genome.fa.s520.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold520
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  155767

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1854--2629	382	2.0	389	93	3	1325	33	15	24	26	1.95
2510--3709	600	2.0	600	98	0	2319	32	18	25	24	1.97
4784--4858	34	2.3	33	80	15	84	46	0	0	53	1.00
4833--4878	18	2.6	18	78	21	53	54	0	0	45	0.99
5103--5141	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
7671--7700	13	2.3	13	100	0	60	56	0	0	43	0.99
9883--9917	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
15126--15174	25	2.0	25	84	4	64	40	0	0	59	0.98
15676--15716	15	2.6	16	77	14	50	60	4	2	31	1.30
15878--15920	2	21.5	2	85	0	59	41	0	6	51	1.29
16546--16645	48	2.1	48	100	0	200	32	19	17	32	1.94
21570--21629	18	3.5	17	74	14	52	58	0	1	40	1.08
21600--21674	21	3.8	20	76	16	77	66	0	0	33	0.92
21602--21676	29	2.7	27	84	13	98	68	0	0	32	0.90
21628--21693	22	3.1	22	80	10	84	66	0	0	33	0.92
21602--21673	20	3.7	20	76	12	69	68	0	0	31	0.90
21584--21693	38	2.8	39	81	12	109	63	0	0	36	0.95
21585--21678	29	3.1	30	75	15	88	63	0	0	36	0.94
21642--21693	11	4.9	11	74	9	54	67	0	0	32	0.91
21635--21697	11	5.9	11	75	14	51	63	0	0	36	0.95
21675--21745	24	3.0	24	80	12	67	53	0	0	46	1.00
22286--22311	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22532--22612	39	2.0	40	88	6	121	55	0	0	44	0.99
22532--22591	19	3.2	18	67	19	50	53	0	0	46	1.00
23077--23180	32	3.4	30	77	16	88	48	0	1	49	1.19
23284--23319	17	2.1	17	94	0	63	50	0	0	50	1.00
23272--23312	22	1.9	22	85	5	57	48	0	0	51	1.00
23348--23381	14	2.5	13	86	9	50	61	0	0	38	0.96
23377--23429	27	2.0	27	85	7	72	50	0	1	47	1.12
23786--23815	11	2.8	11	95	5	53	73	0	0	26	0.84
24057--24086	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
24122--24162	13	3.0	14	79	13	50	58	0	2	39	1.11
24362--24420	16	3.6	16	71	10	57	52	0	0	47	1.00
24349--24440	43	2.1	43	80	13	109	53	0	0	46	1.00
25731--25780	18	2.8	20	77	20	56	38	4	0	58	1.17
25869--25899	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
30501--30539	15	2.5	15	83	4	51	84	0	12	2	0.72
30705--30821	34	3.4	34	96	0	216	20	0	37	41	1.59
35486--35568	34	2.4	34	100	0	166	19	0	38	42	1.51
35472--35582	34	3.2	34	89	1	150	23	0	36	40	1.55
37784--37832	19	2.5	20	80	10	55	53	2	4	40	1.32
38519--38550	15	2.1	15	94	0	55	46	0	0	53	1.00
41232--41286	17	3.4	17	75	25	64	56	1	0	41	1.10
44778--44807	2	15.0	2	100	0	60	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46554--46611	26	2.1	28	87	6	84	50	5	3	41	1.42
46709--46754	23	2.0	23	83	12	58	54	0	0	45	0.99
47045--47092	26	2.0	24	88	12	71	54	2	2	41	1.24
47431--47461	14	2.2	14	100	0	62	51	0	0	48	1.00
47649--47738	43	2.0	46	83	12	116	55	0	0	44	0.99
47648--47711	27	2.4	28	75	15	64	57	0	0	42	0.98
47963--48011	18	2.8	17	78	9	53	59	0	2	38	1.09
49229--49272	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
53869--53931	22	2.9	22	92	0	99	22	0	38	39	1.54
58556--58618	22	2.9	22	92	0	99	22	0	38	39	1.54
