genome.fa.s482.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold482
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  148530

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423--1547	20	5.8	20	73	15	97	42	10	15	32	1.80
3271--3310	21	1.9	21	94	0	71	72	15	5	7	1.24
8521--8572	21	2.5	21	96	0	95	13	32	0	53	1.40
11402--11459	1	58.0	1	75	0	53	87	12	0	0	0.53
11394--11459	26	2.6	25	88	4	105	86	13	0	0	0.57
11402--11459	13	4.3	13	89	6	89	87	12	0	0	0.53
11394--11459	27	2.6	27	92	7	111	86	13	0	0	0.57
12733--13076	31	10.9	30	78	9	330	23	29	15	31	1.96
12740--13076	96	3.6	96	90	3	497	24	29	16	30	1.96
12742--13138	191	2.1	189	83	7	489	24	29	14	31	1.95
13121--13173	27	2.0	27	92	0	88	26	32	13	28	1.93
13059--13311	34	7.8	33	72	14	186	20	32	12	34	1.90
13117--13281	64	2.6	63	77	9	142	20	32	10	36	1.87
13365--13525	39	3.9	39	73	13	133	27	25	19	27	1.99
13330--13574	87	2.8	88	89	1	384	26	24	18	29	1.98
13494--13772	49	5.6	49	80	2	306	24	22	17	34	1.96
13491--13808	101	3.2	100	80	5	320	24	23	17	34	1.96
13487--13868	150	2.6	148	79	4	385	24	23	17	34	1.96
21489--21665	94	1.9	94	86	2	257	38	16	5	38	1.72
29647--29775	52	2.5	52	92	0	222	28	15	17	37	1.91
29784--29808	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
29869--29896	13	2.2	13	100	0	56	39	14	14	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29851--29916	33	2.0	33	94	2	116	37	15	12	34	1.84
34342--34470	27	4.9	27	81	6	122	35	13	29	21	1.91
34436--34573	61	2.3	61	86	5	190	35	11	30	22	1.90
34509--34580	34	2.1	34	86	0	99	43	11	29	16	1.82
34367--34575	88	2.4	87	69	17	212	35	11	30	21	1.90
34636--34794	69	2.3	69	89	3	232	20	32	9	37	1.85
34636--35097	34	14.5	33	73	15	205	22	31	10	35	1.88
34859--34981	27	4.3	27	80	13	138	23	31	12	32	1.91
34877--35156	61	4.5	60	77	14	273	21	31	12	34	1.90
34905--35156	128	2.0	129	83	7	325	21	30	11	35	1.90
36240--36354	41	2.8	41	86	3	169	46	11	17	24	1.80
36574--36646	20	3.5	20	83	3	74	39	10	16	32	1.83
36727--36779	20	2.7	20	100	0	106	30	22	11	35	1.89
39213--39657	80	5.6	80	85	1	554	28	28	10	33	1.90
39788--39826	12	3.3	12	92	3	62	25	15	0	58	1.37
40567--40633	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
41104--41142	13	3.0	13	92	0	69	35	17	15	30	1.91
41171--41214	14	3.2	14	90	3	72	45	6	20	27	1.76
41269--41405	53	2.6	53	91	1	220	28	17	17	36	1.93
41375--41445	20	3.5	20	74	11	65	30	15	14	39	1.87
41485--41525	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
42252--42319	30	2.2	31	89	5	102	36	29	4	29	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45016--45057	21	2.0	21	85	0	57	23	28	4	42	1.74
46111--46177	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
46649--46699	13	3.9	13	100	0	102	31	21	15	31	1.95
46694--46723	14	2.2	14	94	5	53	43	6	23	26	1.78
46778--46914	53	2.6	53	92	1	238	27	18	18	36	1.94
46884--46954	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
46994--47034	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
56691--56744	20	2.6	21	79	2	56	42	11	12	33	1.79
56792--56845	21	2.6	21	85	2	65	38	12	12	35	1.82
59232--59423	79	2.4	79	84	0	231	30	26	10	32	1.90
64200--64226	10	2.7	10	100	0	54	18	11	0	70	1.16
64031--64495	165	2.8	163	82	5	510	32	11	7	48	1.66
66173--66655	154	3.1	155	79	6	521	27	15	18	38	1.91
68625--68677	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
77387--77415	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
77403--77455	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
