Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010318.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10339, whole genome shotgun sequence
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198 ACATATTGGG
208 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
1 TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA TA
246 CACGTACGTA
Statistics
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1.00 0.00 0.00
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2 36 1.00
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TA
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507 GCATTAAAAA
* *
517 GCGTAAGGGCAAATGTATTAGTATTAATATCATTTTCTTTACCCTATCCGATATCAAGAGTTTT
1 GCGTAAGGGCAAATGTATTAGTAGTAATATCATTTTCTTTACCATATCCGATATCAAGAGTTTT
* *
581 GCGTAAGGGCAAATGTATTAGTAGTAATATCATTTTTTTTACCATATCCGGTATCAAGAGTTTT
1 GCGTAAGGGCAAATGTATTAGTAGTAATATCATTTTCTTTACCATATCCGATATCAAGAGTTTT
645 GC
1 GC
647 TCTGATTAAT
Statistics
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0.94 0.06 0.00
Matches are distributed among these distances:
64 62 1.00
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GCGTAAGGGCAAATGTATTAGTAGTAATATCATTTTCTTTACCATATCCGATATCAAGAGTTTT
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11135 GGCTGCTTCT
11145 CTTCCCTTCCCCACGCGCCTC
1 CTTCCCTTCCCCACGCGCCTC
*
11166 CGTTCCCCTT-ACCACGCGCCTC
1 C-TT-CCCTTCCCCACGCGCCTC
11188 CTT-CCTTCC
1 CTTCCCTTCC
11197 TTTTAAATTT
Statistics
Matches: 26, Mismatches: 2, Indels: 7
0.74 0.06 0.20
Matches are distributed among these distances:
19 4 0.15
21 3 0.12
22 14 0.54
23 5 0.19
ACGTcount: A:0.06, C:0.58, G:0.10, T:0.27
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CTTCCCTTCCCCACGCGCCTC
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20209 CAAAAAATTT
20219 TTTCCTCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAAATTGAAA
1 TTTCCTCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAAATTGAAA
**
20284 GGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTTTCGAATT-TATTTCTAATTAAATCGA
66 GGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTAT-TTTCTAATTAAATCGA
** * * *
20348 AACAAGATTCAGATGTTCGTAAAAAAAAATCTATAAT-TCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGAT
130 AACAAGATTCAGATACTCGTAAAAAAAAATCT-TAATATCAAATGTGGCTAAGACTTGGTTAGAT
20412 GAAAATAGATATTTCAATGAATC
194 GAAAATAGATATTTCAATGAATC
*
20435 TTTCCTTAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTC-AAAAAAATTGAAA
1 TTTCCTCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAAATTGAAA
20499 GGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCCCGAATTATTTTCTAATTAAATCGA
66 GGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTTCCCGAATTATTTTCTAATTAAATCGA
* * *
20564 GACAAGATTCAGATACTCGTAAAAATAAATCTTTATATCAAATGTGGCTAAGACTTGG
130 AACAAGATTCAGATACTCGTAAAAAAAAATCTTAATATCAAATGTGGCTAAGACTTGG
20622 GTCGATAAAT
Statistics
Matches: 173, Mismatches: 11, Indels: 6
0.91 0.06 0.03
Matches are distributed among these distances:
215 46 0.27
216 126 0.73
217 1 0.01
ACGTcount: A:0.37, C:0.14, G:0.11, T:0.38
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TTTCCTCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAAATTGAAA
GGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCCGAATTATTTTCTAATTAAATCGAA
ACAAGATTCAGATACTCGTAAAAAAAAATCTTAATATCAAATGTGGCTAAGACTTGGTTAGATGA
AAATAGATATTTCAATGAATC
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20430 GAATCTTTCC
* * * *
20440 TTAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAA--CTCAAAAAAATTGAAAG-GT
