Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010346.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10367, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
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Found at i:1064 original size:331 final size:330
Alignment explanation
Indices: 1--4463 Score: 6030
Period size: 331 Copynumber: 13.5 Consensus size: 330
* * *
1 CGTGATGGTTATTA-ACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATTTACCTGAATGAATTCTTCTC
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCG-AAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTC
* * *
65 GATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATAATG--A------TC
65 AATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
* * * **
122 ACGCTTCTAATATTC-TTTTTCATAATTTTCCCGAATTAATTACAAATTCTTCGAAACATGATTT
130 ACGCTTCTAGTA-TCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTT
* * ** * * * *
186 AGATACTCGTAAAAATAAATCCTTAAATTTAATGTAG-TCTAGATTTTGCTAGATGAATATAGAT
194 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCT-TAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * * *
250 ATTTCAATGAGTCTTGGCGTCAAAACTCATACAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGACCGCGTTTTTC
258 ATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTT-
315 GCCAAAAAAC
322 GCC-AAAAAC
* *
325 CGTGATGGTTAGTACATAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGTATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
* *
390 ATTTCTGGCAACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * *
455 CGCTTTTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAA
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * *
520 ATATCTCGAAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
196 AT-GCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
* * * * *
585 TTCAATGAGTCTTGGACGCCAAAAATCCTGCAAAACTGAGCCGAGGCCCTAGAACGCGTTTTTGA
260 TTCAATGAGTCTTGG-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGC
*
650 CAATAAC
324 CAAAAAC
* **
657 CGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTTAATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
*
722 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAATGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * *
787 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTCCCGAATTAATTATTAATTCATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
** * ** * *
852 AAACTCGTAAAAATAAATCCTTAAATTTAATGT-GGTCTAGATTAT-GTTAGATGAATATAGATA
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCT-TAGATT-TGGTTAGATGAATATAGATA
** * * * *
915 TTTCAATGAGTCTTGGCATCAAAACTCATACAAAACTTAGCAGGGGCCCCAGACCGCGTTTTTAG
259 TTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTT-G
980 CCAAAAAC
323 CCAAAAAC
* * *
988 CGTGATGGTTAGTACATAATATCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGTATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
* *
1053 ATTTCTGGCCACGGTATTCATAAAAACTATAT-ACTTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAAC-TCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
* *
1117 ACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAACTAATCGAAACATGATTTA
130 ACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTA
* * * * * *
1182 GATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGCTAGATGAATATAGATAT
195 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
* * * ** * *
1247 TTCAATGAGTCTTGG-GGCAAACAATTATGCAAAACTGATCTA-GTACCCCGGAACACGTTTTTG
260 TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAA-AATCATGCAAAACTGAGC-AGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTG
*
1310 TCTAAAAAC
323 -CCAAAAAC
* * * * *
1319 CGTGATGGTTAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAATTGACCTGATTGATTTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
* *
1384 ATTTTTCGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTAA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
*
1449 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * * * *
1514 ACT-CTCGTAAAAACAAATTCATAAATTCAATATCGCTTAGAGTTGGTTACATGAATATAGATAT
196 A-TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
* * * * * * *
1578 TTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCCATAACACGTTTTTGTC
260 TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTG-C
*
1643 TAAAAAC
324 CAAAAAC
* * * *
1650 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTATAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGATTTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
*
1715 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTAA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
*
1780 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* *
1845 ATGCTCGAAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * *
1910 TCAATAAGTCTTGGCGCCAAAAATCCTGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTAGAACGCGTTTTT-CAC
261 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGC-C
*
1974 AATAAC
325 AAAAAC
* **
1980 CGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTTAATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
*