77506--77530	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
81258--81660	112	3.5	112	85	5	524	33	16	13	36	1.88
81261--81690	229	1.9	224	82	6	544	33	17	13	35	1.89
81981--82125	77	1.9	76	81	1	173	22	18	15	42	1.88
81926--82197	81	3.4	79	76	6	255	23	19	14	43	1.88
83841--83879	20	2.0	20	100	0	78	25	35	5	33	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85689--85714	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
85700--85778	20	3.7	20	76	15	77	44	15	15	25	1.85
87785--87815	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
91883--91908	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
92409--92831	92	4.7	90	82	4	465	30	24	13	30	1.94
92409--92882	92	5.2	91	81	6	453	30	24	13	31	1.94
92403--92908	182	2.8	181	81	5	520	29	24	14	32	1.94
93095--93172	35	2.3	35	86	2	104	20	26	10	42	1.84
93168--93666	133	3.8	132	81	6	588	19	22	16	41	1.90
93481--93648	44	3.8	44	77	12	157	20	21	16	42	1.89
93317--93666	88	4.0	88	68	14	229	20	21	16	41	1.90
94646--94679	17	1.9	18	88	5	52	17	14	8	58	1.61
101375--101442	33	2.1	32	86	8	93	33	14	17	33	1.91
103021--103055	3	11.7	3	87	0	52	34	0	34	31	1.58
105595--105668	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
105613--105688	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
105595--105688	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
105727--105752	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
106210--106276	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
109484--109508	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
110443--110499	28	2.0	28	100	0	114	45	10	24	19	1.81
111278--111351	20	3.7	20	81	3	103	35	13	20	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111296--111371	21	3.7	21	82	3	109	40	11	18	28	1.86
111278--111371	41	2.3	41	100	0	188	38	12	19	29	1.89
111410--111435	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
111893--111959	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
114419--114481	20	3.5	20	72	28	77	26	17	15	39	1.90
114419--114483	33	2.0	33	100	0	130	27	18	15	38	1.91
116325--116359	17	2.1	17	100	0	70	48	5	22	22	1.72
117046--117097	20	2.7	20	91	8	81	38	19	13	28	1.89
120806--120831	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
120900--120956	20	2.8	20	86	7	80	26	15	15	42	1.87
121551--121594	21	2.1	21	83	8	54	25	31	4	38	1.76
125494--125525	15	2.1	15	94	0	55	15	21	15	46	1.83
129602--129627	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
129696--129752	20	2.8	20	86	7	80	26	15	15	42	1.87
130281--130578	44	6.8	44	70	13	130	19	24	15	40	1.91
130353--130513	44	3.7	43	71	14	132	20	23	16	39	1.91
130321--130565	88	2.8	87	80	4	287	20	24	16	39	1.92
135458--135992	28	19.0	28	79	9	484	24	16	30	28	1.97
135458--135992	84	6.3	85	82	9	562	24	16	30	28	1.97
135843--135976	55	2.4	56	86	5	191	24	18	29	26	1.98
137244--137274	11	2.7	12	95	5	55	0	3	9	87	0.66
141343--141513	52	3.3	50	79	7	180	32	12	26	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141289--141682	212	1.9	212	87	3	578	32	12	25	28	1.93
143483--143516	17	2.0	17	88	0	50	0	2	14	82	0.79
144027--144093	33	2.0	33	85	0	89	43	14	14	26	1.85
144217--144273	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
144970--145645	55	12.3	55	95	1	1187	20	19	29	30	1.97
146629--146682	15	3.7	15	87	2	74	0	5	9	85	0.75
146645--146707	27	2.3	28	81	8	76	0	9	6	84	0.79
146629--146706	15	5.6	14	75	15	63	0	8	6	84	0.77
146659--146705	12	3.8	12	85	2	58	0	12	2	85	0.70

Tables:   1

The End!