Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010249.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10270, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4647
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.14, T:0.37
Found at i:1889 original size:26 final size:27
Alignment explanation
Indices: 1860--1916 Score: 73
Period size: 26 Copynumber: 2.1 Consensus size: 27
1850 TTTTAATAAG
*
1860 TATTGTTTTTAG-TAATTGAA-CTTTTT
1 TATT-TTTTTAGATAATTCAACCTTTTT
*
1886 TATTTTTTTAGATGATTCAACCTTTTT
1 TATTTTTTTAGATAATTCAACCTTTTT
1913 TATT
1 TATT
1917 AATTATAGAA
Statistics
Matches: 27, Mismatches: 2, Indels: 3
0.84 0.06 0.09
Matches are distributed among these distances:
25 7 0.26
26 10 0.37
27 10 0.37
ACGTcount: A:0.23, C:0.07, G:0.09, T:0.61
Consensus pattern (27 bp):
TATTTTTTTAGATAATTCAACCTTTTT
Found at i:3801 original size:331 final size:326
Alignment explanation
Indices: 2471--4510 Score: 1702
Period size: 331 Copynumber: 6.2 Consensus size: 326
2461 GGTTTAATAC
** * * ** * * *
2471 CATCTAA-CTAAATCTCAGTAATATTGGATTTAAAAATTTGTTTTTACAAGCATCTGATTTTTGT
1 CATCTAATC-AAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * * * *
2535 TTCAATATAATTATAAATTAATTTAGAAAAAATAAGAAATATGATATTAAAAGTGTGAAAAA-CC
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAG-AAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGT-AAAAAGCC
* * *
2599 CTCCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTATAAGAATTTTAG-TCAAAAATTGAGGAGAA
128 CTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTATGAGTA-TTTAGCT-AAAAATTGAGGA-AA
* * * * * *
2663 -ATCTTGCGGGTTAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTG
190 TATCTTTCGGATTAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTTG
* * *
2726 GCTAAAAACGTGTTCC-AGGTACCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCAATGACTACTTGA
255 GCTAAAAATGCGTTCCGAGG--CCC-ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCAA--ACTCCTTGA
*
2790 AATATTTATATT
315 AATATCTATATT
* * *
2802 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGAATTAAAGG-TTTGTTTTTCCGAGCATCTGAATCTTGT
1 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATT-GCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGT
* * * * * * **
2866 TTTGATTTAATTAGAAATTAGTTCGGAAAAATTAGGAAAAATGATATTAGAAA-TGTCAAAAGTA
65 TTCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-TAGGAAAAACGATATTA-AAAGCGTAAAAAGCC
* * *
2930 TTTCAATCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTA-CAAAAAATTGAGGAAAT
128 CTTCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTA-TTTAGCTAAAAATTGAGGAAAT
* * * * * * *
2994 ATCTTTCGAATCAATTTTCTACAAAATTTTAGCTGAAATCGTGCAATAAAT-ATCAC-ATGTTTT
191 ATCTTTCGGATTAATTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAAT-AATCATCACGGTTTTTT
* * * ** *
3057 GGCTAAAAAAGCGTTTCGGGGCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGATGC-CAAAACTCCTTGAG
254 GGCTAAAAATGCGTTCCGAGGCCCACTCAGTTTTGCATGATTTTTG--GCTC-AAACTCCTTGAA
*
3121 ATATCCATATT
316 ATATCTATATT
* * * * **
3132 TATCTAATTAAATCTCAGCCACATTGGAATTAAATATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
1 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * ** *
3197 TCGATTTAATTAGAAATTAGTTCAAAAAAATATG-AAAACGATATTAAAAAAGTAAAAAGCCCTC
66 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTAAAAAGCCCTT
* * * * * *
3261 CAATCTTTTTGGAATTAAATTATATATTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTT
131 CAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTATGAGTA-TTTAGCTAAAAATTGAGGAAATATCT
* * * *
3326 TTCGGATCAAATTTTTTTTTGGCAAAATTTGAGCCAAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTT
195 TTCGGAT-TAA----TTTTT-GCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTT
* * * *
3391 GGCTAAAAATGTGTTCCGGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCACTGACAC-CCTTGA
254 GGCTAAAAATGCGTTCC-GAGGCCC-ACTCAGTTTTGCATGATTTTTGG--CTCAAACTCCTTGA
3455 AATATCTATATT
315 AATATCTATATT
* * * * * * *
3467 CATCTAATAAAATTTTAGCCATATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCCGATTCTTGTT
1 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * *
3532 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCATAATAAATATGAAAAACGATATTAAAAGCGTTAAAAGCCCT
66 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAA-AAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTAAAAAGCCCT
* * * *
3597 TCAATCTTTTCGGCATTGATTTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTGAGGAAATATC
130 TCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTATGAGTATT-TAGCTAAAAATTGAGGAAATATC
* * *
3662 TTTTGGATTAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAATAATCATCATGGTTTTTTGGCTA
194 TTTCGGATTAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTTGGCTA
* * * * *
3727 AAAATGTGTTCCGAGGTCCATTTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTTAAATATC
259 AAAATGCGTTCCGAGGCCCA-CTCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-TC-AAACTCCTTGAAATATC
3792 TATATT
321 TATATT
* * * * * * *
3798 CATCTAACCAAA--TC--CCAGA---CA-TT----A-TT-TTTATA--AGAATCTTAATCATATT
1 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * * * * *
3847 TCGTTTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATAGGAAAAATGGTATTAGAAGCATGAAAAAGCCCT
66 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGT-AAAAAGCCCT
* * * * *
3912 TCAATCTTTTCGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATAAGTATTGT-GACTAAAAATTGAGGAAAAA
130 TCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTATGAGTATT-TAG-CTAAAAATTGAGGAAATA
* * * * * * *
3976 TATTTCGG-GTAATTTTTTACAAAATATCAGTCGAAATCGTG---TAA-CATTACGGGTTTTTTG
192 TCTTTCGGATTAA-TTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCAC-GG--TTTT-
* * * *
4036 TTGTTGCTAAAAACGCATTCCG-GGACCC-CGGGTCAGTATTGCATGATTTTTGACGTCAAGACT
252 TTG--GCTAAAAATGCGTTCCGAGG-CCCAC---TCAGTTTTGCATGATTTTTGGC-TCAA-ACT
*
4099 CCTTGAAATATCTAAATT
309 CCTTGAAATATCTATATT
* * * * * * *
4117 CATCAAATCAAATATCAGCCGCATTGGACTTAAGGATTTGTTTTAACGAGCATCTAAATCTTGTT
1 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
* * *
4182 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTAGAAGCGTAAAAA-ACCT
66 TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAA-TAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTAAAAAGCCCT
* * * * *
4246 TCAATATTTTTGGCATCGAGTTATATATTTTTTTATGA-TAATTTAGCAAAAAATTGAGAAAATA
130 TCAATCTTTTTGGCATTGAATTATATA--TTTTTATGAGT-ATTTAGCTAAAAATTGAGGAAATA
* * * * *
4310 TCTTTCCGG-TCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTATAATAATAATCACGATTTTTT-G
192 TCTTT-CGGATTAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTTGG
* ** * *
4373 CTAAAAATGCGTTTC-AGGGCCCTGGGTCAGTTTTGCATTG-TTTTTGGCACTAAAACTACTTGA
256 CTAAAAATGCGTTCCGA-GGCCC--ACTCAGTTTTGCA-TGATTTTTGG--CTCAAACTCCTTGA
* *
4436 GATATCCATATT
315 AATATCTATATT
* *
4448 CATCTAATCAAATTTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACAAGCATCTGAATCTTG
1 CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTG
4511 ATATGAAAAG
Statistics
Matches: 1385, Mismatches: 238, Indels: 172
0.77 0.13 0.10
Matches are distributed among these distances:
312 4 0.00
313 5 0.00
314 22 0.02
315 76 0.05
316 63 0.05
317 7 0.01
318 20 0.01
319 52 0.04
321 2 0.00
323 5 0.00
324 2 0.00
326 1 0.00
327 26 0.02
328 67 0.05
329 13 0.01
330 155 0.11
331 324 0.23
332 92 0.07
333 40 0.03
334 91 0.07
