Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010072.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10093, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
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Found at i:95 original size:27 final size:27
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Indices: 65--118 Score: 99
Period size: 27 Copynumber: 2.0 Consensus size: 27
55 AATTTTTTTA
*
65 AGAAAATTCAGTTAAGAAATGAAATTT
1 AGAAAATTCAGTAAAGAAATGAAATTT
92 AGAAAATTCAGTAAAGAAATGAAATTT
1 AGAAAATTCAGTAAAGAAATGAAATTT
119 TGTTGTGAAA
Statistics
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0.96 0.04 0.00
Matches are distributed among these distances:
27 26 1.00
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Consensus pattern (27 bp):
AGAAAATTCAGTAAAGAAATGAAATTT
Found at i:437 original size:11 final size:11
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Indices: 423--460 Score: 51
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413 ATTCATAACA
423 AATTTATAATT
1 AATTTATAATT
434 AATTTATAATT
1 AATTTATAATT
445 -ATTTGATAATT
1 AATTT-ATAATT
*
456 TATTT
1 AATTT
461 TATATAGGAA
Statistics
Matches: 25, Mismatches: 0, Indels: 3
0.89 0.00 0.11
Matches are distributed among these distances:
10 4 0.16
11 17 0.68
12 4 0.16
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Consensus pattern (11 bp):
AATTTATAATT
Found at i:3009 original size:332 final size:329
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Indices: 2271--6701 Score: 3227
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2261 ATACTTTACA
* * * * *
2271 TCATCTAACCAAATCTCAGCAACATTGGATTTAAAAATTTGTTTTTATGAGCATCTGAATCTTTT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTT-AAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
** * *
2336 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATTAAAAAAATACAATATTAAAAGCGTAAAAAGC
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAA-T-AGGAAA-ACGATATTAAAAGCGTGAAAAGC
* *
2401 CCTCCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGATA
127 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
** * * * * * *
2465 AATCGTTT-GTATCAAATTTTCCAAAATTTTAGCTAAAATCGTGTACTAACAAACCATCACAGTT
192 AATC-TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTG---TAA-TAACTATCACGGTT
* * * * *
2529 TTTGACTAAAAACGAG-TT-------C---TCAATTTTGCATGATTTTTGGCTCCGAGACTACTT
252 TTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTT
2583 GAAATATCTATAT
317 GAAATATCTATAT
* * *
2596 TCATATAAT--AATCTCAGCCACATTAGATTTAAGTATTT-TTTTT-CTGAGCATCTGAATTTTG
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTAC-GAGCATCTGAATCTTG
* * * *
2657 TTTTGATTTAATTAGAAATTAATTTGGAAAAAATAGGAAAACGATATTAGAAA-CATCAAAAGCC
64 TTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATAGGAAAACGATATTA-AAAGCGTGAAAAGCC
* *
2721 CTTCAATATTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTATTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGTGGAAA
128 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTT-TTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * * * * *
2786 TATCTTTCGGATCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATCATGTAATAACTATCACAGTTTTTAG
192 AATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACTATCACGGTTTTTGG
* * * * *
2851 CTGAAAAA-GCGTTTTGGGGCCACGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACCAAAACTCCTTGAG
257 CT-AAAAACGCGTTTCGGGGCC-CGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
*
2915 ATATCCATAT
320 ATATCTATAT
* * ** *
2925 TCATCTAATCAAATCTCAGACACATTGGATTTAAGATTTTTTTTTTAAAAGCATCTGAATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGA-TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * * *
2990 TTTGATTTAATTGGAAATTAATTCAG-AAAAATATGAAAAAACTATATTAAAAGAGTGAAAAG-T
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATA-G-GAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCC
* * * * *
3053 CTTCCAATCTTTTTGGAGTTAAATTATATATATTTTATGAGTATTTTATCCAAAATTTGAGGAAA
128 CTT-CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAA
