Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold608
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 25298
ACGTcount: A:0.17, C:0.28, G:0.33, T:0.21
Found at i:787 original size:403 final size:403
Alignment explanation
Indices: 2--1128 Score: 1932
Period size: 403 Copynumber: 2.8 Consensus size: 403
1 T
* * * *
2 CGGTCTCTGCGTGCGCGATCGGTTGGCACGCGTGTGCGGGGTAACGGGGCATGGTCGTGCCGGAA
1 CGGTCGCTACGTGCGCGATCGTTTGGCACGCGTGTGC-GGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAA
* * *
67 GGCAAGGCTCGCACCTGCGGTGATGCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTCGGTAGTCCCGGTTGTG
65 GGCAAGGCTCGCACCTGCGGTGATTCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTAGGTTGTCCCGGTTGTG
*
132 GCGTGGGCAGAGGCTGCAGGTGAGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGT
130 GCGTGGGCAGAAGCTGCAGGTGAGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGT
*
197 GGCCCTTGCATCGGCAACGGTGGGCACGTCCTGCTGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCG
195 GGCCCTTGCATCGGCAACGGTGGGCACGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCG
262 CCTGGCATGGTTCGCGCCCCGGCAGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCA
260 CCTGGCATGGTTCGCGCCCCGGCAGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCA
327 ATCGTGGTTTTCAGTGACCGGATGCCCAGCTGCGGTGATGGAGACCCTACGCGGTCCAAGTGATC
325 ATCGTGGTTTTCAGTGACCGGATGCCCAGCTGCGGTGATGGAGACCCTACGCGGTCCAAGTGATC
392 CGTGGTGAGGCCCC
390 CGTGGTGAGGCCCC
406 CGGTCGCTACGTGCGCGATCGTTTGGCACGCGTGTGCGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAG
1 CGGTCGCTACGTGCGCGATCGTTTGGCACGCGTGTGCGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAG
471 GCAAGGCTCGCACCTGCGGTGATTCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTAGGTTGTCCCGGTTGTGG
66 GCAAGGCTCGCACCTGCGGTGATTCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTAGGTTGTCCCGGTTGTGG
*
536 CGTGGGCAGAAGCTGCAGGTGAGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCGGGCAGGGGCAGTCTCGTG
131 CGTGGGCAGAAGCTGCAGGTGAGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGTG
601 GCCCTTGCATCGGCAACGGTGGGCACGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCGC
196 GCCCTTGCATCGGCAACGGTGGGCACGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCGC
*
666 CTGGCATGGTTCGCGCCCCGGCAGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCGA
261 CTGGCATGGTTCGCGCCCCGGCAGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCAA
*
731 TCGTGGTTTTCGGTGACCGGATGCCCAGCTGCGGTGATGGAGACCCTACGCGGTCCAAGTGATCC
326 TCGTGGTTTTCAGTGACCGGATGCCCAGCTGCGGTGATGGAGACCCTACGCGGTCCAAGTGATCC
796 GTGGTGAGGCCCC
391 GTGGTGAGGCCCC
*
809 CGGTCGCTACGTGCGCGATCGTTTGGCACGCGTGTGTGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAG
1 CGGTCGCTACGTGCGCGATCGTTTGGCACGCGTGTGCGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAG
874 GCAAGGCTCGCACCTGCGGTGATTCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTAGGTTGTCCCGGTTGTGG
66 GCAAGGCTCGCACCTGCGGTGATTCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTAGGTTGTCCCGGTTGTGG
* *