1 TTAAATTTTTT-CCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGC-CAAAAATATT-AAAGTGC
20502 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCCCGAA-TTATTTTCTAATTAAATCGAGA
63 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-ATTTTTTT-CCGAATTTA-TTTCTAATTAAATCGAGA
* * * * * * * * *
20566 CAAGATTCAGATACTCGTAAAAATAAATCTTTATATCAAATGTGGCTAAGACTTGGGTC-GATAA
125 CAAGATTCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGA-TTTGGTCTGATGA
* ** * * ** *
20630 ATGTAGATAATTCAAGGAGCCCTTGGGCCAAATATCATGCAAAATTGAGTCGGTGCCCC-GAAAC
189 ATATAGATGTTTCAAGAAGCCCATGCACCAAATTTCATGCAAAATTGAGTCGGTGCCCCTG-AAC
* * * * * ** *
20694 GCGTTTTAAGCAAAAAAACA--A-A--AA-CCGTGATTTTGACTAAAATTTTGCAAAAGCTGAAC
253 GCGTTTTAA-CAAAAAACCATGATATTAATACATAATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAA-CTGATC
* * * * * *
20753 TGAAAATTGTTTTTACTCAAATTTTATGCCACAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAA--CAAA
316 CGAAAA--ATTTATCCTCAAATTTTTTGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAA
* * * *
20815 TAAATTGAAGGGTTTTTCACATTTCTAATATCG-TTTTCCAATTTTTTCTT----AATTTATTTT
379 AAAATTGAAAGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTT-TTCCCGAA-TTATTTC
* * * *
20875 TAATTAAATCGAA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGAT
442 TAATTAAATCGAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAAATCCAATGTGGCTGAGAC
* * *
20939 TTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAATCTTTCTGCCGAAATTCATGCAAAACTGAGCCGG
507 TTGGGTAGATGAAAATAGATAATTCAAGGAATCTTGCTGCCGAAATTCATGCAAAACTGAGCCGG
* * * * *
21004 GGCCCCGGAACGCGATTTTAGCCCAAAAACTGTCGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGACCCGAA
572 GGCCACGGAACGCGATTTTAGCCAAAAAACAGCCGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGAACCGAA
* * * * **
21069 ATTTTTTTTTCTGAAATTTTTGACACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAATTAT
637 AATTTTTTTACTCAAATTTTTGACACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAA-GCAAAAAAAAT
* * *
21134 TCATGTGCTTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATC
701 TCAAGGGCTTTTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATC
* * * *
21199 GAGACAATATTCAGGTGCTCGTAAAAATAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTGA
766 GAGACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCATATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGA
* * * * *
21264 TGAAAATAGATATTTCAAGGAATCTTTCTGCCAAAATTCATGCAAAACTGAGCCGGGTCCTCGGA
831 TGAAAATAGATATTTCAAGCAATCTTTCTACCAAAATTCATGCAAAACTGAGCAGGGTCCCCGAA
* * * *
21329 ACGCGATTTTAGCCCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTCGGCTAAAAACTGCCCCGAATTG
896 ACGCGATTTGAGCCCCAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTAGGCTAAAAACTGACCCGAA-T-
*
21394 TTTTTTTT
959 TATTTTTT
* * * *
21402 TTGAAATTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAACTATTCATGTGCTT
1 TT-AAATTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTAAAGTGCTT
* * * * *
21467 TTCATGCTTCTAATATCGTTTTCCCATTTTTTTCCAAATTTATTTCAAATTAAATCAAGACAAGA
65 TTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAAGA
* * *
21532 TTCAAGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCACTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAG
130 TTCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTCTGATGAATATAG
*
21597 ATGTTTCAAGAAGCCCATGCACCAAATTTCATGCAAAATTGAGCCGGTGCCCCTGAACGCGCTTT
195 ATGTTTCAAGAAGCCCATGCACCAAATTTCATGCAAAATTGAGTCGGTGCCCCTGAACGCG-TTT
* *
