genome.fa.s740.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold740
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  167615

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 139 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10243--10363	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
10243--10383	52	2.7	51	87	4	203	30	17	18	34	1.94
10372--10396	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10461--10485	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
10439--10505	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
11317--11755	49	8.9	52	78	9	401	32	16	25	25	1.96
11447--11514	22	3.1	22	62	19	52	30	17	25	26	1.97
11376--11755	49	7.9	49	81	8	424	31	17	25	25	1.97
11370--11765	98	4.1	95	87	7	543	32	16	25	25	1.97
11753--11821	33	2.1	34	94	2	122	23	17	33	26	1.96
11863--11944	40	2.0	40	88	4	121	47	9	24	18	1.78
11836--12859	34	30.9	34	77	14	790	32	12	34	20	1.91
11904--12028	66	1.9	66	81	5	153	34	12	33	20	1.89
12309--12362	27	2.0	27	92	0	90	22	14	40	22	1.90
12268--12391	61	2.0	61	85	4	169	33	12	33	20	1.91
11836--12659	359	2.3	362	94	3	1444	32	12	34	20	1.90
12270--12854	98	6.1	97	83	10	661	30	13	35	20	1.91
12633--12684	27	1.9	27	96	0	95	17	17	40	25	1.90
12731--12782	27	1.9	27	96	0	95	17	17	40	25	1.90
13825--13862	1	38.0	1	89	0	58	0	0	5	94	0.30
13826--13864	19	2.1	19	95	0	69	0	0	7	92	0.39
13904--13942	18	2.2	18	90	0	60	0	7	5	87	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17874--17916	21	2.0	21	100	0	86	27	20	23	27	1.99
21147--21267	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
21147--21287	52	2.7	51	87	4	203	30	17	18	34	1.94
21276--21300	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
21365--21389	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
21343--21409	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
22179--22228	26	1.9	26	91	0	82	40	8	4	48	1.51
22640--22673	16	2.1	16	88	0	50	44	0	2	52	1.16
22881--22964	16	5.2	16	77	5	71	39	30	15	14	1.87
22881--22964	32	2.6	32	80	10	100	39	30	15	14	1.87
23940--24060	16	7.5	17	68	12	85	41	29	15	13	1.85
23937--24058	48	2.5	49	78	4	140	41	29	16	12	1.85
23943--24058	32	3.6	32	79	4	110	42	29	15	12	1.84
24705--24747	19	2.1	21	87	12	63	20	2	2	74	1.04
28363--28828	166	2.8	165	80	4	449	28	10	9	51	1.67
29340--29365	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
31592--31636	20	2.1	21	84	8	56	55	4	20	20	1.60
33440--33470	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
35542--35567	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
37999--38049	20	2.5	20	87	6	68	35	17	15	31	1.92
38120--38145	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
39237--39294	21	2.8	21	84	5	73	79	1	18	0	0.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39264--39294	12	2.7	12	95	5	55	87	0	12	0	0.55
40528--40563	16	2.3	16	90	4	56	69	0	8	22	1.15
45141--45310	35	5.1	34	80	14	194	44	5	29	20	1.73
45176--45302	62	2.1	61	89	4	193	44	5	29	20	1.74
45108--45310	97	2.1	96	97	0	379	44	5	30	20	1.74
46521--47028	79	6.4	79	93	0	845	26	25	15	32	1.95
46960--47074	51	2.2	52	86	4	153	27	21	13	36	1.92
46960--47106	51	2.9	51	79	7	147	27	21	12	38	1.90
53168--53356	55	3.3	55	85	11	281	28	28	21	22	1.99
53163--53696	216	2.4	210	83	11	671	26	30	19	23	1.98
53467--53684	55	4.0	55	91	4	352	27	29	22	20	1.98
53373--53684	109	2.7	110	86	8	423	27	30	20	21	1.98
53602--53782	100	1.9	93	86	10	256	25	30	19	23	1.98
53765--53897	42	3.2	41	77	14	148	20	28	12	38	1.89
