Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010330.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10351, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:590 original size:321 final size:321
Alignment explanation
Indices: 5--4094 Score: 4421
Period size: 323 Copynumber: 12.7 Consensus size: 321
1 AACA
5 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCCGAATTAATT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAA--TTTTTTCCGAATTAATT
* * * ** *
70 TCTAATTAAATTGAAACAAGATTTAGATGCTCGT-AAAATAAATTTTTAAATTCAATGTGGCTGA
64 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * *
134 GATTTGATTCGATGGATGTAGATATTTCAA-GAGTCTTCCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
129 GATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * *
198 TGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGAGGGTTAGTACATGATTTCAGCTAAAAAT
194 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAC
* * * * ** *
263 TAACCTGAAAACTTCTTTCTCAGTTTTTGGCCACAATGCTCACAAAAGTTATATAATTCAATA
259 TAACCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAATTCAATG
** *
326 TGAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATC-TTCTTTCAATTTTTACCGAATTAATTT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTT-TTTCAATTTTTTCCGAATTAATTT
* * * * * *
390 CTAATTAAATTGAAACAAGATTTATATGCTCGTAAAAACAAATCCTCAATTCCAATGTGG-GGTA
65 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTG-A
* * *
454 GATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGCCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGG
129 GATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * *
519 AGGGGCCCCGAAACACGTTTTTAGCTAAAAACCGTGAGGGTTAATACACGATTTCAGTTAAAAAC
194 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAC
* ** *
584 TAACCTGAAAA-TTTTTTCTCAATTTTT-GCCATAATAATCATAAAAAATATATAATTAAACT-
259 TAACCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAATTCAA-TG
* * * * *
645 CTAAAATGATTGAAGGGTTTTTCACTCTTCTTATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCTGAATTAATT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAA--TTTTTTCCGAATTAATT
** * *
710 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAACTTGTAAAAACAAATACTTAAATCCAATGTGGCTGA
64 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * * * * ** *
775 GATTTGGTTCAATAAATATAGATAATTCAAAGAGTTTTTCAACCAAAAATTATGCAAAACTGAGC
129 GATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * *
840 C-GGG-CCCAAAACGCGTTTTTCG-TAAAAAAACCGTGATGGTCAGTACACCATCTCAGCTAAAA
194 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCT--AAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAA
** *
902 ACTAACCTGAATTTTTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAATTCAAC
257 ACTAACCTGAA-AATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAATTCAAT
967 G
321 G
* *
968 CCAAAAAGATTGAAGGCTTTTTCACTCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCCGAATTAATT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAA--TTTTTTCCGAATTAATT
* * * *
1033 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCTCGTAAAAATAAATCTTTAAATCCAATGTCGCTGA
64 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * * * * * *
1098 AATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCTAGTAGTCATCCTGCCAAAAATAATGCAAAACTGAGT
129 GATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * * ** * * * *
1163 CGAGGCCCCGAAACGAGTCTTTACCTAAAATTCGTGATGGTTAATAAACCATTTTAGCTAAAAAC
194 CGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAC
* * * * * * * *
1228 TGACCTGAAATTTTTTTTTTCTCAATTTTTGGCCATAATGATAATAAAAAAAAATATAATTCTAC
259 TAACCTGAAA--ATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGCTCAT-AAAAAATATATAATTCAAT
1293 G
321 G
* * * **
1294 CCAAAAATATTGATGGGTTTTTCACTCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTTTCTAAATTAATT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAA--TTTTTTCCGAATTAATT
* * * * * *
1359 TCTAAATAAATCGAAACAAGATTTAGATGCTTGTATAAACAAATCCTTAAATCGAATGTGGATGA
64 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * *
1424 GA-TTCAGTTTGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCGAAAATCATGCAAAACTAAG
129 GATTTGA-TTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * *
1488 CCGAGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTTAAAACTGTGATGGTTAGTACAAGATTTCAGCTAAAAA
193 CCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAA
* * * **
1553 CTGACTTGAAAATTTTTTTTTCTTAATTTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAATTTGAT
258 CTAACCTGAAAA--TTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAATTCAAT
1618 G
321 G
* * * * *
1619 TCAAAATGATTGAACGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCTAATTAAATTC
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTTC
* *
1684 TAATTAAATCAAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATTCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
