Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010341.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10362, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
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64 TCAGGTCAGT
* * * * *
74 TTTTGGGCTAAAAATGCGGTTCGGGGCTCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAGAAAGACTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
* * * *
139 CTTGGAATATCTATAATAATCTAACCAAATCTCAGCCACATAGGATATAAGGATTTGTTTTTACG
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACAT-GGATATAAGGATTTGTTTTTACG
* * * * *
204 AGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAAATCAG-AAAAATGGAAAAACGATATTAA
130 AGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACTATATTAA
* * * * * * * *
267 CAGCATGAAGAACCCTTCAATTTTCTTGGCGTCGAATTATATTTTTTTTTATAAGTATTATGGAA
195 CAGCGTGAA-AAACATTCAATTTTTTTGGCATCGAATTATA-TATTTTTTA-GAGTATTGTGG-A
* * * *
332 AAAAAAAATAGGGAGAAATAATTTACAGGTCAGTTTTTGCAAATTTTGAGCTGAAATC-T-TGTA
256 AAAAATAATA---AAAAAAAATTT-C-GG---G----T-CAAATTTTGAGCCGAAATCGTGTGTA
* * * *
395 ACATCACAATTTTTGGCT-AAAACACGTTCCAGAGC-CCGTCTTAATTTTACATGATTTTTGGCA
308 ACATCACAATTTTGGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGCTCCGTCTCAATTTTACATGATTTTCGGCA
* * * * * * *
458 CAAAGACTTC-TTGAAATATCTATATTCATCGAAACAAATCTCAGCCACATTGGATATAA-TAGT
373 GAAAG-CCTCATTGAAATATCTATATTAATAGAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGA-T
* * * * *
521 TT-TTTTTACGAGTATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATCAGAAAAAATTGAAA
436 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAA
* * *
585 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAATACGTCAAT-TTTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGA
501 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAACACGTCAATATTTT-TGGCATTGAATTATATATTTTTTCAGA
*** * * *
649 ATGTTGTGACAAAACATACAGAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAA
565 GCATTGTGAGAAAAAATTCA-AAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAA
714 CCATCACGG
629 CCATCACGG
** *
723 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGAAAGAAAGTCTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
* * *
788 ATTAAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACGATCGATATAAGGATTTGTTTTTACA
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCAC-ATGGATATAAGGATTTGTTTTTACG
853 AGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACTATATTAA
130 AGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACTATATTAA
* * ** * *
918 AATCGTGAAAAACATGTCAATTTTTTTGGCATTTAATTATATATTTTTGAGAGCATTGTAGGAAA
195 CAGCGTGAAAAACAT-TCAATTTTTTTGGCATCGAATTATATATTTTTTAGAGTATTGT-GGAAA
* * * **
983 AAATTCAACAAAAAAAAATTTCGGGTC-AGTTTTGAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGGT
258 AAA-T-AATAAAAAAAAATTTCGGGTCAAATTTTGAGCCG-AAATCGTGT-GTAA-CATCACAAT
* * * *
1047 TTTGGGCTAAAAACGCGGTT-CAGGGCTCCGACTCAATTTTGCATGATTTTCGGCTGAAAGCCTC
318 TTTGGGCTAAAAACGC-GTTCCAGAGCTCCGTCTCAATTTTACATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
* * * *
1111 ATTCAAATATCTATATTAATATAACCGAATCTCAGCCACACTAGATATAAGGATTTTGTTTTTTT
382 ATTGAAATATCTATATTAATAGAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGA-TTTG--TTTTT
* * * * *
1176 GCGAGCATCTAAATCTTATATCGATTTAATTAGAAATTAATTACGGAAAAAAATGGAAAAACTAT
444 ACGAGCATCTGAATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CGG-AAAAAATGGAAAAACGAT
* * * * * * *
1241 GTTAGAAGCGTGAAAAACACATCTACATGTTTGGCATTAAATTATATA-TTTTTGAGAGCATTGT
507 ATTAGAAGCGTGAAAAACACGTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCAGAGCATTGT
*