2045 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * *
2110 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTATTTACTAACTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * * * * *
2175 ATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * ** * *
2240 TCAATGAGTCTTGGGGCCAACAATTATGCAAAACTGATCTA-GTACCCCGGAACACGTTTTTGTC
261 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-AGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTG-C
*
2304 TAAAAAC
324 CAAAAAC
* * *** *
2311 CGTGATGGTTAGTACACTATTTTGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACTTTAATGAATTCTTCTCT
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
*
2376 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* *
2441 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAACTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * * * *
2506 ATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * * ** * * *
2571 TCAATGAGTCTTGGGGCCAACAATTATGCAAATCTGATCTA-GTACCCCGGAACACGTTCTTGTC
261 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGC-AGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTG-C
*
2635 TAAAAAC
324 CAAAAAC
* * *
2642 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGATTTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
** *
2707 ATAATTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
2772 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT-ATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * * *
2836 ATGCTCGTAAAAACAAATACTTAACTCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATTGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * *
2901 TCAATGAGTCTTGCCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCA-GGGCCCCAAAATGCGTTTTTGAC
261 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTG-C
2965 CAAAAAC
324 CAAAAAC
* * * * * *
2972 CGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAATGATCCGAATCAATTCATCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
* * * * * * *
3037 ATTTTTGGCCGCGGTAATCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATAATGAAAGATTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * *
3102 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTCCCGAACTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * * ** ** *
3167 ATGCTCGTCAGAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCCAAGATTTGACTAGATGAATATGGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * * * * ** *
3232 TCAATTAGTCTTGTCGTCAAAAATTATGCAAAATTGATCTGGTACCCCGGAACGCGTTTTTCGCC
261 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTT-GCC
3297 AAAAA-
325 AAAAAC
* *
3302 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
*
3367 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCACCACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* *
3432 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT-ATTCTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAATCATGCTTTA
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATT-TTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTA
*
3496 GATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTT-GTTAGATGAATATAGATAT
195 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
* * * * * * *
3560 TTCAATGAGTCTTGGCGCCTAAAATAATGGAAAACTGAGCCGGAGCCCCTGAATGCGTTTTTGGC
260 TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTT-GC
3625 CAAAAAC
324 CAAAAAC
3632 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
3697 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * *
3762 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCAT-ATCTTTTCCGAATTAAATACTAATTCATCGAAACTTGATTTA
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAAT-TTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTA
*
3826 GATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
195 GATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
* *
3891 TTCAATGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTTAGCAGGGGCCCCA-AACCGCGTTTTTGG
260 TTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAA-CGCGTTTTT-G
3955 CCAAAAAC
323 CCAAAAAC
* * * * *
3963 CGTGATGGTTATTAAACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAATTTTACCCGAATGAATTCTTTTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
* * *
4028 ATTTCTGGCCACGGTAGTCATCAAAACTATGTAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * * *
4093 CGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACAAATTAATCGAAACATGATTTAA
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* *
4158 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTATATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * ** *
4223 TCAATGACTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGTACCCCGGAACGCGTTTTTTCGC
261 TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCG-TTTTT-GC
*
4288 CTAAAA-
324 CAAAAAC
* * * *
4294 CGTGATGGTTATTAAACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATTTACCTGAATGAATTCTTCTC
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCG-AAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTC
* * *
4359 GATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATAATG--A------TC
