64	0	0	35	0.94
245223--245318	47	2.0	51	85	8	137	55	0	0	44	0.99
245296--245358	23	2.9	23	82	17	66	60	0	0	39	0.97
246201--246233	8	4.1	8	100	0	66	60	0	0	39	0.97
246977--247033	19	2.9	19	84	2	69	35	17	12	35	1.87
247062--247112	20	2.5	20	90	0	75	33	13	17	35	1.89
251508--251553	21	2.2	21	92	0	74	47	0	10	41	1.38
252805--252839	18	2.0	17	88	5	52	48	31	14	5	1.67

Tables:   1

The End!