60978--61026	19	2.5	20	80	10	55	53	2	4	40	1.32
71735--71833	51	1.9	52	83	6	130	37	4	25	33	1.75
72567--72599	16	2.0	17	88	5	50	30	0	3	66	1.06
78969--79024	22	2.5	23	94	2	96	64	8	8	17	1.48
79935--80009	20	3.8	20	80	3	80	40	12	13	34	1.81
79932--80009	40	2.0	39	87	2	111	39	12	12	34	1.82
80583--81614	32	33.6	32	88	4	1042	20	17	31	30	1.96
80575--81614	64	16.9	64	88	4	1175	20	17	30	30	1.96
81585--81997	27	15.1	27	85	7	523	26	14	34	25	1.94
81585--81992	82	5.0	82	86	6	542	25	14	34	25	1.94
81615--81997	55	7.0	55	88	3	551	26	14	34	25	1.94
83048--83079	6	5.7	6	92	7	50	0	0	9	90	0.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
83321--83379	24	2.5	24	86	5	75	5	11	5	77	1.08
83328--83410	39	2.1	39	82	4	96	4	13	8	73	1.22
83370--83412	22	1.9	23	85	4	61	4	11	11	72	1.27
89527--89582	22	2.5	23	94	2	96	64	8	8	17	1.48
90493--90618	20	5.8	20	69	21	74	40	10	15	34	1.81
90443--90579	51	2.7	51	95	0	238	40	10	15	33	1.82
90541--90618	40	2.0	39	84	2	102	39	11	12	35	1.80
91372--91502	38	3.4	38	77	8	99	39	16	12	31	1.86
91472--91557	38	2.3	38	82	8	120	31	17	16	34	1.92
93717--93753	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
95795--95824	2	15.0	2	92	0	51	46	0	0	53	1.00
95943--95986	22	2.0	21	83	16	54	43	13	4	38	1.65
97614--97657	20	2.2	20	87	0	61	11	50	4	34	1.59
102039--102107	27	2.5	27	86	6	86	27	7	18	46	1.75
102186--102229	20	2.2	20	87	0	61	11	50	4	34	1.59
103147--103196	19	2.5	20	81	15	59	68	6	4	22	1.29
107132--107164	2	16.5	2	100	0	66	51	0	48	0	1.00
108202--108293	1	92.0	1	91	0	139	5	94	0	0	0.30
108200--108293	20	4.8	20	93	2	163	6	93	0	0	0.34
108631--108664	13	2.6	13	90	0	50	26	2	5	64	1.30
113652--113707	19	2.8	21	78	8	71	51	1	3	42	1.29
113639--113731	49	1.9	47	82	8	116	48	1	4	46	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118563--118609	12	3.9	12	88	0	58	38	0	29	31	1.58
118570--118619	3	16.7	3	82	0	64	40	0	28	32	1.57
120739--120771	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
120842--120893	24	2.2	24	79	3	61	59	5	3	30	1.39
120837--120893	23	2.4	24	76	8	62	56	5	5	33	1.44
122705--122874	77	2.2	77	85	2	225	29	22	13	34	1.93
125791--125821	2	15.5	2	93	0	53	54	0	0	45	0.99
126214--126243	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
127758--127838	40	2.0	40	81	9	94	56	2	1	39	1.20
129028--129076	20	2.5	20	86	0	71	38	4	46	10	1.57
129152--129222	27	2.6	27	84	6	90	46	22	7	23	1.76
133602--133650	20	2.5	20	86	0	71	38	4	46	10	1.57
133706--133797	28	3.4	27	78	8	91	45	20	7	26	1.77
133727--133795	27	2.5	27	83	6	86	46	21	7	24	1.77
134473--134512	20	2.0	20	100	0	80	55	10	10	25	1.64
139784--139822	2	19.5	2	100	0	78	51	0	48	0	1.00
141116--141169	28	1.9	28	96	0	99	20	9	20	50	1.75
141151--141219	24	2.8	24	82	4	75	21	5	26	46	1.74
146926--146958	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
149960--150004	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
152050--152090	2	21.0	2	90	5	66	48	0	0	51	1.00
152162--152223	20	3.2	20	61	21	51	38	6	24	30	1.80

Tables:   1

The End!