65 AATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
* * *
4416 ACGCTTCTAATATTC-TTTTTCATAATTTTCCCGAATTAATTACAAATT
130 ACGCTTCTAGTA-TCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATT
4464 C
Statistics
Matches: 3713, Mismatches: 381, Indels: 90
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
324 130 0.04
325 24 0.01
326 1 0.00
329 77 0.02
330 1073 0.29
331 1956 0.53
332 345 0.09
333 67 0.02
334 40 0.01
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.14, T:0.34
Consensus pattern (330 bp):
CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTTCTCA
ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGCCA
AAAAC
Found at i:2253 original size:992 final size:994
Alignment explanation
Indices: 1--4413 Score: 6339
Period size: 992 Copynumber: 4.5 Consensus size: 994
*
1 CGTGATGGTTATTA-ACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATTTACCTGAATGAATTCTTCTC
1 CGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCG-AAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTC
* * *
65 GATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATAATG--A------TC
65 AATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
* * * * **
122 ACGCTTCTAATATTC-TTTTTCATAATTTTCCCGAATTAATTACAAATTCTTCGAAACATGATTT
130 ACGCTTCTAGTA-TCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTT
* ** * * * *
186 AGATACTCGTAAAAAT-AAATCCTTAAATTTAATGTAG-TCTAGATTTTGCTAGATGAATATAGA
194 AGATGCTCGT-AAAATCAAATCCTTAAATCCAATATTGCT-TTGATTTGGCTAGATGAATATAGA
* * * * * ** * *
249 TATTTCAATGAGTCTTGGCGTCAAAACTCATACAAAACTGAGC-AGGGGCCCCAGACCGCGTTTT
257 TATTTCAATGAGTCTTGG-GGCAAAAATTATGCAAAACTGATCTA-GTACCCCGGAACGCGTTTT
* * *
313 TCGCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACATAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCG-TA
320 TCGCCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAT-
* *
377 TGAATTCTTCTCAATTTCTGGCAACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAAT
384 TGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAAT
*
442 GAAAGGTTTTTCACGCTTTTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCG
449 GAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCG
* * *
507 AAACATGATTTAAATATCTCGAAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGA
514 AAACATGATTTAGAT-GCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGA
* *
572 TGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGACGCCAAAAATCCTGCAAAACTGAGCCGAG-GCCCTA
578 TGAATATAGATATTTCAATGAGTCTT-GACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGAGCCCCA
* * * *
636 GAACGCGTTTTTGAC-AATAACCGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAT
642 GAACACGTTTTTGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAT
*
700 TGACCTTAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACT
707 TGACCTGAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACT
* * * *
765 AAAAATAATGAAATGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTCCCGAATTAATTATT
772 AAAAATAATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACT
* ** * * ** * *
830 AATTCATCGAAACATGATTTAGAAACTCGTAAAAATAAATCCTTAAATTTAATGT-GGTCTAGAT
837 AATTAATCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCT-TAGAT
* * * *
894 TAT-GTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCATCAAAACTCATACAAAACTTAGCAG
901 T-TGGTTAGATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAG
*
958 GGGCCCCAGACCGCGTTTTT-AGCCAAAAAC
965 GGGCCCCAGAACGCGTTTTTCA-CCAAAAAC
* * * * *
988 CGTGATGGTTAGTACATAATATCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGTATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
* *
1053 ATTTCTGGCCACGGTATTCATAAAAACTATAT-ACTTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAAC-TCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
*
1117 ACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAACTAATCGAAACATGATTTA
130 ACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTA
* *
1182 GATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGCTAGATGAATATAGATAT
195 GATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTTGATTTGGCTAGATGAATATAGATAT
* *
1247 TTCAATGAGTCTTGGGGCAAACAATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACACGTTTTT-GT
260 TTCAATGAGTCTTGGGGCAAA-AATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACGCGTTTTTCGC
* * *
1311 CTAAAAACCGTGATGGTTAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAATTGACCTGATTGATT
324 CTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGAAT
*
1376 TCTTCTCAATTTTTCGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAG
389 TCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAG
*
1441 GTTTTTAACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACA
454 GTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACA
* * * *
1506 TGATTTAGACT-CTCGTAAAAACAAATTCATAAATTCAATATCGCTTAGAGTTGGTTACATGAAT
519 TGATTTAGA-TGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAAT
* * *
1570 ATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAG-GCCCCATAACAC
583 ATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGAGCCCCAGAACAC
