genome.fa.s968.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold968
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  88356

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
404--441	13	2.7	14	84	12	51	60	0	0	39	0.97
486--767	11	24.1	12	66	24	99	53	1	2	43	1.21
533--716	32	5.7	31	74	15	140	54	0	2	42	1.19
595--719	43	3.0	43	79	12	111	53	0	2	44	1.13
650--746	12	7.5	12	67	22	54	53	0	3	43	1.16
655--733	26	2.9	29	82	14	80	53	0	1	45	1.08
688--760	14	5.2	15	71	17	59	53	0	2	43	1.15
652--731	37	2.0	41	83	9	105	53	0	1	45	1.08
679--767	26	3.4	26	81	16	105	51	0	2	46	1.13
750--812	18	3.4	19	84	6	76	41	0	0	58	0.98
3871--3923	23	2.4	21	77	22	56	52	1	13	32	1.51
5943--5996	20	2.6	21	91	2	83	29	18	14	37	1.91
9776--9822	24	1.9	25	91	4	78	53	12	21	12	1.72
10506--10572	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
12809--12833	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
13388--13434	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
15708--15776	32	2.1	33	83	2	86	34	10	13	42	1.77
15816--15840	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
15849--15964	52	2.2	52	96	0	214	35	18	17	29	1.93
15932--15984	20	2.7	20	100	0	106	39	15	11	33	1.83
21855--21892	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
23829--24223	204	1.9	204	100	0	790	40	12	20	26	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24535--24559	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
24514--24576	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
29306--29335	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
29283--29351	33	2.1	33	86	0	93	33	20	14	31	1.92
36745--36798	20	2.7	20	91	0	72	29	12	7	50	1.68
39242--39378	51	2.7	52	85	5	172	33	23	8	34	1.86
39314--39691	79	4.8	78	78	5	332	29	24	11	34	1.90
39314--39691	158	2.4	158	79	3	411	29	24	11	34	1.90
44052--44291	96	2.5	98	85	4	319	38	11	22	27	1.89
46766--46818	21	2.6	21	90	3	81	35	16	5	41	1.73
48663--48687	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
48643--48709	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
48750--48774	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
48783--48963	52	3.5	52	96	0	326	35	18	17	28	1.94
53088--53114	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
62807--62908	1	102.0	1	74	0	78	86	9	1	1	0.73
62810--62907	17	5.6	17	74	20	87	85	10	2	2	0.76
62807--62908	21	4.7	21	76	13	91	86	9	1	1	0.73
62807--62905	27	3.8	26	82	13	123	85	10	2	2	0.75
62808--62908	38	2.7	37	86	7	141	86	9	1	1	0.74
64349--64672	30	11.1	29	82	7	331	31	28	16	22	1.96
64349--64667	58	5.5	58	85	7	409	31	28	17	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64347--64668	88	3.7	85	86	6	425	31	29	17	22	1.96
64659--64819	52	3.2	52	77	16	196	24	24	16	34	1.95
64674--64763	43	2.1	43	93	0	153	26	24	17	31	1.97
65541--65565	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
65521--65587	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
65628--65652	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
65661--65841	52	3.5	52	96	0	317	35	18	16	28	1.93
71277--71328	20	2.6	20	90	0	77	28	21	7	42	1.80
76112--76141	13	2.3	13	94	0	51	40	13	13	33	1.83
76091--76157	33	2.0	33	88	5	100	35	17	11	34	1.87
76190--76277	20	4.5	19	76	13	81	36	13	18	31	1.90
81058--81098	20	2.2	19	86	8	57	46	19	9	24	1.80
81161--81223	19	3.6	19	76	24	84	36	19	15	28	1.92
81179--81236	13	4.0	13	76	23	62	37	17	15	29	1.90
81161--81256	32	3.0	32	95	1	165	38	18	14	28	1.90
84358--84481	52	2.4	51	94	1	212	28	17	18	35	1.94
84358--84501	52	2.8	51	88	5	202	29	17	18	34	1.94
84490--84514	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
84555--84621	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
84577--84601	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
85742--85864	1	123.0	1	72	0	84	85	13	0	0	0.65
85742--85864	21	5.7	21	80	13	128	85	13	0	0	0.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87282--87732	85	5.2	86	76	13	268	28	30	16	24	1.97
87288--87732	29	15.3	29	76	12	312	28	30	17	24	1.97
87494--87747	88	2.9	86	86	6	336	30	29	18	20	1.97
87752--88134	49	8.0	49	79	13	386	26	25	16	32	1.96
87868--87934	21	3.2	21	67	23	59	26	26	16	29	1.97
87798--88077	91	3.0	91	92	5	440	26	25	16	31	1.96
87844--88025	42	4.2	43	85	11	262	26	26	17	29	1.97
87858--87925	21	3.2	22	63	23	54	29	23	17	29	1.97
87988--88114	51	2.4	51	81	6	139	22	25	16	34	1.95

Tables:   1

The End!