genome.fa.s52.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold52
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  1774672

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--144	73	2.0	73	88	1	218	2	13	54	29	1.50
143--1412	7	177.6	7	77	16	1088	14	1	42	41	1.55
28--779	7	105.1	7	77	14	209	13	2	45	38	1.57
209--280	26	2.7	26	80	6	65	15	0	52	31	1.43
1419--1498	22	3.6	23	75	10	69	5	15	43	36	1.68
1435--1585	29	5.4	29	74	19	78	3	13	41	41	1.60
1476--2277	30	27.7	29	69	20	136	2	14	41	40	1.61
1484--4770	37	87.7	37	72	19	762	4	14	39	40	1.66
1279--4804	7	470.0	7	74	18	2441	4	14	40	40	1.67
2306--2520	25	9.0	25	71	22	78	6	16	36	40	1.75
2470--2520	26	2.0	26	85	11	70	5	19	33	41	1.76
2508--2532	9	2.8	9	100	0	50	0	12	36	52	1.39
2929--2964	19	1.9	19	94	5	65	0	13	33	52	1.41
4806--4883	7	11.4	7	71	5	61	39	51	3	5	1.42
4825--4984	21	7.8	21	72	5	85	39	45	4	10	1.59
4874--4910	13	2.8	13	91	0	56	24	51	13	10	1.73
4930--4984	7	7.9	7	85	0	56	43	45	0	10	1.39
4932--5014	28	3.0	28	90	0	121	43	38	0	18	1.50
4946--5014	7	9.9	7	76	17	54	43	34	0	21	1.53
4932--5012	14	5.8	14	81	5	83	44	38	0	17	1.49
5095--5255	21	7.7	21	68	10	82	39	23	3	32	1.73
5095--5152	20	2.8	20	86	2	80	36	25	1	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5133--5212	28	2.9	28	74	7	72	41	26	5	27	1.76
5215--5254	7	5.7	7	82	11	55	45	15	2	37	1.59
12212--12241	15	2.0	15	100	0	60	20	0	0	80	0.72
12212--12248	19	1.9	19	100	0	74	18	0	0	81	0.70
12212--12245	4	8.8	4	93	6	61	20	0	0	79	0.73
12298--12328	15	2.1	15	93	0	53	22	6	6	64	1.40
12360--12413	16	3.4	16	73	0	54	7	9	33	50	1.62
12555--12600	19	2.5	19	79	10	51	32	0	4	63	1.14
20164--20264	48	2.1	47	81	1	112	12	18	27	40	1.88
22242--22274	17	2.0	17	88	5	50	24	6	9	60	1.49
22228--22268	20	2.0	21	90	4	66	21	4	4	68	1.28
24209--24236	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
25813--25842	2	15.0	2	92	0	51	53	0	46	0	1.00
27408--27451	21	2.1	21	87	8	63	29	13	13	43	1.83
30494--30522	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
33904--33940	18	2.1	18	95	5	67	75	0	16	8	1.02
51330--51374	2	23.0	2	95	4	83	48	0	0	51	1.00
53670--53769	38	2.6	38	91	0	155	49	20	4	27	1.66
56206--56231	6	4.3	6	100	0	52	53	15	15	15	1.73
57029--57087	3	20.3	3	86	6	86	32	1	1	64	1.13
58959--59000	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
59000--59028	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62579--62615	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
64624--64656	6	5.5	6	92	0	57	42	0	3	54	1.15
67630--67668	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
68463--68489	5	5.4	5	100	0	54	37	40	22	0	1.54
73372--73414	22	2.0	22	95	0	77	34	25	9	30	1.87
74379--74415	2	18.5	2	100	0	74	0	51	0	48	1.00
74415--74454	2	20.0	2	94	0	71	52	47	0	0	1.00
77886--77910	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
77954--78051	19	5.8	18	71	28	90	35	17	13	33	1.88
77949--78049	32	3.1	32	95	4	177	34	17	12	34	1.88
77973--78029	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
82762--82813	2	25.5	2	92	3	59	48	9	0	42	1.36
84905--84933	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
86409--86448	5	8.0	5	97	0	71	0	2	40	57	1.12
86773--86813	3	14.0	3	94	5	75	31	0	0	68	0.90
88835--88862	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
90209--90245	2	19.0	2	88	5	58	45	0	2	51	1.15
90210--90243	17	2.0	17	94	0	59	44	0	2	52	1.16
