Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010289.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10310, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 1694
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Found at i:1658 original size:329 final size:329
Alignment explanation
Indices: 1--1694 Score: 2209
Period size: 329 Copynumber: 5.1 Consensus size: 329
* * * * *
1 AATATTAAAGGGCATTTCACACTTCAAAGATCAGTTTTCCT-ATTATTTCCGAATTAATTCCTAA
1 AATATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAGATAAGTTTTCCTAATT-TTTCCGAATTAATTTCTAA
* * *
65 TTAAATCGAAACATGATTCACATGCAGTAGAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGTCTAAA-TTA
65 TTAAATCGAAACATGATTCACATGCTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTTAAATTTA
* * * *
129 GGGCAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCAAAAAATCATGCAAAATTGAGCTAGGG
130 -GTCAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-CGGG
* * * *
194 -CCCTAGAACGCGTTTTTAACCAAAAACCGTGATGGTTAATACAAGATTTCGGCTAAAATTTTGC
193 CCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * * * * * * *
258 GAAAAGTAACCCGAAAGATTTTTCTTTAA-TTTTTGGCAACAATATTGAAAACAAGATATAACTC
257 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTTGGCAATAATACT-AAAAAAATATATAACTC
322 AACGCCAAA
321 AACGCCAAA
* * *
331 AATATTAAAAGGCTTTTCACTCTTCTAAGATAGGTTTTCCT-ATTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
1 AATATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAGATAAGTTTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
* * * *
395 TAAATCGAAACATGATTCACATGCTGTAAAACCAAATCCTTAATTCCAATGTGGTTTAGATTTGG
66 TAAATCGAAACATGATTCACATGCTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTTAAATTTAG
*
460 TCAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCCAAAAATCATGCAAACCTGAGCCGGGGCC
131 TCAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGGCC
* * *
525 TCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTGGCAAA
195 CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
** *
590 AATTGACCTAAAATATTTTTCCTTAAATTTTTT-GCAATAATACTAAAAACAATATATAACTCAA
260 AATTGACCCGAAAGATTTTTCCTT-AATTTTTTGGCAATAATACTAAAAA-AATATATAACTCAA
*
654 CCCCAAA
323 CGCCAAA
* * * * * *
661 AACATTGAAGGGCTTTACACGCTTCTAAGATCTA-TTTTCCTATTTTTTCCGAATGAATTTCTAA
1 AATATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAGAT-AAGTTTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTAA
* * * * * *
725 TTAAATCAAAACATGATTCAGATGTTCTAAAAGCAAATCATTAAATCCAATGTGGTTTATATTTA
65 TTAAATCGAAACATGATTCACATGCTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTTAAATTTA
* * *
790 G-CTAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCTGGCAAAAATCATGCAAAACGGAGCCAGGG
130 GTC-AGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGG
* * * * * *
854 CCCCGGAACGCGTTTTTAGCCAAAAACAGTGATAGTTAGTATACGATTTCGACTAAAATTTTACA
193 CCCCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCA
* * *
919 AAAATTGACCTGAAAGATTTTTCCTTAAATTTTT-GCAATAATACTAAAAACGATATATAACTCA
258 AAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTTGGCAATAATACTAAAAA-AATATATAACTCA
983 ACGCCAAA
322 ACGCCAAA
* * *
991 AATATTAAAGGGCTTTTCGCGCTTTTAAGA-ACGATTTTCCTAATTTTTTCCGAATTAA-TT-TA
1 AATATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAGATAAG-TTTTCCTAA-TTTTTCCGAATTAATTTCTA
* * * * * *
1053 GTTATATCGAAACATGATTCACATGCTGTAAAACCAAATCTTTAATTCCAATGTGGTTTAGATTT
64 ATTAAATCGAAACATGATTCACATGCTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTTAAATTT
* *
1118 AGTCAGATGAATATAGATAATTCAAGGAGTCTTTCCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGG
129 AGTCAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC-GGG
* * *
1183 CCTC-AGAACGCGTTTTTA-ACAAAAACCGTAATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
193 CCCCGA-AACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGC
* * *
1246 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTT-ATTTTTTGGTC-ATAATACTAAAAAAATTTATCATTC
257 AAAAATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTTGG-CAATAATACTAAAAAAATATATAACTC
* *
1309 AACACCAAC
321 AACGCCAAA
* *
1318 AATATTAAAGGGCTTTTGACGCTTCTAAGATAAGTTTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTATT
1 AATATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAGATAAGTTTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
* *
1383 TAAATTGAAACATGATTCACATGCTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTTAAATTTTG
66 TAAATCGAAACATGATTCACATGCTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTTAAATTTAG
* * * *
1448 TTAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCCAAAATTCATGCAAAACTGAGCTGTGACC
131 TCAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG-GGCC
1513 CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
195 CCGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAA
* * * *
1578 AATTGACCCGAAAGA-TTTTCCTTAATTTTTTGGCCACAATACTAAAAAAATAAATAATTCAACG
260 AATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTTGGCAATAATACTAAAAAAATATATAACTCAACG
1642 CCAAA
325 CCAAA
* * * *
1647 AATATTAAAGGG-TGTTTCACACTTCAAAGATCAGTTTTCCTATTTTTT
1 AATATTAAAGGGCT-TTTCACGCTTCTAAGATAAGTTTTCCTAATTTTT
Statistics
Matches: 1192, Mismatches: 147, Indels: 51
0.86 0.11 0.04
Matches are distributed among these distances:
326 14 0.01
327 60 0.05
328 221 0.19
329 479 0.40
330 185 0.16
331 233 0.20
ACGTcount: A:0.36, C:0.18, G:0.15, T:0.32
Consensus pattern (329 bp):
AATATTAAAGGGCTTTTCACGCTTCTAAGATAAGTTTTCCTAATTTTTCCGAATTAATTTCTAAT
TAAATCGAAACATGATTCACATGCTGTAAAAGCAAATCCTTAAATCCAATGTGGTTTAAATTTAG
TCAGATGAATATAGATACTTCAAGGAGTCTTTCCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCC
CGAAACGCGTTTTTAGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAA
ATTGACCCGAAAGATTTTTCCTTAATTTTTTGGCAATAATACTAAAAAAATATATAACTCAACGC
CAAA
Done.