1305 -AGGAAAAAATTCAAAAAAAAATTTCGGGTCAGATTTTAGCCGAAAATCGTAGTACTAACCATCA
572 GA-GAAAAAATTCAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGT-GTACTAACCATCA
1369 CGG
635 CGG
* * *
1372 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGTGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCTGAAAGCCTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
*
1437 ATTCAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTTGTTTTT-C
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACA-TGGATATAAGGA-TTTGTTTTTAC
*
1501 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAAGTATATT
129 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAACTATATT
* * * * *
1566 AAAAGCGTGAAAAACACGTCAA-TTTTTTGGTATTGAATTAAATATTTTTTAGAGTATTGTGGGA
193 AACAGCGTGAAAAACA-TTCAATTTTTTTGGCATCGAATTATATATTTTTTAGAGTATTGT-GGA
** * * *
1630 AAAAA-AATTTAAAAAAATTTCGGGT-TAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTAGTAAGCATCACAAT
256 AAAAATAATAAAAAAAAATTTCGGGTCAAATTTTGAGCCG-AAATCGTGT-GTAA-CATCACAAT
* * * * * * * *
1693 TTTGAGCTAAAAAAGCGGTT-CGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATATTCGGCAGAAAGCCTC
318 TTTGGGCTAAAAACGC-GTTCCAGAGCTCCGTCTCAATTTTACATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
* * *
1757 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCTACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTGCG
382 ATTGAAATATCTATATTAATAGAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTACG
* *
1822 AGAATCTGAATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAAATGGAAAAA-GTATATTA
447 AGCATCTGAATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACG-ATATTA
* * * * *
1886 AAAGCGTGAAAAACACGTCAATTTTTTTGGTATTGAATTATATATTTTTTTAGAGCATTGTGGGA
511 GAAGCGTGAAAAACACGTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCAGAGCATTGTGAG-
** *
1951 AAAAAATT-TTAAAAAAATTT-GGGTCAGTTTTTAGACGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
575 AAAAAATTCAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * *
2012 TTTTAGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCTGGCTCGGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
*
2077 ATTGAAATATTTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCAC----AT-T--GGA------TTT--GA
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACATGGATATAAGGATTTGTTTTTACGA
* *
2127 GCATCTGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAA-TAATATT
131 GCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GG-AAAAAATGGAAAAACT-ATATT
*
2191 AACAGCGTGAAAAACTCTTCAATTTTTTTGGCATCGAATTATATATTTTTTCTA-AGTATTGTGG
193 AACAGCGTGAAAAAC-ATTCAATTTTTTTGGCATCGAATTATATA-TTTTT-TAGAGTATTGTGG
* ** * *
2255 TAAAAAACTTGAGAAAAAAATTTTCATATAACTTT-TTG-CAAAATTTGAGTCGAAATC--GTGT
255 -AAAAAA--T-A-ATAAAAA-----A-A-AA-TTTCGGGTCAAATTTTGAGCCGAAATCGTGTGT
** ** * * * * * *
2316 AACATCACGGTTTTTTGCTGAAAA-GCGTTCCAGAGCCCCGTTTCAGTTGTACATGATTTTTGGC
307 AACATCACAATTTTGGGCTAAAAACGCGTTCCAGAGCTCCGTCTCAATTTTACATGATTTTCGGC
** * * * * * *
2380 -GCAAAAACTCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTTAGCCACATTGGATACAAGGAT
372 AG-AAAGCCTCATTGAAATATCTATATTAATAGAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGAT
* *
2444 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATGAATTCGG-AAAAATGGAAA
436 TTGTTTTTACGAGCATCTGAATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAA
* * * **
2508 AACGATATTAGAAGCGTGAATAACACGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTTCTT
501 AACGATATTAGAAGCGTGAAAAACACGTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATA--TTTTTTCAG
** *
2573 AATATTGTGACAAAAAATTCAGAAAAATAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTAC
564 AGCATTGTGAGAAAAAATTCA-AAAAA-AAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTAC
*
2637 TAACCATCACAG
626 TAACCATCACGG
* * * * * *
2649 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG-TCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGACAGAAAGGCT
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCT-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCT
* * * *
2713 CCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTAC
65 CATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACA-TGGATATAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * * *
2778 GAGCAACTGAATCTTGTTTCAATTTAATTTGGAAAAT-ATTCAGAAAAAATGGAAAAACGATATT
129 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAA-TTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACTATATT
* * * * *
2842 AACAGGGTGAAAACCCTTCAATTTTGTTGGCATCGAATTATATAATTTTT
193 AACAGCGTGAAAAACATTCAATTTTTTTGGCATCGAATTATATATTTTTT
2892 CTAAATATTA
Statistics
Matches: 1847, Mismatches: 238, Indels: 169
0.82 0.11 0.07
Matches are distributed among these distances:
624 40 0.02
625 43 0.02
626 21 0.01
627 19 0.01
628 2 0.00
631 1 0.00
632 70 0.04
633 137 0.07
634 31 0.02
635 10 0.01
636 6 0.00
637 127 0.07
638 28 0.02
639 13 0.01
640 116 0.06
641 80 0.04
642 45 0.02
643 67 0.04
644 71 0.04
645 10 0.01
646 157 0.09
647 1 0.00
648 88 0.05
649 386 0.21
650 153 0.08
651 89 0.05
652 1 0.00
653 29 0.02
654 6 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (637 bp):
TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACATGGATATAAGGATTTGTTTTTACGA
GCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACTATATTAAC
AGCGTGAAAAACATTCAATTTTTTTGGCATCGAATTATATATTTTTTAGAGTATTGTGGAAAAAA
TAATAAAAAAAAATTTCGGGTCAAATTTTGAGCCGAAATCGTGTGTAACATCACAATTTTGGGCT
AAAAACGCGTTCCAGAGCTCCGTCTCAATTTTACATGATTTTCGGCAGAAAGCCTCATTGAAATA
TCTATATTAATAGAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTACGAGCATCTGA
ATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACGATATTAGAAGCGTGAA
AAACACGTCAATATTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTCAGAGCATTGTGAGAAAAAATTCAA
AAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
Found at i:1788 original size:320 final size:318
Alignment explanation
Indices: 74--2891 Score: 2742
Period size: 320 Copynumber: 8.8 Consensus size: 318
64 TCAGGTCAGT
* * * * *
74 TTTTGGGCTAAAAATGCGGTTCGGGGCTCCGGGTCAGTTTTGCATGATTTTTGGTAGAAAGACTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
* * * *
139 CTTGGAATATCTATAATAATCTAACCAAATCTCAGCCACA-TAGGATATAAGGATTTGTTTTTAC
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACT-GGATATAAGGATTTGTTTTTAC
* * * *
203 GAGCATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTA-AAATTAAATCAG-AAAAATGGAAAAACG-ATATT
130 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAA-GTATATT
* * * * * * * * * *
265 AACAGCATGAAGAACCCTTCAATTTTCTTGGCGTCGAATTATATTTTTTTTTATAAGTATTATGG
194 AAAAGCGTGAAAAACACGTCAATTTT-TTGGCATTGAATTATA-TATTTTTTA-GAGTATTGTGG
* * * * * *
330 AAAAAAAAAATAGGGAGAAATAATTTACAGGTCAGTTTTT-G-C-AAATTTTGAGCTGAAATCTT
256 -AAAAAAAATTA---A-AAAAAATTT-CGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA--AT-CG-TG-TA-C--
**
392 GTAA-CATCACAA
307 -TAACCATCACGG
* * * * * * * * * * *
404 TTTTTGGCT-AAAACAC-GTTCCAGAGC-CCGTCTTAATTTTACATGATTTTTGGCACAAAGACT
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTT-CGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAG-CC
* ** * * *
466 TC-TTGAAATATCTATATTCATCGAAACAAATCTCAGCCACATTGGATATAA-TAGTTT-TTTTT
64 TCATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGA-TTTGTTTTT
* * * * * *
