Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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* * * * * * * * *
64 ACCAACCCTAATGCTCTGGATCCCATCGGAACTCCGCAGTTTAGCATGCTTGGGCGAGGGTAGTA
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
129 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGC-CCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTTA
130 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-TTTTTA
*
193 ACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAAC-TTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAA
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*
257 CTGAAAAAAACCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCA
259 CTG-AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCA
322 CAAGG
323 CAAGG
** * *
327 GTG--AGAGCGAGATGGGATGGTA-TTGTATTTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCAT
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTA-GTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCAT
* * * *
389 ACCAGCACTAATGCGCCAGATCCCATCAAAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGC-AGTGTAGTA
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
* * * * *
453 CTAGGATCGGTGACCTCTTGGGAAGTCCTCGTGTTACACCTCATCTTTTTAATTTTTAATTTTAA
130 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTAA
* * * *
518 CCTCGTTTGATTTGGGTTGACGTGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTTGG-AAGCC-TATTAAC
195 CCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAAC
* * * * *
581 TGAAAAAATAGAACCAGATGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACTCGTGAGACATGGGCCCACA
260 TGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCACA
646 AGG
325 AGG
* * *
649 GTGACATAGCGAGAAAGGATGGCATTTGTAGTTTGTTTTGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
* * * *
714 TCAGCACTAATGCACTGGATCCCATCAGAACTTTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAATAC
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTAC
* *
779 TAGGATGGGTGACCT-CTAGGAAGTTCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTAAC
131 TAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTAAC
*
843 CCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGG-AAGCCTTATTAACT
196 CTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAACT
** * *
907 GAAAAACCCGAATCACCTGACGTTCAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCAC-A
261 GAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCACAA
971 GG
326 GG
*
973 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTA-TTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
* * * * *
1037 CCAGCACTAATG--CGGGATCCCATCAAAACTCCGCAGTTTAGGCGTGCTTGGGC-AGCGTAGTA
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAG-TTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
* * * *
1099 CTAGGATCGGTGACCT-CTTGGAAGTCCTCGCGTTGCATCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTCA
130 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTT-A
* *
1163 ACTCTCCTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTA
194 AC-CTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTA
1228 AC---------CGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCA
258 ACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCA
1284 CAAGG
323 CAAGG
* * *
1289 GTGACTGAGCGAAAGAAATGATGGTATTTGTAG-TTGTTATGGCAGAAAGGGATGGGTGTGCGAT
1 GTGACAGAGCG--AGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGAT-GG-GTGCGAT
* * * *
1353 CATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGTAGTTAAGCGTGCTTGGGTGAGAATA
62 CATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTA
* * * *
1418 GTACTAGGAT-GGTGACCT-CTTGGAAGTCCTCGTGTTGCCCCCCAACTTTTTAATTTTTTTTTT
127 GTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTT
* * *
1481 TCACCTCG-TGGATTTGGGTTGACGAGT-ACAT-ATTTTATGAAAAAATTTCGAAAAGCCTTATT
192 TAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
* * * * *
1543 AAGTGAAAAAAAAACCGAATCATCTGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACCCGTGAGAC-TGAG
257 AACTG---AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGG
1607 CCCACAAGG
319 CCCACAAGG
*
1616 GTGGACTGAGCGAGAAAGG-TGGTATTTGTAGTTT-TTATGTGCAAAAAGGGATGGGTTGCGATC
1 GT-GACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATG-GCAAAAAGGGATGGG-TGCGATC
* * * *
1679 ATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGTCTTAG-TAAGCGTGCTTTGGTGAGAA
63 ATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTG-C--AGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAG
* * *
1743 TAGTACTAGGATGGGTGACCTCTTGGGAAGTCCTCGTGTTGCCCCCCAACTTTTTAATTTTTATT
125 TAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-T
* *
1808 TTTTCACCTCG-TGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATG-AAAAATTTCGGAAAGCCTT
189 TTTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTT
