genome.fa.s490.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold490
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  190694

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6146--6171	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
6366--6408	22	1.9	22	85	4	59	53	0	2	44	1.13
7759--7843	43	2.0	43	88	0	125	36	5	8	49	1.57
9786--9911	20	5.8	20	72	18	108	32	16	10	40	1.82
21858--21903	22	2.1	22	100	0	92	36	8	8	45	1.66
22042--22070	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
22350--22388	13	3.1	12	88	7	51	43	15	0	41	1.46
22355--22388	12	2.7	13	90	4	52	47	14	0	38	1.45
26079--26143	17	3.0	24	66	29	72	41	0	4	53	1.21
26097--26149	17	2.9	17	88	8	70	41	0	3	54	1.18
30152--30238	43	2.0	43	95	0	156	43	12	12	31	1.80
32027--32292	136	2.0	136	87	0	388	29	13	28	28	1.94
35818--35844	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
38014--38056	22	1.9	22	85	4	59	53	0	2	44	1.13
39213--39265	16	3.3	16	81	0	61	32	11	7	49	1.67
41728--41783	23	2.5	23	91	2	87	62	8	10	17	1.52
42696--42770	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
42693--42770	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
47998--48026	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
48172--48204	10	3.3	10	95	0	57	30	6	12	51	1.63
49560--49633	38	1.9	38	83	0	94	43	9	5	41	1.60
50748--50817	17	4.1	17	76	7	70	47	0	2	50	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
50749--50800	27	1.9	27	84	7	70	46	0	3	50	1.20
50752--50825	17	4.5	15	74	15	58	44	0	4	51	1.20
51071--51141	27	2.4	29	81	15	92	45	1	5	47	1.35
51079--51138	27	2.2	27	93	0	102	46	1	6	45	1.39
62198--62326	52	2.5	52	94	0	231	30	18	16	34	1.93
62399--62463	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
62392--62461	32	2.2	32	97	0	131	37	17	12	32	1.87
62418--62442	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
65248--65327	40	2.0	40	95	0	142	32	2	15	50	1.57
65479--65521	20	2.2	19	87	4	59	48	4	0	46	1.22
70831--70919	27	3.2	27	81	6	115	47	2	4	46	1.35
70831--70915	29	3.0	29	84	3	111	47	2	4	45	1.36
79052--79097	14	3.6	14	72	22	55	67	8	2	21	1.29
79047--79098	24	2.2	24	100	0	104	69	7	3	19	1.29
80735--80777	22	1.9	22	85	4	59	53	0	2	44	1.13
82102--82187	43	2.0	43	93	0	145	33	6	9	50	1.62
84114--84188	20	3.8	20	80	0	87	33	16	13	37	1.87
89812--89858	18	2.6	18	83	6	60	25	27	2	44	1.65
94184--94234	27	1.9	27	92	4	86	27	19	33	19	1.96
96496--96565	20	3.6	19	75	12	63	40	14	12	32	1.84
99298--99340	16	2.6	16	82	14	52	37	2	4	55	1.33
99638--99668	13	2.4	13	94	0	53	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99804--99836	15	2.1	16	88	5	50	18	0	9	72	1.10
100456--100493	16	2.4	16	90	0	58	36	10	5	47	1.61
100445--100500	16	3.5	16	76	13	53	33	10	7	48	1.65
100602--100672	22	2.9	24	73	16	65	46	8	2	42	1.49
103853--103917	17	3.0	24	66	29	72	41	0	4	53	1.21
103871--103923	17	2.9	17	88	8	70	41	0	3	54	1.18
109806--110075	136	2.0	136	88	0	405	30	13	28	28	1.94
113588--113614	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
115730--115772	20	2.2	19	87	4	59	48	4	0	46	1.22
118219--118245	14	1.9	14	100	0	54	29	0	0	70	0.88
119758--119785	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
119980--120022	22	1.9	22	85	4	59	53	0	2	44	1.13
120556--120584	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
121188--121240	16	3.3	16	81	0	61	32	11	7	49	1.67