66 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
* * * * * * *
1749 TTTGGTTCGCTTAATATAGATATTTCAAGGAGTGTTTTTGCCAAAAATCATGCAAAACTTAGTCG
131 TTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
* * * * *
1814 GAGCCCCGAAAAGCGTTATTAGCTAAAAACC--G-T-G--A-TACACCATCTCAGCTAAAAACTG
196 GGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACT-
* * *
1872 AA-CTG-AAATTTTTTTCTCAATATTTGGCCACAATGCTCATAGATTGAGAA-A-ATAATTCAAC
260 AACCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGCTCATA-A---AAAATATATAATTCAAT
1933 G
321 G
* *
1934 CCAAAAAGATTCAAGGGTTTTTCA-GTCTTCTAAAATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG-CTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTT
* * * * * * *
1998 CTAATTATATCGAAACAAGATTAAAATGGTCATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATCTGGTTGAG
65 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * * *
2063 ATTTGATTCGATGAATATAAATATCTT-AAGGAGTTTTTTTGCCAAAAGTCATGCAAAACTAAGT
130 ATTTGATTCGATGAATATAGATAT-TTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC
* * * *
2127 CGGGG-CCCAAAACGCGTTTTTTAGTTAAAAACTGTGATGGTTAGTGCACGATTTCAGCTAAAAA
194 CGGGGCCCCGAAACGCG-TTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAA
* * * ** * *
2191 ACTGACATGCAAATTTTTTTCTCAATTTTTTACCACAAT-CATCATCAAAAATATATAATTCAAC
257 ACTAACCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGC-TCATAAAAAATATATAATTCAAT
2255 G
321 G
* * * * *
2256 CCGAAAAGATTGAAGGGGTTTTCA-GTCTTCTAAAATCATTTTTCAAATTTTTCCGAATTAATTT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG-CTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTT
* *
2320 CTAATTAAATCGTAACAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
65 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
*
2385 ATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
130 ATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* * * * * *
2450 GGGGCCCCAAAACGCATTTTTTAGCTAAAAA-CAT-AAGGTAAAGAACACGATTTCAGCTAAAAA
195 GGGGCCCCGAAACGC-GTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGT-TAGTACACGATTTCAGCTAAAAA
* * * ** * * *
2513 TTGACCCG-ATTTTTTTTTCCTGAATTTTTGGCCACAATGCTCATGAAGAATATATAATTCAACA
258 CTAACCTGAAAATTTTTTT-CTCAATTTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAATTC-A-A
2577 TG
320 TG
* * * * ** * *
2579 --AAAATGATTTAATGGATTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCTTTTTTTTTTTCAAATTAATT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTC--AATTTTTTCCGAATTAATT
* * * *
2642 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAAATGCCCGTAAAAATAAATCCTTTAATCCAATGTGGCTGA
64 TCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGA
* * * * *
2707 TATTTGGTTCGATAAACATAGATATTTCAAGGAGTC-TTCTTGCCATAAATCATGCAAAACTGAG
129 GATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTC-TGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG
* * * * *
2771 TCGGGACCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAA
193 CCGGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAA
* * * * *
2836 ACTAACATGTAAATTCTTTTCTCAAGTTTTT-CCCACAAT-CATCATAAAAAATATATAAGTCAA
257 ACTAACCTGAAAATTTTTTTCTCAA-TTTTTGGCCACAATGC-TCATAAAAAATATATAATTCAA
**
2899 CA
320 TG
* * * * **
2901 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCA-GTCATCTAAAATCATTATTCAATTTTTTCCGTGTTAATTT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG-CTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTT
* * ** *
2965 CAAATTAAATCGAAACAAGATGCAGAAACTCGTAAAAACAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAG
65 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* *
3030 ATTTGATTCTATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCATAACTGAGCC
130 ATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
*** * * * * *
3095 GGGGTTTCAAAACGCGTTTTTTAGGTAAAAACTGTGATGGTTAGTGCACGATTTCATCTAAAAAA
195 GGGGCCCCGAAACGCG-TTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAAA
* * * * * ** *
3160 CTGACATGTATA-TTTTTTCTAAATTTTTTCCCACAAT-CATCAT-AAAAATATATAATTCAACG
258 CTAACCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGC-TCATAAAAAATATATAATTCAATG
* * * *
3222 CCACAAAGATTGAAGGGGTTTTCA-GTCTTCTAAAATCGTTTTTCAATTTTTCCCGAATTAATTT
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACG-CTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTT
* ** *
3286 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGAAGCTCGTCTAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAG
65 CTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAG
* * * * *
3351 ATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGAAGTCTTTCTACCAAAAATAATGCATAACTGAGAC
130 ATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* * * * * *
3416 GGGACCTCAAAACGCGTTTTTTATCTAAAAACTGTGATGGTTAGTACACGATTTCAACTAAAAAA