*
1634 GTTTTTGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTATAATTTTGCGAAAATTGACCT
648 GTTTTTGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCT
* *
1699 GATTGATTTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAAT
713 GAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAAT
*
1764 AATGAAAGGTTTTTAACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAA
778 AATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAA
*
1829 TCGAAACATGATTTAGATGCTCGAAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTA
843 TCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTA
* * * * *
1894 GATGAATATAGATATTTCAATAAGTCTTGGCGCCAAAAATCCTGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTA
908 GATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCA
*
1959 GAACGCGTTTTTCA-CAATAAC
973 GAACGCGTTTTTCACCAAAAAC
* * *
1980 CGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTTAATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
*
2045 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* *
2110 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTATTTACTAACTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * * *
2175 ATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATT
196 ATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTTGATTTGGCTAGATGAATATAGATATT
* * *
2240 TCAATGAGTCTTGGGGCCAACAATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACACGTTTTT-GTC
261 TCAATGAGTCTTGGGG-CAAAAATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACGCGTTTTTCGCC
* * * * *
2304 TAAAAACCGTGATGGTTAGTACACTATTTTGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACTTTAATGAATT
325 TAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGAATT
* *
2369 CTTCTCTATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGG
390 CTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGG
*
2434 TTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAACTAATCGAAACAT
455 TTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACAT
* * * * * *
2499 GATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGTTAGATGAATAT
520 GATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATAT
** * * * * * *
2564 AGATATTTCAATGAGTCTTGGGGCCAACAATTATGCAAATCTGA-TCTAGTA-CCCCGGAACACG
585 AGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAG-AGCCCCAGAACACG
*
2627 TTCTTGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTG
649 TTTTTGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTG
* * ** *
2692 ATTGATTTCTTCTCAATAATTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATA
714 AATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATA
2757 ATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATA-TTTTTCCGAATTAATTACTAATTAAT
779 ATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAAT
* * * *
2821 CGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATACTTAACTCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAG
844 CGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAG
* *
2886 ATGAATATTGATATTTCAATGAGTCTTGCCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGTCA-GGGCCCCA
909 ATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAG-CAGGGGCCCCA
* * *
2950 AAATGCGTTTTTGACCAAAAAC
973 GAACGCGTTTTTCACCAAAAAC
* * * *
2972 CGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAATGATCC-GAATCAATTCATCTC
1 CGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGA-CCTGAATGAATTCTTCTC
* * * * * * *
3036 AATTTTTGGCCGCGGTAATCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATAATGAAAGATTTTTC
65 AATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
* * * *
3101 ACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTCCCGAACTAATTACTAATTCATCGAAACATGATTTA
130 ACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTA
* * *** * *
3166 GATGCTCGTCAGAA-CAAATCCTTAAATCCAATATGGCCAAGATTTGACTAGATGAATATGGATA
195 GATGCTCGT-AAAATCAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTTGATTTGGCTAGATGAATATAGATA
* * * * *
3230 TTTCAATTAGTCTTGTCGTCAAAAATTATGCAAAATTGATCTGGTACCCCGGAACGCGTTTTTCG
259 TTTCAATGAGTCTTG-GGGCAAAAATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACGCGTTTTTCG
3295 CC-AAAAA-CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGAA
323 CCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGAA
*
3358 TTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCACCACTAAAAATAATGAAA
388 TTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAA
* *
3423 GGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTCTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAATC
453 GGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAAC
*
3488 ATGCTTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTT-GTTAGATGAAT
518 ATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAAT
* * * * * **
3552 ATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCTAAAATAATGGAAAACTGAGCCG-GAGCCCCTGAATGC
583 ATAGATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGAGCCCCAGAACAC
* * *
3616 GTTTTTGGCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCC
648 GTTTTTGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCT
3681 GAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAAT
713 GAATGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAAT
* * *
3746 AATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATCTTTTCCGAATTAAATACTAATTCA
778 AATGAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAA
*
3811 TCGAAACTTGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTA
843 TCGAAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTA
** *
3876 GATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTTAGCAGGGGCCCCA
908 GATGAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCA
**
3941 -AACCGCGTTTTTGGCCAAAAAC
973 GAA-CGCGTTTTTCACCAAAAAC
* * * * *
3963 CGTGATGGTTATTAAACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAATTTTACCCGAATGAATTCTTTTCA
1 CGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
* * *
4028 ATTTCTGGCCACGGTAGTCATCAAAACTATGTAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * *
4093 CGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACAAATTAATCGAAACATGATTTAA
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* *
4158 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTAT-ATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
196 ATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATATTGCTT-TGATTTGGCTAGATGAATATAGATAT
* * * * *
4222 TTCAATGACTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGTACCCCGGAACGCGTTTTTTCG
260 TTCAATGAGTCTTGG-GGCAAAAATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACGCG-TTTTTCG
* * * *
4287 CCT-AAAA-CGTGATGGTTATTAAACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATTTACCTGAATGA
323 CCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCG-AAAATTGACCTGATTGA
* * *
4350 ATTCTTCTCGATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATAATGA
387 ATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGA
4414 TCACGCTTCT
Statistics
Matches: 3081, Mismatches: 301, Indels: 82
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
986 2 0.00
987 82 0.03
988 21 0.01
989 2 0.00
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993 448 0.15
994 206 0.07
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996 2 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (994 bp):
CGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
ATGCTCGTAAAATCAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTTGATTTGGCTAGATGAATATAGATATT
TCAATGAGTCTTGGGGCAAAAATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACGCGTTTTTCGCCT
AAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGAATTC
TTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGT
TTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATG
ATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATA
GATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCCGAGAGCCCCAGAACACGTT
TTTGTCTAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAA
TGAATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAAT
GAAAGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCG
AAACATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGAT
GAATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCACCAAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGAA
CGCGTTTTTCACCAAAAAC
Found at i:2311 original size:661 final size:658
Alignment explanation
Indices: 1--4413 Score: 6068
Period size: 661 Copynumber: 6.7 Consensus size: 658
* *
1 CGTGATGGTTATTA-ACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATTTACCTGAATGAATTCTTCTC
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCG-AAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTC
* * *
65 GATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATAATG--A------TC
65 AATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTC
* * * * **
122 ACGCTTCTAATATTC-TTTTTCATAATTTTCCCGAATTAATTACAAATTCTTCGAAACATGATTT
130 ACGCTTCTAGTA-TCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTT
* * ** * * * *
186 AGATACTCGTAAAAATAAATCCTTAAATTTAATGTAG-TCTAGATTTTGCTAGATGAATATAGAT
194 AGATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCT-TAGATTTGGTTAGATGAATATAGAT
* * *
250 ATTTCAATGAGTCTTGGCGTCAAAACTCATACAAAACTGAGCAGGGGCCCCAGACCGCGTTTTTC
258 ATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA-TCATGCAAAACTGAGCA-GGGCCCCAGAACGCGTTTTT-
* * *
315 GCCAAAAAACCGTGATGGTTAGTACATAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGTATGA
320 GCCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGA
* *
380 ATTCTTCTCAATTTCTGGCAACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAA
385 ATTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAA
*
445 AGGTTTTTCACGCTTTTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAA
450 AGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAA
* * *
510 CATGATTTAAATATCTCGAAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGA
515 CATGATTTAGAT-GCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGA
* * *
575 ATATAGATATTTCAATGAGTCTTGGACGCCAAAAATCCTGCAAAACTGAGCCGAGG-CCCTAGAA
579 ATATAGATATTTCAATGAGTCTTGG-CGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTG-GGACCCCAGAA
