Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010179.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10200, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 17450
ACGTcount: A:0.32, C:0.18, G:0.18, T:0.32
Found at i:7 original size:2 final size:2
Alignment explanation
Indices: 1--33 Score: 66
Period size: 2 Copynumber: 16.5 Consensus size: 2
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
1 AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT AT A
34 CACACACACA
Statistics
Matches: 31, Mismatches: 0, Indels: 0
1.00 0.00 0.00
Matches are distributed among these distances:
2 31 1.00
ACGTcount: A:0.52, C:0.00, G:0.00, T:0.48
Consensus pattern (2 bp):
AT
Found at i:5264 original size:13 final size:13
Alignment explanation
Indices: 5246--5307 Score: 58
Period size: 13 Copynumber: 5.0 Consensus size: 13
5236 CAATCAAGAA
5246 AATTAAAGAAAAC
1 AATTAAAGAAAAC
**
5259 AATTAATTAAAA-
1 AATTAAAGAAAAC
* * *
5271 AATCAGAGAATA-
1 AATTAAAGAAAAC
5283 AATT-AAGAAAAC
1 AATTAAAGAAAAC
5295 AATTAAAGAAAAC
1 AATTAAAGAAAAC
5308 CCTCCAACAT
Statistics
Matches: 37, Mismatches: 10, Indels: 4
0.73 0.20 0.08
Matches are distributed among these distances:
11 5 0.14
12 14 0.38
13 18 0.49
ACGTcount: A:0.66, C:0.06, G:0.08, T:0.19
Consensus pattern (13 bp):
AATTAAAGAAAAC
Found at i:5304 original size:24 final size:25
Alignment explanation
Indices: 5244--5307 Score: 69
Period size: 24 Copynumber: 2.6 Consensus size: 25
5234 AGCAATCAAG
*
5244 AAAATTAAAGAAAACAATTAATTAA
1 AAAATTAAAGAAAACAATTAATGAA
* * *
5269 AAAATCAGAGAATA-AATTAA-GAA
1 AAAATTAAAGAAAACAATTAATGAA
5292 AACAATTAAAGAAAAC
1 AA-AATTAAAGAAAAC
5308 CCTCCAACAT
Statistics
Matches: 30, Mismatches: 7, Indels: 4
0.73 0.17 0.10
Matches are distributed among these distances:
23 4 0.13
24 15 0.50
25 11 0.37
ACGTcount: A:0.67, C:0.06, G:0.08, T:0.19
Consensus pattern (25 bp):
AAAATTAAAGAAAACAATTAATGAA
Found at i:11638 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 11576--11697 Score: 208
Period size: 43 Copynumber: 2.8 Consensus size: 43
11566 GAAAATTAGT
*
11576 CAACTTAATTCAATGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAA
1 CAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAA
* *
11619 TAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAAGTGGTAATTTGGTAAA
1 CAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAA
*
11662 CAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
1 CAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATT
11698 AATTTAATTC
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 6, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 73 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.07, G:0.16, T:0.38
Consensus pattern (43 bp):
CAACTTAATTCAGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTTGGTAAA
Found at i:11651 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 11606--11728 Score: 120
Period size: 35 Copynumber: 3.3 Consensus size: 35
11596 AAGTAAATTG
* *
11606 GTAATTTGGTAAATAACTTAATTCAGTGTAATTAA
1 GTAAATTGGTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAA
*
11641 GTAAAGTGGTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAA
1 GT--A-----AA-TTGGTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAA
* * *
11684 GTAAATTGGTAATTAATTTAATTCGGTGCAATTAA
1 GTAAATTGGTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAA
11719 GTAAATTGGT
1 GTAAATTGGT
11729 GATTAAATTA
Statistics
Matches: 73, Mismatches: 7, Indels: 16
0.76 0.07 0.17
Matches are distributed among these distances:
35 38 0.52
36 2 0.03
37 1 0.01
41 1 0.01
42 1 0.01
43 30 0.41
ACGTcount: A:0.37, C:0.06, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
GTAAATTGGTAAATAACTTAATTCGGTGTAATTAA
Found at i:11734 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 11666--11739 Score: 121
Period size: 35 Copynumber: 2.1 Consensus size: 35
11656 GGTAAACAAC
* *
11666 TTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAAT
1 TTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGTAATTAAA
*
11701 TTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGTGATTAAA
1 TTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGTAATTAAA
11736 TTAA
1 TTAA
11740 GTAATTTGGT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 3, Indels: 0
0.92 0.08 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 36 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.04, G:0.18, T:0.41
Consensus pattern (35 bp):
TTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGTAATTAAA
Found at i:11741 original size:56 final size:56
Alignment explanation
Indices: 11678--11795 Score: 164
Period size: 56 Copynumber: 2.1 Consensus size: 56
11668 AATTCGGTGT
** * *
11678 AATTAAGTAAATTGGTAATTAATTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGTGATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGTAATTA
* * *
11734 AATTAAGTAATTTGGTAAACAGCTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTA
1 AATTAAGTAAATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGTAATTA
*
11790 ATTTAA
1 AATTAA
11796 TTCGGTGCAA
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
56 54 1.00
ACGTcount: A:0.40, C:0.04, G:0.17, T:0.39
Consensus pattern (56 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAAACAACTTAATTCGGTGCAATTAAGTAAATTGGTAATTA
Found at i:11763 original size:91 final size:91
Alignment explanation
Indices: 11649--11869 Score: 415
Period size: 91 Copynumber: 2.4 Consensus size: 91
11639 AAGTAAAGTG
11649 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAATTTAATTCGGTGCA
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAATTTAATTCGGTGCA
11714 ATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
66 ATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
*
11740 GTAATTTGGTAAACAGCTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAATTTAATTCGGTGCA
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAATTTAATTCGGTGCA
11805 ATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
66 ATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
* *
11831 GTAATTCGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAGTTAAGTAA
1 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAA
11870 GGCCCCGTTT
Statistics
Matches: 126, Mismatches: 4, Indels: 0
0.97 0.03 0.00
Matches are distributed among these distances:
91 126 1.00
ACGTcount: A:0.38, C:0.06, G:0.19, T:0.38
Consensus pattern (91 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTGGTAATTAATTTAATTCGGTGCA
ATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
Found at i:11825 original size:35 final size:35
Alignment explanation
Indices: 11734--11830 Score: 122
Period size: 35 Copynumber: 2.8 Consensus size: 35
11724 TTGGTGATTA
* ** ** *
11734 AATTAAGTAATTTGGTAAACAGCTTAATTCGGTGT
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAATTCGGTGC
*
11769 AATTAAGTAAATTGGTAATTAATTTAATTCGGTGC
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAATTCGGTGC
*
11804 AATTAAGTAAATTGGTGATTAAATTAA
1 AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAA
11831 GTAATTCGGT
Statistics
Matches: 54, Mismatches: 8, Indels: 0
0.87 0.13 0.00
Matches are distributed among these distances:
35 54 1.00
ACGTcount: A:0.39, C:0.05, G:0.18, T:0.38
Consensus pattern (35 bp):
AATTAAGTAAATTGGTAATTAAATTAATTCGGTGC
Found at i:12210 original size:43 final size:43
Alignment explanation
Indices: 12160--12242 Score: 130
Period size: 43 Copynumber: 1.9 Consensus size: 43
12150 ATTAAATTAA
* * * *
12160 GTAATTTGGTAAACAACTTAATTCGGTGTAATTAAGTAAATTG
1 GTAATTTGGTAAACAACTAAACTCGGCGAAATTAAGTAAATTG
12203 GTAATTTGGTAAACAACTAAACTCGGCGAAATTAAGTAAA
1 GTAATTTGGTAAACAACTAAACTCGGCGAAATTAAGTAAA
12243 CCATCAAATT
Statistics
Matches: 36, Mismatches: 4, Indels: 0
0.90 0.10 0.00
Matches are distributed among these distances:
43 36 1.00
ACGTcount: A:0.41, C:0.10, G:0.18, T:0.31
Consensus pattern (43 bp):
GTAATTTGGTAAACAACTAAACTCGGCGAAATTAAGTAAATTG
Done.