528 ACGAGTATCTGAATATTGTTTCGATTTAATTAGAAATTAAATCAGAAAAAATTGAAAAACG-ATA
128 ACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAA-GTATA
* * * * * *
592 TTAGAAGCGTGAAAAATACGTCAATTTTTATGGCGTTGAATTATATATTTTTTCTGAATGTTGT-
192 TTAAAAGCGTGAAAAACACGTCAATTTTT-TGGCATTGAATTATATATTTTTT-AGAGTATTGTG
*
656 GACAAAACATACA-GAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCA
255 GA-AAAA-A-A-ATTAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCA
720 CGG
316 CGG
** *
723 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGAAAGAAAGTCTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
* *
788 ATTAAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACGA-TCGATATAAGGATTTGTTTTTAC
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCAC-ACTGGATATAAGGATTTGTTTTTAC
* *
852 AAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAACTATATTA
130 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAAGTATATTA
* * * * *
917 AAATCGTGAAAAACATGTCAATTTTTTTGGCATTTAATTATATATTTTTGAGAGCATTGTAGGAA
195 AAAGCGTGAAAAACACGTCAA-TTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAGAGTATTGT-GGAA
** *
982 AAAATTCAACAAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTGAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
258 AAAA---AATTAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * * *
1046 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCAGGGCTCCGACTCAATTTTGCATGATTTTCGGCTGAAAGCCTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
* * *
1111 ATTCAAATATCTATATTAATATAACCGAATCTCAGCCACACTAGATATAAGGATTTTGTTTTTTT
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGA-TTTG--TTTTT
* * * *
1176 GCGAGCATCTAAATCTTATATCGATTTAATTAGAAATTAATTACGGAAAAAAATGGAAAAACTAT
128 ACGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATT-CGG-AAAAAATGGAAAAAGTAT
* * * * * * *
1241 GTTAGAAGCGTGAAAAACACATCTACA-TGTTTGGCATTAAATTATATATTTTTGAGAGCATTGT
191 ATTAAAAGCGTGAAAAACACGTC-A-ATTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAGAGTATTGT
*
1305 AGG--AAAAAATTCAAAAAAAAATTTCGGGTCAGATTTTAGCCGAAAATCGTAGTACTAACCATC
254 -GGAAAAAAAATT--AAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGT-GTACTAACCATC
1368 ACGG
315 ACGG
* * *
1372 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGTGCTCCGACTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCTGAAAGCCTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
*
1437 ATTCAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTTGTTTTT-C
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGA-TTTGTTTTTAC
1501 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAAATGGAAAAAGTATATT
130 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGG-AAAAAATGGAAAAAGTATATT
* *
1566 AAAAGCGTGAAAAACACGTCAATTTTTTGGTATTGAATTAAATATTTTTTAGAGTATTGTGGGAA
194 AAAAGCGTGAAAAACACGTCAATTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAGAGTATTGT-GGAA
* * * * **
1631 AAAAAATTTAAAAAAATTTCGGGTTAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTAGTAAGCATCACAA
258 AAAAAATTAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * *
1692 TTTTGAGCTAAAAAAGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATATTCGGCAGAAAGCCTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
* *
1757 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCTACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTGCG
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTACG
* * *
1822 AGAATCTGAATATTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGGAAAAATGGAAAAAGTATATTAA
131 AGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAAGTATATTAA
* *
1887 AAGCGTGAAAAACACGTCAATTTTTTTGGTATTGAATTATATATTTTTTTAGAGCATTGTGGGAA
