genome.fa.s848.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold848
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  100582

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3824--3853	9	3.3	9	95	0	51	26	33	0	40	1.57
5470--5494	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5448--5514	33	2.1	33	88	8	102	32	13	16	37	1.88
5607--5631	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5449--5754	137	2.2	137	94	1	533	32	17	15	34	1.91
7973--7997	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7978--8037	20	3.0	20	87	0	84	36	11	18	33	1.87
9601--9653	19	2.7	20	88	2	81	30	16	15	37	1.90
9640--9734	42	2.3	42	98	0	181	37	18	17	25	1.93
9744--9768	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
10950--10986	13	2.8	13	91	0	65	35	16	16	32	1.91
10976--11064	34	2.8	32	80	11	119	37	7	23	31	1.84
11032--11086	21	2.5	22	94	5	103	36	10	25	27	1.89
11074--11104	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
11127--11263	53	2.6	53	85	1	184	28	16	17	37	1.92
11251--11305	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
13692--13860	51	3.3	51	80	5	189	30	10	28	30	1.90
13845--13920	28	2.7	28	84	8	102	25	21	32	21	1.97
13990--14150	51	3.2	51	76	3	155	32	13	23	30	1.92
16491--16520	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
16504--16558	20	2.8	20	85	0	83	43	12	14	29	1.82
19267--19351	20	3.8	20	71	24	71	38	14	16	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19266--19398	49	2.7	48	91	2	203	39	13	18	29	1.88
20253--20506	55	4.5	55	84	5	337	25	21	26	26	1.99
20253--20506	110	2.2	113	88	4	388	25	21	26	26	1.99
20430--20619	94	2.0	96	84	10	253	26	18	30	23	1.98
21577--21615	15	2.6	14	84	15	51	7	2	2	87	0.73
23887--23935	20	2.5	20	89	0	71	40	12	16	30	1.85
23969--24036	33	2.1	32	86	2	91	38	14	11	35	1.83
29962--29987	8	3.2	8	100	0	52	15	0	23	61	1.33
30096--30191	47	2.0	50	84	10	128	37	17	17	27	1.93
32111--32155	22	2.0	22	91	8	74	35	0	28	35	1.58
32710--32735	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
32722--32773	20	2.6	21	84	9	72	40	13	13	32	1.83
32825--32850	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
32805--32872	33	2.1	32	94	2	118	36	17	13	32	1.89
37300--37324	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
37277--37344	33	2.1	33	89	8	104	32	14	16	36	1.89
39373--39415	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
39858--39889	13	2.5	13	94	0	55	31	15	18	34	1.93
46093--46117	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
46071--46137	33	2.1	33	88	8	102	32	13	16	37	1.88
46230--46256	13	2.1	13	100	0	54	37	14	14	33	1.88
48376--48400	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
48381--48440	20	3.0	20	87	0	84	36	11	18	33	1.87
49992--50017	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
50006--50058	19	2.7	20	91	2	90	30	18	15	35	1.92
50045--50139	42	2.3	42	98	0	181	37	18	17	25	1.93
50127--50193	33	2.0	33	82	0	80	40	11	17	29	1.86
51459--51489	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
51512--51648	53	2.6	53	90	3	213	28	16	17	37	1.92
51636--51690	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
54085--54254	51	3.3	51	80	5	191	30	11	28	30	1.91
54240--54313	28	2.6	28	85	6	96	27	21	31	20	1.98
54384--54544	51	3.2	51	76	7	157	32	13	22	31	1.92
56880--56909	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
56893--56967	20	3.8	20	90	0	105	44	12	13	30	1.80
59679--59810	49	2.7	48	90	4	194	40	12	17	28	1.86
60665--60917	55	4.5	55	84	5	335	25	21	26	26	1.99
60665--60917	110	2.2	113	88	4	386	25	21	26	26	1.99
64297--64345	20	2.5	20	93	0	80	38	12	16	32	1.86
64379--64446	33	2.1	32	86	2	91	38	14	11	35	1.83
69045--69114	33	2.1	33	89	0	104	34	11	14	40	1.82
69065--69089	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
69156--69180	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
69189--69309	52	2.3	52	97	0	224	34	18	18	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
71721--73083	684	2.0	683	95	0	2431	28	22	20	28	1.98
75560--75655	47	2.0	50	84	10	128	37	17	17	27	1.93
76115--76166	20	2.5	20	81	9	59	19	48	26	5	1.71
77575--77619	22	2.0	22	87	8	65	37	0	26	35	1.57
78174--78198	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
78186--78237	20	2.6	20	87	0	77	40	13	15	30	1.86
78289--78314	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
78269--78336	33	2.1	32	94	2	118	36	17	13	32	1.89
82743--82793	20	2.6	20	87	9	70	27	13	17	41	1.87
85308--85346	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
91494--91518	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
93853--93877	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
93858--93917	20	3.0	20	87	0	84	36	11	18	33	1.87
95481--95535	19	2.7	20	81	10	67	30	18	14	36	1.91
95521--95615	41	2.3	42	94	3	165	36	20	17	25	1.94
96932--96962	10	3.1	10	90	0	53	41	6	29	22	1.78
96985--97119	52	2.6	52	86	3	182	28	17	17	37	1.92
97107--97161	21	2.7	20	80	5	65	30	14	16	38	1.89
99545--99712	51	3.3	50	81	4	176	30	11	27	30	1.91
99697--99769	28	2.7	27	87	4	101	26	21	31	20	1.98
99697--99770	27	2.7	27	84	12	98	25	21	31	21	1.98
99840--100000	51	3.2	51	76	7	157	32	13	22	31	1.92

Tables:   1

The End!