21662 TAACAAAAAACCATGATGATTAATACATCATTTCGGTTAAAATTTTGCAATAACTTATCCGAAAA
259 TAACAAAAAACCATGAT-ATTAATACATAATTTCGGTTAAAATTTTGCAA-AACTGATCCGAAAA
* *
21727 ATTTCTCCTCAAATTTTTTGCCA-GATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAATTGA
322 ATTTATCCTCAAATTTTTTGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAATTGA
*
21791 AAGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
387 AAGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATT-ATTTCTAATTAAAT
* * * * *
21856 CGAGACAAGATTTAGATACTCGTAAAAATAAATCTTTATAT-CAGATGTGGCTGAGACTTGGGTC
451 CGA-ACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAAATCCA-ATGTGGCTGAGACTTGGGTA
* * * * * **
21920 TAT-AAATGTAGATAATTCAAGGAGTCCTTGGT-CC-AAATATCATGCAAAATTGAGCCGGTTCC
514 GATGAAA-ATAGATAATTCAAGGAAT-CTTGCTGCCGAAAT-TCATGCAAAACTGAGCCGGGGCC
** ** *
21982 ACGGAACGCG-TTTTCAG-CAAAAAACAAAAGCCGTGATTTTGACTAAAATTTTGC-AAAAGCTG
576 ACGGAACGCGATTTT-AGCCAAAAAAC---AGCCGT-A-CATGA-T----TTCGGCTAAAAACTG
* * * *
22044 AACTGAAAAATTTTTTTACTCAAATTTTATGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAA-CA
630 AACCG-AAAATTTTTTTACTCAAATTTT-TGACACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAGCA
* * **
22108 AAAAAAATTGAAGGGTTTTTCACATTTCTAATATCG-TTTTCCA-TTTTTCTTAATTTATTTCTA
693 AAAAAAATTCAAGGGCTTTTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTATTTCTA
*
22171 ATTAAATCGA-A-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCATA-AATCCATTGTGGCTGAGAT
758 ATTAAATCGAGACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCATATAA-CCAATGTGGCTGAGAT
*
22232 TTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCACGCAATCTTTCTACCAAAATTCATGCAAAACTGAGGCAG
822 TTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCAAGCAATCTTTCTACCAAAATTCATGCAAAACTGA-GCAG
*
22297 GG-CCCCGAAACGCGATTTGAGCCCTAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTAGGCTAAAAACT
886 GGTCCCCGAAACGCGATTTGAGCCCCAAAACAGTGATGGTTAGTACACGA-TTAGGCTAAAAACT
22361 GACCCGAA-TATTTTTT
950 GACCCGAATTATTTTTT
* * * *
22377 TTAAATTTTTTCCACAATATTCA-AAAAAATATATAATTCAATGCCAAAATTATTTACGTGCTTT
1 TTAAATTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTAAAGTGCTTT
*
22441 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCC-GTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAAGAT
66 TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAAGAT
*
22505 TCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTAGTCTGATGAATATAGA
131 TCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTCTGATGAATATAGA
* * * * *
22570 TGTTTCAAGAAGTCTACGCACCAAATTTCATGCAAAATTGAGTCGGTGCCCCTAAACGTGTTTTT
196 TGTTTCAAGAAGCCCATGCACCAAATTTCATGCAAAATTGAGTCGGTGCCCCTGAACGCG-TTTT
* *
22635 AACAAAAAACCGTGATAATTAATACATAATTTCGGTTAAAATTTTGGAAAAACTGATCCGAAAAA
260 AACAAAAAACCATGAT-ATTAATACATAATTTCGGTTAAAATTTT-GCAAAACTGATCCGAAAAA
* * * * *
22700 ATTATCATTAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTTAACTCAAAAAAATTGAA
323 TTTATCCTCAAATTTTTTGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAATTGAA
* *
22765 AGGTTTTTAACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAAATTATCTCTAATTAAATC
388 AGGTTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCG-AATTATTTCTAATTAAATC
* * * * * *
22830 GAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAATTCCAATGTGCCTAAGATTTTGTTAGA
452 G-AACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAAATCCAATGTGGCTGAGACTTGGGTAGA
* * * * * *
22895 TGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTTCTACC-ATGAA-TCATGCAAAACTGA------G--TC-
