genome.fa.s859.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold859
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  279717

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--1791	477	3.8	473	83	4	2091	36	14	17	31	1.90
1447--2108	316	2.1	316	83	4	827	34	15	17	32	1.92
1117--2582	792	1.9	790	82	3	1717	34	14	18	32	1.91
1763--3441	476	3.5	473	80	4	1878	35	14	18	32	1.91
3975--5220	444	2.8	444	89	1	1811	35	14	18	31	1.91
4792--5727	473	2.0	475	78	6	968	35	14	17	31	1.91
5345--5972	316	2.0	316	81	4	748	34	14	17	32	1.90
5627--7309	475	3.5	472	80	3	1761	36	14	17	31	1.90
7416--8129	158	4.5	156	67	11	396	36	14	17	31	1.90
8882--12890	475	8.5	475	84	5	4019	36	14	17	31	1.90
11603--12894	477	2.7	475	88	2	1815	36	14	17	31	1.90
12887--12956	36	1.9	37	94	2	124	42	11	20	25	1.85
13310--18129	474	10.1	475	78	6	4500	35	14	17	32	1.90
17274--17360	45	1.9	45	95	0	156	22	18	20	37	1.94
21347--21374	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
21435--21497	19	3.6	19	76	24	84	36	19	11	33	1.87
21425--21499	32	2.3	32	97	0	141	36	18	10	34	1.86
21762--29464	476	16.3	476	82	4	8274	35	14	17	31	1.91
30162--34074	475	8.3	473	84	3	4638	35	14	18	31	1.91
34077--35444	476	2.9	472	81	5	1614	35	13	18	32	1.90
35908--35972	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
35926--35951	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35908--35972	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
38171--38215	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
40019--40057	15	2.6	15	91	0	60	51	15	20	12	1.76
42273--42318	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
46867--46994	52	2.5	52	93	3	215	31	17	17	33	1.93
46867--47014	52	2.9	50	85	12	185	32	17	17	32	1.94
47003--47027	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
47068--47134	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
47090--47114	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
48278--48303	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
52763--52828	33	2.0	33	93	0	114	33	16	16	33	1.92
52876--53822	159	5.9	158	69	15	459	34	14	17	32	1.91
53400--53465	33	2.0	33	93	0	114	33	16	16	33	1.92
52362--54000	637	2.6	636	93	1	2731	35	14	17	32	1.90
53636--55783	476	4.5	475	82	3	2355	35	14	17	32	1.90
55498--56068	285	2.0	285	84	3	747	36	14	18	30	1.90
55019--56541	761	2.0	761	82	3	1825	35	13	18	31	1.90
56198--57007	402	2.0	403	94	0	1406	35	14	18	31	1.91
55779--57482	878	1.9	878	86	1	2432	35	14	18	31	1.90
56600--62876	475	13.1	475	76	7	5270	35	14	18	32	1.91
56601--62876	951	6.6	949	78	7	6095	35	14	18	32	1.91
58971--59221	128	2.0	128	84	3	335	34	15	17	31	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56600--62876	476	13.1	476	77	7	5532	35	14	18	32	1.91
62536--63252	376	1.9	376	88	1	1087	34	13	17	34	1.89
62062--63728	852	2.0	852	89	1	2570	35	13	18	32	1.89
62915--226683	952	170.8	946	80	8	86077	35	14	18	31	1.90
62891--73289	474	21.9	476	86	2	11781	35	13	18	32	1.90
70422--70463	20	2.1	20	100	0	84	30	19	23	26	1.98
73367--92643	476	40.6	476	89	1	26910	36	14	18	31	1.90
91940--93352	709	2.0	708	89	1	2145	37	13	17	31	1.89
92649--96203	475	7.5	475	89	1	5379	36	13	18	31	1.90
95986--96435	234	1.9	234	86	1	643	38	12	18	31	1.87
95498--96919	710	2.0	708	89	2	2201	36	13	17	31	1.90
96207--97583	476	2.9	473	88	1	1945	36	14	17	31	1.90
98676--102520	475	8.1	475	88	1	5356	36	14	18	30	1.90
102100--102935	417	2.0	417	90	2	1313	36	14	18	30	1.91
109375--109416	20	2.0	21	95	4	77	21	47	26	4	1.70
110798--110843	23	2.0	23	87	4	67	34	2	28	34	1.70
111565--111619	20	2.7	21	80	2	67	43	14	14	27	1.84
111671--111696	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
111651--111718	33	2.1	32	91	2	109	33	17	14	33	1.91
112464--161044	476	102.2	476	89	1	69425	36	14	18	31	1.90
112841--153901	159	259.2	159	64	12	7992	36	14	18	31	1.90
161054--162113	476	2.2	474	87	1	1525	36	13	18	31	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162002--162234	121	1.9	121	91	1	378	34	10	22	33	1.88
163298--163530	121	1.9	121	89	5	364	33	11	21	33	1.89
163419--164632	476	2.6	474	86	3	1708	35	14	18	32	1.91
164642--171911	476	15.3	476	86	2	9533	36	14	18	30	1.91
164642--171911	950	7.6	949	86	2	9581	36	14	18	30	1.91
171741--172087	175	2.0	176	85	6	472	34	15	19	30	1.93
171912--226683	476	115.0	476	90	1	80225	35	14	17	32	1.90
185665--185859	96	2.0	96	88	2	284	31	18	18	30	1.95
226261--227105	422	2.0	421	91	1	1352	36	13	17	32	1.89
225788--227581	898	2.0	897	95	0	3230	36	14	17	32	1.90
226685--227990	476	2.7	475	91	1	2089	36	14	17	32	1.90
227605--228374	384	2.0	383	95	0	1396	36	13	17	32	1.89
227128--228845	859	2.0	859	92	0	2875	36	13	17	32	1.89
227987--239414	476	24.0	476	93	0	19032	35	14	17	32	1.90
239706--239778	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
239723--239799	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
239706--239799	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
239838--239863	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
243540--243564	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
245383--245455	20	3.6	20	81	3	101	36	13	17	31	1.89
245400--245476	21	3.7	21	79	6	95	44	11	15	28	1.82
245383--245476	41	2.3	41	96	3	172	40	12	17	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
245515--245540	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
246297--249593	474	6.9	474	94	0	5495	36	13	17	32	1.89
246297--249593	949	3.5	949	92	0	5569	36	13	17	32	1.89
248670--249334	159	4.2	158	64	13	371	35	14	17	32	1.90
249943--252308	474	5.0	475	93	0	3966	36	14	17	32	1.90
249961--252047	159	13.2	156	63	14	456	36	14	17	32	1.90
249942--252308	951	2.5	949	93	0	3961	36	14	17	32	1.89
252310--255579	474	6.9	474	94	0	5605	36	13	17	32	1.89
252310--255579	949	3.4	948	94	0	5632	36	13	17	32	1.89
255576--258379	476	5.9	476	95	0	4835	35	14	17	32	1.90
258376--260704	476	4.9	476	96	0	4221	35	14	17	32	1.90
258376--260440	159	13.0	157	64	13	596	35	14	17	32	1.90
260701--263027	476	4.9	476	96	0	4167	36	14	17	31	1.90
260701--262764	159	13.0	157	64	13	589	35	14	17	31	1.90
263024--277336	476	29.4	476	80	9	10942	35	14	17	32	1.90
270582--277081	897	7.0	897	82	9	5164	35	14	17	32	1.90

Tables:   1

The End!