Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010291.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10312, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 8033
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.16, T:0.33
Found at i:648 original size:330 final size:325
Alignment explanation
Indices: 123--1077 Score: 881
Period size: 330 Copynumber: 2.9 Consensus size: 325
113 TTTTGCACAA
* * * * * *
123 ATTTTGGTGCCAAGTCTGATTAAAATATCTATATCCATCTGACCAAATCTTACCCATATTAGATT
1 ATTTTGGTGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATC-TAACCACATTGGATT
* * ** * *
188 TAAAGATTTGTTTTTACGAGCATATGAATCGTGTTTCAGTTCAATTAAAAATT-ATTTGGAAAAA
65 TAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCAGTTTCA-TTTAATTAAAAATTAATTCGG-AAAA
* * *
252 TAAGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAATAGCCTTTTAATCATTTTGGTGTTAAATTATATATTTT
128 TAA-AAAAACGATATTAGAATCGTGAA-AGCCCTTTAATC-TTTTGGTGTTGAATTATATATTTT
*
317 TTATGAATATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACTCTTTTGAGTCAATTTTTTCAAAATTTTAGCC
190 TTATGAATATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACTCTTTTGAGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCC
* *
382 GAAATCAGTGTACTAACTATCACGATTTTTGGCAAAAAACG-CATTCCGGGCCCCGACTCAGTTT
255 GAAATCAGTGTACTAACCATCACGATTTTTGACAAAAAACGTCATTCCGGGCCCCGACTCAGTTT
446 TACATG
320 TACATG
** ** *
452 ATTTTTGGTGCCAA-TACTCATTGAAATATCTATATTTATCTAAAGAAATCATAGCCACATTGGA
1 A-TTTTGGTGCCAAGT-CTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATC-TAACCACATTGGA
* *
516 TTTAAGGACTTTTTTTTTACGAGCATCTCAATCCAGTTTCGATTTAATTAAAAATTAATTCGGAA
63 TTTAAGGA-TTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCAGTTTC-ATTTAATTAAAAATTAATTCGGAA
* *
581 AA-AAAAAAACAATATTAGAATCGTGAGAAGCCCTTTAATCTTGTTGGTGCTGAATTATATAATT
126 AATAAAAAAACGATATTAGAATCGTGA-AAGCCCTTTAATCTT-TTGGTGTTGAATTATAT-ATT
* * ** * * * * *
645 TTTTATGAATATGGTGACCGGAAATTGA-GAAGAAGT-GTTTCATGTCCATTTTTGCAAAATTTT
188 TTTTATGAATATCGTGGCCAAAAATTGAGGAA-AACTCTTTTGA-GTCAATTTTTACAAAATTTT
* * * * * * ** * * *
708 AGTCGTAATC-GTATACTAACCATCATGATTTTTTTTTTTACTAAAAACGTGTTTCGGGGTCCTG
251 AGCCGAAATCAGTGTACTAACCATCACGA-----TTTTTGACAAAAAACGTCATTCCGGGCCCCG
* * *
772 ACTCTGTTTTGCCTG
311 ACTCAGTTTTACATG
* **
787 ATTTTGGCGCCAAGTCTCGCTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTCAACCACATTGGATT
1 ATTTTGGTGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCT-AACCACATT-G---
* *
852 TGATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAAT-CATGTTTCAATTTAATTAAGAATTAATTGG
61 -GATTTAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCA-GTTTC-ATTTAATTAAAAATTAATTCG
* * * * * *
916 GAAAATAGGAAAACCGATACTAGAAGT-ATGAAAAG-CCTTTCAATCTTTTTGGTGTTGAATCAA
123 GAAAATA-AAAAAACGATATTAGAA-TCGTG-AAAGCCCTTT-AATC-TTTTGGTGTTGAATTAT
* ** * * * * *
979 ATATTTTTTATGACTATCGTGGTAAAAAATTTAGGAAAATTCTTTCGGGTGAATTTTTACAAAAT
183 ATATTTTTTATGAATATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACTCTTTTGAGTCAATTTTTACAAAAT
* *
1044 TTTAACCGAAATCA-TGTATTAACCATCACG-TTTT
248 TTTAGCCGAAATCAGTGTACTAACCATCACGATTTT
1078 GGGTAACAAA
Statistics
Matches: 501, Mismatches: 92, Indels: 62
0.76 0.14 0.09
Matches are distributed among these distances:
328 2 0.00
329 70 0.14
330 115 0.23
331 43 0.09
332 6 0.01
333 5 0.01
334 60 0.12
335 24 0.05
337 2 0.00
338 50 0.10
339 79 0.16
340 41 0.08
341 4 0.01
ACGTcount: A:0.33, C:0.14, G:0.15, T:0.37
Consensus pattern (325 bp):
ATTTTGGTGCCAAGTCTCATTGAAATATCTATATCCATCTAACCAAATCTAACCACATTGGATTT
AAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGAATCCAGTTTCATTTAATTAAAAATTAATTCGGAAAATAA
