genome.fa.s783.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold783
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  163167

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 129 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
202--281	39	2.1	38	83	4	99	47	13	18	20	1.82
275--361	45	2.0	44	84	6	113	40	8	28	22	1.83
453--983	122	4.3	127	84	7	645	32	18	24	24	1.97
491--983	249	2.0	245	85	6	665	31	19	24	24	1.98
491--980	61	8.0	62	82	9	558	31	19	24	25	1.98
2329--2386	29	2.0	29	83	6	73	12	25	24	37	1.90
4045--4122	37	2.1	37	81	13	90	46	6	3	43	1.47
7306--7455	52	2.9	52	86	2	212	32	14	19	33	1.92
7444--7468	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7532--7556	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8346--8630	43	5.7	52	79	10	242	33	16	24	25	1.96
8170--8497	173	1.9	167	83	7	419	38	14	23	23	1.91
8452--8641	43	4.1	44	81	12	247	32	17	25	25	1.97
8399--8638	95	2.5	95	87	6	333	32	17	24	25	1.96
8658--8781	28	4.3	28	83	7	135	16	15	30	37	1.90
8684--8999	30	10.6	30	74	14	163	26	15	28	29	1.96
8825--8995	29	5.9	29	79	8	161	25	17	29	28	1.97
8822--8990	57	2.9	59	77	7	166	26	17	30	26	1.97
12407--12431	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
12494--12518	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
12742--12838	28	3.4	28	89	1	131	17	16	29	36	1.92
12878--13059	29	6.1	29	78	9	161	26	16	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12916--13056	28	4.7	31	80	11	132	23	18	26	31	1.97
14433--14533	1	101.0	1	72	0	76	3	0	9	86	0.70
14433--14530	8	11.9	8	78	16	94	4	0	10	85	0.71
14433--14531	9	10.8	9	78	18	98	4	0	10	85	0.71
14448--14530	44	1.9	44	92	2	141	4	0	9	85	0.73
28324--28472	52	2.9	51	88	4	226	30	16	18	33	1.94
28461--28485	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
28526--28592	33	2.0	33	88	0	98	40	14	11	32	1.83
28548--28572	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
30683--30727	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
32944--32969	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
35904--35972	34	2.1	32	86	10	95	34	15	14	34	1.89
36013--36065	20	2.6	21	82	8	65	28	16	16	37	1.91
36053--36077	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
44152--44313	44	3.7	44	69	11	134	44	13	20	21	1.86
45275--45319	19	2.4	18	82	10	54	0	4	13	82	0.82
48562--48601	21	1.9	21	84	0	53	47	15	12	25	1.80
50449--50507	32	1.9	30	83	13	75	59	10	10	20	1.58
50786--50811	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
50766--50830	33	2.0	33	84	6	87	27	12	16	43	1.84
50883--50937	20	2.8	20	88	5	76	30	14	14	40	1.86
52779--52808	3	10.0	3	100	0	60	33	0	33	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57118--57292	48	3.7	48	81	0	190	36	10	14	38	1.81
57543--57586	21	2.2	20	84	12	54	34	25	0	40	1.56
63442--63508	31	2.2	31	100	0	134	20	17	7	53	1.68
63442--63530	31	2.9	31	86	5	83	20	20	7	51	1.71
64676--64710	17	2.1	17	100	0	70	54	11	0	34	1.37
65149--65268	59	2.0	58	84	9	154	38	4	7	50	1.50
66791--66867	20	3.8	20	78	13	75	31	12	11	44	1.79
66882--66937	20	2.8	20	94	0	94	32	14	16	37	1.88
70131--70168	17	2.3	17	86	4	51	18	34	10	36	1.85
71997--72023	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
72385--72413	13	2.2	13	100	0	58	51	6	6	34	1.55
74570--74646	27	2.7	28	86	8	102	28	35	6	29	1.82
74662--74860	95	2.1	95	86	3	276	24	33	10	32	1.89
74773--74941	68	2.5	68	87	1	223	21	29	11	36	1.89
