genome.fa.s514.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold514
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  183874

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4163--4205	21	2.1	21	86	4	61	65	0	0	34	0.93
4931--4969	19	2.0	20	85	14	55	41	2	56	0	1.13
5167--5219	16	3.5	15	80	15	56	81	1	15	1	0.87
7985--8019	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
9127--9193	33	2.0	33	100	0	134	32	14	14	37	1.88
9201--9240	21	1.9	21	84	0	53	60	0	0	40	0.97
9655--9688	17	1.9	18	88	5	52	29	35	20	14	1.93
13061--13086	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
13188--13218	16	1.9	16	100	0	62	38	6	0	54	1.26
14755--14786	2	16.0	2	93	0	55	3	46	0	50	1.17
18264--18307	23	1.9	23	90	0	70	38	11	11	38	1.77
20135--20227	42	2.3	39	75	17	89	53	0	0	46	1.00
20164--20222	21	2.9	20	72	18	59	49	0	0	50	1.00
20876--20927	11	4.6	11	75	13	52	65	0	1	32	1.04
20879--20930	16	3.3	14	72	27	50	65	0	1	32	1.04
24028--24053	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
24912--24944	17	1.9	17	88	11	50	21	3	3	72	1.11
36442--36476	17	2.1	17	100	0	70	34	0	5	60	1.21
36499--36559	16	3.9	16	79	10	72	42	6	0	50	1.28
36500--36564	15	4.2	15	77	14	69	43	6	1	49	1.37
36761--36789	6	5.0	6	95	4	51	65	0	0	34	0.93
37342--37399	29	2.0	29	93	6	100	31	18	0	50	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
38004--38048	2	22.5	2	100	0	90	48	0	0	51	1.00
39801--39868	5	14.0	5	82	11	63	35	0	0	64	0.94
39796--39868	27	2.7	27	79	18	82	35	0	0	64	0.94
39804--39864	11	5.8	10	73	17	52	34	0	0	65	0.93
39801--39868	14	4.7	15	76	20	81	35	0	0	64	0.94
39798--39869	30	2.5	27	77	16	74	36	0	0	63	0.94
39819--39896	30	2.5	31	83	8	88	39	1	0	58	1.06
41023--41064	22	1.9	22	85	9	59	40	0	0	59	0.97
42085--42132	18	2.6	19	80	6	53	0	25	6	68	1.12
43388--43428	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
43741--43777	14	2.8	14	88	8	51	48	0	0	51	1.00
48042--48085	2	22.0	2	95	0	79	52	0	47	0	1.00
52191--52311	60	2.0	60	90	0	188	38	9	12	40	1.75
59866--59897	15	2.0	17	88	11	50	56	0	0	43	0.99
64341--64415	20	3.8	20	76	0	87	33	12	12	42	1.79
78276--78349	9	7.6	9	76	20	69	82	9	5	2	0.92
78275--78342	12	5.5	12	75	15	50	83	8	4	2	0.87
79563--80755	28	42.1	29	82	9	1175	27	29	17	24	1.98
79530--79743	106	2.0	106	96	0	392	26	26	17	29	1.97
81311--81378	20	3.4	19	76	8	73	35	14	8	41	1.77
86592--86630	2	19.5	2	94	0	69	48	0	0	51	1.00
87409--87443	18	1.9	18	100	0	70	17	14	51	17	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88868--88925	25	2.5	24	76	20	68	50	0	0	50	1.00
88870--88919	25	2.0	25	88	7	75	48	0	0	52	1.00
88915--88976	32	1.9	32	87	6	90	35	3	0	61	1.12
88989--89067	21	4.1	21	73	13	64	41	5	0	53	1.23
89821--90042	109	2.1	106	82	8	261	54	1	3	40	1.25
89986--90045	24	2.6	23	78	10	68	65	1	1	31	1.13
91271--92417	88	13.1	87	81	7	1184	40	7	16	34	1.77
92349--92484	67	2.0	66	83	6	168	44	7	16	31	1.75
96622--96681	27	2.2	27	77	8	68	46	0	0	53	1.00
96622--96690	31	2.3	29	79	18	79	46	0	0	53	1.00
96624--96691	28	2.3	32	73	12	74	45	0	0	54	0.99
