genome.fa.s538.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold538
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  158065

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1255--1280	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1234--1302	33	2.1	33	89	5	104	34	18	14	31	1.91
5002--5033	13	2.5	13	94	0	55	37	12	15	34	1.85
4981--5049	33	2.1	32	86	10	95	37	17	13	31	1.88
5082--5124	20	2.2	20	87	4	61	34	18	13	32	1.90
5294--5344	21	2.4	21	96	3	93	45	15	3	35	1.65
5710--5782	22	3.6	20	71	17	62	26	31	2	39	1.70
7618--7643	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
13790--13858	33	2.1	32	86	10	95	39	18	10	31	1.84
13820--13857	20	1.9	20	94	0	67	39	18	10	31	1.85
13812--13837	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
14257--14294	20	1.9	20	88	0	58	50	10	7	31	1.66
14723--14748	10	2.6	10	100	0	52	7	0	7	84	0.77
19094--19139	21	2.2	21	92	0	74	47	0	10	41	1.38
22460--23293	79	10.6	77	75	11	560	28	23	13	35	1.92
22460--23299	157	5.3	158	80	5	758	28	23	13	35	1.92
22460--23298	237	3.6	233	78	9	833	28	23	13	35	1.92
24597--24624	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
24624--24745	2	61.0	2	100	0	244	50	0	50	0	1.00
24961--25003	13	3.3	12	81	15	50	51	2	0	46	1.13
24992--25035	22	2.0	23	90	4	72	38	0	0	61	0.96
29239--29286	19	2.5	19	83	10	53	37	2	0	60	1.09
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30300--30337	15	2.5	16	83	12	53	73	0	0	26	0.83
30973--31015	16	2.7	15	85	7	59	48	0	2	48	1.14
31191--31233	21	2.0	22	90	4	70	44	0	0	55	0.99
32208--32327	44	2.8	44	81	13	142	34	3	1	60	1.23
32293--32333	18	2.4	17	88	8	57	29	0	0	70	0.87
32979--33019	21	2.0	21	100	0	82	34	9	17	39	1.82
32982--33048	21	3.2	21	85	6	75	38	13	11	35	1.82
35955--36105	52	2.9	51	82	2	149	33	14	25	25	1.94
36695--37136	58	7.7	58	70	19	270	42	15	14	27	1.85
36832--36966	67	2.0	67	85	2	182	45	13	14	27	1.82
37017--37111	29	3.3	27	76	16	102	43	15	13	27	1.85
36807--37165	163	2.1	168	83	7	453	42	15	13	27	1.85
36986--37134	29	5.1	28	68	17	90	44	16	12	26	1.83
37994--38024	15	2.1	15	93	0	53	3	19	9	67	1.33
39847--39958	58	1.9	57	82	5	136	25	6	12	55	1.60
39906--40007	30	3.5	29	67	18	77	24	4	16	53	1.62
39867--40057	58	3.3	57	83	3	213	25	6	14	53	1.64
39894--40070	58	3.1	58	85	2	223	26	6	13	53	1.65
46635--46697	29	2.2	29	82	2	74	22	15	34	26	1.94
46829--46915	29	3.0	28	88	5	122	26	17	29	26	1.97
46844--47053	31	6.8	29	75	14	93	25	19	26	28	1.99
46922--47098	31	5.5	31	75	12	128	25	21	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
46930--47108	98	1.8	98	80	2	216	26	19	22	30	1.98
46888--47131	129	1.9	127	79	5	276	25	21	23	29	1.99
47432--47496	29	2.2	29	88	0	94	24	20	27	27	1.99
47433--48123	31	21.6	31	70	15	331	23	18	26	31	1.97
47483--47861	67	5.9	65	76	10	268	23	20	25	30	1.98
47676--48056	132	2.9	129	78	8	317	22	18	26	32	1.97
47678--47961	67	4.3	66	81	6	276	21	19	26	33	1.97
47432--48119	292	2.4	291	81	5	817	23	18	26	31	1.97
52793--52851	30	1.9	31	83	16	79	33	8	32	25	1.86
55860--55901	21	2.0	22	85	4	59	45	2	9	42	1.49
57452--57495	23	2.0	23	82	8	56	43	9	11	36	1.72
57594--57679	20	4.8	18	73	22	74	31	13	13	40	1.85