195 GGGGCCCCGAAACGCG-TTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCT-AAAAA
** * * ** *
3481 CTAAGAT-ATATATTTTTTTTCTCATTTTTTTACCACAAT-CATCATAAAAAAAATATAATTCAA
258 CTAACCTGA-A-AATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGC-TCATAAAAAATATATAATTCAA
3544 TG
320 TG
* * *
3546 GC-AAAAGTATTG-TGGGATTTTTTTA-GTCTTCTTAA-ATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTA
1 CCAAAAAG-ATTGAAGGG--TTTTTCACG-CTTC-TAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTA
** * * *
3607 ATTTCTAATTAAATCGAATGAAGATTCAGAAGATCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGTC
61 ATTTCTAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGC
* *
3672 TGGGATTTGATTCGATGAATATAGATAGTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATTG-AAAACT
126 TGAGATTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCA-TGCAAAACT
* * * * *
3736 GAGCCGGGGCTCCAAAACGCGTTTTTTAGCTAAACA-CATGA-GGTAAAGTACACGATTTCAGCT
190 GAGCCGGGGCCCCGAAACGCG-TTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGT-TAGTACACGATTTCAGCT
* * * * *
3799 AAAAATTGACCTGGAAAA-TTTTTTCACAATTGTTTTTGCCACAATACTCATAAAAAATATATAA
253 AAAAACTAACCT-GAAAATTTTTTTCTCAA-T-TTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAA
3863 TTCAATG
315 TTCAATG
* * * * *
3870 CAAAAAAGATTGAAGGGTTTTCCATGCTTCTAATTTCGTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTC
1 CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTTC
* * * * * ** *
3935 TAATTAAATCAAAACAAGTTTCGGATACTCGTAAAAACAAATCCTAAAATTAAATGTGGCTAAGA
66 TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
* *
4000 TTTGGTTC-ATTGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTCCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
131 TTTGATTCGA-TGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCC
* *
4064 GGGACCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAAC
195 GGGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAAC
4095 TGTAATGTAA
Statistics
Matches: 3183, Mismatches: 494, Indels: 182
0.82 0.13 0.05
Matches are distributed among these distances:
313 31 0.01
314 11 0.00
315 193 0.06
316 24 0.01
317 6 0.00
318 2 0.00
319 130 0.04
320 125 0.04
321 608 0.19
322 436 0.14
323 807 0.25
324 228 0.07
325 303 0.10
326 279 0.09
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (321 bp):
CCAAAAAGATTGAAGGGTTTTTCACGCTTCTAATATCGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTTC
TAATTAAATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGA
TTTGATTCGATGAATATAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCG
GGGCCCCGAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAACTA
ACCTGAAAATTTTTTTCTCAATTTTTGGCCACAATGCTCATAAAAAATATATAATTCAATG
Found at i:4373 original size:287 final size:288
Alignment explanation
Indices: 3837--4384 Score: 730
Period size: 287 Copynumber: 1.9 Consensus size: 288
3827 ATTGTTTTTG
* *
3837 CCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAATGCAAAAAAGATTGAAGGGTTTTCCATGCTTCTA
1 CCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAAAGGTTTTCCATGCTTCTA
** * * * * * * * * * *
3902 ATTTCGTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCAAAACAAGTTTCGGATACTCGT
66 AAATCGTTTATCATATTTTTACAAATAAATTTCAAATTAAATCAAAACAAGATTCGAAAACTCAT
* * *
3967 AAAAACAAATCCTAAAATTAAATGTGGCTAAGATTTGGTTCATTGAATATAGATATTTCAAGGAG
131 AAAAACAAATCCTAAAATCAAATGTGACTAAGATTTGATTCATTGAATATAGATATTTCAAGGAG
** * *
4032 TCTTCCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGACCCCGAAACGTGTTTTTAGCTAAAAACTG
196 TCTTCCTGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGCCGGGACCCCAAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACTG
4097 TAATGTAAATTTTTTTCAAAATTTTATC
261 TAATGTAAATTTTTTTCAAAATTTTATC
* * *
4125 CCACAAT-CATCATAAAAAATATATAATTCAACGCCAAAAAGATTGAAATGTTTTTCA-GTCTTC
1 CCACAATAC-TCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAAAGGTTTTCCATG-CTTC
*
4188 TAAAATCGTTTATCA-ATTTTTACAAATAAATTTCAAATTAAATCGAAACAAGATTC-AAAAGCT
64 TAAAATCGTTTATCATATTTTTACAAATAAATTTCAAATTAAATCAAAACAAGATTCGAAAA-CT
* * *
4251 CATAAAAACAAATCCTTAAATCCAATGTGACTGAGATTTGATTCGA-TGAATATAGATATTTCAA
128 CATAAAAACAAATCCTAAAATCAAATGTGACTAAGATTTGATTC-ATTGAATATAGATATTTCAA
* * *
4315 GGAGTCTTTCTGCCAAACATTATAAAAAACTGAGCCGGG-CCCCAAAACGCGTTTTTTAGCTAAA
192 GGAGTCTTCCTGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGCCGGGACCCCAAAACGCG-TTTTTAGCTAAA
4379 AACTGT
256 AACTGT
4385 CATGCACACG
Statistics
Matches: 224, Mismatches: 31, Indels: 11
0.84 0.12 0.04
Matches are distributed among these distances:
286 12 0.05
287 145 0.65
288 67 0.30
ACGTcount: A:0.39, C:0.17, G:0.12, T:0.32
Consensus pattern (288 bp):
CCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACGCAAAAAAGATTGAAAGGTTTTCCATGCTTCTA
AAATCGTTTATCATATTTTTACAAATAAATTTCAAATTAAATCAAAACAAGATTCGAAAACTCAT