516 TGAAAATAGATAATTCAAGGAATCTTGCTGCCGA--AATTCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCACG
* * * ** ** ** *
22949 GAACGCGTTTTTTGCCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACAATTTTAGCTAAAAACTGACCCGAA
579 GAACGCGATTTTAGCCAAAAAAC----A--G-CCGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGAACCGAA
* * * * *
23014 AAGTTTTTTTTCTTAAAATTTTT--TACAACACTCAGAAAAAATATATAGTTCAATG--------
637 AA-TTTTTTTAC-TCAAATTTTTGACACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAA-GCAAAAAAA
* * ** * ** * *
23069 A--C--CGTCTTTTCACGCTTCTAATATGGTTTTTCTTTTTTTTTCGAATTGATTTCTAATTAAA
699 ATTCAAGGGCTTTTCACATTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAA
* * * * *
23130 TCGAGACAAGATTCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCATTGTGGCTGAGATTTGGTTT
764 TCGAGACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCCATATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTTA
* * * * *
23195 GATGAATATAGATGTTTCAA-CAAGTCTATC-ACCAAATTTCATGCAAAATTGAGC
829 GATGAAAATAGATATTTCAAGCAA-TCTTTCTACCAAAATTCATGCAAAACTGAGC
23249 CGGGGCCCTT
Statistics
Matches: 1555, Mismatches: 218, Indels: 156
0.81 0.11 0.08
Matches are distributed among these distances:
951 18 0.01
952 5 0.00
953 26 0.02
954 3 0.00
955 45 0.03
956 52 0.03
957 2 0.00
960 5 0.00
961 156 0.10
962 60 0.04
963 62 0.04
964 17 0.01
965 20 0.01
966 38 0.02
967 3 0.00
968 66 0.04
969 18 0.01
971 2 0.00
972 251 0.16
973 261 0.17
974 124 0.08
975 15 0.01
976 6 0.00
977 122 0.08
978 48 0.03
979 2 0.00
980 28 0.02
981 7 0.00
982 40 0.03
983 23 0.01
984 30 0.02
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (966 bp):
TTAAATTTTTTCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAATGCCAAAAATATTAAAGTGCTTT
TCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAAGAT
TCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTCTGATGAATATAGA
TGTTTCAAGAAGCCCATGCACCAAATTTCATGCAAAATTGAGTCGGTGCCCCTGAACGCGTTTTA
ACAAAAAACCATGATATTAATACATAATTTCGGTTAAAATTTTGCAAAACTGATCCGAAAAATTT
ATCCTCAAATTTTTTGCCACAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAATTGAAAGG
TTTTTCACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATTATTTCTAATTAAATCGAAC
AAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAAATCCAATGTGGCTGAGACTTGGGTAGATGAAA
ATAGATAATTCAAGGAATCTTGCTGCCGAAATTCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCACGGAACGCG
ATTTTAGCCAAAAAACAGCCGTACATGATTTCGGCTAAAAACTGAACCGAAAATTTTTTTACTCA
AATTTTTGACACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAAGCAAAAAAAATTCAAGGGCTTTTCAC
ATTTCTAATATCGTTTTTCCATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAAGATTCAGA
TGCTCGTAAAAATAAATCCATATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTT
CAAGCAATCTTTCTACCAAAATTCATGCAAAACTGAGCAGGGTCCCCGAAACGCGATTTGAGCCC
CAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTAGGCTAAAAACTGACCCGAATTATTTTTT
Found at i:23110 original size:638 final size:640
Alignment explanation
Indices: 20502--23903 Score: 2423
Period size: 637 Copynumber: 5.3 Consensus size: 640
20492 ATTGAAAGGT
* *
20502 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTCCCGAA-TTATTTTCTAATTAAATCGAGA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-C-TTTTTTTTTCCGAATTTA-TTTCTAATTAAATCGAGA
* * * * * * * *
20566 CAAGATTCAGATACTCGTAAAAATAAATCTTTATATCAAATGTGGCTAAGACTTGGGTC-GATAA
63 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGA-TTTGGTCTGATGA
* * * * ** *
20630 ATGTAGATAATTCAAGGAGCCCTTGGGCCAAATATCATGCAAAATTGAGTCGGTGCCCC-GAAAC
