Tandem Repeats Finder Program written by:

                 Gary Benson
      Program in Bioinformatics
          Boston University

Version 4.09

Sequence: AWWV01010029.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10050, whole genome shotgun sequence

Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000

Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000

Length: 2619
ACGTcount: A:0.36, C:0.14, G:0.16, T:0.34


Found at i:353 original size:201 final size:199

Alignment explanation


    Indices: 5--746  Score: 1045
    Period size: 199  Copynumber: 3.7  Consensus size: 199

          1 AATT

                   *           *                    *      **      *         
          5 TGACAGTTTATTGTATAATTATCCTATAAGAAAAATTATATAATACATTGTCAGTAGAGTTTAGC
          1 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC

             *         *                                                *    
         70 AGACTTGACTATGTGCGAGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATGTATT
         66 AAAC-TG-C-ACGTGCGAGG-TTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATT

                                                                             
        135 AATATTAAATATTTAATTATGAAATGGATTATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAA
        127 AATATTAAATATTTAATTATGAAATGGA-TATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAA

                     
        200 AATTTACAC
        191 AATTTACAC

                                              *                  *           
        209 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAATTTATACAATACACCGTCAATGGAGTTTAGC
          1 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC

             *            *                                                  
        274 AGACTGCACGTGCGGGGTTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAAT
         66 AAACTGCACGTGCGAGG-TTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAAT

                                             *              *  *             
        339 ATTAAATATTTAATTATGAAATGGGATA--TGTCAACTTCTTAACCCGTTTTTGGAGTCCAAAAT
        130 ATTAAATATTTAATTATGAAAT-GGATATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAAT

                  
        402 TTACAC
        194 TTACAC

                                   *          *              *               
        408 TGACAGTGTATTGTATAATAATCTTATAAGAAAATTTATACAATACACCATCAGTGGAGTTTAGC
          1 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC

                                  *                                          
        473 AAACTGCACGTGCG-GTGTTAAGTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAAT
         66 AAACTGCACGTGCGAG-GTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAAT

                                     *     *                                 
        537 ATTAAATATTTAATTATGAAATGGGGTATGTATTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAAT
        130 ATTAAATATTTAATTATGAAAT-GGATATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAAT

                  
        602 TTACAC
        194 TTACAC

                        *         *                                    *    *
        608 TGACAGTGTATTATATAATAATTCTAT-AGAAAAATTATACAAATAC-CCGTCAGTGGATTTTAA
          1 TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATAC-AATACACCGTCAGTGGAGTTTAG

                      *   *                           *      *       *       
        671 CAAACTGCACATG-TAGG---A-TTTAAGGGTTGACATGTGTCCCCTTATGGAATATGTATTAAT
         65 CAAACTGCACGTGCGAGGTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAAT

                            
        731 ATTAAATATTTAATTA
        130 ATTAAATATTTAATTA

        747 ATTATGAAAT


Statistics
Matches: 496,  Mismatches: 36, Indels: 22
        0.90            0.06        0.04

Matches are distributed among these distances:
 194   55  0.11
 195    1  0.00
 198   75  0.15
 199  153  0.31
 200   66  0.13
 201   79  0.16
 202    4  0.01
 203    2  0.00
 204   61  0.12

ACGTcount: A:0.35, C:0.13, G:0.17, T:0.35


Consensus pattern (199 bp):   
TGACAGTGTATTGTATAATAATCCTATAAGAAAAATTATACAATACACCGTCAGTGGAGTTTAGC
AAACTGCACGTGCGAGGTTAACTTTAAGGGTTGACATGTGTACCCTTAGGGAATATATATTAATA
TTAAATATTTAATTATGAAATGGATATGTGTTAACTTCTTAACCCGCTTATGGAGTCCAAAATTT
ACAC

Found at i:1350 original size:16 final size:16

Alignment explanation


    Indices: 1325--1355  Score: 53
    Period size: 16  Copynumber: 1.9  Consensus size: 16

       1315 TTTACATATT

                 *          
       1325 ATAAAGATTTAGTAAA
          1 ATAAACATTTAGTAAA

                           
       1341 ATAAACATTTAGTAA
          1 ATAAACATTTAGTAA

       1356 TATTTTTCAA


Statistics
Matches: 14,  Mismatches: 1, Indels: 0
        0.93            0.07        0.00

Matches are distributed among these distances:
  16   14  1.00

ACGTcount: A:0.55, C:0.03, G:0.10, T:0.32


Consensus pattern (16 bp):   
ATAAACATTTAGTAAA
Done.