Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
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* *
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* *
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*
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* *
14632 GATGATATCACGGTCAAATTTTTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATA
326 AATGATATCACGGTCAAATTATTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATA
14697 AATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAA
391 AATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAA
14762 ATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATT
456 ATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATT
14827 TTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGT
521 TTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGT
14892 TTAATTTATCATAAATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATAT
586 TTAATTTATCATAAATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATAT
14957 GTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAA
651 GTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAA
15022 TATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTT
716 TATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTT
15087 CATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATG
781 CATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATG
15117 ATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATG
1 ATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATG
15182 AGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATC
66 AGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATC
15247 AGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGTTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTT
131 AGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGTTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTT
15312 CAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGCAATCTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAG
196 CAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGCAATCTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAG
*
15377 ATGAGTATTCAG-AAAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGC
261 ATGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTG-AAACTATCTTTGC
15441 AAATGATATCACGGTCAAATTATTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGAT
325 AAATGATATCACGGTCAAATTATTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGAT
15506 AAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAA
390 AAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAA
15571 AATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAAT
455 AATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAAT
15636 TTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCG
520 TTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCG
15701 TTTAATTTATCATAAATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATA
585 TTTAATTTATCATAAATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATA
15766 TGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAA
650 TGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAA
15831 ATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTT
715 ATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTT
15896 TCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATG
780 TCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATG
15927 ATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATG
1 ATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATG
15992 AGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATC
66 AGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATC
16057 AGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGTTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTT
131 AGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGTTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTT
16122 CAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGCAATCTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAG
196 CAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGCAATCTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAG
*
16187 ATGAGTATTCAG-AAAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAAACTATCTTTGC
261 ATGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTG-AAACTATCTTTGC
16251 AAATGATATCACGGTCAAATTATTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGAT
325 AAATGATATCACGGTCAAATTATTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGAT
16316 AAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAA
390 AAATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAA
16381 AATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAAT
455 AATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAAT
16446 TTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCG
520 TTTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCG
16511 TTTAATTTATCATAAATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATA
585 TTTAATTTATCATAAATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATA
16576 TGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAA
650 TGTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAA
16641 ATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTT
715 ATATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTT
16706 TCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATG
780 TCATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATG
16737 ATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATG
1 ATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATG
16802 AGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATC
66 AGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATC
16867 AGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGTTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTT
131 AGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGTTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTT
16932 CAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGC
196 CAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGC
Statistics
Matches: 7455, Mismatches: 60, Indels: 20
0.99 0.01 0.00
Matches are distributed among these distances:
809 187 0.03
810 4743 0.64
811 2449 0.33
812 76 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.13, G:0.10, T:0.44
Consensus pattern (810 bp):
ATTTTCTTTTGGAATTCCTCTCGTTCTCACATTACGAAGTTTTCTTTCTAGTAATTTTTTTCATG
AGGATTTTCATGGGTTTAAAATTTTAAAAATTTATCAAATACTATTATTTAATTCATATTAAATC
AGTTTTCAAAGATTCATTCATTTTCATGAGTTTTTTTATTTTTTTCCTTAAAATTTTCCCGTTTT
CAAATTTTCTTGCACATGCATGTGAAAGAAAAAGTGCAATCTAGGGCCAATCTCAAATAAAAAAG
ATGAATATTCAGAAAAAAATTAATTTTTAAATATCTTATTGTGAAATTTTGAAACTATCTTTGCA
AATGATATCACGGTCAAATTATTCATTTTTAAGAATGTTTTGAGATTTTTCTGAAAAACTCGATA
AATTGACCGTCATATTTTTCTTACTAACACCTATGAGGTTTTTATGCTAATACATGCCCTGAAAA
ATTAAGAATATTCAAAAGAAAATATCTATTAGCATTTTCTACCAAAAGGTGTCAATTGGTGAATT
TTATCAATTAATTTTGAATTTTTCACGATATGATAAATACCATATTTTTTTAATTTTATTTTCGT
TTAATTTATCATAAATTGTATAAATTTATTTTCTTTAATTTAGAAGTTAATATTTCATCCAATAT
GTGATTTTGAATCCATTTTGCATCACTCTGAATGAAATTCTTTGCTCGTAAAATTTTCGACAAAA
TATTTTTAGTTTCAAACATCAAAATTATTCAAATATTATCATTTAATTACCATCAAATCAGTTTT
CATAAATTCCATTTGGTTTTTGAGTTAATG
Done.