939 CGCT-GGCAGATGCTGCAGGTGAGGGCGTGGCCTGGCCATTGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCG
131 CG-TGGGCAGAAGCTGCAGGTGAGGGCTTGGCCTGGCCA-TGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCG
* * * * *
1003 CGGCCCTTGCATCGGCAACGGTGGGCTCGTCTTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGTGCTCGATGT
194 TGGCCCTTGCATCGGCAACGGTGGGCACGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATG-
* * * *
1068 TCCTGTTCCTCGCACGGGTCGCGCCCCGGCAGAGTGTCCCTCTCGATTGAAATCCAGGTCG
258 --C-G--CCTGGCATGGTTCGCGCCCCGGC--AGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCG
1129 TGCCCAGCTG
Statistics
Matches: 688, Mismatches: 25, Indels: 12
0.95 0.03 0.02
Matches are distributed among these distances:
403 520 0.76
404 118 0.17
407 1 0.00
408 1 0.00
410 20 0.03
412 28 0.04
ACGTcount: A:0.13, C:0.29, G:0.37, T:0.22
Consensus pattern (403 bp):
CGGTCGCTACGTGCGCGATCGTTTGGCACGCGTGTGCGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAG
GCAAGGCTCGCACCTGCGGTGATTCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTAGGTTGTCCCGGTTGTGG
CGTGGGCAGAAGCTGCAGGTGAGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGTG
GCCCTTGCATCGGCAACGGTGGGCACGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCGC
CTGGCATGGTTCGCGCCCCGGCAGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCAA
TCGTGGTTTTCAGTGACCGGATGCCCAGCTGCGGTGATGGAGACCCTACGCGGTCCAAGTGATCC
GTGGTGAGGCCCC
Found at i:3690 original size:65 final size:65
Alignment explanation
Indices: 3580--3703 Score: 178
Period size: 65 Copynumber: 1.9 Consensus size: 65
3570 CACCGATAGC
* * *
3580 ACATGCGGAGGCCCAAGCGTGGGCAACGAGTCTCTCCCAACCATCCGGCCC-TCCCCCCTCTCTA
1 ACATGCGGAGGCCAAAGCGTGCGCAACGAGTCCCTCCCAACCATCCGGCCCTTCCCCCCTCTCTA
* * *
3644 ACATGCGGAGGGCCAAAGCGTGCGCAACGAGTCCCTCCCCAGCATCCGTCCCTTCCCCCC
1 ACATGCGGA-GGCCAAAGCGTGCGCAACGAGTCCCTCCCAACCATCCGGCCCTTCCCCCC
3704 AACCAAACGT
Statistics
Matches: 52, Mismatches: 6, Indels: 2
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
64 9 0.17
65 36 0.69
66 7 0.13
ACGTcount: A:0.19, C:0.44, G:0.23, T:0.15
Consensus pattern (65 bp):
ACATGCGGAGGCCAAAGCGTGCGCAACGAGTCCCTCCCAACCATCCGGCCCTTCCCCCCTCTCTA
Found at i:5849 original size:403 final size:401
Alignment explanation
Indices: 4996--6132 Score: 1604
Period size: 403 Copynumber: 2.8 Consensus size: 401
4986 AAACCTTGTC
* * * ** * *
4996 GCGGTGATGGAGACCCTGCGCGGTCCAGGTGATCCGTGGCAAGGTCCCCGGTCGCCGTATGCTGC
1 GCGGTGACGG-GACCCTACGCGGTCCAAGTGATCCGTGGTGAGGCCCCCGGTCG-C-TACG-TGC
* * * * * *
5061 -CGATCGCATGGCACGCGTGTGTGGGGCACAAGGGGCGTGGTCGTGCCGTAGGGTTAA-GCTTC-
62 GCGATCGCTTGGCACGCGTGTG-CGGGTA-ACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAGG-TAAGGC-TCG
* *
5123 CACCTGCGCTGATTCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTTGGTAGTCCCGGTTGTGGCGTGGGCAGA
123 CACCTGCGGTGATGCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAG-TGGTAGTCCCGGTTGTGGCGTGGGCAGA
*
5188 AGCTGCAGGTGGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCGT-GAGCAGGGGCAGTCTCGCGGCCCTTGCTT
187 AGCTGCAGGTGGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCC-TCGAGCAGGGGCAGTCTCGCGGCCCTTGCAT