127 ATATAGATATTTCAAGAAGTCCTTGCACCAAATATCATGCAAAATTGAGCCGGTGCCCCTG-AAC
* * * * * ** * *
20694 GCGTTTTAAGCAAAAAAAC---A-AA--AA-CCGTGATTTTGACTAAAATTTTGCAAAAGCTGAA
191 GCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAATACATAATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTGAT
* * * * * * *
20752 CTGAAAATTGTTTTTACTCAAATTTTATGCCACAATACTCAG-AAAAATATATAATTCAA--CAA
256 CCGAAAAAT-TTTTCA-TCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTTAACTCAA
* * * *
20814 ATAAATTGAAGGGTTTTTCACATTTCTAATATCG-TTTTCCAATTTTTTCTT----AATTTATTT
319 AAAAATTGAAAGGTTTTTAACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTT-TTCCCGAATTTATTT
* * * * *
20874 TTAATTAAATCG-AA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAG
383 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAATTCCAATGTGGCTGAG
* *
20937 ATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAATCTTTCTGCC--GAAATTCATGCAAAACTGAG
448 ATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTACCATG-AA-TCATGCAAAACTGA-
* * * * * **
21000 CCGGGGCCCCGGAACGCGATTTTAGCCCAAAAAC-----T-G-TCGTACATGATTTCGGCTAAAA
510 ----GG-CTC-GAACGCGTTTTTTGCCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAA
* * * *
21058 ACTGACCCG-AAATTTTTTTTTC-TGAAATTTTTGACACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCA
569 ACTGACCCGAAAAGTTTTTTTTCTTAAAATTTTT--TACAATACTCAGAAAAAATATATAGTTCA
*
21121 ATGCCAAAATTATTCATGTGC
632 ATG--------A--C-CGT-C
* **
21142 TTTTCACGTTTCTAATATCGTTTTTC-CATTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAA
* * * * *
21206 TATTCAGGTGCTCGTAAAAATAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAAAAT
66 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTCTGATGAATAT
* * * * *
21271 AGATATTTCAAGGAA-T-CTTTCTGCCAAA-ATTCATGCAAAACTGAGCCGG-GTCCTCGGAACG
131 AGATATTTCAA-GAAGTCCTTGC-ACCAAATA-TCATGCAAAATTGAGCCGGTG-CCCCTGAACG
* ** ** * ** * * **
21332 CGATTTTAGCCCCAAAACCGTGATGGTTAGTACACGA-TTCGG--------CT--AAAAACTGCC
192 CGTTTTTAG-CAAAAAACCGTGATAATTAATACATAATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTGAT
*** ** * * * *
21386 CCGAATTGTTTTTTTTTTGAAA-TTTTTGCCACAATACTCAGAAAAAATATATAATTCAA-TGCC
256 CCGAA--AAATTTTTCATCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTTAACT--C
** * * * * ** * *
21449 AAAACTATT-CATGTGCTTTTCATGCTTCTAATATCG-TTTTCCCA-TTTTTTT-CCAAATTTAT
317 AAAAAAATTGAAAG-GTTTTTAACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATTTAT
* * *
21510 TTCAAATTAAATC-AAGACAAGATTCA-AGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAA--CCACTGTG
381 TTCTAATTAAATCGAA-ACAAGATTCAGA-TGCTCGTAAAAATAAAT-C-TATAATTCCAATGTG
* * * * * * *
21571 GCTGAGATTTGGTTTGATGAATATAGATGTTTCAAGAAGCCCATGC-ACCA--AATTTCATGCAA
442 GCTGAGATTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAG-TCTTTCTACCATGAA--TCATGCAA
* * * ** * * *
21633 AATTGAGCCGGTGCCCCTGAACGCG-CTTTTAACAAAAAACCA-TGATGATTAATACATC-ATTT
504 AACTGA----G-G-CTC-GAACGCGTTTTTTGCCCAAAAA-CAGTGATGGTTAGTACA-CGA-TT
* * * * * * * * *
21695 CGGTTAAAATTTTGC-AATAACTTATCCGAAAA---ATTTCTCCTCAAATTTTTTGCCAGATAGT
559 ---TT---A----GCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTTTTTTTCTTAAAATTTTTT-ACA-ATACT
* **
21756 CAGAAAAAATATATAATTCAACTCAAAAAAATTGAAAGGT-
612 CAGAAAAAATATAT-AGT----TC-----AA-TG-ACCGTC
* *
21796 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAGA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTT-C--TTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGA
* * * * * * *
21861 CAAGATTTAGATACTCGTAAAAATAAATCTTTAT-ATCAGATGTGGCTGAGACTTGGGTCT-ATA
