Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010344.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10365, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 4615
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.33
Found at i:1288 original size:661 final size:663
Alignment explanation
Indices: 360--4615 Score: 5547
Period size: 661 Copynumber: 6.4 Consensus size: 663
350 AAAAACCGCA
* * * ** *
360 GCTAAAATTTTGCGAAAAATGACCTGAATGAATTCTCCTCAATTTTTGGCCGCAATAATCATAGA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATA-A
* * * * *
425 AAA-TATA-GAATCCAACACCAAATATAATGGAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATTGTTTTTCAT
65 AAACTATATAAAT-CAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT
* * *
488 AATTTTCCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGTTGCTCGTAAAAATAAATCCTT
129 AATTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * * *
553 AAATCCAAAGTTGTCTAGATATGGCTAAATGAATATAGATATTTCAATGAATATTGGCGCCAAAA
194 AAATCCAAAGTGGCCTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * ** *
618 TTTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCGGAACACGTTTTTGGTAAAAAACCGCGATGGTTAGTACA
259 ATTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * * * * *
683 CAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTAAATTCATCCCAATTTTTGGCCATGGTA
324 CAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTA
* *
748 GTCATAAAAACTATATAACTCAACACT-AGAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTATAGTATTGT
389 GTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAG-AATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGT
*
812 TTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACA
453 TTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
* *
877 AATCCATAAATCCAATATCGCTTCGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTATTGGC
518 AATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGC
* * * * *
942 GTCAAAAA-T-ATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTAGAATGCATTTTTGGACAAACAA-CGTGATG
583 GCCAAAAATTCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCAAA-AACCGTGATG
1004 GTTAGTACACAATTTCG
647 GTTAGTACACAATTTCG
**
1021 GCTAAAATTTCCCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
*
1086 AACTATATAAATCAACAGTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAA
66 AACTATATAAATCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAA
* * *
1151 TTTTCCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAA
131 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* *
1216 ATCCAAAGTGGCCTAGATTTTGCTAGATGGATATAGATGA-TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA
196 ATCCAAAGTGGCCTAGATTTGGCTAGATGAATATAGAT-ATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA
* * * ** * * * *
1280 TCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCTAGAACGCGTTTATGGCCAAAAACCGTGATGTTTAGTACAT
260 TTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
*
1345 AATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACTTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAG
325 AATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAG
* * * *
1410 TCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAACAATAAAAGGATTTTCACGCTTCTAGTGTCGTTT
390 TCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTT
**
1475 TTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAATGAAA
455 TTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAA
* * * * * *
1540 TCCTTAACTCCAATATTGTTTAGATTTGGTTAGATGAATATTGATATTTCAATGAGTCTTGGC-A
520 TCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGC
*
1604 AAAAAATTCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTT
585 CAAAAATTCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTT
* *
1669 AATATACAATTTCG
650 AGTACACAATTTCG
* *
1683 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGGCCCGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
* *
1748 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAAAGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTTCATA
66 AACTATATAAATCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCG-TTTTTCATA
* * *
1813 TTTTTTCCGAATT-ATTACTAATT-AGTCGAAACATTTATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACT
130 ATTTTTCCGAATTAATTACTAATTCA-TCGAAACA-TGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * * * *
1876 TAAATCCAATA-TTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATTGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTCAA
193 TAAATCCAA-AGTGGCCTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAA
* * * * ** * * *
1940 AAATCATTCAAAACTGAGCAGGGGCCTCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAATA
257 AAATTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
* * ** * ** *
2005 CACCATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATGACCCGAATGAATTCTCCTCAATTTTTGGCCGTGA
322 CACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGG
* * * *
2070 TAATCATAGAAAA-TATAGAA-TCCAACACCAA-ATATAATGGAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTA
387 TAGTCATA-AAAACTATATAACT-CAACACTAAGA-ATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTA
* * * * * *
2132 TCGTTTTTCATAATTTTCCCGAATTAATTACTAATTCATTGAAACATGATTTAGTTGATCGTAAA
449 TCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAA
* * * *
2197 AATAAATCCATAAATCCAA-AGT-GGTCTAGATATGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGT
514 AACAAATCCATAAATCCAATA-TCGCT-TAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGT
* * ** * * **
2260 ATTGGCGCCAAAAATT-ATGCGAAACTGA-TCTGGTACCTCGGAACACGTTTTTGGCCAAAAACC
577 CTTGGCGCCAAAAATTCATGCAAAACTGAGTC-GGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACC
2323 GTGATGGTTAGTACACAATTTCG
641 GTGATGGTTAGTACACAATTTCG
** *
2346 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAACAAATTCTTCTTAATTTTT-GCCTACGGTAGTCATAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCC-ACGGTAGTCATAA
* *
2410 AAACTA-ATTAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTAAT
65 AAACTATA-TAAATCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT
* * * *
2474 ATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAATATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCAT
129 AATTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * *
2539 AAATCCAATA-TCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCATGAGTCTTGGCGCCAAA
194 AAATCCAA-AGTGGCCTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAA
* * * * * *
2603 AATCATGCAAAACTGAGCCGG-GCCCAAGAACGCGTTTTTGGACAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
258 AATTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
*
2667 ACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTATTCTCAATTTTTGGCCACGGT
323 ACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGT
2732 AGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGT
388 AGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGT
* *
2797 TTTTCATATTTTTCCCGAGTTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
453 TTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
* * * *
2862 AATCCCTAAATCCAATATGGCTTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATTAGTCTTGGC
518 AATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGC
* ** * * * *
2927 GCCAAAAATT-ATGCAAAATTGA-TCTGGTACCTCGGAACGCGTTTTTCG-CAGAAAA-CGTGAT
583 GCCAAAAATTCATGCAAAACTGAGTC-GGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCA-AAAACCGTGAT
2988 GGTTAGTACACAATTTCG
646 GGTTAGTACACAATTTCG
* * * * * *
3006 GCTAAAATTTAGCGAAAAATTGACCTGAATGAAATATTCTCGAGTTGTGGCCACGGTAGTCATAA
1 GCTAAAATTTTGCG-AAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAA
* * * * * *
3071 AAACTATATAATTCAACACAAAAAACAATGATAGATTTTTCACGCTTCTAGAATCGTTTTTCATA
65 AAACTATATAAATCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATA
* * * *
3136 ATTTTCCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATCTAGATGCTCGTAAAAATAAATGCTTA
130 ATTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* ** * * * * * *
3201 TATTTAATGTGGTCTAGATTTGGCAAGAAGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAACAA
195 AATCCAAAGTGGCCTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA
* *
3266 TTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCGGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAT
260 TTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
*
3331 AATTTCGGCTAAAATATTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTTAATTTTTGGCCACGGTA
325 AATTTCGGCTAAAAT-TTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTA
*
3396 GTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGCT
389 GTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTT
*
3461 TTTCATATTTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAATCA
454 TTTCATA-TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
* * * *
3526 AATACATAACTCCAATATCGCTTAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGC
518 AATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGC
* * * * * **
3591 ACCAAAAA-TCTTGCAAAACTGAGCCGAGTCCCCAGAACACG----T------AAACCGTGATGG
583 GCCAAAAATTCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGG
*
3645 TTAGTATACAATTTCG
648 TTAGTACACAATTTCG
* * *
3661 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAAGTCTTCTCAATTTTTGGCCATGGTAGGCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
* * * * * * *
3726 AACTGTATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACTCTTATAGTATCGTTTTTCCTAT
66 AACTATATAAATCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAA
* * * *
3791 TTTTTCCGAATTAATTACTAATT-ATTCGTAACATGATTTAGATGCTCGTAAAATCAATTACTTA
131 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCA-TCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * * * * *
3855 ACTCCAATAAT-GCTTTGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTGTTGTCGCCAAAA
195 AATCCAA-AGTGGCCTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
*
3919 ATTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTTGTACA
259 ATTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
* * * *
3984 TAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTTAATTTTTTGCCATGGTA
324 CAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTA
*
4049 GTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATTAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTT
389 GTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTT
* * * * *
4114 TTTCATTTTTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAGACATGATTTAGATGCTTGTAAAATCA
454 TTTCA-TATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACA
* * * * ** *
4179 AATCCTTAACTCCAATATTGCTTATATTTGGTTAGATGAATATTTATATTTCAATGAGTCTTGGT
518 AATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGC
* * *
4244 ACCAAAAA-TAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATACGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGG
583 GCCAAAAATTCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGG
*
4308 TTATTACACAATTTCG
648 TTAGTACACAATTTCG
* * * * * * * *
4324 GCTAAAATTTTGCGAAAAATGATAC-GAATGAATTCTCCTCAAATTTTGGTCGCGATAATCATAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGA-CCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAA
* * *
4388 AAATTATA-AAATTCAACACCAAAAATAATGAAAGATTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT
65 AAACTATATAAA-TCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT
* *
4452 AATTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCCT
129 AATTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* ** * * * *
4517 AAATACAATTTGGCCAAGATTTGGCTAGATAAATATAGATATTTCAATTAGTCTTAGCGCC-AAA
194 AAATCCAAAGTGGCCTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * *
4581 ATTATGCAAAATTGATCTGGCACCTCGGAACGCGT
259 ATTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGT
Statistics
Matches: 3164, Mismatches: 375, Indels: 111
0.87 0.10 0.03
Matches are distributed among these distances:
653 261 0.08
654 282 0.09
655 37 0.01
657 1 0.00
660 53 0.02
661 1034 0.33
662 438 0.14
663 904 0.29
664 153 0.05
665 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.16, T:0.33
Consensus pattern (663 bp):
GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
AACTATATAAATCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAA
TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
ATCCAAAGTGGCCTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
TATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACA
ATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGT
CATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTT
TCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAAT
CCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCC
AAAAATTCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTA
GTACACAATTTCG
Found at i:1425 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 360--4591 Score: 5456
Period size: 331 Copynumber: 12.8 Consensus size: 330
350 AAAAACCGCA
* * * ** *
360 GCTAAAATTTTGCGAAAAATGACCTGAATGAATTCTCCTCAATTTTTGGCCGCAATAATCATAGA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATA-A
* * * * *
425 AAA-TATAGAA-TCCAACACCAAATATAATGGAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATTGTTTTTCAT
65 AAACTATATAACT-CAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT
* * * *
488 AATTTTCCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGTTGCTCGTAAAAATAAATCCTT
129 ATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * * *
553 AAATCCAA-AGTTG-TCTAGATATGGCTAAATGAATATAGATATTTCAATGAATATTGGCGCCAA
194 AAATCCAATA-TGGCT-TAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAA
* * ** * * ** *
616 AATTTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCGGAACACGTTTTTGGTAAAAAACCGCGATGGTTAGTA
257 AAATTATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
681 CACAATTTCG
321 CACAATTTCG
* * * * *
691 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTAAATTCATCCCAATTTTTGGCCATGGTAGTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
* * *
756 AACTATATAACTCAACACTAGAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTATAGTATTGTTTTTCATAT
66 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAT
* * *
821 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAA
131 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * * *
886 ATCCAATATCGCTTCGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTATTGGCGTCAAAAA-
196 ATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
* * * *
950 TATGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTAGAATGCATTTTTGGACAAACAA-CGTGATGGTTAGTACAC
261 TATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAA-AACCGTGATGGTTAGTACAC
1014 AATTTCG
324 AATTTCG
**
1021 GCTAAAATTTCCCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
* * *
1086 AACTATATAAATCAACAGTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAA
66 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAT
* * *
1151 TTTTCCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTCAGATACTCGTAAAAACAAATCCTTAA
131 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * * *
1216 ATCCAA-AGTGGCCTAGATTTTGCTAGATGGATATAGATGA-TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
196 ATCCAATA-TGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT-ATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * *
1279 ATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCTAGAACGCGTTTATGGCCAAAAACCGTGATGTTTAGTACA
259 ATTATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
*
1344 TAATTTCG
323 CAATTTCG
*
1352 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACTTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
* * * * *
1417 AACTATATAACTCAACACTAAGAACAATAAAAGGATTTTCACGCTTCTAGTGTCGTTTTTCATAT
66 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAT
* **
1482 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAATGAAATCCTTAA
131 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* * * * **
1547 CTCCAATATTGTTTAGATTTGGTTAGATGAATATTGATATTTCAATGAGTCTTGGC-AAAAAAAT
196 ATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
* * *
1611 TCATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAATATAC
261 T-ATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
1676 AATTTCG
324 AATTTCG
* *
1683 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGGCCCGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
*
1748 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAAAGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTTCATA
66 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCG-TTTTTCATA
* *
1813 TTTTTTCCGAATT-ATTACTAATT-AGTCGAAACATTTATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACT
130 TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCA-TCGAAACA-TGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCT
* * *
1876 TAAATCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATTGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTCAAA
193 TAAATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAA
* * * * *
1941 AATCATTCAAAACTGAGCAGGGGCCTCAGAATGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAATAC
258 AATTATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
*
2006 ACCATTTCG
322 ACAATTTCG
* * * ** * *
2015 GCTAAAATTTTGCGAAAAATGACCCGAATGAATTCTCCTCAATTTTTGGCCGTGATAATCATAGA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATA-A
* * * *
2080 AAA-TATAGAA-TCCAACACCAAATATAATGGAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT
65 AAACTATATAACT-CAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT
* * * * * * *
2143 AATTTTCCCGAATTAATTACTAATTCATTGAAACATGATTTAGTTGATCGTAAAAATAAATCCAT
129 ATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * *
2208 AAATCCAA-AGTGG-TCTAGATATGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTATTGGCGCCAA
194 AAATCCAATA-TGGCT-TAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAA
* * ** * * *
2271 AAATTATGCGAAACTGATCTGGTACCTCGGAACACGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
257 AAATTATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTA
2336 CACAATTTCG
321 CACAATTTCG
** *
2346 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAACAAATTCTTCTTAATTTTT-GCCTACGGTAGTCATAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCC-ACGGTAGTCATAA
*
2410 AAACTA-ATTAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTAAT
65 AAACTATA-TAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT
* * *
2474 ATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAATATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCAT
129 ATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* *
2539 AAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCCATGAGTCTTGGCGCCAAAA
194 AAATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * *
2604 ATCATGCAAAACTGAGCCGGGCCCAAGAACGCGTTTTTGGACAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
259 ATTATGCAAAACTGAGCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
2669 AATTTCG
324 AATTTCG
* *
2676 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTATTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
*
2741 AACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAT
66 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAT
* * * *
2806 TTTTCCCGAGTTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCCTAA
131 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
* *
2871 ATCCAATATGGCTTAGATTTGGCTAGATGAATATAGATATTTCAATTAGTCTTGGCGCCAAAAAT
196 ATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
* * ** * * *
2936 TATGCAAAATTGATCTGGTACCTCGGAACGCGTTTTTCG-CAGAAAA-CGTGATGGTTAGTACAC
261 TATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCA-AAAACCGTGATGGTTAGTACAC
2999 AATTTCG
324 AATTTCG
* * * * * *