*
639 CGCGTTTTTGACAATAAC
642 CGCGTTTTTCACAA-AAC
* *
657 CGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTTAATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
*
722 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAATGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * * *
787 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTCCCGAATTAATTATTAATTCATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
** * ** * *
852 AAACTCGTAAAAATAAATCCTTAAATTTAAT-GTGGTCTAGATTAT-GTTAGATGAATATAGATA
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCT-TAGATT-TGGTTAGATGAATATAGATA
** * * *
915 TTTCAATGAGTCTTGGCATCAAAACTCATACAAAACTTAGCAGGGGCCCCAGACCGCGTTTTTAG
259 TTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAA-TCATGCAAAACTGAGCA-GGGCCCCAGAACGCGTTTTT-G
* * *
980 -CCAAAAACCGTGATGGTTAGTACATAATATCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGTATGAA
321 CCCAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAA
* *
1044 TTCTTCTCAATTTCTGGCCACGGTATTCATAAAAACTATAT-ACTTCAACACTAAAAATAATGAA
386 TTCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAAC-TCAACACTAAAAATAATGAA
*
1108 AGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAACTAATCGAAA
450 AGGTTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAA
* * * * * * *
1173 CATGATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGCTAGATGAA
515 CATGATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAA
* * * * * * *
1238 TATAGATATTTCAATGAGTCTTGG-GGCAAACAATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACA
580 TATAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAA-AATCATGCAAAACTGAGCTGGGACCCCAGAACG
1302 CGTTTTTGTCTA-AAAAC
644 CG-TTTT-TC-ACAAAAC
* * * *
1319 CGTGATGGTTAATACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAATTGACCTGATTGATTTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
* *
1384 ATTTTTCGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTAA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
1449 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * * * * *
1514 ACT-CTCGTAAAAACAAATTCATAAATTCAATATCGCTTAGAGTTGGTTACATGAATATAGATAT
196 A-TGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATAT
* * * * * * *
1578 TTCAATGAGTCTTGACGCAAAAAATCATGCAAAACAGAGCCGAGGCCCCATAACACGTTTTTGTC
260 TTCAATGAGTCTTGGCGC-CAAAATCATGCAAAACTGAGCAG-GGCCCCAGAACGCGTTTTTGCC
* * * * *
1643 TAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTATAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGATTT
323 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATT
1708 CTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGG
388 CTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGG
*
1773 TTTTTAACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACAT
453 TTTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACAT
*
1838 GATTTAGATGCTCGAAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATAT
518 GATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATAT
* * * * *
1903 AGATATTTCAATAAGTCTTGGCGCCAAAAATCCTGCAAAACTGAGCCGGGGCCCTAGAACGCGTT
583 AGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGACCCCAGAACGCGTT
1968 TTTCACAATAAC
648 TTTCACAA-AAC
* *
1980 CGTGATGGTTAGTACACTATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTTAATGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
*
2045 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* *
2110 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTATTTACTAACTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * * * *
2175 ATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGTTAGAAGAATATAGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * ** * * * *
2240 TCAATGAGTCTTGGGGCCAACAATTATGCAAAACTGATCTAGTACCCCGGAACACGTTTTTGTCT
261 TCAATGAGTCTTGGCGCCAA-AATCATGCAAAACTGAGC-AGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGCCC
* * ***
2305 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACTATTTTGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACTTTAATGAATTC
324 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTC
* *
2370 TTCTCTATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGT
389 TTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGT
*
2435 TTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAACTAATCGAAACATG
454 TTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATG
* * * * * *
2500 ATTTAGATGCTCGTAAAATCAAATACTTAACTCCAATATTGCTTTGATTTGGTTAGATGAATATA
519 ATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * * * * * * * *
2565 GATATTTCAATGAGTCTTGGGGCCAACAATTATGCAAATCTGATCTAGTACCCCGGAACACGTTC
584 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGACCCCAGAACGCGTT-
2630 TTGTCTA-AAAAC
648 TT-TC-ACAAAAC
* *
2642 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGATTTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
** *
2707 ATAATTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAGAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
2772 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATA-TTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* * *