335 169 0.12
336 57 0.04
337 88 0.06
338 4 0.00
ACGTcount: A:0.34, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (326 bp):
CATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTT
TCGATTTAATTAGAAATTAATTCAGAAAAATAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTAAAAAGCCCTT
CAATCTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTATGAGTATTTAGCTAAAAATTGAGGAAATATCTT
TCGGATTAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATCATCACGGTTTTTTGGCTAAA
AATGCGTTCCGAGGCCCACTCAGTTTTGCATGATTTTTGGCTCAAACTCCTTGAAATATCTATAT
T
Found at i:4202 original size:650 final size:648
Alignment explanation
Indices: 2542--4460 Score: 1737
Period size: 650 Copynumber: 2.9 Consensus size: 648
2532 TGTTTCAATA
* * * * **
2542 TAATTATAAATTAATTTAGAAAAAATAAGAAATATGATATTAAAAGTGTGAAAAA-CCCTCCAAT
1 TAATTAGAAATTAATTCA-AAAAAATAGGAAA-ACGATATTAAAAAAGT-AAAAAGCCCTCCAAT
* * * * * * * *
2606 CTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTATAAGAATTTTAGT-CAAAAATTGAGGAGAAATCTTGC
63 CTTTTCGGAATTAAATTATATATTTTTATAAGTATTTGA-TCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTC
* * * * * * *
2670 GGGTTAA--TTTTTG-TAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTACTAACCATCACAG-TTTTTGGCTAA
127 GGATAAATTTTTTTGACAAAATATCAGCCAAAATCGTG-A-TAACCATCACGGTTTTTTGGCTAA
** * *
2731 AAACGTGTTCCAGGTA-CCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG-GCTCAATGACTACTTGAAATA
190 AAACGCATTCC-GGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCG-TCAA-GACTCCTTGAAATA
* * *
2794 TTTATATTCATCTAATCAAATCTCAGCCACATTGGAATTAAAGG-TTTGTTTTTCCGAGCATCTG
252 TCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGAATT-AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTG
* * * * *
2858 AATCTTGTTTTGATTTAATTAGAAATTAGTTCGGAAAAATTAGGAAAAATGATATTAGAAA-TGT
316 AATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTA-AAAGCGT
* * * *
2922 CAAAAGTA-TTTCAATCTTTTTGACATTGAATTATATATTTTTTATGAGTATTTTA-CAAAAAAT
380 TAAAAG-ACCTTCAATCTTTTTGGCATTGATTTATATA-TTTTTATGAGTA-TTTAGCAAAAAAT
* * * * *
2985 TGAGGAAATATCTTTCGAATCAATTTTCTACAAAATTTTAGCTGAAATCGTGCAATAAATATCAC
442 TGAGGAAATATCTTTCGGATCAATTTT-TGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAAT-AATATCAG
* * * * * *
3050 ATGTTTTGGCTAAAAAAGCGTTTCGGGGCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTTGATGCCAAAACTC
505 ATTTTTTGGCTAAAAATGCGTTCCGGGGCCAGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGACGCCAAAACTC
* * ** * *
3115 CTTGAGATATCCATATTTATCTAATTAAATCTCAGCCACATTGGAATTAAATATTTGTTTTTACG
570 CTTGAAATATCCATATTCATCTAACCAAATCCCAG-CAC-----AATT--ATATTTGTTTATAC-
* * *
3180 AGCATCTGAATCTTGTTTCGATT
626 AGAATCTGAATCATATTTCGATT
* *
3203 TAATTAGAAATTAGTTCAAAAAAATATGAAAACGATATTAAAAAAGTAAAAAGCCCTCCAATCTT
1 TAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAACGATATTAAAAAAGTAAAAAGCCCTCCAATCTT
* * * *
3268 TTTGGAATTAAATTATATATTTTTATGAGTATTTTATCCAAAAATTGAGGAAAAATTTTTCGGAT
66 TTCGGAATTAAATTATATATTTTTATAAGTATTTGATCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGAT
* * *
3333 CAAATTTTTTTTTGGCAAAATTTGAGCCAAAATCGTGTAATAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAA
131 -AAA--TTTTTTTGACAAAATATCAGCCAAAATCGTG--ATAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAA
* ** ** * *
3398 AATGTGTTCCGGGGGCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG-G-CACTGACACCCTTGAAATATC
191 AACGCATTCCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCGTCA-AGAC-TCCTTGAAATATC
* * * * * * * * *
3461 TATATTCATCTAATAAAATTTTAGCCATATTGCATTTAAGGATTTGTTTTTACGACCATCCGATT
254 TATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT
** *
3526 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCATAATAAA-TATGAAAAACGATATTAAAAGCGTTAA