* * * * * *
3118 ATTTTTTCGGGTCATTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTACTAACCATCACGGTTATTGG
192 AATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACTATCACGGTTTTTGG
* * * * * * * *
3183 CTAAAAACGCGTTTCGGGTCCCGGCTTAGTTTAGCATGATTTATGACGGCGACACTCCTTGAAAT
257 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAAT
3248 ATCTATAT
322 ATCTATAT
* * * * *
3256 TCATCTAATAAAATCTTAGCCACATTGCATTTAAAAATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTT-AAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * *
3321 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTTGAAATAATATGAAAAATGAT-TTAAAAGCGTGAAAATCCA
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATA-GGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
* * * * * * * *
3385 TTTAATCTTTTTGGCATTAAATT-T-T-TTTTTTATGAGTATTATGGCTAAAAATTGAAGAAATA
129 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAA
* *
3447 TCTTTTGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAA-TCATCATGGTTTTTGGC
194 TCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACT-ATCACGGTTTTTGGC
* * * * * * * * * * * * * *
3511 TAAATATGTGTTCCGAGGCCCAGTTTAATTTTGAATGGTTTTTGACACTGAGACTCCTT---AT-
258 TAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATA
*
3572 T-TATTT
323 TCTATAT
* * * * *
3578 TCATCTAACCAAATCTCAG-C-C------------A-TTGTTTTTACAAGCATCTGAGTCATGTA
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * ** *
3628 TCGTTTTAATTAGAAACTAA-TTCGAAAAAAATAGGAAAACGATATTAGGAGCGTGAAAAACCCT
66 TCGATTTAATTAGAAATTAATTTAG-AAAAAATAGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCT
* * * * * *
3692 TCGATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAAAAAT
130 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAAT
* * * * * * * *****
3757 ATTTCAGGTCAATTTTAGCAAAATATTAGCCGAAATCGTGTAACGTCACTTTTTTTTTTTTTTTT
195 CTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAA--TAAC-----TATCACGGTTT
* * * * * * *
3822 TTTGCTGAAAACGCGTTCCAGGGCCC-GAGTCAGTTTT-CTATGATTTTTGGCACCAAGACTACT
253 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGA-TCAGTTTTGC-ATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCT
*
3885 TGAAATATCTTTAT
316 TGAAATATCTATAT
* * *
3899 TCATTTAATCAAATCTCAACCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTAAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTT-AAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * * *
3964 TTCAATTTAATTAGAAATTAATTTATAAAAAATATGAAAAGTGATATGAAAAGCATGAAAAGTCC
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATAGGAAAA-CGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
* * * * * * * * *
4029 TCCAGTTTTTTTTGCATTAAATTATATATATTTCATGAGTATTTTAGTC-AAAATTGAGGAAAAA
129 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGG-AAAA
** * * * * * * * * *
4093 AAATTTCTGGTCATTTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTATACTAA-TCATCGCGATTTTTTG
193 ATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACT-ATCACGGTTTTTGG
* * * * *
4157 CTAAAAATGTGTTTCGGGGCCTC-GACTCAGTTTTGTATGATTTTTGGCGTCGAGACTCTTTG-A
257 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCC-CGGA-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAA
4220 ATCATCTATAT
320 AT-ATCTATAT
* *
4231 TCATCTAATCAAATCTCAGGCACATTGCATTTAAGTATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * *
4296 TTCGATTTAAATA-AAATTTAATTCAG-ATAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAGGTC
65 TTCGATTTAATTAGAAA-TTAATTTAGAAAAAATA-GGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCC
* * * * * * *
4359 CTCCAATCTTTTTTTTG-GTTGAATTACATATATTTTATGAGTATTTAAGACAAAATTTGAGGAA
128 CTTCAATC--TTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAA
* ** * * *
4423 AAATATTTCTAGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGGCAAAATCGTATACGTTAGTCAA-AATCACGG
191 AAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCG--T--G-TAAT-AACTATCACGG
* ** * * * * * * * *
4487 TTTTTGGCTAAAAATGCGTCCCGAGGACCCGGTTCCGTGTTGCATAATTTTTGGCGCTGTGACTT