196 AAGCGTGAAAAACACGTCAA-TTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTTTAGAGTATTGT-GGAA
* * *
1952 AAAAATTTTAAAAAAATTT-GGGTCAGTTTTTAGACGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
258 AAAAAATTAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
* * *
2012 TTTTAGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCTGGCTCGGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
*
2077 ATTGAAATATTTATATTAATATAACCAAATCTCAG-C-CAC---AT-T--GGA------TTT--G
66 ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTACG
* *
2126 AGCATCTGAATCTTATTTCAATTTAATTAGAAATAAATTCGGGAAAAAAATGGAAAAA-TAATAT
131 AGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTC-GG-AAAAAATGGAAAAAGT-ATAT
* * * *
2190 TAACAGCGTGAAAAACTCTTCAATTTTTTTGGCATCGAATTATATATTTTTTCTA-AGTATTGTG
193 TAAAAGCGTGAAAAACACGTCAA-TTTTTTGGCATTGAATTATATA-TTTTT-TAGAGTATTGTG
* * *** * * * *
2254 GTAAAAAACTTGAGAAAAAAATTTTCATATAACTTTTT-G-CAAAATTTGAGTCGAAATCGT-GT
255 GAAAAAAAATT-A-AAAAAAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAA----A-TCG---T-GTACT
2316 AA-CATCACGG
308 AACCATCACGG
** * * * * ** * * * **
2326 TTTTTTGCTGAAAA-GC-GTTCCAGAGCCCCGTTTCAGTTGTACATGATTTTTGGC-GCAAAAAC
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTT-CGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAG-AAAGCC
* * ** * * *
2388 TCCTTGAAATATCTATATTCATCGAACCAAATCTTAGCCACATTGGATACAAGGATTTGTTTTTA
64 TCATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTA
*
2453 CGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATGAATTCGG-AAAAATGGAAAAACG-ATAT
129 CGAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAA-GTATAT
* * * ** *
2516 TAGAAGCGTGAATAACACGTCAATTTTTTTGGCGTTGAATTATATATTTTTTTTCTTAATATTGT
193 TAAAAGCGTGAAAAACACGTCAA-TTTTTTGGCATTGAATTATATA--TTTTTT-AGAGTATTGT
*
2581 -GACAAAAAATTCAGAAAAATAAATTTTCGGGTCAGTTTTTAGCCG-AAATCGTGTACTAACCAT
254 GGAAAAAAAATT---AAAAA-AAA-TTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCAT
*
2644 CACAG
314 CACGG
* * * * * *
2649 TTTTTGGCTAAAAACGCGTTTCGGGG-TCCCGGCTCAGTTTTGTATGATTTTTGACAGAAAGGCT
1 TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCT-CCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCT
* * * * *
2713 CCTTGAAATATCTATATTAATCTAACCAAATCTCAGCCACATTGGATTTAAAGATTTGTTTTTAC
65 CATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTAC
* * * * * *
2778 GAGCAACTGAATCTTGTTTCAATTTAATTTGGAAAAT-ATTCAGAAAAAATGGAAAAACG-ATAT
130 GAGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAA-TTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAA-GTATAT
* * * * * *
2841 TAACAGGGTG-AAAACCCTTCAATTTTGTTGGCATCGAATTATATAATTTTT
193 TAAAAGCGTGAAAAACACGTCAATTTT-TTGGCATTGAATTATATATTTTTT
2892 CTAAATATTA
Statistics
Matches: 2120, Mismatches: 267, Indels: 210
0.82 0.10 0.08
Matches are distributed among these distances:
304 37 0.02
305 13 0.01
306 74 0.03
307 13 0.01
308 4 0.00
309 7 0.00
311 1 0.00
312 10 0.00
313 61 0.03
314 21 0.01
315 8 0.00
316 2 0.00
318 8 0.00
319 65 0.03
320 326 0.15
321 191 0.09
322 159 0.08
323 240 0.11
324 166 0.08
325 83 0.04
326 242 0.11
327 65 0.03
328 187 0.09
329 123 0.06
330 13 0.01
331 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.14, G:0.17, T:0.34
Consensus pattern (318 bp):
TTTTGGGCTAAAAACGCGGTTCGGGGCTCCGGCTCAGTTTTGCATGATTTTCGGCAGAAAGCCTC
ATTGAAATATCTATATTAATATAACCAAATCTCAGCCACACTGGATATAAGGATTTGTTTTTACG
AGCATCTGAATCTTATTTCGATTTAATTAGAAATTAATTCGGAAAAAATGGAAAAAGTATATTAA
AAGCGTGAAAAACACGTCAATTTTTTGGCATTGAATTATATATTTTTTAGAGTATTGTGGAAAAA
AAATTAAAAAAAATTTCGGGTCAGTTTTTAGCCGAAAATCGTGTACTAACCATCACGG
Done.