genome.fa.s789.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold789
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  256051

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
293--39906	159	250.3	155	63	17	2615	28	17	15	37	1.91
1--40561	476	85.4	476	91	1	63356	28	17	15	37	1.91
40231--40889	317	2.1	317	85	4	866	29	17	15	37	1.91
40334--42518	476	4.6	476	84	4	1731	29	18	15	36	1.92
39738--41365	793	2.1	792	86	2	2291	29	18	15	36	1.92
40548--42527	952	2.1	952	87	2	2839	29	18	15	36	1.92
42560--50075	477	15.8	477	93	0	12477	36	16	19	28	1.93
49666--50481	406	2.0	406	90	1	1269	36	16	18	28	1.93
50244--54214	159	25.0	157	64	12	1116	35	16	19	29	1.93
50072--54297	477	8.9	476	94	0	7024	35	15	19	28	1.93
53895--54703	406	2.0	406	91	1	1309	36	16	18	28	1.93
54333--57949	159	22.8	156	64	15	879	35	15	19	29	1.93
54294--58126	477	8.0	477	94	0	6434	35	15	19	29	1.93
59743--59818	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
59742--59827	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
59808--59857	18	2.8	18	81	6	57	48	4	42	6	1.46
59742--59840	42	2.4	42	94	0	180	41	2	46	10	1.49
61010--61724	158	4.5	159	66	12	396	35	15	18	29	1.92
60740--62523	475	3.8	475	93	1	2888	36	15	19	28	1.92
62525--134532	476	149.7	476	84	5	85816	29	18	16	35	1.93
62525--101698	159	246.9	156	64	15	8217	29	19	15	36	1.92
102844--102882	15	2.6	15	79	0	51	82	2	12	2	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103619--103737	42	2.8	42	90	0	184	43	2	45	8	1.47
108030--108486	226	2.0	227	98	0	889	36	12	27	23	1.91
108941--134326	159	160.1	158	63	16	3005	29	19	15	36	1.92
134545--143731	159	58.0	156	64	15	1520	29	18	15	36	1.92
134545--143934	476	19.8	476	90	1	14174	29	18	15	36	1.92
136426--137078	158	4.1	157	64	15	363	30	19	15	35	1.92
144364--147429	159	19.3	159	64	17	476	29	18	15	36	1.92
143936--147641	953	3.9	951	90	1	5697	29	18	15	36	1.92
148071--151136	159	19.3	159	64	16	490	29	18	15	36	1.92
147643--151348	953	3.9	951	90	1	5706	29	18	15	36	1.92
151361--152469	158	7.0	156	65	14	432	29	18	15	36	1.91
153102--158067	159	31.3	159	64	16	467	29	18	15	36	1.92
152674--224904	476	152.0	477	91	1	108341	29	18	15	36	1.92
155996--156648	158	4.1	158	64	14	367	29	19	15	35	1.92
155009--167042	159	76.1	157	62	15	860	29	19	15	36	1.92
160708--164722	158	25.4	156	63	15	404	29	19	15	35	1.93
168313--172779	159	28.1	155	64	18	879	28	19	15	36	1.92
173017--223170	159	316.3	157	64	15	7251	29	18	15	36	1.92
225601--228604	475	6.3	476	87	2	4204	29	18	15	36	1.91
225934--228528	158	16.3	158	64	13	397	29	18	15	36	1.91
228400--228810	208	2.0	207	88	2	619	28	16	18	36	1.93
227922--229287	684	2.0	684	89	2	2116	29	17	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228607--231670	476	6.4	475	89	2	4385	29	18	15	36	1.92
228607--231670	953	3.2	948	89	2	4536	29	18	15	36	1.92
230457--231123	159	4.2	158	66	14	399	29	17	15	38	1.90
230525--231195	159	4.2	156	66	16	378	29	17	14	37	1.90
231466--231876	208	2.0	207	88	2	619	28	16	18	36	1.93
230988--232354	684	2.0	685	89	1	2118	29	18	15	36	1.92
231730--232861	159	7.1	155	65	14	439	29	18	15	36	1.92
231673--233036	476	2.9	476	92	1	2182	28	19	15	36	1.93
238013--238131	42	2.8	42	90	0	193	8	45	2	43	1.47
238046--238121	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
238037--238122	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
238028--238098	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
239748--246326	476	13.8	476	92	0	10555	28	19	15	35	1.93
239878--249412	159	60.1	157	65	15	1851	28	19	15	36	1.92
246011--246639	313	2.0	314	86	2	870	29	19	13	37	1.90
246322--249412	476	6.5	476	90	1	4657	29	19	15	36	1.92
249013--249815	403	2.0	403	89	1	1245	30	18	16	34	1.93
248536--250290	879	2.0	881	89	1	2691	29	18	16	35	1.93
249416--256051	476	14.0	476	89	1	9910	28	19	15	36	1.92
249416--256051	951	7.0	952	90	1	10292	28	19	15	36	1.92

Tables:   1

The End!