2836 ATGCTCGTAAAAACAAATACTTAACTCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATTGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * *
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261 TCAATGAGTCTTGGCGCC-AAAATCATGCAAAACTGAG-CAGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGCCC
* * * * *
2966 AAAAACCGTGATGGTTATTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGTGAAAAATGATCCGAATCAATTC
324 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTC
* * * * * * * *
3031 ATCTCAATTTTTGGCCGCGGTAATCATAAAAAATATATAATTCAACTCCAAAAATAATGAAAGAT
389 TTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGT
* * * *
3096 TTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATAATTTTCCCGAACTAATTACTAATTCATCGAAACATG
454 TTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATG
* * * * ** ** *
3161 ATTTAGATGCTCGTCAGAACAAATCCTTAAATCCAATATGGCCAAGATTTGACTAGATGAATATG
519 ATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * * * * * * *
3226 GATATTTCAATTAGTCTTGTCGTCAAAAATTATGCAAAATTGATCTGGTACCCCGGAACGCGTTT
584 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGACCCCAGAACGCGTTT
* *
3291 TTCGCCAAAAA
649 TTC-ACAAAAC
*
3302 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGATTGAATTCTTCTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
*
3367 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCACCACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * *
3432 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTCTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAATCATGCTTTAG
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
* *
3497 ATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTT-GTTAGATGAATATAGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * * *
3561 TCAATGAGTCTTGGCGCCTAAAATAATGGAAAACTGAGCCGGAGCCCCTGAATGCGTTTTTGGCC
261 TCAATGAGTCTTGGCGCC-AAAATCATGCAAAACTGAGCAGG-GCCCCAGAACGCGTTTTTGCCC
3626 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTC
324 AAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTC
3691 TTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGT
389 TTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGT
* * * *
3756 TTTTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATCTTTTCCGAATTAAATACTAATTCATCGAAACTTG
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3821 ATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATA
519 ATTTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATA
* * * *
3886 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGTCAAAAATCATGCAAAACTTAGCAGGGGCCCCA-AACCGCGTT
584 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGACCCCAGAA-CGCGTT
3950 TTTGGC-CAAAAAC
648 TTT--CAC-AAAAC
* * * * * *
3963 CGTGATGGTTATTAAACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAATTTTACCCGAATGAATTCTTTTCA
1 CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
* * *
4028 ATTTCTGGCCACGGTAGTCATCAAAACTATGTAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
66 ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
* * *
4093 CGCTTCTAATATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACAAATTAATCGAAACATGATTTAA
131 CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
*
4158 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTATATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
196 ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
* * * * * * *
4223 TCAATGACTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAATTGATCTGGTACCCCGGAACGCGTTTTTTCGC
261 TCAATGAGTCTTGGCGCC-AAAATCATGCAAAACTGAGCAGG-GCCCCAGAACGCGTTTTTGC-C
* * * * *
4288 CTAAAA-CGTGATGGTTATTAAACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAAATTTACCTGAATGAAT
323 CAAAAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCG-AAAATTGACCCGAATGAAT
* * *
4352 TCTTCTCGATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATAATGA
387 TCTTCTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGA
4414 TCACGCTTCT
Statistics
Matches: 3360, Mismatches: 351, Indels: 85
0.89 0.09 0.02
Matches are distributed among these distances:
656 88 0.03
657 22 0.01
658 1 0.00
659 8 0.00
660 525 0.16
661 1338 0.40
662 897 0.27
663 300 0.09
664 180 0.05
665 1 0.00
ACGTcount: A:0.35, C:0.17, G:0.15, T:0.34
Consensus pattern (658 bp):
CGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCTGAATGAATTCTTCTCA
ATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTTTTCA
CGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGATTTAG
ATGCTCGTAAAAACAAATCCTTAAATCCAATATTGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGATATT
TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAATCATGCAAAACTGAGCAGGGCCCCAGAACGCGTTTTTGCCCAA
AAACCGTGATGGTTAGTACACAATTTCGGCTAAAATTTTGCGAAAATTGACCCGAATGAATTCTT
CTCAATTTTTGGCCACGGTAGTCATAAAAACTATATAACTCAACACTAAAAATAATGAAAGGTTT
TTCACGCTTCTAGTATCGTTTTTCATATTTTTTCCGAATTAATTACTAATTAATCGAAACATGAT
TTAGATGCTCGTAAAAACAAATCCATAAATCCAATATCGCTTAGATTTGGTTAGATGAATATAGA
TATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGCAAAACTGAGCTGGGACCCCAGAACGCGTTTTT
CACAAAAC
Done.