103975--104037	28	2.2	28	85	0	90	30	0	11	58	1.32
115633--115696	28	2.3	27	79	10	67	48	1	1	48	1.20
115654--115702	22	2.3	22	86	10	66	46	2	2	48	1.25
115907--115963	24	2.4	25	80	14	66	40	1	1	56	1.20
115923--115992	23	3.1	22	78	13	63	45	1	0	52	1.09
116474--116517	21	2.1	21	87	8	63	61	4	4	29	1.36
117929--118089	86	1.9	86	82	0	205	47	6	9	36	1.61
118916--118975	18	3.4	17	76	17	59	53	16	5	25	1.63
139297--139339	10	4.1	10	77	11	50	86	2	11	0	0.67
139296--139346	17	3.1	16	76	20	52	84	1	11	1	0.79
140372--140432	21	3.0	20	81	6	79	37	16	13	32	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140372--140432	20	3.1	19	79	11	77	37	16	13	32	1.87
140468--140535	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
140470--140532	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
140489--140513	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
140575--140600	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
140555--140621	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
143064--143139	27	2.8	25	84	9	89	22	32	22	22	1.98
142953--143309	51	6.8	52	71	14	225	29	24	12	33	1.92
143331--143400	28	2.5	28	85	0	86	22	31	18	27	1.97
142953--143453	263	1.9	263	86	4	706	28	25	13	32	1.93
143354--143558	79	2.6	78	82	3	223	24	28	16	30	1.96
155971--156022	10	5.4	10	81	2	54	86	3	9	0	0.69
156991--158053	55	19.3	55	89	4	1567	28	30	20	20	1.98
157834--157981	29	5.3	29	61	18	89	28	31	18	22	1.97
158655--158715	21	3.0	20	81	6	79	37	16	13	32	1.87
158655--158715	20	3.1	19	79	11	77	37	16	13	32	1.87
158755--158818	19	3.7	18	76	23	75	37	12	14	35	1.83
158772--158796	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
158755--158815	32	1.9	32	96	0	113	36	13	14	36	1.85
158858--158883	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
158838--158904	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
161358--161433	27	2.8	27	88	9	102	22	34	22	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161249--161636	51	7.4	51	72	12	250	29	26	12	31	1.93
161624--161695	28	2.6	28	86	0	90	22	33	19	25	1.97
161247--161746	262	1.9	262	89	2	781	28	26	13	31	1.94
161570--161769	107	1.9	107	81	5	242	27	27	16	30	1.96
161649--161854	79	2.6	79	80	2	216	24	29	16	29	1.96
163115--163190	28	2.5	31	79	8	77	26	18	13	42	1.87
163080--163190	30	3.7	29	75	10	82	26	18	13	42	1.87
163283--163413	30	4.1	30	71	9	91	22	17	13	45	1.84
163289--163648	35	11.1	35	68	16	164	20	18	13	47	1.82
163513--163641	33	3.9	33	77	15	113	19	21	15	43	1.88
163516--163644	31	4.0	31	81	10	116	19	22	15	42	1.88
168748--168822	39	1.9	38	84	7	98	5	30	4	60	1.38
168804--168843	15	2.7	15	88	11	57	7	22	0	70	1.12
168894--168936	9	4.8	9	82	0	50	2	16	0	81	0.79
170932--170961	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
170929--170965	19	1.9	19	88	0	56	54	0	0	45	1.00
172262--172328	16	4.2	16	75	7	64	34	1	4	59	1.26
172262--172336	32	2.4	32	81	2	89	36	1	5	57	1.30
173140--173180	16	2.6	16	92	0	64	34	2	7	56	1.40
173603--173635	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16

Tables:   1

The End!