* * * *
1871 ATTAAGTGAAAAAATC--ATCATCTGACGTTTAATCGAGTTAGTAAAAGACAAACCCGTGAGACA
254 ATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATC--G--AGTAAAATATAAACCCGTGAGACA
*
1934 TGAGCCCACAAGTG
315 TGGGCCCACAAG-G
* * * * * * *
1948 GCTGACAGAGCGAGAAAAGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATCCGTTGCGCT-A
1 G-TGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGAT-GGGTGCGATCA
* *
2012 TTACCAGCACTAAT-CACCGAAT-CCATCAGAACTC-GCAGTTAACCGTGCTTGGGCGAGAGTAG
64 -TACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAG
2074 TACTAGGATGGGTGACCTCC-GGGAAGTCCTCGT-TTGC-CCCCATCTTTTTAATTTATT-TTTT
128 TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTT-TTATTTT
* *
2135 TAACCCCGTTGGATTTGGATTGACGAGTCACATAAC-TTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
192 TAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
* *
2199 AACTGAAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATATCGAGTAAAATA-AAAACCGTGAGACATGAG
257 AACTG-AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTT-A-ATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGG
2263 CCCACAAGG
319 CCCACAAGG
* *
2272 GTGACAGAGC-AGAAAGGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGC-AAAAGGTGATGGGTGCGATCAT
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGG-GATGGGTGCGATCAT
* *
2335 ACCAGCATTAATGCACCGGATCCCATCAGAACT-TCGCAGGTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGT
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCT-GCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGT
* * **
2399 ACTAGGATGGGTGACCTCCTGAGAATTCCTCGTGTTGCACCTTATCTTTTTAATTTTTATTTTTT
129 ACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-TTTTT
* * *
2464 AACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAATTCGAAAAGCCTTATCA
193 AACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTA
* * * * * *
2529 ACTGAAAAAATCGAATCAGTTGACTTTTAGTCGAGTAAAATATAAACCTGTGAGGCAAGGGCCCA
258 ACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCA
*
2594 CAAAG
323 CAAGG
* * * * * *
2599 GTGACAGAGAGAGAGAGGATGGTTATTTATATTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGTGTGCGATCAT
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGG-TATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCAT
* * * * * * * * *
2664 ACCAACCCTAATGCTCTGGATCCCATCGGAACTCCGC-GTTTAGCAT-CTTGGGCGAGGGGGTAG
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA--GAGTAG
2727 TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGC-CCCCAT-TTTTTAATTTTTATTTTT
128 TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-TTTT
*
2790 TAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
192 TAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
* * *
2855 AACTGAAAAAACCGAATCAGCCGACGTTTTAATTGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGG-C
257 AACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACG-TTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCC
2919 CACAAGG
321 CACAAGG
*
2926 G-GACAGAGCGAGAAAAAGGATGGTA-TTGTAGTTTTTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCA
1 GTGACAGAGCGAG--AAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCA
* *
2989 TTACCAGCA-TAATGCACCGGATCCCATCAAAACTCTGCAGTTAAACGTGCTTGGGCGAGGAGTA
64 -TACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA-GAGTA
* *
3053 GTACTTGGATGGGTGAGCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTT
127 GTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-TTT
*
3118 TTAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAATTTCGGAAAGCCTTA
191 TTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATG-AAAAAATTTCGGAAAGCCTTA
* *
3183 TTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATAAAAACCCGTGAGACATGAGC
255 TTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGC
*
3248 CCACAATG
320 CCACAAGG
* * *
3256 GTGACAGAGCGAGAAAGGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
* *
3321 CCAGCATTAATGCA-CGGATCCCATCAGAACT-TCGCAGGTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTTAGT
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCT-GCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAG-TAGT
* *
3384 ACTAGGA-GGGTGACCTCCTGAGAAGTCCT-GTGTTGCA--CCTTCTTTTT-ATTTTTATTTTTT
129 ACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-TTTTT
* * *
3444 AACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAATTCGAAAAGGCCTTATC
193 AACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAA-GCCTTATT
* * * * *
3509 AACTGAAAAAATCGAATCAGTTGACGTTTAGTCGAGAGTAAAATATAAACCTGTGAGGCAAGGGC
257 AACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATC--GAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGC
3574 CCACACA-G
320 CCACA-AGG
* * * * *
