genome.fa.s489.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold489
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  192533

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
580--632	20	2.6	21	81	3	63	33	18	11	35	1.87
1466--1512	15	3.1	15	96	3	85	59	0	12	27	1.34
4104--4173	29	2.3	31	92	4	117	41	7	0	51	1.29
6306--6421	51	2.2	52	92	1	189	42	14	15	27	1.86
6475--6516	20	2.1	20	90	0	66	30	14	9	45	1.77
7861--7938	40	2.0	40	84	0	102	50	7	3	38	1.50
8111--8135	11	2.3	11	100	0	50	20	0	0	80	0.72
12067--12100	16	2.2	16	89	5	52	82	0	17	0	0.67
12067--12100	5	6.6	5	89	3	50	82	0	17	0	0.67
13577--13657	29	2.7	30	81	14	96	39	6	2	51	1.40
13577--13667	29	3.1	28	75	15	76	39	8	2	49	1.46
21247--21283	2	18.5	2	88	0	56	45	0	5	48	1.25
23341--23389	6	8.3	6	81	4	55	32	18	2	46	1.60
28034--28134	50	2.0	50	80	3	112	43	16	14	24	1.86
28178--28230	20	2.6	21	81	3	63	33	18	11	35	1.87
29067--29118	17	3.1	17	97	0	95	63	0	11	25	1.28
30402--30492	46	2.0	46	84	0	119	43	17	5	32	1.72
30577--30649	27	2.7	27	89	0	110	24	9	19	46	1.79
30635--30680	24	1.9	24	91	8	76	28	8	17	45	1.78
33208--33253	21	2.1	22	84	4	58	30	19	30	19	1.97
35138--35208	27	2.6	27	82	8	90	28	7	16	47	1.73
37767--37793	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38321--38422	28	4.2	24	65	18	68	50	10	3	35	1.56
38345--38375	12	2.6	12	100	0	62	45	0	6	48	1.28
38308--38396	44	2.0	45	88	4	135	47	8	5	38	1.59
38361--38430	28	2.5	28	90	0	113	51	10	2	35	1.50
39581--39641	28	2.2	28	82	5	70	19	6	19	54	1.66
39638--39683	24	1.9	24	90	0	74	21	6	28	43	1.77
44153--44207	28	2.0	28	100	0	110	18	10	21	49	1.78
44189--44254	24	2.6	25	80	4	71	22	4	25	46	1.70
45408--45456	6	8.3	6	86	4	64	34	16	0	48	1.46
45425--45460	12	3.0	12	91	0	63	33	11	0	55	1.35
46185--46255	27	2.6	27	88	6	99	22	7	23	46	1.76
46332--46377	20	2.3	20	88	0	65	10	50	4	34	1.57
50760--50830	27	2.6	27	84	6	90	22	7	22	47	1.75
50907--50952	20	2.3	20	84	0	56	10	47	4	36	1.58
52296--52350	27	2.0	27	100	0	110	25	34	3	36	1.74
52457--52639	34	5.4	34	86	0	251	25	7	26	40	1.82
52944--53006	19	3.3	19	90	0	90	28	17	19	34	1.94
57072--57256	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
57577--57647	8	8.2	9	71	13	51	40	4	1	53	1.29
57565--57647	42	2.0	41	88	6	123	38	8	1	51	1.40
57796--57821	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
60159--60188	12	2.6	12	94	5	53	63	0	0	36	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60193--60252	31	1.9	32	86	3	86	60	5	0	35	1.19
60958--61006	3	17.0	3	87	12	68	28	0	2	69	1.00
63007--63031	4	6.2	4	100	0	50	24	0	24	52	1.48
63809--64010	81	2.5	81	82	3	228	32	23	18	24	1.97
65969--66012	2	22.0	2	85	0	61	2	4	45	47	1.35
66201--66230	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
67754--67784	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
72493--72559	27	2.5	27	82	4	73	29	4	17	47	1.67
73359--73389	16	1.9	16	93	0	53	16	9	3	70	1.26
73991--74015	13	1.9	13	100	0	50	16	0	0	84	0.63
76210--76255	19	2.2	21	88	11	69	58	0	2	39	1.10
77036--77061	2	13.0	2	100	0	52	0	0	50	50	1.00
77199--77234	3	12.0	3	87	0	54	63	2	0	33	1.08
80872--80937	23	3.0	21	80	8	60	57	0	0	42	0.98
90065--90241	90	2.0	90	89	4	277	29	18	18	33	1.95
91369--91398	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