* * * * *
5252 CGGCAACGGTGGGCTCGTCCCGCCGGTTGTCTGTCGGGGATTGTGCTCGATGCGCCTGGCATTGA
251 CGGCAACGGTGGGCTCGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCGCCTGGCATGGA
* * *
5317 TCGCGCCCCGGCAGAGTGTCCCTCTCGGTTAAGATCCAGGTCGCGCGTGCCTTGCGATCGTGGTT
316 TCGCGCCCCGGCA-AGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCGATCGTGGTT
*
5382 TTCGGTGGCCGGATGCCCAGCT
380 TTCGGTGACCGGATGCCCAGCT
* ** * *
5404 GCGGTGACGGGACCCTTCGCGGTCCAAGTGATCCGTGGTGAGGCCGTCGGTCTCTGCGTGCGCGA
1 GCGGTGACGGGACCCTACGCGGTCCAAGTGATCCGTGGTGAGGCCCCCGGTCGCTACGTGCGCGA
* *
5469 TCGGTTGGCACGCGTGTGCGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAGGCAAGGCTCGCACCTGCG
66 TCGCTTGGCACGCGTGTGCGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAGGTAAGGCTCGCACCTGCG
*
5534 GTGATGCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTCGGTAGTCCCGGTTGTGGCGTGGGCAGAGGCTGCAG
131 GTGATGCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGT-GGTAGTCCCGGTTGTGGCGTGGGCAGAAGCTGCAG
*
5599 GTGAGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGTGGCCCTTGCATCGGCAACG
195 GTG-GGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGCGGCCCTTGCATCGGCAACG
* *
5664 GTGGGCACGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCGCCTGGCATGGTTCGCGCCC
259 GTGGGCTCGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCGCCTGGCATGGATCGCGCCC
5729 CGGC-AGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCGATCGTGGTTTTCGGTGAC
324 CGGCAAGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCGATCGTGGTTTTCGGTGAC
5793 CGGATGCCCAGCT
389 CGGATGCCCAGCT
*
5806 GCGGTGATGAAGG-CCCTACGCGGTCCAAGTGATCCGTGGTGAGGCCCCCGGTCGCTACGTGCGC
1 GCGGTGACG--GGACCCTACGCGGTCCAAGTGATCCGTGGTGAGGCCCCCGGTCGCTACGTGCGC
* * * *
5870 GATCGCTTGGCACGCGTGTGTGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAGGTTAGGCTTGCTCCTG
64 GATCGCTTGGCACGCGTGTGCGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAGGTAAGGCTCGCACCTG
* * * ** *
5935 CGGTGATGCTGCCAAGTTCTCGAATTCGAGTGGATGGTCCCGGTTGTGGTGCAGGCAGATGCTGC
129 CGGTGATGCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTGG-TAGTCCCGGTTGTGGCGTGGGCAGAAGCTGC
*
6000 AGGTGCGGGCTTGGCCTGGCCGTTGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGCGGCCCTTGCATCGGCA
193 AGGTG-GGGCTTGGCCTGGCC-ATGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGCGGCCCTTGCATCGGCA
* *
6065 ACGCTGGGTTCGTCCTGCCGGTTGGCC-GTCGGGGATTGCGCTCCATGCGCCTGGCATGGATCGC
256 ACGGTGGGCTCGTCCTGCCGGTT-GCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCGCCTGGCATGGATCGC
6129 GCCC
320 GCCC
6133 GGGCTGAGTG
Statistics
Matches: 658, Mismatches: 60, Indels: 26
0.88 0.08 0.03
Matches are distributed among these distances:
402 84 0.13
403 276 0.42
404 229 0.35
405 24 0.04
406 1 0.00
407 35 0.05
408 9 0.01
ACGTcount: A:0.12, C:0.29, G:0.38, T:0.22
Consensus pattern (401 bp):
GCGGTGACGGGACCCTACGCGGTCCAAGTGATCCGTGGTGAGGCCCCCGGTCGCTACGTGCGCGA
TCGCTTGGCACGCGTGTGCGGGTAACGGGGCGTGGTCGTGCCGGAAGGTAAGGCTCGCACCTGCG
GTGATGCTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTGGTAGTCCCGGTTGTGGCGTGGGCAGAAGCTGCAGG
TGGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCGAGCAGGGGCAGTCTCGCGGCCCTTGCATCGGCAACGGT
GGGCTCGTCCTGCCGGTTGCCTGTCGGGGATTGCGCTCCATGCGCCTGGCATGGATCGCGCCCCG
GCAAGTGTCCCTCTCGATTAAAATCCAGGTCGCGCGAGCCTTGCGATCGTGGTTTTCGGTGACCG
GATGCCCAGCT
Found at i:16610 original size:415 final size:417
Alignment explanation
Indices: 16125--16880 Score: 946
Period size: 415 Copynumber: 1.8 Consensus size: 417
16115 TGTCGTGGTC
* *
16125 TGTGGTCGATGCGCCTGGCATTGATCGCGCCCCGGCAGAGATTTGTCCCTCCGGTTAAGATCCCG
1 TGTGCTCGATGCGCCTGGCATTGATCGCGCCCCGGCAGAG--TTGTCCCTCCGGTTAAGATCCAG
*
16190 GTCGCG-GTGCCTTACGGATCGTGG-TTTCGGTGGCCCGG-CTG-CCAG-TGCGGTGACGGGACC
64 GTCGCGCGTGCCTTAC-G-TCGTGGTTTTCGGT-GACCGGACTGCCCAGCTGCGGTGACGGGACC
*
16250 CTTCCACGAGGTCCAAGTGATCCGTGTTGAGG-CGTCGGTCTCTGC-GTGC-C-GATCGGTTGGC
126 CTT-CACGAGGT-CAAGTGATCCGTGGTG-GGCCGTCGGTCTCTGCTGTGCGCGGATCGG--GG-
** * * *
16311 ATCGTGTGCGGGTG-G-GTAAC-GTGC-GTGGTCGTGCCGGAAGGAAGGCTCGCAC-GC-GGTGA
185 -T-GTGCACGGCTGCGCGTAACGGGGCGGTGGTC-CGCCGGAAGGAAGGCTCGCACAGCGGGTG-
* *
16370 TGC-TGCCAAGTTCCCGACTTCGA-TCGG-T-AGTCCCGGTTGTGGC-GTGGGGCAAGGAGG-CT
246 CGCTTGCCAAGTTCCCGAATTCGAGTCGGTTAAGT-CCGGTTGTGGCAGT-GGGC-A-GAGGTCT
16429 GCAGT-TGAGGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCTAGCAGGGGCAGGTTCTCGCGGCCCTGCTGCT
307 GCAGTGTG-GGGCTTGGCCTGGCCATGCCCCTCTAGCAGGGGCAGGTTCTCGCGGCCCTGCTGCT
16493 GCAAGGTGGGCTCCCCGCGGTGTCTGTCGGGGATGGGGATGGGGGAT
371 GCAAGGTGGGCTCCCCGCGGTGTCTGTCGGGGATGGGGATGGGGGAT
* *
16540 TGTGCTCGATGCGCCTGTTCATTGATCGCCGCCCCGGGCAGAG-TGTCCCTTCGGTTAAGATCCA
1 TGTGCTCGATGCGCCTG-GCATTGATCG-CGCCCC-GGCAGAGTTGTCCCTCCGGTTAAGATCCA
* *
16604 GGTCGCGCGTGCCTTGCGTCGTGGTTTTCGGTGACCGGATTGCCCAGCTGCGGTGACGGGACCCT
63 GGTCGCGCGTGCCTTACGTCGTGGTTTTCGGTGACCGGACTGCCCAGCTGCGGTGACGGGACCCT
* **
16669 TCGCTTGGTCAAGTGATCCGTGGTGGGCCGTCGGTCTCTGCTGTGCGCGGATCGGGGTGTGCACG
128 TCACGAGGTCAAGTGATCCGTGGTGGGCCGTCGGTCTCTGCTGTGCGCGGATCGGGGTGTGCACG
*
16734 GCTGCGCGTAACGGGGCGGTGGTCCGCCGGAAGGCAGGCTCGCACATGGCGGGTGCGCTTGCCAA
193 GCTGCGCGTAACGGGGCGGTGGTCCGCCGGAAGGAAGGCTCGCACA--GCGGGTGCGCTTGCCAA
*
16799 GTTCCCGAATTCGAGTCGGTTAAGTCCGGTTGTGGCAGTGGGCAGAGGTTTGCAGTGTGGGGCTT
256 GTTCCCGAATTCGAGTCGGTTAAGTCCGGTTGTGGCAGTGGGCAGAGGTCTGCAGTGTGGGGCTT
16864 GGCCTGGCCATGCCCCT
321 GGCCTGGCCATGCCCCT
16881 GAGCGGGGCA
Statistics
Matches: 294, Mismatches: 20, Indels: 48
0.81 0.06 0.13
Matches are distributed among these distances:
413 8 0.03
414 15 0.05
415 85 0.29
416 54 0.18
417 31 0.11
418 13 0.04
419 4 0.01
420 27 0.09
421 34 0.12
422 18 0.06
423 5 0.02
ACGTcount: A:0.12, C:0.27, G:0.38, T:0.23
Consensus pattern (417 bp):
TGTGCTCGATGCGCCTGGCATTGATCGCGCCCCGGCAGAGTTGTCCCTCCGGTTAAGATCCAGGT
CGCGCGTGCCTTACGTCGTGGTTTTCGGTGACCGGACTGCCCAGCTGCGGTGACGGGACCCTTCA
CGAGGTCAAGTGATCCGTGGTGGGCCGTCGGTCTCTGCTGTGCGCGGATCGGGGTGTGCACGGCT
GCGCGTAACGGGGCGGTGGTCCGCCGGAAGGAAGGCTCGCACAGCGGGTGCGCTTGCCAAGTTCC
CGAATTCGAGTCGGTTAAGTCCGGTTGTGGCAGTGGGCAGAGGTCTGCAGTGTGGGGCTTGGCCT
GGCCATGCCCCTCTAGCAGGGGCAGGTTCTCGCGGCCCTGCTGCTGCAAGGTGGGCTCCCCGCGG
TGTCTGTCGGGGATGGGGATGGGGGAT
Done.