3006 GCTAAAATTTAGCGAAAAATTGACCTGAATGAAATATTCTCGAGTTGTGGCCACGGTAGTCATAA
1 GCTAAAATTTTGCG-AAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAA
* * * * * *
3071 AAACTATATAATTCAACACAAAAAACAATGATAGATTTTTCACGCTTCTAGAATCGTTTTTCATA
65 AAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATA
* * * * *
3136 ATTTTCCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATCTAGATGCTCGTAAAAATAAATGCTTA
130 TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* ** * ** * * *
3201 TATTTAATGTGG-TCTAGATTTGGCAAGAAGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAACA
195 AATCCAATATGGCT-TAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
* ** *
3265 ATTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCGGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
259 ATTATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
*
3330 TAATTTCG
323 CAATTTCG
* *
3338 GCTAAAATATTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTTAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAA
1 GCTAAAAT-TTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAA
* *
3403 AAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGCTTTTCATA
65 AAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATA
* * * *
3468 TTTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATACAT
130 -TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTT
* * * * *
3533 AACTCCAATATCGCTTAGATTTGGTTCGATGAATATAGATATTTTAATGAGTCTTGGCACCAAAA
194 AAATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
* * * *
3598 ATCT-TGCAAAACTGAGCCGAGTCCCCAGAACACG----T------AAACCGTGATGGTTAGTAT
259 AT-TATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTAC
3652 ACAATTTCG
322 ACAATTTCG
* * *
3661 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAAGTCTTCTCAATTTTTGGCCATGGTAGGCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
* * * * *
3726 AACTGTATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCACTCTTATAGTATCGTTTTTCCTAT
66 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAT
* * * *
3791 TTTTTCCGAATTAATTACTAATT-ATTCGTAACATGATTTAGATGCTCGTAAAATCAATTACTTA
131 TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCA-TCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * *
3855 ACTCCAATAAT-GCTTTGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTGTTGTCGCCAAAA
195 AATCCAAT-ATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA
* ** *
3919 ATTATGCAAAACTGATCTGGTACCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTTGTACA
259 ATTATGCAAAACTGAGC-GGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACA
*
3984 TAATTTCG
323 CAATTTCG
* * * *
3992 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACATGAATGAATTCTTCTTAATTTTTTGCCATGGTAGTCATAAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
* * *
4057 AACTATATAACTCAACACTAAGAATAATTAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATTT
66 AACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCA-TA
* * *
4122 TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAGACATGATTTAGATGCTTGTAAAATCAAATCCTTA
130 TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * * ** **
4187 ACTCCAATATTGCTTATATTTGGTTAGATGAATATTTATATTTCAATGAGTCTTGGTACCAAAAA
195 AATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA
* ** *
4252 TAATGCAAAACTGAGTCGGGGCCCCAGAATACGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTATTACAC
260 TTATGCAAAACTGAG-CGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACAC
4317 AATTTCG
324 AATTTCG
* * * * * * * *
4324 GCTAAAATTTTGCGAAAAATGATAC-GAATGAATTCTCCTCAAATTTTGGTCGCGATAATCATAA
1 GCTAAAATTTTGCGAAAATTGA-CCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAA
* * * * *
4388 AAATTATAAAATTCAACACCAAAAATAATGAAAGATTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATA
65 AAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATA
* * *
4453 ATTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATAATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCCTA
130 TTTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTA
* * ** * * * *
4518 AATACAATTTGGCCAAGATTTGGCTAGATAAATATAGATATTTCAATTAGTCTTAGCGCC-AAAA
195 AATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAA
4582 TTATGCAAAA
260 TTATGCAAAA
4592 TTGATCTGGC
Statistics
Matches: 3419, Mismatches: 418, Indels: 129
0.86 0.11 0.03
Matches are distributed among these distances:
320 3 0.00
321 140 0.04
322 113 0.03
323 34 0.01
325 1 0.00
329 2 0.00
330 659 0.19
331 1609 0.47
332 708 0.21
333 147 0.04
334 3 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.16, G:0.15, T:0.33
Consensus pattern (330 bp):
GCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAA
AACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAT
TTTTTCCGAATTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAA
ATCCAATATGGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAAT
TATGCAAAACTGAGCGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAA
TTTCG
Done.