90209--90246	19	2.0	19	94	0	67	44	0	2	52	1.14
90533--90557	13	1.9	13	100	0	50	52	8	32	8	1.60
93888--93940	2	26.5	2	100	0	106	0	49	0	50	1.00
98466--98511	20	2.2	21	81	14	60	80	8	4	6	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
102911--102967	2	28.5	2	100	0	114	50	0	49	0	1.00
103273--103302	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
104574--104604	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
110898--110935	3	12.3	3	94	5	67	65	0	0	34	0.93
114143--114172	2	15.0	2	92	0	51	46	0	3	50	1.18
131844--131868	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
133349--133380	13	2.4	13	94	5	55	78	0	0	21	0.76
134068--135381	655	2.0	655	99	0	2610	24	18	19	37	1.94
136839--136882	2	22.0	2	90	0	70	45	0	4	50	1.22
138202--139878	533	3.2	532	89	2	2550	28	17	15	39	1.90
145460--145494	2	17.5	2	93	0	61	48	2	0	48	1.16
147364--147399	3	12.0	3	100	0	72	66	0	0	33	0.92
177371--177417	21	2.1	21	88	7	67	40	8	2	48	1.45
183310--183340	3	10.3	3	92	0	53	32	0	3	64	1.09
187861--187964	31	2.9	36	79	20	130	22	15	17	45	1.85
188333--188365	3	11.0	3	100	0	66	33	33	0	33	1.58
188744--188786	20	2.2	20	87	4	61	60	0	0	39	0.97
188879--188928	26	1.9	26	91	0	82	52	6	8	34	1.55
189826--189867	12	3.5	12	86	0	57	45	7	47	0	1.30
190180--190217	9	4.4	9	90	3	53	42	0	0	57	0.98
190188--190226	18	2.2	17	86	4	51	38	0	0	61	0.96
190528--190559	2	15.5	2	93	6	55	46	0	3	50	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
190952--190977	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
191143--191174	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
192268--192305	8	5.0	8	90	9	62	65	0	0	34	0.93
193647--193679	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
193890--193923	3	11.3	3	100	0	68	35	0	0	64	0.94
193990--194019	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
196511--196586	30	2.8	25	73	17	80	39	18	13	28	1.88
210174--210246	36	2.0	36	94	0	128	20	17	16	45	1.86
213990--214034	2	22.0	2	95	4	81	48	2	0	48	1.13
216765--216892	64	2.0	64	93	0	220	21	11	15	50	1.76
223410--223445	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
229542--229577	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
237026--237061	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
237462--237536	38	2.0	36	82	14	91	33	1	0	65	1.01
238131--238166	16	2.2	16	90	0	54	55	2	0	41	1.14
238576--238617	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
242891--242919	15	1.9	15	100	0	58	13	20	20	44	1.85
243102--243215	56	2.0	56	81	3	131	24	20	19	35	1.95
255244--255309	6	11.6	5	85	10	51	27	0	1	71	0.95
255251--255307	3	19.7	3	82	13	75	29	0	0	70	0.88
263808--263839	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
264095--264119	12	2.1	12	100	0	50	32	32	20	16	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
273907--273938	3	10.7	3	100	0	64	65	0	0	34	0.93
274326--274362	19	1.9	19	94	0	65	54	0	0	45	1.00
285302--285390	30	3.2	29	78	13	98	66	3	12	17	1.38
285328--285386	25	2.4	25	94	0	100	67	5	10	16	1.37
285318--285396	25	3.0	25	76	12	70	67	6	10	16	1.40
291069--291105	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
291628--291653	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
292039--292069	13	2.4	13	100	0	62	12	0	0	87	0.55
292039--292068	6	4.8	6	92	8	51	13	0	0	86	0.57
295655--295707	27	2.0	27	88	0	79	37	11	18	32	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9