genome.fa.s478.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold478
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  151743

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1702--1781	30	2.7	30	90	3	117	43	5	43	7	1.54
1717--1756	21	1.9	21	89	0	62	45	2	42	10	1.51
6757--11410	474	9.8	475	87	2	6391	36	14	18	30	1.91
6760--11410	950	4.9	946	87	2	6542	36	14	18	30	1.91
6821--11403	158	29.0	157	65	13	964	36	14	18	30	1.91
11628--11786	71	2.2	71	97	0	300	32	20	18	28	1.96
11789--11815	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
11864--11932	33	2.1	33	86	5	95	31	11	18	37	1.87
14360--14435	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
14359--14444	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
14350--14468	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
22868--22943	12	6.9	11	75	15	52	39	1	47	11	1.49
22867--22958	24	4.2	23	73	18	79	42	1	44	11	1.48
22888--22948	9	7.1	9	74	10	65	42	1	42	13	1.53
22891--22961	18	3.6	18	74	20	61	43	1	42	12	1.51
22858--22976	42	2.8	42	88	0	175	42	1	45	10	1.47
28724--28788	28	2.3	28	81	7	78	16	15	9	58	1.62
28744--28805	27	2.2	28	83	8	74	12	17	8	61	1.55
34850--34959	42	2.6	42	94	0	193	41	1	46	10	1.48
34916--34965	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
35553--35585	11	2.8	12	90	4	50	45	0	51	3	1.16
40287--40403	58	2.0	58	91	3	191	27	21	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
40290--40393	29	3.6	29	69	14	97	27	23	25	24	2.00
40922--41079	76	2.1	76	89	0	235	37	12	21	29	1.89
40986--41176	103	1.9	103	92	0	319	32	11	27	28	1.91
41089--41237	76	2.0	74	88	2	217	36	9	25	28	1.87
40922--41242	179	1.8	177	90	1	516	37	10	23	28	1.88
44531--44570	18	2.2	19	95	4	73	70	5	20	5	1.26
48309--48469	73	2.2	74	86	3	207	39	11	20	29	1.87
58608--58698	31	3.0	31	88	1	130	31	25	13	29	1.93
59292--59316	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
59274--59337	33	2.0	32	87	3	92	42	17	14	26	1.87
61802--61851	20	2.5	20	76	3	55	42	0	26	32	1.56
63106--63159	21	2.5	21	81	3	63	20	20	1	57	1.50
64714--64839	31	4.0	30	83	12	146	29	26	11	32	1.92
65412--65475	33	2.0	32	84	3	83	45	15	10	28	1.80
65554--65594	22	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
66150--66459	172	1.8	169	83	7	412	32	9	30	28	1.89
66150--66471	86	3.8	83	83	6	355	31	9	30	27	1.89
71427--71468	21	2.0	20	86	4	57	45	14	11	28	1.80
74430--74460	16	1.9	16	93	0	53	38	3	16	41	1.64
78674--78710	2	19.0	2	88	5	58	51	0	0	48	1.00
79588--79653	21	3.3	21	64	23	61	30	1	7	60	1.33
79591--79664	38	1.9	38	100	0	148	32	2	6	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79592--79653	20	3.2	20	62	25	51	30	1	6	61	1.31
79598--79661	21	3.2	21	63	24	57	35	3	6	54	1.41
81939--81994	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
82053--82078	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
82221--82256	14	2.6	14	100	0	72	44	30	0	25	1.54
84307--84351	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
86155--86185	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
88275--88367	24	4.2	23	72	18	72	45	2	43	9	1.49
88275--88384	42	2.6	42	89	0	166	43	2	44	9	1.50
94977--95002	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
97423--97478	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
97537--97562	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
101329--101356	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
107651--107708	13	3.9	13	73	26	53	32	13	13	39	1.85
107631--107730	33	3.0	33	94	0	164	32	12	14	42	1.82
107664--107732	20	3.8	19	73	26	78	28	11	11	47	1.75
107791--107915	52	2.4	52	94	0	205	36	18	16	28	1.93
120377--120439	22	2.9	22	84	13	78	53	0	0	46	1.00
120380--120439	21	2.9	21	80	14	70	55	0	0	45	0.99
123250--123461	105	2.0	106	95	0	381	31	14	23	31	1.94
125222--125271	25	2.0	25	88	0	73	32	2	24	42	1.66
126039--126063	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
127178--127212	16	2.1	17	89	5	54	14	14	20	51	1.76
128578--128606	15	1.9	15	100	0	58	34	41	3	20	1.69
133625--133833	103	2.0	105	86	3	298	18	22	14	44	1.85
134292--134325	14	2.3	15	90	5	52	14	2	8	73	1.19
134312--134385	30	2.5	30	95	0	130	14	5	6	72	1.23
137269--137294	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
137766--137839	20	3.7	20	78	3	94	35	12	20	32	1.89
137784--137859	21	3.7	21	80	3	100	40	10	18	30	1.84
137766--137859	41	2.3	41	98	0	179	38	11	19	30	1.87
137898--137923	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
138381--138447	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
141582--141606	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
143380--143453	20	3.7	20	78	3	94	35	12	20	32	1.89
143398--143473	21	3.7	21	80	3	100	40	10	18	30	1.84
143380--143473	41	2.3	41	98	0	179	38	11	19	30	1.87
143512--143537	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
143994--144060	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
146351--146395	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
148194--148224	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
150292--150317	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
150440--150485	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71

Tables:   1

The End!