250 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCG-GGGCCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTC
4552 CTTGAAATATCTATAT
314 CTTGAAATATCTATAT
* ** * * * * *
4568 TTATCTAA-CTAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGGATTTG--TAAAGCAAACTTCTAAATCAT
1 TCATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTA-CGAGCATCTGAATCTT
* ** * * * *
4630 GTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAATAATAGGAAAAACGATATCAGAAGCATGGAAAG
63 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAA-AATAGG-AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
* *** * * * * *
4695 CCCTTCAATCTTTTTTGCGCCAAATTATATAATTTTTATGATTATTGTGGCTAAAAATTGAGGAA
126 CCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAA
* * * * **
4760 TTAA-CTTTCGAGTCAATTTTTGCAAAACTCTAGCTGAAATCGTGTAATAAAC-ATCACGGTTTT
191 -AAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAAT-AACTATCACGG--TT
* * * * * * * * *
4823 TTTGGTTAAAAACGCG-TTCTGGAGCCCCGGTTAAGCTTTGCATGATTTTTGCCACCAAGACTCT
252 TTTGGCTAAAAACGCGTTTC-GG-GGCCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCC
* * *
4887 TTGAGATATCCATAG
315 TTGAAATATCTATAT
* * * * *
4902 TCATCTAATCAAATCTTAGCTACATTTGATTTAAGAATTTGTTCTTACAAGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * ** *
4967 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAAAAAAAAT-GGAAAACGATATTAAAAGTGTGAAAAATCAT
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATAGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCT
* * * * * *
5031 CCAATCTTTTTGGTGTTAAATTATATATATCTTATGAGTATTTTAGCCAAGAATTGACGGAAAAA
130 TCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGA-GG-AAAA
* * *
5096 AT-TTTCGGGT-AATTTTTTGCAAAATTTCAG-C-----C--G--A-AAC-ATCACGATTTTAGG
193 ATCTTTCGGGTCAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACTATCACGGTTTTTGG
* * *
5147 CTAAAAACGTGTTTCGGGGCCCCGACTTAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAA
257 CTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGA-TCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAA
*
5212 TATCTTTAT
321 TATCTATAT
* * * *
5221 TTATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGAATTTAAGTATTTGTTTTCACGAGCATCTGAATCTTAT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAG-ATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * ***
5286 TTCGATTTAATTATAAATTAATTCA-AAAATATATGAAAAACGATATTAAAAGCAG-GAAAATTA
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATA-GGAAAACGATATTAAAAGC-GTGAAAAGCC
* * ** * * *
5349 CTCCAATATTTTTTACGTTGAATTATATATATTTTATGAGTATTGT-GCCTAAAAATTGAGGAAT
128 CTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCC-AAAAATTGAGGAAA
* * * * * * * * * * *
5413 AATATTTCGGGTCAATTTCTACAAAGTTTTAGTCGAAATCATG---TACCAATCACGATTTTTGT
192 AATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACTATCACGGTTTTTGG
* * ** * * * * * * *
5475 CAAAAAATGCAATCCGGGGCCCCGGGTCAGTTTTGAAT-ATTTTTTGTGGC-AAATCTCCTTGAA
257 CTAAAAACGCGTTTCGGGG-CCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGA-CTCCTTGAA
5538 ATATCTATATATAT
320 ATATC----TATAT
* * * * * * *
5552 TTATCTAACCAAGTCTTAGCCACATTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATTTGAATCATGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * * *
5617 TTCGATATAAATAAAAATTAATTT-GAAAAAAAAAGGAAAACGATATTAGAAGAGTGAGAAGCCC
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAG-AAAAAATAGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCC
* * *
5681 TTCAATCTTTTTGACGTTG------ATATTTTTTATGAGTATTGT-GACTAAAAATTGA-GAAAA
129 TTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAG-CCAAAAATTGAGGAAAA
* * * * * *
5738 ATATTTCGGATCAGTTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATC-T-T-GT-ACCATCATGGTTTTTGGC
193 ATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACTATCACGGTTTTTGGC
* * ** ** *
5799 TAAAAACGCATTTCAGGGCCTATG-TCAGTTTTGCATGATTTTT-GCTGCTAAGACTCCTTAAAA
258 TAAAAACGCGTTTCGGGGCC-CGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-GCCGAGACTCCTT-GAA
5862 TATATCTATAT
320 -ATATCTATAT
* ** * * * * *