63 CAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCA-ATGTGGCTGAGA-TTTGGTCTGATG
* * * ** * * *
21924 AATGTAGATAATTCAAGGAGTCCTTGGTCCAAATATCATGCAAAATTGAGCCGGTTCCACGGAAC
126 AATATAGATATTTCAAGAAGTCCTTGCACCAAATATCATGCAAAATTGAGCCGGTGCCCCTGAAC
* ** * * ** * *
21989 GCGTTTTCAGCAAAAAA-C-----AA--AAGCCGTGATTTTGACTAAAATTTTGCAAAAGCTGAA
191 GCGTTTTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAATACATAATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTGAT
* * * * *
22046 CTGAAAAATTTTTTTACTCAAATTTTATGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTCAAC-AAA
256 CCGAAAAA-TTTTTCA-TCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTTAACTCAA
* * * *
22110 AAAAATTGAAGGGTTTTTCACATTTCTAATATCG-TTTTCC-ATTTTTCTT----AATTTATTTC
319 AAAAATTGAAAGGTTTTTAACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATTTATTTC
* * *
22169 TAATTAAATCG-AA-AAGATTCAGATGCTCGTAAAAA-AAATCCATAAATCCATTGTGGCTGAGA
384 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAATTCCAATGTGGCTGAGA
* * * *
22231 TTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCACGCAATCTTTCTACCA-AAATTCATGCAAAACTGAGGC
449 TTTGGTTAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTACCATGAA-TCATGCAAAACT---G-
* * ** *
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509 A-GG-CTCG-AACGCGTTTTTTGCCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTTA-GCTAAAAA
* * *
22359 CTGACCCG--AA-TATTTTTT-TT-AAATTTTTTCCACAATATTCA-AAAAAATATATAATTCAA
570 CTGACCCGAAAAGTTTTTTTTCTTAAAATTTTTT--ACAATACTCAGAAAAAATATATAGTTCAA
*
22418 TGCCAAAATTATTTACGTGC
633 TG--------A---CCGT-C
**
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1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAA
* *
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66 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTCTGATGAATAT
* * * * * *
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* * *
22631 TTTTAACAAAAAACCGTGATAATTAATACATAATTTCGGTTAAAATTTTGGAAAAACTGATCCGA
195 TTTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAATACATAATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTGATCCGA
* * *
22696 AAAAATTATCATTAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTTAACTCAAAAAAAT
260 AAAATTTTTCATCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTTAACTCAAAAAAAT
* *
22761 TGAAAGGTTTTTAACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAAATTATCTCTAATTA
325 TGAAAGGTTTTTAACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTA
* * *
22826 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAATTCCAATGTGCCTAAGATTTTGT
390 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
*
22891 TAGATGAAAATAGATATTTTAAGGAGTCTTTCTACCATGAATCATGCAAAACTGA-G-TCGAACG
455 TAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTACCATGAATCATGCAAAACTGAGGCTCGAACG
* *
22954 CGTTTTTTGCCCAAAAACTGTGATGGTTAGTACACAATTTTAGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTT
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*
23019 TTTTTTCTTAAAATTTTTTACAACACTCAGAAAAAATATATAGTTCAATGACCGTC
585 TTTTTTCTTAAAATTTTTTACAATACTCAGAAAAAATATATAGTTCAATGACCGTC
* *
23075 TTTTCACGCTTCTAATATGGTTTTTCTTTTTTTTT-CGAATTGATTTCTAATTAAATCGAGACAA
1 TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAA
* * *
23139 GATTCAGGTGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCATTGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGAATAT
66 GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTCTGATGAATAT
* * * * *