57594--57655	33	1.9	33	93	3	108	29	12	16	41	1.85
57769--57825	20	2.9	20	92	2	98	35	8	15	40	1.79
58747--58779	12	2.6	13	85	4	50	60	12	21	6	1.53
59140--59192	26	2.2	23	90	10	79	69	0	26	3	1.05
59317--59352	18	2.0	18	89	10	56	77	0	16	5	0.94
59208--59602	173	2.3	174	87	0	569	41	13	21	23	1.89
61320--62034	155	4.7	151	78	7	588	24	19	19	36	1.94
62874--62932	21	2.8	21	79	5	66	33	8	13	44	1.74
75094--75145	27	1.9	27	100	0	104	32	21	23	23	1.98
76890--76933	7	6.0	7	86	5	52	81	0	15	2	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76890--76923	8	4.4	8	96	3	61	88	0	11	0	0.52
76830--76915	15	5.5	15	69	18	52	72	1	17	9	1.17
78581--78916	89	3.8	88	84	3	440	30	29	12	27	1.93
79204--79255	25	2.1	25	100	0	104	30	36	7	25	1.84
79317--79412	42	2.3	43	80	8	108	18	29	15	36	1.92
79378--79507	42	3.1	42	74	6	111	16	28	16	38	1.90
79397--79491	43	2.2	42	79	1	100	17	28	17	35	1.93
79485--79603	41	2.9	40	81	7	132	21	27	15	36	1.93
79668--80083	42	9.9	42	79	4	329	16	25	18	38	1.92
79668--80086	126	3.3	125	74	8	364	16	26	18	39	1.91
79933--80179	42	5.9	42	78	3	138	15	29	17	36	1.91
79653--80176	84	6.2	84	75	7	260	16	27	17	38	1.91
81966--82370	173	2.4	173	84	1	537	40	14	22	22	1.90
84287--84887	153	3.9	152	79	5	532	24	18	18	37	1.94
86942--87555	317	1.9	317	95	1	1115	31	10	24	33	1.89
88611--88699	44	2.0	44	86	4	126	32	13	24	29	1.93
90869--90893	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
91528--91573	24	2.0	24	87	8	69	43	19	4	32	1.71
99758--99810	19	2.7	20	88	2	72	37	20	13	28	1.90
99799--99823	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
99780--99844	33	2.0	32	88	8	96	38	15	15	30	1.88
101682--101775	36	2.6	36	82	0	134	47	17	11	23	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103963--104002	19	2.1	19	100	0	80	42	0	20	37	1.52
104485--104520	13	2.6	15	83	16	51	22	0	2	75	0.94
104458--104520	27	2.2	30	83	11	78	25	1	1	71	1.04
105546--105609	32	2.0	33	87	3	94	29	17	14	39	1.88
105658--105695	13	2.9	13	96	0	67	34	15	15	34	1.90
109066--109371	145	2.1	146	85	1	402	31	25	9	33	1.88
110575--110630	21	2.5	22	80	8	69	44	0	0	55	0.99
114059--114145	44	2.0	44	93	0	147	32	10	32	25	1.89
115084--115119	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
116411--116435	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
118000--118039	16	2.5	16	79	0	53	45	0	0	55	0.99
118911--118964	27	2.0	27	85	7	74	35	1	9	53	1.44
119724--119761	2	19.0	2	88	0	58	52	2	0	44	1.14
120162--120202	21	2.0	21	90	0	64	43	0	2	53	1.13
129803--129847	23	2.0	23	90	0	72	28	13	4	53	1.59
136389--136453	30	2.1	32	85	5	89	41	6	9	43	1.61
136820--136846	14	1.9	14	100	0	54	14	22	11	51	1.73
142373--142435	30	2.1	30	96	0	117	20	6	4	68	1.31
143762--143793	17	1.9	16	93	6	55	12	6	0	81	0.87
144299--144708	163	2.5	162	88	4	583	54	7	10	28	1.61
144241--144720	163	2.9	163	84	7	580	53	7	10	28	1.62
147696--147732	15	2.4	16	90	9	67	18	27	5	48	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151369--151419	16	2.9	18	77	11	52	29	5	0	64	1.17
151707--151759	26	2.0	26	92	0	88	47	9	13	30	1.74
156499--156867	166	2.2	165	78	7	374	29	7	15	47	1.73
157622--157659	20	1.9	20	88	0	58	47	0	2	50	1.15

Tables:   1

The End!