Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
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* *
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* * *
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*
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*
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*
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* *
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TTTGAAATGGGTTGCCACCGACTTGTGTGGGC
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7438 TGGAATGGGT
* * * *
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 -TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 -TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
* *
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* * *
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* *
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
* *
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
* * *
7777 ATGCCATGGAGTTATGGACTTAAAAGAG
1 -TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
*
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1 TGCCACGGAGTTGTGG-ACTTAAAAGG-G
*
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
*
7941 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGAA
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGG-G
**
7969 TGCCATAGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
7996 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
*
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
* *
8077 TGCCACAGAGTTGTGGACTAAAAAGGG
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
* *
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*
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*
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*
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*
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8239 AAAATGCCAC
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TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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7438 TGGAATGGGT
* * * * *
7448 TGCCACCGATTTGTGAATTTAAAAGGGATGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAG
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* *
7530 ATGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGATGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGA
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*
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* * *
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*
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64 GTTGTGGACTTAAAAGGG
* * *
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* * * *
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*
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* *
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*
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*
8088 TGTGGACTAAAAAGGG
66 TGTGGACTTAAAAGGG
* * *
8104 TACCACGGAGTTGTGGATTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTACCACGGAG
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*
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8239 AAAATGCCAC
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82 367 0.56
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TGTGGACTTAAAAGGG
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7438 TGGAATGGGT
* * * *
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*
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* *
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**
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* * *
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* *
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* * *
7778 TGCCATGGAGTTATGGACTTAAAAGAGTGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTGCCACGGAGT
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* *
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*
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* *
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*
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*
8061 TGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTAAAAAGGG-
66 TGTGGACTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGA
* * * *
8104 TACCACGGAGTTGTGGATTTTAAAAGGGTGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAGGGTACCACGGAG
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*
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8239 AAAATGCCAC
Statistics
Matches: 626, Mismatches: 46, Indels: 18
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Matches are distributed among these distances:
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1 GGTTTTTTTTTTT
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1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
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16055 CATTTCATAT
* *
16065 TTTTTCTTTTTTTTTTC
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1 TTTTTCTTTCTTTCTTC
16099 TT
1 TT
16101 CATCTTCCTT
Statistics
Matches: 17, Mismatches: 2, Indels: 0
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Matches are distributed among these distances:
17 17 1.00
ACGTcount: A:0.00, C:0.17, G:0.00, T:0.83
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* * *
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* * * *
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**
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*
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1 TTTGAAATGGGTTGCCACCGACTTGTGTGGGC
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*
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*
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* *
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17823 AATTTAAAAG
Statistics
Matches: 422, Mismatches: 19, Indels: 10
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Matches are distributed among these distances:
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32 325 0.77
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Found at i:17602 original size:97 final size:95
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17335 AAAATGGTGA
* * * * *
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* * * *
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** *
17441 TTTGAAAAAGGTTGCCACCGACTTGTGTGGGCTTTGAAATGGGTTGCCACCTACTTGTGTGGGCT
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* *
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*
17797 TTGGAATGGGTTGCCACCGATTTGTG
66 TT-GAATGGGTTGCCACCGACTTGTG
17823 AATTTAAAAG
Statistics
Matches: 360, Mismatches: 16, Indels: 12
0.93 0.04 0.03
Matches are distributed among these distances:
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TTGAATGGGTTGCCACCGACTTGTGTGGGC
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Indices: 17808--18654 Score: 1234
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17798 TGGAATGGGT
* * * *
17808 TGCCACCGATTTGTGAATTTAAAAGGG
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
* *
17890 ATGCCACAGAGTTGTGGACTAAAAAGGG
1 -TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 TGCCACGGAGTTGTGGAC-TTAAAAGGG
* * *
17946 TGCCACAGAGTTGTGGACTTAAAAAAGA
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTT-AAAAGGG
* *
17974 TGCCACAGAGTTATGGACTTAAAAGGG
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
18001 TGCCACGGAGTTGTGGACTT-AAAGGG
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
* *
18027 TGCTACGGAGTTGTGGTCTTAAAAGGG
1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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1 TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
* * *
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1 -TGCCACGGAGTTGTGGACTTAAAAGGG
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*
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* * *
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Done.