23204 AGATGTTTCAACAAGT-CTAT-CACCAAATTTCATGCAAAATTGAGCCGGGGCCCTTGAACGCGT
131 AGATATTTCAAGAAGTCCT-TGCACCAAATATCATGCAAAATTGAGCCGGTGCCCCTGAACGCGT
* * *
23267 TTTTAGCAAAAAACCGTGATGATTAATACATAATTTTGGTTACAATTTTGTAAAAACTGATCCGA
195 TTTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAATACATAATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTGATCCGA
* *
23332 AAAATTTTTCCTCAAATTTTTTTCCATAATAGTCAG-AAAAATATATAATTTAACTCAAAAAAAT
260 AAAATTTTTCATCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTTAACTCAAAAAAAT
* *
23396 TGAAAGGTTTTTAACGCTTCTAATATCGTTTTTCCAA--GTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTA
325 TGAAAGGTTTTTAACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTA
*
23459 AATCTAAACAA-A---A-A------T--AAAT--A--TATAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
390 AATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
*
23507 TAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCATGAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGTCT
455 TAGATGAAAATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTACCATGAATCATGCAAAACTGA-----GG-CT
* * * * **
23572 CGGACGCGTTTTTTGCCCAAAAACCGGGATGGTTAGTACACGATTTTGGCTAAAAACTGAGTCGA
514 CGAACGCGTTTTTTGCCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAAACTGACCCGA
* * ** *
23637 AAAGTTTAAATTTTCTGAAAATTTTCCATAATACTCAG-AAAAATATATAGTTCAATGCCAAAAA
579 AAAGTTT--TTTTTCTTAAAATTTTTTACAATACTCAGAAAAAATATATAG-T---T--C----A
23701 GATTGACCGTC
632 -A-TGACCGTC
* * ** *
23712 TTTTCACGCTTCTAATAGT-GTTATCCCATTTTTTTCCGAA-TTATTTTCTAATTAAATCGATAC
1 TTTTCACGCTTCTAATA-TCGTTTTTCTTTTTTTTTCCGAATTTA-TTTCTAATTAAATCGAGAC
* * * * *
23775 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTTTATATCAAATGTGGCTGAGAGTTGGT-TCGATGAA
64 AAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTCT-GATGAA
* ** * *
23839 TATAGATATTTCAAGGAGTCCTTGGGCCAAATATCACGCAAAATTGAGCCGGTGCCCCGGAACGC
128 TATAGATATTTCAAGAAGTCCTTGCACCAAATATCATGCAAAATTGAGCCGGTGCCCCTGAACGC
Statistics
Matches: 2239, Mismatches: 339, Indels: 369
0.76 0.12 0.13
Matches are distributed among these distances:
616 78 0.03
618 1 0.00
620 4 0.00
622 2 0.00
624 66 0.03
625 12 0.01
626 24 0.01
628 1 0.00
629 2 0.00
630 2 0.00
631 3 0.00
632 1 0.00
633 51 0.02
634 32 0.01
635 72 0.03
636 152 0.07
637 340 0.15
638 272 0.12
639 57 0.03
640 124 0.06
641 18 0.01
642 46 0.02
643 5 0.00
644 62 0.03
645 91 0.04
646 53 0.02
647 12 0.01
648 16 0.01
649 27 0.01
650 14 0.01
651 24 0.01
652 8 0.00
653 96 0.04
654 147 0.07
655 32 0.01
656 36 0.02
657 16 0.01
658 129 0.06
659 54 0.02
660 19 0.01
661 34 0.02
665 2 0.00
666 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (640 bp):
TTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTCCGAATTTATTTCTAATTAAATCGAGACAA
GATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTATAACCAATGTGGCTGAGATTTGGTCTGATGAATAT
AGATATTTCAAGAAGTCCTTGCACCAAATATCATGCAAAATTGAGCCGGTGCCCCTGAACGCGTT
TTTAGCAAAAAACCGTGATAATTAATACATAATTTTGGTTAAAATTTTGCAAAAACTGATCCGAA
AAATTTTTCATCAAATTTTTTGCCATAATAGTCAGAAAAAATATATAATTTAACTCAAAAAAATT
GAAAGGTTTTTAACACTTCTAATATCGTTTTTCCAATTTTTTTTCCCGAATTTATTTCTAATTAA
ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAATAAATCTATAATTCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
AGATGAAAATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTACCATGAATCATGCAAAACTGAGGCTCGAACGC
GTTTTTTGCCCAAAAACAGTGATGGTTAGTACACGATTTTAGCTAAAAACTGACCCGAAAAGTTT
TTTTTCTTAAAATTTTTTACAATACTCAGAAAAAATATATAGTTCAATGACCGTC
Done.