96755--96984	118	1.9	118	87	5	340	47	3	3	45	1.36
96991--97031	17	2.5	17	82	17	52	58	0	2	39	1.11
99083--99107	13	1.9	13	100	0	50	12	0	0	88	0.53
100067--100114	14	3.4	14	82	0	60	27	0	2	70	0.98
100185--100224	19	2.1	19	86	9	55	62	0	2	35	1.09
100201--100233	13	2.4	14	90	5	50	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100190--100232	19	2.3	20	84	11	56	72	0	0	27	0.85
100190--100231	20	2.2	19	83	8	50	73	0	0	26	0.83
104001--104103	52	2.1	51	80	7	113	38	17	19	24	1.92
111180--111234	27	2.0	27	100	0	110	63	7	18	10	1.49
113774--113825	25	2.1	25	96	0	95	53	7	15	23	1.67
115488--115560	35	2.1	35	100	0	146	39	32	5	21	1.77
117089--117153	26	2.5	27	75	14	73	38	0	3	58	1.14
117649--117704	16	3.6	16	76	9	53	55	0	3	41	1.17
118415--118469	18	2.9	18	83	5	65	56	0	3	40	1.17
118501--118568	22	3.1	22	80	12	61	57	1	1	39	1.17
118514--118576	21	2.9	23	77	15	62	53	0	0	46	1.00
122849--122882	16	2.1	16	88	0	50	44	0	2	52	1.16
123475--123515	21	2.0	21	90	9	66	29	2	9	58	1.43
135763--135787	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
135850--135874	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
135883--136011	52	2.5	52	92	0	204	34	17	17	31	1.92
142867--142896	15	2.0	15	93	0	51	26	36	6	30	1.82
143507--143658	14	11.1	14	68	21	65	62	1	1	34	1.12
143514--143575	25	2.4	25	81	8	70	67	0	1	30	1.00
143514--143580	20	3.4	20	81	2	82	67	0	1	31	1.00
144537--144568	3	10.7	3	93	0	55	65	3	0	31	1.08
148797--148858	31	2.0	31	83	0	79	22	11	14	51	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150130--150173	23	1.9	23	90	0	70	40	0	0	59	0.98
151322--151370	25	2.0	24	84	8	62	51	2	0	46	1.12
151527--151559	16	2.1	16	88	11	50	48	0	3	48	1.17
151898--151964	6	10.5	6	75	12	53	80	0	16	2	0.83
151909--151951	9	4.6	9	85	8	59	86	0	11	2	0.67
151905--151966	10	6.0	10	78	17	65	82	0	14	3	0.80
151899--151945	24	1.9	23	87	12	67	82	0	14	2	0.75
151905--151966	19	3.0	20	88	9	90	82	0	14	3	0.80
151902--151966	33	2.0	32	85	8	87	81	0	15	3	0.81
153175--153216	6	7.0	6	100	0	84	66	0	0	33	0.92
153402--153432	16	1.9	16	93	0	53	61	6	6	25	1.45
154497--154560	32	2.0	32	100	0	128	59	6	6	28	1.46
154507--154558	16	3.2	16	70	20	54	57	7	3	30	1.45
157412--157477	23	3.0	21	80	12	69	59	1	1	37	1.16
158331--158375	23	1.9	24	86	4	65	40	0	0	60	0.97
160601--160675	31	2.3	33	86	6	100	45	1	16	37	1.55
160601--160677	7	11.6	7	72	18	58	45	1	15	37	1.55
162082--162131	18	2.7	19	69	12	50	46	0	0	54	1.00
163802--163846	13	3.6	13	77	19	51	64	0	0	35	0.94
163807--163856	25	2.0	25	84	7	66	66	2	0	32	1.03
163802--163856	15	3.9	15	79	9	53	65	1	0	32	1.03
163812--163862	24	2.1	25	82	10	61	64	1	1	31	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164991--165053	20	3.2	19	77	18	67	53	3	0	42	1.16
166637--166678	16	2.6	16	84	3	57	54	16	0	28	1.42
168622--168687	22	3.0	22	73	10	62	36	15	10	37	1.82
169677--169711	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
170039--170078	19	2.1	19	86	9	55	57	7	0	35	1.27
175309--175354	20	2.3	20	80	0	56	39	2	4	54	1.32
177703--177846	29	4.8	29	75	9	108	34	4	2	57	1.34
177691--177846	31	5.1	31	75	6	140	34	4	2	58	1.32
179494--179548	2	29.0	2	80	10	62	43	1	3	50	1.30
188636--188702	28	2.3	29	84	2	82	25	7	14	52	1.68

Tables:   1   2