74678--75021	163	2.1	163	85	3	451	22	30	11	35	1.89
74843--75227	95	4.0	94	80	6	418	22	28	11	37	1.89
74909--74968	27	2.2	27	81	0	84	21	25	13	40	1.89
74841--75212	191	2.0	190	83	5	475	22	28	11	37	1.90
74679--75212	34	16.5	32	67	19	137	23	29	11	36	1.89
75231--75429	32	6.3	32	83	2	226	29	31	18	20	1.97
75242--75421	95	1.9	93	83	4	234	28	31	20	20	1.97
75422--75935	52	10.0	52	76	4	378	26	22	13	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75576--75937	154	2.3	155	82	2	413	26	23	13	37	1.91
76678--76733	21	2.8	21	78	5	71	39	12	14	33	1.83
76721--76759	13	3.0	13	96	0	69	41	15	12	30	1.85
76808--76881	22	3.5	21	89	8	100	29	16	12	41	1.84
81385--81440	20	2.8	19	89	5	76	39	14	16	30	1.88
81510--81535	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
85391--85429	11	3.5	11	86	6	51	84	2	12	0	0.72
86412--86508	30	3.2	30	92	0	167	27	34	10	27	1.89
86514--86630	27	4.1	27	74	14	94	23	29	14	31	1.94
86513--86770	59	4.3	59	73	13	229	23	30	13	32	1.93
86599--86698	33	3.0	33	78	8	103	19	27	14	40	1.89
86599--87080	34	15.0	33	69	17	142	22	29	11	35	1.90
86666--86746	27	3.0	27	81	0	90	23	33	14	28	1.94
86572--87097	122	4.2	122	73	12	326	22	29	12	35	1.91
86695--86900	95	2.2	96	84	2	272	23	29	10	35	1.89
86790--86847	27	2.1	27	93	0	98	24	24	12	39	1.89
86817--86976	69	2.3	69	84	4	225	22	28	10	38	1.88
86829--86958	35	3.7	35	76	10	122	21	29	9	40	1.84
86720--87080	165	2.2	164	82	3	422	22	30	10	35	1.89
86913--87141	95	2.4	95	84	4	300	22	30	11	35	1.89
87058--87182	61	2.0	61	92	0	205	21	31	12	35	1.90
87050--87168	27	4.1	27	69	14	85	21	28	12	37	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87089--87184	27	3.0	34	66	20	89	21	30	11	36	1.89
87227--87333	32	3.3	32	84	6	119	28	30	14	25	1.95
87329--87732	52	7.9	50	72	9	251	25	24	14	36	1.93
87333--87621	105	2.8	103	83	3	341	25	23	14	36	1.93
87333--87671	105	3.3	104	79	5	336	25	24	14	35	1.93
88642--88697	20	2.7	20	78	10	60	30	14	10	44	1.79
94569--94635	33	2.0	33	88	5	100	35	17	10	35	1.85
94665--94719	20	2.8	20	85	0	83	34	10	18	36	1.86
95341--95378	19	2.0	19	94	0	67	47	7	0	44	1.32
97218--97244	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
101124--101466	163	2.0	168	90	8	536	25	15	9	49	1.74
101367--101393	13	2.1	13	100	0	54	37	14	7	40	1.74
103563--103629	33	2.0	33	85	5	91	29	17	13	38	1.88
103657--103707	20	2.5	20	90	0	75	33	11	17	37	1.86
116080--116134	19	2.9	19	84	10	76	36	14	18	30	1.91
116120--116144	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
117651--117676	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
120225--120260	13	2.8	13	100	0	72	36	13	16	33	1.89
122334--122364	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
126430--126455	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
128306--128343	9	4.2	9	86	10	51	52	0	5	42	1.24
133528--133584	30	1.9	29	82	3	69	28	14	21	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
134565--134598	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
135567--135607	21	1.9	22	85	5	57	41	4	0	53	1.22
137597--137700	17	5.6	18	70	18	79	66	0	0	32	0.98
137530--137696	59	2.8	59	82	9	216	62	1	1	34	1.13
140641--140667	3	9.0	3	100	0	54	66	0	33	0	0.92
146374--146410	3	12.3	3	100	0	74	35	0	0	64	0.94
147531--147564	4	9.0	4	87	12	54	76	0	23	0	0.79
147531--147593	14	4.4	14	73	23	60	71	0	26	1	0.95
147506--147598	43	2.2	44	83	11	122	70	0	27	1	0.94
150914--150985	20	3.6	19	74	7	72	36	13	11	38	1.81

Tables:   1   2