AAAAACAAATCCTAAAATCAAATGTGACTAAGATTTGATTCATTGAATATAGATATTTCAAGGAG
TCTTCCTGCCAAAAATCATAAAAAACTGAGCCGGGACCCCAAAACGCGTTTTTAGCTAAAAACTG
TAATGTAAATTTTTTTCAAAATTTTATC
Found at i:4775 original size:202 final size:203
Alignment explanation
Indices: 4418--4825 Score: 617
Period size: 202 Copynumber: 2.0 Consensus size: 203
4408 ACATGACATG
*
4418 TAAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAGTATAAATAATTCAATGCCAAAAA
1 TAAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAGTAT-AATAATTCAACGCCAAAAA
*
4483 GATTGAAATGTATTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTCATTTTTTGCCGAATAAATTTCTAATTTA
65 GATTGAAATGTATTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTCATTTTTTGCCGAATAAATTTCTAATTAA
* * * * *
4548 ATCGAAACAAGATTCAGATGCTCGTAGAAACAAATCCTTTAATCCAATGTGGCTGAGATTTGATT
130 ATCGAAACAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAGATTTGATT
4613 CGATGAATA
195 CGATGAATA
*
4622 TAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAA-TAT-ATAATTGAACGCCAAAAA
1 TAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAGTATAATAATTCAACGCCAAAAA
* * * *
4685 GATTGAAGTTTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTCAATTTTTT-CTGAATTAAA-TTCTAATT
65 GATTGAAATGTATTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTC-ATTTTTTGCCGAA-TAAATTTCTAATT
* *
4748 AAATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAGATTTGG
128 AAATCGAAACAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAGATTTGA
*
4813 TTTGATGAATA
193 TTCGATGAATA
4824 TA
1 TA
4826 GATATTTGCA
Statistics
Matches: 186, Mismatches: 15, Indels: 8
0.89 0.07 0.04
Matches are distributed among these distances:
202 131 0.70
203 11 0.06
204 7 0.04
205 37 0.20
ACGTcount: A:0.37, C:0.15, G:0.11, T:0.38
Consensus pattern (203 bp):
TAAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAGTATAATAATTCAACGCCAAAAAG
ATTGAAATGTATTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTCATTTTTTGCCGAATAAATTTCTAATTAAA
TCGAAACAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAGATTTGATTC
GATGAATA
Found at i:6470 original size:325 final size:324
Alignment explanation
Indices: 4622--7475 Score: 4235
Period size: 325 Copynumber: 8.8 Consensus size: 324
4612 TCGATGAATA
* *
4622 TAAATTTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCAT-AAAAATATATAATTGAACGCCAAAAAG
1 TAAATTTTTTTTCTCAA-TTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAG
** * * *
4686 ATTGAAGTTTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTCAA-TTTTTTCTGAATTAAATTCTAATTAA
65 ATTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* * *
4750 ATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAGATTTGGTT
130 ATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * *
4815 TGATGAATATAGATATTTGCAA-GAGTCTTTCTGCAAAAAATTATGCGAAACTGAGCCGGGGCCC
195 TGATGAATGTAGATATTT-CAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCC
* * *
4879 CAAAACGCG-TTTTTAACTAAAAACTATGATGGTTAATACA-GCATTTCTGCTAAAACACTTACA
259 CAAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACG-ATTTCAGCTAAAAAACTTACA
4942 TT
323 TT
* *
4944 T-AA-CTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCAT-AAAAATATATTATTGAACATCAAAAAG
1 TAAATTTTTTTTCTCAA-TTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAG
* *
5006 ATTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCG-TTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
65 ATTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* * * * *
5070 ATCGAAAAAAGTTTGAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAAGGTGGCTGAGATTTGGTT
130 ATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * *
5135 TGATGAATATAGACATTTTAAGGAGTCTTTCTGTCAAAAATCATGCGAAACTGAGCCGGGGCCCC
195 TGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC
*
5200 AAAACGCG-TTTTTAACT-AAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCAGCT-AAAAACTTACATT
260 AAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATT
* *
5262 TAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTCCCACAATCATCATAGAGAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
1 TAAATTTTTTTTCTCAATTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
* *
5326 TTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATTGTTTTTCAA-TTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
66 TTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
*
5390 TCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTT
131 TCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTT
* * *
5455 GATGAATGTAGATATTTCAATGAGTCTTTCTGCCAAAAATCCTGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCA
196 GATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCA
* * * * * * *
5520 AAACGCGTTTTTTAGCTAAAAACTTTGATAGTTAGTACACGATTTCAGCTATAAAACTGACATG
261 AAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATT
* * * * * * *
