Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09
Sequence: AWWV01010352.1 Corchorus capsularis cultivar CVL-1 contig10373, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Pmatch=0.80,Pindel=0.10
tuple sizes 0,4,5,7
tuple distances 0, 29, 159, 1000
Length: 2162
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Found at i:638 original size:334 final size:334
Alignment explanation
Indices: 1--2162 Score: 2984
Period size: 334 Copynumber: 6.5 Consensus size: 334
* * * * *
1 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCAGCTAAAATTTTGC-AAAAATTGACCCGATACATATATTC
1 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTAC
* ** *
65 TTCAATCTTTGGCCACAATACAAATAAAAAATAAATAAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGT
66 -TCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATAT-AATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGT
* * * *
130 TCTCACGCTT-TGAATATCATTTTTCCTA-TTTGTTCCTAATTAATTTCTAATCAAATCGAAACC
129 TCTCATGCTTCT-AATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACC
* * * *
193 GGTTTGGGATGCTAGT-AAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTCGTTCGATAAATA
193 GGATTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATA
257 TAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGCCTCGGAACGCAT
258 TAGATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGCCTCGGAACGCAT
*
322 TTTTAGTAAAAA
323 TTTTAGTCAAAA
* * * *
334 ATCATGATGGTTAGTGCACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGACACATTTCTGC
1 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTAC
* * * *
399 TCAATTTTTGGCCACAATAATCATAAAAACTATATAATTGAACACAAAAAGGATTGAAGGAGTTC
66 TCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTC
* * *
464 TGATGCTTCTAATATCATTTTTCATATTTTTTTACGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGA
131 TCATGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGA
* * **
529 TTGAGTTGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCGAATGTGGCCAAGATTTCTTTCGATAAATATAG
196 TTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAG
* * * *
594 ATATTTCAATGAGTCTTGACGTCAAAAATCATGTAAAGCTGAGCAGGGGCCTCGGAACGCAGTTT
261 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGCCTCGGAACGCATTTT
659 TAGTCAAAA
326 TAGTCAAAA
* * *
668 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTCTGTAAAAAATTGACCCAAAACATTTCTAC
1 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTAC
* * * * * *
733 TCAATTTTTTGCCACAATACTTATAAAAAATATATAACTCAACACAAAAAATATTGTAGGAGTTT
66 TCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTC
* * * * * *
798 TAACGCTTCTAATATCATTTTTCGTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCCAAATCAGA
131 TCATGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGA
* * *
863 TTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGGTGAGATTTCATTCAATAAATATAG
196 TTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAG
* * ** * ** * *
928 ACATTTGAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATACAAAACTAAGCTCGGGCCCCGGAACGCGTTTT
261 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGCCTCGGAACGCATTTT
993 TAGTCAAAA
326 TAGTCAAAA
* * * * *
1002 ATCTTGATGGTTCGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTACAAAAAATTGACCCGATACATTTCTGC
1 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTAC
* * *
1067 TCAATTTTTGGGCACAATACTCACAATAAATATATAATTCAACACAAAAATA-ATTGAAGGAGTT
66 TCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAA-AGATTGAAGGAGTT
* *
1131 CTCATACTTCTAATATCATTTTTCGTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGG
130 CTCATGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGG
* * * *
1196 ATTGAGATGCTAGTAAAAGAAAATCCTTAATTCCAATGTGGATGAGATTTCGTTCAATAAATATA
195 ATTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATA
* * *
1261 GAAATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGTAGGGACCTCGGAACGCATTT
260 GATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGCCTCGGAACGCATTT
1326 TTAGTCAAAA
325 TTAGTCAAAA
* * * * *
1336 ATCATGATGGTTAGTGCATGATTTCGGCTAAAAATTTGC-AAAAATTGACCCGATACATTTCTTA
1 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTC-TA
* * *
1400 -TCAATTTTTCGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAACATTGAATGAGTT
65 CTCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTT
* * *
1464 CTCACT-CTTCTAATAACATTTTTCCTA-TTTTTTCCGAATTAATTTCGAATTAAATCGAAATCG
130 CTCA-TGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCG
* * *
1527 GATTGAGATGCTAATAATAAAAAAAATCCTTAATTCAAATGTGGCTAAGATTTCTTTCGATAAAT
194 GATTGAGATGCTAGT-A-AAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAAT
* * * **
1592 ATATATATATCTCAATGAGTATTGGCGCAAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGTTTCGGAACG
257 ATAGATAT-T-TCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGCCTCGGAACG
*
1657 CGTTTTTAGTCAAAA
320 CATTTTTAGTCAAAA
* * *
1672 ATCGTGATGGTTACTACACTATTTCAGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTAC
1 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTAC
* * * *
1737 TCAATTTTTGTCCACAATACTCATAGAAAATATATAATTGAACACAAAAAGGATTGAAGGAGTTC
66 TCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTC
1802 TCATGCTTCTAATATCATTTTTCCTA--TTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGA
131 TCATGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGA
* ** *
1865 TTGAGTTGCTAGTTTAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTTTTTCGATAAATATAG
196 TTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAG
* ** * * *
1930 ATATTTCAATGAGTCTTGACGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGC-CTGGCCCCGGGACGCGTTTT
261 ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGCCTCGGAACGCATTTT
*
1994 TAGTAAAAA
326 TAGTCAAAA
* * * *
2003 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAAATTTGGAAAAAAGTAACCCGAAACATTTCTAC
1 ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTAC
* * *
2068 TCAATTTTTGGCCACAATACTCACAAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTAAATGAGTT
66 TCAATTTTTGGCCACAATACTCA-TAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTT
2133 CTCACT-CTTCTAATATCA-TTTTCCTATTTT
130 CTCA-TGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTT
Statistics
Matches: 1613, Mismatches: 197, Indels: 38
0.87 0.11 0.02
Matches are distributed among these distances:
331 110 0.07
332 185 0.11
333 217 0.13
334 854 0.53
335 2 0.00
336 143 0.09
337 102 0.06
ACGTcount: A:0.36, C:0.16, G:0.14, T:0.33
Consensus pattern (334 bp):
ATCGTGATGGTTAGTACACGATTTCGGCTAAAATTTTGCAAAAAATTGACCCGAAACATTTCTAC
TCAATTTTTGGCCACAATACTCATAAAAAATATATAATTCAACACAAAAAAGATTGAAGGAGTTC
TCATGCTTCTAATATCATTTTTCCTATTTTTTTCCGAATTAATTTCTAATTAAATCGAAACCGGA
TTGAGATGCTAGTAAAAAAAAATCCTTAATTCCAATGTGGCTGAGATTTCTTTCGATAAATATAG
ATATTTCAATGAGTCTTGGCGCCAAAAATCATGTAAAACTGAGCAGGGGCCTCGGAACGCATTTT
TAGTCAAAA
Done.