3582 GTGACAGAGCGAGAGAGGATGGTATTTATATTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGTGTGCGATC-TA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
* * * * * * * * *
3646 CCAACCCTAATGCTCTGGATCCCATCGGACACTCCGCAGTTTAGCATGCTTGGGCGAGGGTAGTA
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGA-ACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
*
3711 CTAGGATGGGTTGACCTCCTGGGAAGTCCTCG-GTTGCCCCCCATCTTTTTAA-TTTTATTTTTT
130 CTAGGATGGG-TGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-TTTTT
*
3774 AACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATG-AAAAATTTCGGAAAGCCTTATTA
193 AACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTA
* * *
3838 ACTGAAAAAACCGAATCAGCCGACGTTTAATTGAGTAAAATATAAACCCGTGTGAGACATGGGCC
258 ACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCC--GTGAGACATGGGCC
3903 CACAAGG
321 CACAAGG
*
3910 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTTTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
* *
3975 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAAAAACT-TGCAGTTAAACGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATC-AGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
* * * *
4039 CTTGGATGGGTGAGCTCCTGGGAAGTCCTCG-GTTGCCACCCCAACTTTCTAA-TTTT-TTTTTA
130 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTG-CACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTA
* * *
4101 ACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGTGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTTGGAAAGCCTTATTAA
194 ACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAA
* * *
4166 CTGAAAAAATCGAACCAGCTGACGTTTAATCTAGTAAAATA-CAACCCGTGA-ACATGGGCCCAC
259 CTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCAC
4229 AAGG
324 AAGG
* * *
4233 GTGACAGGAGCGAGAAAAGATGGCATTTGTAGTTTGTT-TGGC-AAAAGGGATGGTTGCGATCAT
1 GTGACA-GAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCAT
* * *
4296 ATCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTGC-GCCGTTAAGAGTGCTTGGGCGGAGAGTCA
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACT-CTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGC-GAGAGT-A
*
4360 GTACTAGGATGGGTGACCTCC-GGGAAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTTTTT
127 GTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGG-AAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTT
* *
4424 TTAACCCCGTTGGATTTGGATTGACGAGTCACATAACTTTATG-AAAAATTTCGGAAAGCCTTAT
191 TTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTAT
* * *
4488 TAACTGAAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGCGTAAAATAAAAACCCGTGAGACATGAGC
256 TAACTG-AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGC
4553 CCAC-AGG
320 CCACAAGG
* * *
4560 GTGACAGAGC--GAAAGGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
* * *
4623 CCAGCATTAATGCACCGGATCCCATCAGAACT-TCGCAGGTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTATTA
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCT-GCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
* **
4687 CTAGGATGGGTGACCTCCTGAG-AGTCCTCGTGTGTTGCACCTTATCTTTTTAATTTTTATTTTT
130 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTC--GTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-TTTT
* * *
4751 TAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAATTCGAAAAGCCTTATC
192 TAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
* * * *
4816 AACTGAAAAAAATCGAATCAGTTGACGTTTAGTCGAGTAAATATATAAA-CCGTGAGGCAAGGGC
257 AACTG-AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAA-ATATAAACCCGTGAGACATGGGC
*
4880 CCACAAAG
320 CCACAAGG
* * * * * *
4888 GTGACAGAGAGAGAGGAGGATGGTATTTATATTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGTGTGCGATCAT
1 GTGACAGAGCGAGA-AAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCAT
* * * * * * * * * *
4953 ACCAACCCTAATGCTCTGGATCCCATCGGAACGCCGCCAGTTTAGCATGCTTGGGCGTAGGGTAG
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTG-CAGTTAAGCGTGCTTGGGCG-AGAGTAG
*
5018 TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCCCCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTT
128 TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTT
5083 AACC-CGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAA-TATTATGAAAAAATTTCGGAAAAGCCTTAT
193 AACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACT-TTATGAAAAAATTTCGG-AAAGCCTTAT
* * * **
5146 TAACTGAAAAAAACCGAATCAGCCGACGTTTAATTGAGT-AAA-A-AAACAAG-GAGACATGGGC
256 TAACTG-AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGC
5207 CCACAAGG
320 CCACAAGG
*
5215 GTGACAGAGCGA-AAAGGATGGTA-TTGTAGTTTTTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
* *
5278 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAAAACTCTGCAGTTAAACGGTGCTTGGGC--GAG-AGTA
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGC-GTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