5584 TAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTTCCATAATCATCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAATGA
1 TAAATTTTTTTTCTCAATTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
** * **
5648 TTGAAATG-TTTTCTAGTCTTCTAAAATC-TTTTTCAA-TTTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAA
66 TTGAAGGGTTTTTC-AGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* * * *
5710 ATCGAAAGAAGTTTGAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTT
130 ATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * * * * *
5775 TGATGAATATAGACATTTTAAGGAGTATTTCTGCCAAAAATCATGCGAAACTGAGCCGGGACCCC
195 TGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC
* * *
5840 AAAACGCGTTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTTATACACGATTTCTGCTAAAAAAACTTACAT
260 AAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCT-AAAAAACTTACAT
5905 T
324 T
*
5906 TAAA-TTTTTTTCTTCAATTTTTTCCCATAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAA
1 TAAATTTTTTTTC-TCAA-TTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAA
* * *
5970 GATTGGATGGTTTTTTCAGTTCTTCTAAAATCGTTTTTTCAATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTA
64 GATT-GAAGGGTTTTTCAG-TCTTCTAAAATCGTTTTTT-AA-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTA
* * *
6035 ATTAAAATCGAAAGAAGATACAGAAGCTCGTAAAATAAAATCCTTAAATCCAAGGTGGCTGAGAT
125 ATT-AAATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* *
6100 TTGGTTTGATGAATGTAGATATTTCAATGATTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
189 TTGGTTTGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* *
6165 GGCCCCAAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAACT
254 GGCCCCAAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAAAACT
6230 TACATT
319 TACATT
* * * *
6236 TAAATTTTTTTTCACAATTATTCCCACAATCATCATAAATAATATATTATTGAACGCCAAAAAGA
1 TAAATTTTTTTTCTCAATTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
* * *
6301 TTGGAGGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATTGTTTTTTAATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
66 TT-GAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
*
6366 ATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
130 ATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
*
6431 TGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGGCCCC
195 TGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC
* * *
6496 AAAACGCATTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCTGCTAAAAAACTTACATT
260 AAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATT
**
6561 TAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTTCCCTTAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAG
1 TAAATTTTTTTTCTCAA-TTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAG
* * *** *
6625 ATTGGATGGTTTTTCAGTCTTCT-AAA--GATTGGATGATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTA
65 ATTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCG-TTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTA
* *
6687 AATCGAAAGAAGATTCACAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGT
129 AATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGT
* * * * *
6752 TTGATGAATATAGACATTTTAAGGAGTCTTTCTGTCAAAAATCATGCGAAACTGAGCCGGGGCCC
194 TTGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCC
* *
6817 CAAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACAT
259 CAAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACAT
6882 T
324 T
* * * *
6883 TAAATTTTTTTCTCTCAAATTTTCCCACAATCATCATAAAAAATCTATTATTGAACGCCCAAAAG
1 TAAATTTTTTT-TCTCAATTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAG
* *
6948 ATTGGAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
65 ATTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* *
7013 ATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCTATGTGGCTGAGATTTGGTT
130 ATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
*
7078 TGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCGC
195 TGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC
* *
7143 AAAACGCGTTATTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCTGCTAAAAAACTTACATT
260 AAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATT
7208 TAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
1 TAAATTTTTTTTCTCAATTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
*
7272 TTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTGAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
66 TTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
* *
7337 TCGAAAGAACATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTT
131 TCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTT
*
7402 GATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATACATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCC
196 GATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAAT-CATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC
7467 AAAACGCGT
260 AAAACGCGT
Statistics
Matches: 2293, Mismatches: 209, Indels: 58
0.90 0.08 0.02
Matches are distributed among these distances:
318 32 0.01
319 249 0.11
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Consensus pattern (324 bp):
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TTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
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GATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCA
AAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATT
Found at i:6960 original size:647 final size:644
Alignment explanation
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4612 TCGATGAATA
* *
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1 TAAA-TTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAG
* ** * * *
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* * *
4751 TCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAAAGTGCCTGAGATTTGGTTT
128 TCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTT
* * * *
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* * * * *
4880 AAAACGCG-TTTTTAACTAAAAACTATGATGGTTAATACA-GCATTTCTGCTAAAACACTTACAT
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* * **
4943 TT-AACTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCAT-AAAAATATATTATTGAACATCAAAAAG
321 TTAAATTTTTTTCTCAA-ATTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACGCCAAAAAG
* * *
5006 ATTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCG-TTTTTCATTTTTTTCTGAATTAATTTCTAATTAA
385 ATTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAA
* * * *
5070 ATCGAAAAAAGTTTGAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAAGGTGGCTGAGATTTGGTT
450 ATCGAAAGAAGATTCAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTT
* * *
5135 TGATGAATATAGACATTTTAAGGAGTCTTTCTGTCAAAAATCATGCGAAACTGAGCCGGGGCCCC
515 TGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC
* *
5200 AAAACGCG-TTTTTAACT-AAAACTGTGATGGTTATTACACGATTTCAGCT-AAAAACTTACATT
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* *
5262 TAAATTTTTTTCTCAA-TTTTTCCCACAATCATCATAGAGAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
1 TAAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
* *
5326 TTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATTGTTTTTCAATTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
66 TTGGAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAA-T-TTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAAT
*
5391 CGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTG
129 CGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTG
* * *
5456 ATGAATGTAGATATTTCAATGAGTCTTTCTGCCAAAAATCCTGCAAAACTAAGCCGGGGCCCCAA
194 ATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAA
* * * * *
5521 AACGCGTTTTTTAGCTAAAAACTTTGAT-AGTTAGTACACGATTTCAGCTATAAAACTGACATGT
259 AACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGA-TTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATTT
* * * * * * *
5585 AAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCATAATCATCATAAAAAATATATAACTCAACGCCAAAATGATT
323 AAATTTTTTTCTCAAATTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACGCCAAAAAGATT
** * **
5650 GAAATG-TTTTCTAGTCTTCTAAAATC-TTTTTCAAT-TTTTTCTAAATTAATTTCTAATTAAAT
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* * *
5712 CGAAAGAAGTTTGAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTTG
452 CGAAAGAAGATTCAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTG
* * * *
5777 ATGAATATAGACATTTTAAGGAGTATTTCTGCCAAAAATCATGCGAAACTGAGCCGGGACCCCAA
517 ATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAA
* *
5842 AACGCGTTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTTATACACGATTTCTGCTAAAAAAACTTACATT
582 AACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCTGCT-AAAAAACTTACATT
*
5906 TAAATTTTTTTCTTCAATTTTTTCCCATAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAG
1 TAAATTTTTTTC-TCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAG
* *
5971 ATTGGATGGTTTTTTCAGTTCTTCTAAAATCGTTTTTTCAATTTTTTTTCTGAATTAATTTCTAA
65 ATTGGA-GGGTTTTTCAG-TCTTCTAAAA---TTTTTTC-A-TTTTTTTCCGAATTAATTTCTAA
* * *
6036 TTAAAATCGAAAGAAGATACAGAAGCTCGTAAAATAAAATCCTTAAATCCAAGGTGGCTGAGATT
123 TT-AAATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATT
* *
6101 TGGTTTGATGAATGTAGATATTTCAATGATTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
187 TGGTTTGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGG
*
6166 GCCCCAAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGTTTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAACTT
252 GCCCCAAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAACTT
*
6231 ACATTTAAATTTTTTT-TCACAATTATTCCCACAATCATCATAAATAATATATTATTGAACGCCA
317 ACATTTAAATTTTTTTCTCA-AATT-TTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACGCCA
* *
6295 AAAAGATTGGAGGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATTGTTTTTTAATATTTTTCCGAATTAATTTCT
380 AAAAGATT-GAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATATTTTTCCGAATTAATTTCT
* *
6360 AATTAAATCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
444 AATTAAATCGAAAGAAGATTCAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGAT
* * *
6425 TTGGTTTGATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGA
509 TTGGTTTGATGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGG
* *
6490 GGCCCCAAAACGCATTTTTTAGCTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCTGCTAAAAAACT
574 GGCCCCAAAACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCTGCTAAAAAACT
6555 TACATT
639 TACATT
**
6561 TAAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCCTTAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
1 TAAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
* *** *
6626 TTGGATGGTTTTTCAGTCTTCTAAAGATTGGATGATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
66 TTGGAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAA-ATTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* *
6691 GAAAGAAGATTCACAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTTGTTTGA
130 GAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTGA
* * * * *
6756 TGAATATAGACATTTTAAGGAGTCTTTCTGTCAAAAATCATGCGAAACTGAGCCGGGGCCCCAAA
195 TGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAAA
*
6821 ACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGATTATTACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATTTAA
260 ACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATTTAA
* *
6886 ATTTTTTTCTCTCAAATTTTCCCACAATCATCATAAAAAATCTATTATTGAACGCCCAAAAGATT
325 A-TTTTTT-TCTCAAATTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACGCCAAAAAGATT
*
6951 GGAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
388 GAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATC
* * *
7016 GAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCTATGTGGCTGAGATTTGGTTTGA
453 GAAAGAAGATTCAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTGA
* * *
7081 TGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCGCAAA
518 TGAATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAAA
*
7146 ACGCGTTATTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCTGCTAAAAAACTTACATT
583 ACGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCTGCTAAAAAACTTACATT
7208 TAAATTTTTTTCTCAA-TTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
1 TAAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
* *
7272 TTGAAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTGAATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
66 TTGGAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAAT--TTTTT-CATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAA
* *
7337 TCGAAAGAACATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCTTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTT
128 TCGAAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTT
*
7402 GATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATACATGCAAAACTAAGCCGGGGCCCC
193 GATGAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAAT-CATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCC
7467 AAAACGCGT
257 AAAACGCGT
Statistics
Matches: 2023, Mismatches: 153, Indels: 67
0.90 0.07 0.03
Matches are distributed among these distances:
638 22 0.01
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641 70 0.03
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645 6 0.00
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ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.14, T:0.35
Consensus pattern (644 bp):
TAAATTTTTTTCTCAATTTTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACACCAAAAAGA
TTGGAGGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATTTTTTCATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCG
AAAGAAGATTCAGAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTGAT
GAATGTAGATATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAAAA
CGCGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGATTAGTACACGATTTCAGCTAAAAAACTTACATTTAAA
TTTTTTTCTCAAATTTTCCCACAATCATCATAAAAAATATATTATTGAACGCCAAAAAGATTGAA
GGGTTTTTCAGTCTTCTAAAATCGTTTTTTAATATTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAA
AGAAGATTCAAAAGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATGTGGCTGAGATTTGGTTTGATGA
ATATAGACATTTCAAGGAGTCTTTCTGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCCAAAACG
CGTTTTTTAACTAAAAACTGTGATGGTTAATACACGATTTCTGCTAAAAAACTTACATT
Done.