5873 TCAACTAAAT-AAATCTCAGTTAGATTGTATTTAAGGATTTGTTTTTATGAGTTAT-TAAATCTT
1 TCATCT-AATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTACGAG-CATCTGAATCTT
* * * *
5936 GTTTCGATTTAATCAGAAATTAATTTGGAAATAAAATAGGAAAAACGTTATTATAAGCGTGAAAA
63 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAG-AA-AAAATAGG-AAAACGATATTAAAAGCGTG-AAA
* * * * * * * *
6001 AGGCTTTCAATTTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAATGATTATTTTCGCTAGAAATTGAG
124 AGCCCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTT-ATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAG
* * ** *
6066 GAAAAA-CTTTCGGGTGAATTTTTGCAAAATTTTGGTTAAAATCGTATAATAACTATCACGGTTT
188 GAAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACTATCACGGTTT
* * * * *
6130 TCGGCTAAAAACGCGTTTCGCGGCCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTGCCAAGACTCCTTG
253 TTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTG
* *
6195 AAATATGTTTAT
318 AAATATCTATAT
* * ** *
6207 TCATCTAACCAAATC-CTAGCCACATT-AAGTTTAAGGAAGTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTT
1 TCATCTAATCAAATCTC-AGCCACATTGGA-TTTAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTT
* * * * * * *
6270 GTCTCGATTTAATTAAAAATTAATTTGGAAAAGTATAGGAAAAACAATATTAGAAGCGTTAAAA-
63 GTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAA-AATAGG-AAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAG
*** * * *
6334 CTCCTTCAATCTTTTTTATGTCGAATTATATATTTTTTACGAGTATTCTA-CACAAAAATTGAGG
126 C-CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGC-CAAAAATTGAGG
* * * *
6398 AAATATCTTTCGGGTCAATTTTTGCACAATTTTAGCCGAAAT--TGTAAACTAA-TCATCACAGT
189 AAAAATCTTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGT-AA-TAACT-ATCAC-GG
* ** * * ** *
6460 TTTTTTGCTAAAAACGCGTTTCAAGGCCATGGCT-ATGTTTTGCATGATTTTTTACGCCGAAACT
250 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGGCC-CGGATCA-GTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACT
* *
6524 CCTTGAATTATCTTTAT
313 CCTTGAAATATCTATAT
* * * * *
6541 TCATCTAATCAAATCTCAGTCACACTGGATTTAAGGATTTATTTTTATGTGCATCTGAATCTTGT
1 TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAA-GATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * *
6606 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAAAATATATGAAAACGATATTAAAAGCATGAAAAGT
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTTAG--AAAAA-ATAGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGC
* * * *
6671 CCTCCTATCTTTTTGACATTGAATTATATAT
127 CCTTCAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATAT
6702 ATATATATAT
Statistics
Matches: 3251, Mismatches: 664, Indels: 372
0.76 0.15 0.09
Matches are distributed among these distances:
305 11 0.00
306 84 0.03
307 2 0.00
308 1 0.00
309 72 0.02
311 2 0.00
315 1 0.00
316 50 0.02
317 20 0.01
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320 90 0.03
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325 64 0.02
326 4 0.00
327 153 0.05
328 36 0.01
329 54 0.02
330 38 0.01
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332 544 0.17
333 154 0.05
334 286 0.09
335 96 0.03
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337 232 0.07
338 143 0.04
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.38
Consensus pattern (329 bp):
TCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
TCGATTTAATTAGAAATTAATTTAGAAAAAATAGGAAAACGATATTAAAAGCGTGAAAAGCCCTT
CAATCTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTAGCCAAAAATTGAGGAAAAATC
TTTCGGGTCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCAAAATCGTGTAATAACTATCACGGTTTTTGGCTAA
AAACGCGTTTCGGGGCCCGGATCAGTTTTGCATGATTTTTGGCGCCGAGACTCCTTGAAATATCT
ATAT
Found at i:6702 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 6695--6725 Score: 62
Period size: 2 Copynumber: 15.5 Consensus size: 2
6685 GACATTGAAT
6695 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA T
6726 TATGAGTATT
Statistics
Matches: 29, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 29 1.00
ACGTcount: A:0.48, C:0.00, G:0.00, T:0.52
Consensus pattern (2 bp):
TA
Done.