126780--126881	22	4.5	22	68	16	64	50	5	1	42	1.38
126749--126879	69	1.9	69	82	3	165	45	7	3	42	1.50
126856--126897	16	2.6	16	88	7	59	54	0	0	45	0.99
126837--126919	38	2.2	38	89	2	123	51	3	0	44	1.18
126872--126919	22	2.2	22	81	7	53	50	4	0	45	1.21
136557--136582	13	2.0	13	100	0	52	0	15	0	84	0.62
136851--136901	20	2.5	20	93	0	84	43	0	1	54	1.11
136895--136924	10	3.0	10	95	0	51	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136962--137032	29	2.6	28	75	14	69	46	0	0	53	1.00
136957--137042	23	3.8	22	70	22	61	46	1	0	52	1.08
136953--137057	51	2.1	50	81	12	117	47	1	0	50	1.12
137570--137619	17	2.9	17	93	0	82	46	0	2	52	1.12
137640--137679	11	3.3	12	82	10	55	62	0	0	37	0.95
137971--138010	20	2.1	19	85	4	53	55	0	0	45	0.99
138021--138088	26	2.7	25	78	14	77	52	0	0	47	1.00
138021--138089	25	2.8	26	82	8	90	52	0	0	47	1.00
138507--138597	19	4.9	19	67	21	59	54	1	0	43	1.07
138995--139046	12	4.5	12	78	9	54	63	0	1	34	1.06
138983--139070	35	2.5	34	82	12	99	56	0	2	40	1.11
138995--139067	34	2.1	36	85	9	100	60	0	1	38	1.06
139034--139078	24	1.9	24	86	4	65	57	0	0	42	0.98
139162--139223	18	3.3	18	76	10	63	48	0	0	51	1.00
139682--139748	11	6.0	11	71	22	59	56	1	0	41	1.08
139687--139745	14	4.0	14	75	12	64	57	1	0	40	1.09
139682--139740	31	1.9	31	96	0	109	57	1	0	40	1.09
139687--139756	20	3.2	21	75	22	65	61	1	0	37	1.05
139686--139753	31	2.2	31	86	0	91	58	1	0	39	1.07
139915--140040	6	20.5	6	71	19	59	57	0	0	42	0.98
140389--140426	20	2.0	20	89	5	60	34	2	5	57	1.35
140476--140529	26	2.1	26	82	0	63	38	1	0	59	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140819--140877	26	2.2	28	81	6	68	45	15	10	28	1.78
141027--141083	28	2.0	28	89	0	87	29	3	12	54	1.54
142277--142376	48	2.1	49	88	1	148	63	14	3	20	1.43
143985--144009	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
145469--145651	79	2.3	78	80	4	190	32	16	27	24	1.96
145606--145679	28	2.6	28	87	4	96	25	21	31	21	1.98
145667--145796	51	2.5	51	85	9	181	33	10	24	31	1.90
146659--146684	13	2.0	13	100	0	52	15	23	23	38	1.92
148169--148194	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
148148--148214	34	2.0	33	91	2	107	44	13	16	25	1.84
150500--150532	2	16.5	2	93	0	57	48	3	0	48	1.17
152474--152502	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
155324--155359	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
161778--161856	36	2.5	32	71	28	78	72	10	11	6	1.28
161790--161870	36	2.3	35	81	10	85	71	9	13	4	1.28
163203--164075	27	31.9	27	90	3	1300	23	33	13	29	1.93
163203--164075	55	15.9	54	90	2	1300	23	33	13	29	1.93
163203--164075	82	10.6	81	92	2	1320	23	33	13	29	1.93
164061--164503	32	13.8	32	93	0	708	31	33	18	16	1.93
165751--165786	17	2.1	17	89	0	54	83	0	16	0	0.65
166151--166185	2	17.5	2	93	0	61	45	0	2	51	1.16
168508--168608	38	2.7	38	90	3	159	29	25	13	30	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
175421--175484	16	3.8	16	75	6	56	23	4	3	68	1.23
175497--175556	5	12.4	5	81	12	56	75	1	0	23	0.90
175493--175571	26	3.0	25	82	17	74	73	2	0	24	0.96
182945--182986	21	2.0	20	86	4	57	42	0	0	57	0.99
182917--183004	46	2.0	43	82	14	108	48	0	1	50	1.08
183139--183181	22	1.9	23	90	4	70	62	0	0	37	0.95
183121--183160	14	2.9	14	80	0	53	60	0	0	40	0.97
183779--183830	22	2.4	22	81	15	63	57	1	0	40	1.10
184087--184125	19	2.1	19	100	0	78	46	20	5	28	1.72
184925--185008	44	1.9	44	80	9	100	42	1	1	54	1.15

Tables:   1   2