Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: Scaffold699
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 898
Length: 1497
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.24, T:0.29
Found at i:795 original size:328 final size:328
Alignment explanation
Indices: 5--1493 Score: 2271
Period size: 328 Copynumber: 4.6 Consensus size: 328
1 CAGT
* *
5 ACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTCGTAGTTAAGCGTGCTTGGGC-AGAGTAGTACTAGGA
1 ACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGA
* *
69 TGGGTGACCTCTTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTCG
66 TGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATGTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTCG
*
134 TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATG-AAAATTTTC-GAAAGCCTTATTAA-TGAAA
131 TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAACTG---
* * * *
196 AAAAAACCGAATCAGCT-CCGTTTAACCGAGTAAAATACAAACCCGTGAGACATGGGCCCTCAAG
193 AAAAAACCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACCCGTGAGACATGAGCCCACAAG
* * *
260 GGTGACAGAACGAGAAA-GATGGTATTTTTAGTTTTGGTATGGC-AAAGGGGATGGGTGCGATCA
258 GGTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAG-TTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCA
* *
323 AACCAGT
322 TACCAGC
* *
330 ACTAA-GCACCGGATCCCATCAGAACTTCGTAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGA-TAGTACTAGGA
1 ACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGA
* *
393 TGGGTGACCTCTTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTCG
66 TGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATGTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTCG
* * *
458 TTTGATTTGGGTTGACGTGTCACATAATTTTCT-AAAAAATTTTCGGAAAGCCTTATTAACTGAA
131 TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAA-TTTCGGAAAGCCTTATTAACTGAA
* * * * * *
522 AAAATCGAATCAGCTGACGTTTCATCGAGTAAAATAGAAACCCGTGAGACATGGGACCACATGGG
195 AAAACCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACCCGTGAGACATGAGCCCACAAGGG
* * *
587 TGACAGAGCGAGAAAGGTTGGTATTTGTAGTTTGTTATTGCAAAAGGTGATGGGTGCGATCATAC
260 TGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATAC
652 CAGC
325 CAGC
* * * * *
656 ACTAATGCACCGGATCCCTTCAGAACTCCGCAGTAAAGCGTGCGTGGGTGAGAGTAGTGCTAGGA
1 ACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGA
* * * *
721 TGGGTAACCTCCTGAGAAGTCCTCGTGTTGCGCCCCATGTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCCCG
66 TGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATGTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTCG
786 TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAACTGAAA
131 TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAACTGAAA
* * * * * *
851 AAACCAAATTAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACCCATGAGGCATGAGCTCGCAAGGGT
196 AAACCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACCCGTGAGACATGAGCCCACAAGGGT
*
916 GACAGAGCGAGAAAGGATGCTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATACC
261 GACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATACC
981 AGC
326 AGC
* *
984 ACTAATGCCCCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGACGAGAGTAGTACTAGGA
1 ACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGA
* *
1049 TGGGTGACTTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCG-TTTTAGTTTTTATTTTTTAACCTC
66 TGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCAT-GTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTC
* **
1113 GTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTACGGAAAGCCTTACAAACTGAA
130 GTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAACTGAA
* * * * *
1178 CAGACTGAATCAGTTGACGTTTAATTGAGTAAAATACAAACCCGTGAGACATGAGCCCACAAGGG
195 AAAACCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACCCGTGAGACATGAGCCCACAAGGG
*
1243 TGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTCGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATAC
260 TGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATAC
1308 CAGC
325 CAGC
*
1312 ACTAATGCCCCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGA
1 ACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGA
* * * *
1377 TCGGTCACCTCCTAGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATGCTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTCG
66 TGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATGTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTCG
1442 TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCC
131 TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCC
1494 CTTA
Statistics
Matches: 1063, Mismatches: 88, Indels: 23
0.91 0.07 0.02
Matches are distributed among these distances:
324 169 0.16
325 77 0.07
326 55 0.05
327 44 0.04
328 711 0.67
329 7 0.01
ACGTcount: A:0.28, C:0.19, G:0.24, T:0.29
Consensus pattern (328 bp):
ACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTACTAGGA
TGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATGTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCTCG
TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAACTGAAA
AAACCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACCCGTGAGACATGAGCCCACAAGGGT
GACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATACC
AGC
Done.