* *
5340 CT-GGATGGGTG-CGCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCAAC---CTAA-TTTT-TTTTTA
130 CTAGGATGGGTGAC-CTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTA
* *
5398 ACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGTGTCACATAACTTTATTATGAAAAAAATTTTGGAAAGCCTTA
194 ACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAAC--T-TTATG-AAAAAATTTCGGAAAGCCTTA
* * * *
5463 TTAACTGAAAAAATCGAACCAGCTGACGTTTAATCTAGTAAAATACAAACCCGTGAAAACATGGG
255 TTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTG-AGACATGGG
5528 CCCCCACAAGG
319 --CCCACAAGG
* * *
5539 GTGACAGAGCGA-AAA-GATGGCA-TTGTAGTTTGTTTTGGACAAAAGGGGATGGGTGCGATCAT
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGG-CAAAAAGGGATGGGTGCGATCAT
* *
5601 ATCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTGC-GC-GTTAAGAGTG--TGGGCGAGAGTAGT
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACT-CTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGT
5662 ACTAGGATGGGTGACCTCC-GGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTT
129 ACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTA-TTTTT
* * *
5725 ACCCGTTGGTTGGATTTGGATTGACGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCT
193 AACC--TCGTTGGATTTGGGTT---GACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAG-C-
*
5790 TTTACTTAAGCCTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATAAAAACC
251 ----C-T-----TATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACC
*
5855 CGTTGAGACATGAGCCCACAAGG
306 CG-TGAGACATGGGCCCACAAGG
* * *
5878 GTGACAGAGCGAGAAAGGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGCCAAAAGGGGATGGGTGCGATCAT
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGG-CAAAAAGGGATGGGTGCGATCAT
* *
5943 ACCAGCATTAATGCACCGGATCCCATCAGAACT-TCGCAGGTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGT
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCT-GCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGT
** *
6007 ACTAGGAT-GGTGACCTCCTGAGAGAAGTCCTCGTGTTTGCACCTTATCTTTTTAACTTTTTTTT
129 ACTAGGATGGGTGACCTCCTG-G-GAAGTCCTCGTG-TTGCACCCCATCTTTTTAA-TTTTTATT
*
6071 TTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAAACTTTATGAAAAAA-TTCGAAAAGCCTT
190 TTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACAT-AACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTT
* * * *
6135 ATCAACTGAAAAAATCGAATCAGTTGACGTTTAGTCGAGT-AAATATAAACCCGTGAGACATGAG
254 ATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGG
6199 CCCACAAGG
319 CCCACAAGG
* *
6208 GTGACAGGAGCGAGACAGAAAAGGCTAGTAGTTTGTAGTTTGTTATGGC-AAAAGGGATGGGTGC
1 GTGACA-GAGC--G--AG-AAAGGATGGTA-TTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGC
* *
6272 G-TCATACCAGCATTAATGCACCGGATCCC-TCAGAACT-TCGCAGGTAAGCGTGC-TGGGC--G
59 GATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCT-GCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAG
*
6331 AGTAGTACT-GGATGGGTGACCTCCTGGGGAAGTCCTCGTGTTGCCCCCCATCTTTTT--TTTTT
123 AGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCT-GGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTT
*
6393 ATTTTTTAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGA-TCACATTAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAG
187 A-TTTTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACA-TAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAG
*
6457 CCTTATTAACTGAAAAAAACGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGT-AAATATTAAACCCGTGAGAC
250 CCTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATA-TAAACCCGTGAGAC
6521 ATGGGCCCACAAGG
314 ATGGGCCCACAAGG
** *
6535 GTGAC-GAGCGAGATGGGATGGTATTTGTATTTTGTTATGGC-AAAAGGGATGGGTGCGATCATA
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* *
6598 CCAGCACTAATGCGCCGGATCCCATCAAAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGC-AG-GTTAGAT
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAG-T--A-
* * * *
6661 GTACTAGGA-CGGTGACTTCTTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CTCATCTTTTTAATTTTTTAATT
127 GTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAA-TTTTT-ATT
* * * * *
6724 TTTAA-CTCGTTTGATTTGGCTTGACGTGT-ACATTAATTTTATGAAAAAAATTTTGGAAAGCCT
190 TTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACA-TAACTTTATG-AAAAAATTTCGGAAAGCCT
* * * * *
6787 TATTAACT-AAAAAATAGAACCAGGATGACGTTTAATCGAGTATTAAAATACAAACTCGTGAGAC
253 TATTAACTGAAAAAATCGAATCA-GCTGACGTTTAATCGAG---TAAAATATAAACCCGTGAGAC
6851 ATGGGCCCACAAGG
314 ATGGGCCCACAAGG
* * * *
6865 GTGACATAGCGAGGAAGGATGGCATCCATTGTAGTTTGTTTTGGCCAAAAAGGGATGGGTGCGAT
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTAT---TTGTAGTTTGTTATGG-CAAAAAGGGATGGGTGCGAT
* * * *
6930 CATATCAGCACTAATGCACTGGGATCCCATCAGAACTTTGCAGTTAAGAGTGCTTGGGCGAGAGT
62 CATACCAGCACTAATGCAC-CGGATCCCATCAGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGT
* *
6995 CGAGAGAGTCATACTAGGATGGGTGACCCCTCCTAGGAAGTTCTCGTGTTTGCACCCCATCTTTT
126 ------AG---TACTAGGATGGGTGA--CCTCCTGGGAAGTCCTCGTG-TTGCACCCCATCTTTT
* * *
7060 TATTTTTTATTTTTTAACCCCGTTGGA-TT-GGTTGATTGTGAGTCACATAACTTTATGAAAAAA
179 TAATTTTTA-TTTTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGA---CGAGTCACATAACTTTATGAAAAAA
* * *
7123 TTTCGGAAAGCTCTTATTAACTG-AAAAACCGAATCACCTGACGTTCAATCGAGTAGGAAAATAT
240 TTTCGGAAAGC-CTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGT---AAAATAT
*
7187 AAACCCGGTGAGATC-TGGGCCCCCAAGG
301 AAACCC-GTGAGA-CATGGGCCCACAAGG
* * * * *
7215 GGGACAGAGCGAGAAAGGCTGGTATTTGTATTTTGTTATGGC-AAAGGGGATTGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
* * * * *
7279 CCAGCACTAATGGCGCACCAGATCCCATCAAAAACTCCGCAGTTAAGTGTGCTTGGGC-AGCGTA
66 CCAGCACTAAT---GCACCGGATCCCATC-AGAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTA
* * * *
7343 GTACTAGGATCGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGCGTTGCATCCCATC-TTTTAATTTCTATTT
127 GTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTT
Statistics
Matches: 6214, Mismatches: 579, Indels: 565
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315 85 0.01
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GAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCACAA
GG
Found at i:2910 original size:655 final size:655
Alignment explanation
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Period size: 655 Copynumber: 11.3 Consensus size: 655
* *
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1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
* * * * * * * *
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*
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*
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** *
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* * * *
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388 TCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTC-GCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAG
* * * * *
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* * * * *
512 TTTTAACCTCGTTTGATTTGGGTTGACGTGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTTGG-AAGCC-T
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* * * * *
575 ATTAACTGAAAAAATAGAACCAGATGACGTTTAATCGAGTAAAATACAAACTCGTGAGACATGGG
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* * * *
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* * ** *
714 TCAGCACTAATGCACTGGATCCCATCAGAACTTTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAATAC
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* *
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131 TAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTTAA
*
842 CCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGG-AAGCCTTATTAAC
196 CCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAAC
** * *
906 TGAAAAACCCGAATCACCTGACGTTCAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCAC-
261 TGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCACA
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* * * * *
1034 ATACCAGCACTAATG--CGGGATCCCATCAAAACTCCGCAGTTTAGGCGTGCTTGGGC-AGCGTA
390 ATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTCGCAG-TTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTA
* * * *
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454 GTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTT
* *
1160 TCAACTCTCC-TTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTT
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582 ATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGG
1280 CCCACAAGG
647 CCCACAAGG
* *
1289 GTGACTGAGCGAAAGAAATGATGGTATTTGTAG-TTGTTATGGCAGAAA-GGGATGGGTGTGCGA
1 GTGACAGAGCG--AGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCA-AAAGGGGAT-GG-GTGCGA
* * *
1352 TCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGTAGTTAAGCGTGCTTGGGTGAGAAT
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* * *
1417 AGTACTAGGAT-GGTGACCT-CTTGGAAGTCCTCGTGTTGCCCCCCAACTTTTTAATTTTT-TTT
126 AGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTT
* * *
1479 TTTCACCTCG-TGGATTTGGGTTGACGAGT-ACAT-ATTTTATGAAAAAATTTCGAAAAGCCTTA
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* * * *
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256 TTAACTG---AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATG
* *
1605 AGCCCACAAGGGTGGACTGAGCGAGAAAGG-TGGTATTTGTAGTTT-TTATGTGCAAAAAGGGAT
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*
1668 GGGTTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGTCTTAG-TAAGCGTGC
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* * * * * *