319 CTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAA-AAAGTAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTTAA
* * * * *
3590 AAGCCCTTCAATCTTTTCGGCATTGATTTATATATTTTTATGAGTATTGTGGCTAGAAATTGAGG
383 AAGACCTTCAATCTTTTTGGCATTGATTTATATATTTTTATGAGTATT-TAGCAAAAAATTGAGG
* * * *
3655 AAATATCTTTTGGATTAATTTTTGCAAAATTTTAACCGAAATCGTGTAATAATCATCATGGTTTT
447 AAATATCTTTCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAAT-ATCA-GATTTT
* * ** * * * *
3720 TTGGCTAAAAATGTGTTCCGAGGTCCATTTCAGTTTTGAATGATTTTTGGCGTCGAAACTCCTTT
510 TTGGCTAAAAATGCGTTCCG-GGGCCAGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGACGCCAAAACTCCTTG
* *
3785 AAATATCTATATTCATCTAACCAAATCCCAG-AC-A-T-TA-TT-TTTATA-AGAATCTTAATCA
574 AAATATCCATATTCATCTAACCAAATCCCAGCACAATTATATTTGTTTATACAGAATCTGAATCA
*
3843 TATTTCGTTT
639 TATTTCGATT
** * * ** *
3853 TAATTAGAAATTAATTCGGAAAAATAGGAAAAATGGTATTAGAAGCA-TGAAAAAGCCCTTCAAT
1 TAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGG-AAAACGATATTA-AAAAAGT-AAAAAGCCCTCCAAT
** * * *
3917 CTTTTCGGCGTTGAGTTATATATTTTTTATAAGTATTGTGA-CTAAAAATTGAGGAAAAATATTT
63 CTTTTCGGAATTAAATTATATA-TTTTTATAAGTATT-TGATCCAAAAATTGAGGAAAAATATTT
* * * *
3981 CGGGT-AA-TTTTTT-ACAAAATATCAGTCGAAATCGTG-TAA-CATTACGGGTTTTTTGTTGTT
126 CGGATAAATTTTTTTGACAAAATATCAGCCAAAATCGTGATAACCATCAC-GG--TTTT-TTG--
** *
4041 GCTAAAAACGCATTCCGGGACCCCGGGTCAGTATTGCATGATTTTTGACGTCAAGACTCCTTGAA
185 GCTAAAAACGCATTCCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTG-CGTCAAGACTCCTTGAA
* * * * *
4106 ATATCTAAATTCATCAAATCAAATATCAGCCGCATTGGACTTAAGGATTTGTTTTAACGAGCATC
249 ATATCTATATTCATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATC
* *
4171 TAAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTAGAAGCG
314 TGAATCTTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTAAAAGCG
* * * *
4236 -TAAAAAACCTTCAATATTTTTGGCATCGAGTTATATATTTTTTTATGA-TAATTTAGCAAAAAA
379 TTAAAAGACCTTCAATCTTTTTGGCATTGA-TT-TATATATTTTTATGAGT-ATTTAGCAAAAAA
* * *
4299 TTGAGAAAATATCTTTCCGG-TCAATTTTTGTAAAATTTTAGCCGAAATCGTATAATAATAATCA
441 TTGAGGAAATATCTTT-CGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAAT-ATCA
* * * * * * * *
4363 CGATTTTTT-GCTAAAAATGCGTTTCAGGGCCCTGGGTCAGTTTTGCATTG-TTTTTGGCACTAA
504 -GATTTTTTGGCTAAAAATGCG-TTCCGGGGCC-AGCTCAGTTTTG-AATGATTTTTGACGCCAA
* * *
4426 AACTACTTGAGATATCCATATTCATCTAATCAAAT
565 AACTCCTTGAAATATCCATATTCATCTAACCAAAT
4461 TTCAGCCACA
Statistics
Matches: 1038, Mismatches: 176, Indels: 99
0.79 0.13 0.08
Matches are distributed among these distances:
643 5 0.00
644 5 0.00
646 4 0.00
647 21 0.02
648 6 0.01
649 81 0.08
650 280 0.27
651 39 0.04
652 41 0.04
653 40 0.04
654 4 0.00
657 1 0.00
658 7 0.01
659 80 0.08
660 14 0.01
661 15 0.01
663 5 0.00
664 61 0.06
665 218 0.21
666 111 0.11
ACGTcount: A:0.34, C:0.13, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (648 bp):
TAATTAGAAATTAATTCAAAAAAATAGGAAAACGATATTAAAAAAGTAAAAAGCCCTCCAATCTT
TTCGGAATTAAATTATATATTTTTATAAGTATTTGATCCAAAAATTGAGGAAAAATATTTCGGAT
AAATTTTTTTGACAAAATATCAGCCAAAATCGTGATAACCATCACGGTTTTTTGGCTAAAAACGC
ATTCCGGGACCCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTTGCGTCAAGACTCCTTGAAATATCTATATTC
ATCTAATCAAATATCAGCCACATTGGAATTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTGTTT
CGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAGTAGGAAAAACGATATTAAAAGCGTTAAAAGACCTT
CAATCTTTTTGGCATTGATTTATATATTTTTATGAGTATTTAGCAAAAAATTGAGGAAATATCTT
TCGGATCAATTTTTGCAAAATTTTAGCCGAAATCGTGTAATAATATCAGATTTTTTGGCTAAAAA
TGCGTTCCGGGGCCAGCTCAGTTTTGAATGATTTTTGACGCCAAAACTCCTTGAAATATCCATAT
TCATCTAACCAAATCCCAGCACAATTATATTTGTTTATACAGAATCTGAATCATATTTCGATT
Done.