AAAAACGATATTAGAATCGTGAAAGCCCTTTAATCTTTTGGTGTTGAATTATATATTTTTTATGA
ATATCGTGGCCAAAAATTGAGGAAAACTCTTTTGAGTCAATTTTTACAAAATTTTAGCCGAAATC
AGTGTACTAACCATCACGATTTTTGACAAAAAACGTCATTCCGGGCCCCGACTCAGTTTTACATG
Found at i:6260 original size:62 final size:62
Alignment explanation
Indices: 6149--6266 Score: 168
Period size: 62 Copynumber: 1.9 Consensus size: 62
6139 TGATCAAAAG
* * *
6149 GGCTAAATTGTCCCAAAATTGAGAATTAAAAAGTTTAGTTGTCCTAATTGAAAGTTTAGTAT
1 GGCTAAATTGTCCCAAAATTGAGAATTAAAAAGCTGAATTGTCCTAATTGAAAGTTTAGTAT
*
6211 GGCTAAATTGTCCCAAAATTGGGAA-TAAAAAGGCTGAATTGTACC-AATTGAAAGTT
1 GGCTAAATTGTCCCAAAATTGAGAATTAAAAA-GCTGAATTGT-CCTAATTGAAAGTT
6267 CAAGAGTCAT
Statistics
Matches: 50, Mismatches: 4, Indels: 4
0.86 0.07 0.07
Matches are distributed among these distances:
61 6 0.12
62 42 0.84
63 2 0.04
ACGTcount: A:0.38, C:0.11, G:0.19, T:0.31
Consensus pattern (62 bp):
GGCTAAATTGTCCCAAAATTGAGAATTAAAAAGCTGAATTGTCCTAATTGAAAGTTTAGTAT
Found at i:6791 original size:107 final size:107
Alignment explanation
Indices: 6637--6913 Score: 346
Period size: 107 Copynumber: 2.6 Consensus size: 107
6627 AATAAATTTT
* * *
6637 AATTTAAATTT-GGACTAAACTTAGTG-AATTAGTTCTATATTTTATTTCTAAAACCTTATAATA
1 AATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACCTTATAATA
* * ** * * *
6700 ATGAGTTATTAAT-TATGGAATTTACAATTAAGATAAAGATAA
66 ATAAATTATTAATAT-TAAAATTTACAATAAAAATAAAAATAA
* * *
6742 AATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTGTATTTTATTTCTAAAACCCTATAACA
1 AATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACCTTATAATA
**
6807 ATAAATTATTAATATTAAAATTTACCCTAAAAATAAAAATAA
66 ATAAATTATTAATATTAAAATTTACAATAAAAATAAAAATAA
* * *
6849 AAATTTAATTTGAGGTTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAA-CTCTATAAT
1 AATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACCT-TATAAT
6913 A
65 A
6914 GAAATTACTA
Statistics
Matches: 147, Mismatches: 21, Indels: 6
0.84 0.12 0.03
Matches are distributed among these distances:
105 10 0.07
106 15 0.10
107 121 0.82
108 1 0.01
ACGTcount: A:0.42, C:0.08, G:0.09, T:0.42
Consensus pattern (107 bp):
AATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACCTTATAATA
ATAAATTATTAATATTAAAATTTACAATAAAAATAAAAATAA
Found at i:6952 original size:107 final size:107
Alignment explanation
Indices: 6637--6951 Score: 275
Period size: 107 Copynumber: 3.0 Consensus size: 107
6627 AATAAATTTT
* * * *
6637 AATTTAAATTTG-GACTAAACTTAGTG-AATTAGTTCTATATTTTATTTCTAAAACCTTATAATA
1 AATTT-AATTTGAGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACCCTATAACA
* * * ** * * * *
6700 ATG-AGTTATTAATTA-TGGAA-TTTACAATTAAGATAAAGATAAA
65 A-GAAATTACTAA-GACTAAAACTTAACAA-AAAAATAAAAATAAA
* * *
6743 ATTTTAATTTGGGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTGTATTTTATTTCTAAAACCCTATAACAA
1 AATTTAATTTGAGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACCCTATAACAA
* * * * * * **
6808 TAAATTATTAATATTAAAATTTACCCTAAAAATAAAAATAAA
66 GAAATTACTAAGACTAAAACTTAACAAAAAAATAAAAATAAA
* * *
6850 AATTTAATTTGAGGTTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACTCTATAA-TA
1 AATTTAATTTGAGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACCCTATAACAA
* *
6914 GAAATTACTAGGACT-AAACTTAATAAAAAAATGAAAAA
66 GAAATTACTAAGACTAAAACTTAACAAAAAAAT-AAAAA
6952 AAAGCAGGCC
Statistics
Matches: 170, Mismatches: 33, Indels: 12
0.79 0.15 0.06
Matches are distributed among these distances:
105 18 0.11
106 35 0.21
107 114 0.67
108 3 0.02
ACGTcount: A:0.44, C:0.08, G:0.09, T:0.39
Consensus pattern (107 bp):
AATTTAATTTGAGGCTAAACTTAGTGAAATTAGTTTTATATTTTATTTCTAAAACCCTATAACAA
GAAATTACTAAGACTAAAACTTAACAAAAAAATAAAAATAAA
Done.