1732 TTTGGTGAGAATAGTACTAGGATGGGTGACCTCTTGGGAAGTCCTCGTGTTGCCCCCCAACTTTT
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* * *
1797 TAATTTTTATTTTTTCACCTCG-TGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAATTTTATG-AAAAATTT
506 TAATTTTTATTTTTTAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTT
* * * *
1860 CGGAAAGCCTTATTAAGTGAAAAAATC--ATCATCTGACGTTTAATCGAGTTAGTAAAAGACAAA
571 CGGAAAGCCTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATC--G--AGTAAAATATAAA
*
1923 CCCGTGAGACATGAGCCCACAAGTG
632 CCCGTGAGACATGGGCCCACAAG-G
* * * * * *
1948 GCTGACAGAGCGAGAAAAGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATCCGTTGCGCT-A
1 G-TGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGAT-GGGTGCGATCA
* *
2012 TTACCAGCACTAAT-CACCGAAT-CCATCAGAACT-CGCAGTTAACCGTGCTTGGGCGAGAGTAG
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*
2074 TACTAGGATGGGTGACCTCC-GGGAAGTCCTCGT-TTGC-CCCCATCTTTTTAATTTAT-TTTTT
128 TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTT
* *
2135 TAACCCCGTTGGATTTGGATTGACGAGTCACATAAC-TTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
193 TAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
* *
2199 AACTGAAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATATCGAGTAAAATA-AAAACCGTGAGACATGAG
258 AACTG-AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTT-A-ATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGG
* *
2263 CCCACAAGGGTGACAGAGC-AGAAAGGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGTGATGGGT
320 CCCACAAGGGTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGG-GATGGGT
* *
2327 GCGATCATACCAGCATTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTCGCAGGTAAGCGTGCTTGGGCGA
384 GCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
* * **
2392 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGAGAATTCCTCGTGTTGCACCTTATCTTTTTAATTTTT
449 GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTT
* * *
2457 ATTTTTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAATTCGAAAAGC
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* * * * * * *
2522 CTTATCAACTGAAAAAATCGAATCAGTTGACTTTTAGTCGAGTAAAATATAAACCTGTGAGGCAA
579 CTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACAT
*
2587 GGGCCCACAAAG
644 GGGCCCACAAGG
* * * * *
2599 GTGACAGAGAGAGAGAGGATGGTTATTTATATTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGTGTGCGATCAT
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGG-TATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCAT
* * * * * * * *
2664 ACCAACCCTAATGCTCTGGATCCCATCGGAACTCCGC-GTTTAGCAT-CTTGGGCGAGGGGGTAG
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA--GAGTAG
2727 TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGC-CCCCAT-TTTTTAATTTTTATTTTT
128 TACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTT
*
2790 TAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
193 TAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATT
* * *
2855 AACTGAAAAAACCGAATCAGCCGACGTTTTAATTGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGG-C
258 AACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACG-TTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCC
*
2919 CACAAGGG-GACAGAGCGAGAAAAAGGATGGTA-TTGTAGTTTTTTATGGCAAAAAGGGATGGGT
322 CACAAGGGTGACAGAGCGAG--AAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGC-AAAAGGGATGGGT
* *
2982 GCGATCATTACCAGCA-TAATGCACCGGATCCCATCAAAAC-TCTGCAGTTAAACGTGCTTGGGC
384 GCGATCA-TACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTC-GCAGTTAAGCGTGCTTGGGC
* *
3045 GAGGAGTAGTACTTGGATGGGTGAGCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATT
447 GA-GAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATT
3110 TTTATTTTTTAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAATTTCGGA
511 TTTATTTTTTAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATG-AAAAAATTTCGGA
*
3175 AAGCCTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATAAAAACCCGTGAG
575 AAGCCTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAG
* *
3240 ACATGAGCCCACAATG
640 ACATGGGCCCACAAGG
* *
3256 GTGACAGAGCGAGAAAGGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
* * *
3321 CCAGCATTAATGCA-CGGATCCCATCAGAACTTCGCAGGTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTTAGTA
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAG-TAGTA
* *
3385 CTAGGA-GGGTGACCTCCTGAGAAGTCCT-GTGTTGCA--CCTTCTTTTT-ATTTTTATTTTTTA
130 CTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTTA
* * *
3445 ACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAATTCGAAAAGGCCTTATCA
195 ACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAA-GCCTTATTA
* * * * *
3510 ACTGAAAAAATCGAATCAGTTGACGTTTAGTCGAGAGTAAAATATAAACCTGTGAGGCAAGGGCC
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* * * *