54561--54626	21	3.5	20	65	26	54	46	6	27	19	1.73
54558--54727	35	5.1	34	80	14	194	44	5	28	21	1.74
54596--54717	62	2.0	61	88	4	183	45	5	27	21	1.74
54525--54727	97	2.1	96	95	0	361	44	5	29	20	1.73
55934--56440	79	6.4	79	91	0	818	27	25	14	32	1.95
56372--56518	52	2.8	50	81	9	170	27	22	12	37	1.91
56372--56507	51	2.6	51	82	6	168	27	23	13	35	1.93
61010--61170	87	1.8	88	80	4	191	22	13	16	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62758--63182	44	9.7	43	70	9	239	20	22	16	41	1.90
62635--63183	132	4.2	132	83	2	638	20	22	15	41	1.90
62635--63183	88	6.2	86	72	8	327	20	22	15	41	1.90
63109--63199	44	2.1	44	85	8	123	18	21	19	39	1.92
63279--63400	41	2.9	43	72	14	119	17	23	13	45	1.83
64574--64920	154	2.3	151	79	7	359	29	10	8	51	1.66
67672--67810	69	2.0	69	100	0	278	23	20	12	43	1.86
73277--73301	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
73290--73389	43	2.3	43	100	0	200	28	24	19	29	1.98
78242--78396	69	2.3	68	78	4	152	24	10	23	41	1.85
91429--91486	21	2.8	21	97	0	107	32	10	18	37	1.85
91541--91608	19	3.9	19	76	21	76	36	11	13	38	1.81
91562--91586	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
91543--91605	32	2.0	32	93	0	108	36	12	14	36	1.84
94176--94361	52	3.6	51	83	2	201	29	25	11	33	1.91
94385--94454	28	2.5	28	88	9	99	22	34	17	25	1.96
94006--94505	263	1.9	262	87	3	738	29	27	12	31	1.93
94408--94612	79	2.6	79	84	1	250	23	28	17	29	1.97
98585--98610	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
98564--98628	32	2.0	33	93	6	114	27	12	15	44	1.82
98564--98628	19	3.6	19	73	26	70	27	12	15	44	1.82
101198--101235	13	2.9	13	88	0	58	34	15	15	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
107384--107409	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
116997--117049	11	4.8	12	71	19	53	84	13	0	1	0.69
117000--117047	9	4.9	9	78	16	51	85	12	0	2	0.69
116997--117049	21	2.5	21	87	0	79	84	13	0	1	0.69
116998--117049	17	3.3	16	78	19	56	86	11	0	1	0.65
116997--117055	21	2.9	19	82	9	64	84	11	1	1	0.77
118160--119024	59	14.9	59	87	5	1049	26	28	20	24	1.99
118021--119025	178	5.8	177	87	5	1235	26	27	20	25	1.99
119691--119731	20	2.0	20	100	0	82	24	9	29	36	1.87
119748--119824	21	3.7	21	89	3	111	35	12	16	35	1.88
119860--119914	19	2.9	19	94	0	92	36	10	12	40	1.79
119954--119979	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
122425--122500	27	2.8	27	88	6	100	25	32	19	22	1.97
122485--122704	52	4.2	52	78	6	187	31	25	9	33	1.88
122694--122763	28	2.5	28	88	0	95	22	35	17	24	1.95
122314--122814	263	1.9	263	88	1	754	28	26	12	32	1.92
122717--122921	79	2.6	79	79	1	205	24	28	16	30	1.97
124013--124052	20	2.0	21	85	5	55	57	22	0	20	1.41
124806--124934	52	2.5	52	88	0	195	29	16	17	36	1.92
125020--125082	19	3.7	18	76	24	73	33	19	12	34	1.89
125013--125096	32	2.6	32	98	0	159	34	17	13	34	1.89
125039--125095	13	3.9	13	76	24	60	33	17	14	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125848--126545	49	14.8	49	81	9	685	30	18	25	25	1.97
125999--126547	43	12.1	42	78	12	409	30	18	25	25	1.98
125848--126545	92	7.4	92	80	11	570	30	18	25	25	1.97
126551--126685	33	4.2	33	86	2	159	21	19	30	28	1.97
126692--126832	27	5.0	27	84	8	183	30	13	34	21	1.92
126714--126856	27	4.7	32	81	13	144	32	11	34	20	1.89
126807--127234	62	6.9	62	92	2	655	29	17	29	23	1.97
128550--128584	17	2.1	17	88	0	52	0	0	17	82	0.66
128548--128595	24	2.0	24	83	0	60	2	4	16	77	1.03
135510--135638	52	2.5	52	90	0	213	28	17	18	35	1.93

Tables:   1   2