3575 CACACA-GGTGACAGAGCGAGAGAGGATGGTATTTATATTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGTGTG
322 CACA-AGGGTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAA-GGGATGGGTG
* * * * * * * *
3639 CGATC-TACCAACCCTAATGCTCTGGATCCCATCGGACACTCCGCAGTTTAGCATGCTTGGGCGA
385 CGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGA-ACTTCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGA
* *
3703 GGGTAGTACTAGGATGGGTTGACCTCCTGGGAAGTCCTCG-GTTGCCCCCCATCTTTTTAA-TTT
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* * *
3830 CCTTATTAACTGAAAAAACCGAATCAGCCGACGTTTAATTGAGTAAAATATAAACCCGTGTGAGA
578 CCTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCC--GTGAGA
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* *
3910 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTTTTATGGCAAAAAGGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
* * *
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* * * *
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* * *
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* * *
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* * *
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* * * *
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*
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* *
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*
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* *
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* * * *
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* **
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131 TAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTC--GTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTT
* * *
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* * * *
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259 ACTG-AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAA-ATATAAACCCGTGAGACATGGGCC
* * * * * *
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* * * * * ** * *
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* *
5011 AGGGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCCCCCCATCTTTTTAATTTT
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* * * **
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576 AGCCTTATTAACTG-AAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAG
5199 ACATGGGCCCACAAGG
640 ACATGGGCCCACAAGG
* *
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* * *
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* *
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130 CTAGGATGGGTGAC-CTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTT
* *
5397 AACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGTGTCACATAACTTTATTATGAAAAAAATTTTGGAAAGCCTT
194 AACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAAC--T-TTATG-AAAAAATTTCGGAAAGCCTT
* * * *
5462 ATTAACTGAAAAAATCGAACCAGCTGACGTTTAATCTAGTAAAATACAAACCCGTGAAAACATGG
255 ATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTG-AGACATGG
* *
5527 GCCCCCACAAGGGTGACAGAGCGA-AAA-GATGGCA-TTGTAGTTTGTTTTGGACAAAAGGGGAT
319 G--CCCACAAGGGTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGG-CAAAA-GGGAT
* * *
5589 GGGTGCGATCATATCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTGCGC-GTTAAGAGTG--TGG
380 GGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTCGCAGTTAAGCGTGCTTGG
5651 GCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCC-GGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CCCATCTTTTTAAT
445 GCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAAT
* *
5714 TTTTATTTTTT-ACCCGTTGGTTGGATTTGGATTGACGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAT
510 TTTTATTTTTTAACCC---CGTTGGATTTGGGTT---GACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAAT
5778 TTCGGAAAGCCTTTTACTTAAGCCTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGT
569 TTCGGAAAG-C-----C-T-----TATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGT
* *
5843 AAAATAAAAACCCGTTGAGACATGAGCCCACAAGG
622 AAAATATAAACCCG-TGAGACATGGGCCCACAAGG
* *
5878 GTGACAGAGCGAGAAAGGATAGTAGTTGTAGTTTGTTATGGCCAAAAGGGGATGGGTGCGATCAT
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGG-CAAAAGGGGATGGGTGCGATCAT
* * *
5943 ACCAGCATTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTCGCAGGTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
65 ACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTA
**
6008 CTAGGAT-GGTGACCTCCTGAGAGAAGTCCTCGTGTTTGCACCTTATCTTTTTAACTTTTT-TTT
130 CTAGGATGGGTGACCTCCTG-G-GAAGTCCTCGTG-TTGCACCCCATCTTTTTAA-TTTTTATTT
*
6071 TTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAAACTTTATGAAAAAA-TTCGAAAAGCCTT
191 TTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACAT-AACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTT
* * * *
6135 ATCAACTGAAAAAATCGAATCAGTTGACGTTTAGTCGAGT-AAATATAAACCCGTGAGACATGAG
255 ATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGG
* *
6199 CCCACAAGGGTGACAGGAGCGAGACAGAAAAGGCTAGTAGTTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGG
320 CCCACAAGGGTGACA-GAGC--G--AG-AAAGGATGGTA-TTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGG
* *
6264 ATGGGTGCG-TCATACCAGCATTAATGCACCGGATCCC-TCAGAACTTCGCAGGTAAGCGTGC-T
378 ATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTCGCAGTTAAGCGTGCTT
*
6326 GGGC--GAGTAGTACT-GGATGGGTGACCTCCTGGGGAAGTCCTCGTGTTGCCCCCCATCTTTTT
443 GGGCGAGAGTAGTACTAGGATGGGTGACCTCCT-GGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTT
6388 --TTTTTATTTTTTAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGA-TCACATTAACTTTATGAAAAAATTT
507 AATTTTTATTTTTTAACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACA-TAACTTTATGAAAAAATTT
*
6450 CGGAAAGCCTTATTAACTGAAAAAAACGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGT-AAATATTAAACCC
571 CGGAAAGCCTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATA-TAAACCC
6514 GTGAGACATGGGCCCACAAGG
635 GTGAGACATGGGCCCACAAGG
** *
6535 GTGAC-GAGCGAGATGGGATGGTATTTGTATTTTGTTATGGCAAAA-GGGATGGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
* * *
6598 CCAGCACTAATGCGCCGGATCCCATCAAAACTCTGCAGTTAAGCGTGCTTGGGC-AG-GTTAGAT
66 CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAG-T--A-
* * * * *
6661 GTACTAGGA-CGGTGACTTCTTGGGAAGTCCTCGTGTTGCA-CTCATCTTTTTAATTTTTTAATT
127 GTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAA-TTTTTATTT
* * * * *
6724 TTTAA-CTCGTTTGATTTGGCTTGACGTGT-ACATTAATTTTATGAAAAAAATTTTGGAAAGCCT
191 TTTAACCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACA-TAACTTTATG-AAAAAATTTCGGAAAGCCT
* * * * *
6787 TATTAACT-AAAAAATAGAACCAGGATGACGTTTAATCGAGTATTAAAATACAAACTCGTGAGAC
254 TATTAACTGAAAAAATCGAATCA-GCTGACGTTTAATCGAG---TAAAATATAAACCCGTGAGAC
* * * *
6851 ATGGGCCCACAAGGGTGACATAGCGAGGAAGGATGGCATCCATTGTAGTTTGTTTTGGCCAAAAA
315 ATGGGCCCACAAGGGTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTAT---TTGTAGTTTGTTATGG-C-AAAA
* * * *
6916 GGGATGGGTGCGATCATATCAGCACTAATGCACTGGGATCCCATCAGAACTTTGCAGTTAAGAGT
375 GGGATGGGTGCGATCATACCAGCACTAATGCAC-CGGATCCCATCAGAACTTCGCAGTTAAGCGT
* *
6981 GCTTGGGCGAGAGTCGAGAGAGTCATACTAGGATGGGTGACCCCTCCTAGGAAGTTCTCGTGTTT
439 GCTTGGGCGAGAGT------AG---TACTAGGATGGGTGA--CCTCCTGGGAAGTCCTCGTG-TT
* *
7046 GCACCCCATCTTTTTATTTTTTATTTTTTAACCCCGTTGGA-TT-GGTTGATTGTGAGTCACATA
492 GCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTTAACCCCGTTGGATTTGGGTTGA---CGAGTCACATA
* * *
7109 ACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCTCTTATTAACTG-AAAAACCGAATCACCTGACGTTCAATC
554 ACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGC-CTTATTAACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATC
*
7173 GAGTAGGAAAATATAAACCCGGTGAGATC-TGGGCCCCCAAGG
618 GAGT---AAAATATAAACCC-GTGAGA-CATGGGCCCACAAGG
* * * *
7215 GGGACAGAGCGAGAAAGGCTGGTATTTGTATTTTGTTATGGC-AAAGGGGATTGGTGCGATCATA
1 GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
* * * *
7279 CCAGCACTAATGGCGCACCAGATCCCATCAAAAACTCCGCAGTTAAGTGTGCTTGGGC-AGCGTA
66 CCAGCACTAAT---GCACCGGATCCCATC-AGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTA
* * * *
7343 GTACTAGGATCGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGCGTTGCATCCCATC-TTTTAATTTCTATTT
127 GTACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTT
Statistics
Matches: 5931, Mismatches: 540, Indels: 538
0.85 0.08 0.08
Matches are distributed among these distances:
639 18 0.00
640 81 0.01
641 54 0.01
642 110 0.02
643 169 0.03
644 34 0.01
645 133 0.02
646 62 0.01
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649 217 0.04
650 133 0.02
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656 623 0.11
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678 8 0.00
679 22 0.00
680 30 0.01
681 62 0.01
682 16 0.00
683 35 0.01
684 18 0.00
685 29 0.00
686 1 0.00
ACGTcount: A:0.29, C:0.18, G:0.24, T:0.28
Consensus pattern (655 bp):
GTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGGATGGGTGCGATCATA
CCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTCCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGTAC
TAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTTAA
CCTCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTAAC
TGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCACA
AGGGTGACAGAGCGAGAAAGGATGGTATTTGTAGTTTGTTATGGCAAAAGGGATGGGTGCGATCA
TACCAGCACTAATGCACCGGATCCCATCAGAACTTCGCAGTTAAGCGTGCTTGGGCGAGAGTAGT
ACTAGGATGGGTGACCTCCTGGGAAGTCCTCGTGTTGCACCCCATCTTTTTAATTTTTATTTTTT
AACCCCGTTGGATTTGGGTTGACGAGTCACATAACTTTATGAAAAAATTTCGGAAAGCCTTATTA
ACTGAAAAAATCGAATCAGCTGACGTTTAATCGAGTAAAATATAAACCCGTGAGACATGGGCCCA
CAAGG
Done.